Notas del curso Fundamentos de Estadística con Remuestreo del programa de maestría en Ciencia de Datos del ITAM sitio: https://fundamentos-est.netlify.app/

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Instrucciones para generar las notas por medio de Docker.

Puedes generar las notas por medio de un contenedor de Docker. Para esto debes de tener instalado el Docker Desktop si tu sistema operativo es MacOS o Windows; o alternativamente, Docker Engine, si estás corriendo alguna distribución de Linux.

Con Docker listo en tu máquina necesitas descargar la imagen del contenedor de la clase:

docker pull agarbuno/notas-fundamentos

Para ejecutar la imagen en tu computadora copia y pega lo siguiente en la terminal, modificando como se sugiere mas adelante,

docker run -d -p 8787:8787 \
  -e PASSWORD=<escribeunacontraseña> \
  -m 4g \
  agarbuno/notas-fundamentos

En general se necesita correr la imagen con 4Gb de memoria (-m 4g). La opción -d es opcional, y sirve para dejar corriendo el contenedor en el background de tu sesión de terminal. Cuidado con esta opción por que si no tienes cuidado podrías estar levantando múltiples contenedores en tu máquina.

Esta imagen leventará una sesión de Rstudio Server a la cual podrás acceder en tu navegador de internet de preferencia por medio de

localhost:8787/

el cual te pedirá un usuario y contraseña. La contraseña es la misma que deberás de cambiar en las líneas de arriba: <escribeunacontraseña>. El usuario es, por default, rstudio.

Una vez en la pantalla de Rstudio puedes empezar con cargar las notas como un proyecto.

NOTA. Esta imagen se actualizará constantemente. Pero nada garantizará que esté en sincronía con la última versión de las notas en el repositorio. Para garantizar la sincronía proponemos lo siguiente.

Trabajar en las notas con: Github + Docker + Volumes.

El problema de Docker es que cualquier cambio que hagas dentro del contenedor cuando esté corriendo no se guardará para la siguiente sesión. Por ejemplo, crear un archivo, clonar o hacer un pull de un repo, etc. La ventaja es que se puede ligar un directorio en la máquina host con un directorio dentro del contenedor por medio de un Volume.Esto implica que podemos tener un contenedor que sólo replique el ambiente del sistema operativo.

Siguiendo este tren de pensamiento, descarga el contenedor

docker pull agarbuno/env-fundamentos

y crea una carpeta de trabajo. Por ejemplo, crea el directorio (suponiendo que estás en Ubuntu y tu usuario en tú máquina es estudiante) con mkdir /home/estudiante/itam/cursos/. Este directorio lo usaremos para mantener el repositorio y las librerías de R que necesitemos descargar.

Ahora, levanta el contenedor con las siguientes líneas en una terminal

# Directorio en el *contenedor* donde vivirá el cache de renv
RENV_PATHS_CACHE_CONTAINER=/home/rstudio/cursos/renv/cache
# Directorio en el *host* donde vivirá el cache de renv
RENV_PATHS_CACHE_HOST=/home/estudiante/itam/cursos/renv/cache
# Directorio donde guardas las notas de manera local
PATH_NOTAS_FUNDAMENTOS=/home/estudiante/itam/cursos/fundamentos

docker run -p 8787:8787 \
    -e PASSWORD=itam \
    -e "RENV_PATHS_CACHE=${RENV_PATHS_CACHE_CONTAINER}" \
    -e "RENV_PATHS_ROOT=${RENV_PATHS_CACHE_CONTAINER}" \
    -v "${RENV_PATHS_CACHE_HOST}:${RENV_PATHS_CACHE_CONTAINER}" \
    -m 4g \
    -v $PATH_NOTAS_FUNDAMENTOS:/home/rstudio/cursos \
    agarbuno/env-fundamentos

Ahora entra al servidor de Rstudio en localhost:8787. Dentro de la interfaz gráfica, en particular la terminal de sistema, puedes clonar el repositorio de la notas, y cambiarte a la rama de desarrollo dev. Ver imagen:

Ahora tenemos que preparar el ambiente de R. Esto lo haremos de la siguiente forma. Abre el repo de las notas como un proyecto de Rstudio. Te saldrá un mensaje de alerta con respecto a renv. Ahora, prepararemos los paths para el ambiente del proyecto corriendo las líneas en la consola

Sys.setenv(RENV_PATHS_CACHE = "/home/rstudio/cursos/renv/cache")
Sys.setenv(RENV_PATHS_ROOT = "/home/rstudio/cursos/renv/cache")

y ahora sincronizaremos el contenido del contenedor y volúmenes con la instrucción:

renv::restore()

ahora te pedirá confirmación para reparar los paquetes que no encuentre.

Nota. Definir las variables RENV_PATHS_CACHE y RENV_PATHS_ROOT sólo será necesario cuando quieras descargar nuevos paquetes que no tengas del renv.lock por ejemplo con los comandos renv::restore() o renv::init(). Copiar y generar todas las librerías se tardara bastante ---alrededor de una hora con una conexión simplona---. Pero la ventaja es que sólo lo tendrás que hacer una vez y con esto garantizarás que puedes hacer cambios y actualizaciones pequeñas conforme se vayan actualizando las notas.

Archivos de configuración

Los archivos de configuración de los contenedores los puedes encontrar en la carpeta dockerfiles de estas notas o en la carpeta correspondiente aquí.

Instrucciones para generar las notas de manera local.

Importante. Si tienes una computadora Mac échale un ojo a la siguiente sección antes de instalar R. Esto garantizará que tienes todas las dependencias instaladas que necesita R en tu máquina.

1. Asegúrate de tener instalados tanto R como Rstudio en tu máquina (en este orden). Y también asegúrate de tener clonado el repositorio del curso en tu máquina.

git clone https://github.com/tereom/fundamentos.git

2. Inicia Rstudio e instala los siguientes paquetes de R.

install.packages("renv")
install.packages("rmarkdown")

renv nos permitirá sincronizar la paquetería necesaria para correr las notas de manera local. rmarkdown es el compilador de las notas.

3. Una vez instalados, reinicia Rstudio y abre el repositorio como un projecto.

4. Una vez que estés en el proyecto de las notas, sincroniza tú colección de librerías con las que utilizamos para generar el documento. Esto lo hacemos (la primera vez) con:

renv::restore()

dónde se te pedirá confirmación para descargar todos los paquetes en su versión correcta.

Nota: esto sólo lo tienes que hacer la primera vez.

Consideraciones adicionales para MacOS.

De preferencia antes de instalar R considera las siguientes pasos. Esto es por que en MacOS necesitamos compiladores de fortran, c++, etc., para algunas librerías.

1. Habilita las herramientas de línea de comandos de xcode:

xcode-select --install

2. Instala el manejador de paquetes homebrew:

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)"

3. Con homebrew instalado, ahora instala la última versión disponible de la colección de compiladores GNU (al día 12-Sep-2020, ésta es la versión 10):

brew install gcc

4. Instala XQuartz.

5. Habilita la ruta donde R tiene que buscar los compiladores que instalaste en el paso 3. Primero prepara el archivo:

mkdir ~/.R/
touch ~/.R/Makevars

luego en algún editor de texto incluye las líneas en el archivo Makevars. Por ejemplo, escribe en terminal:

open ~/.R/Makevars

y una vez en el editor de texto escribe:

VER=-10
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX11=g++$(VER)
CXX14=g++$(VER)
CXX17=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/10.2.0/lib/gcc/10

y guarda el archivo.

Ahora si, regresa a la sección anterior e instala R y Rstudio.