update tests to 1.15.1 to see if other tools now also pass tests

galaxyproject · Aug 29, 2024 · 1019544 · 1019544
1 parent ced5a82
commit 1019544
Show file tree

Hide file tree

Showing 13 changed files with 5 additions and 4 deletions.
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_1.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_1.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_17.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_17.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_19.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_19.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_2.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_2.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_20.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_20.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_21.sam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_21.sam
@@ -3,5 +3,6 @@
 @RG	ID:UNKNOWN	SM:UNKNOWN
 @PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.0.0-beta5
 @PG	ID:0	CL:aaaaa/aaa/aaaaa/aaaaaa/aaaaaaaaa/aaa/iuc/package_aaaaaaaaa_x_y/aaaaaaaaaaaa/bin/aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.cram aa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.fa -O test	PN:samtools	VN:1.2
-@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:0	VN:1.15.1	CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 6843 --subsample 0.20000000 -o outfile infile
-SRR065390.8289592	16	CHROMOSOME_I	3	1	100M	*	0	0	CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA	###############################A?@C9@@BC=AABDD@A@DC@CB=@BA?6@CCAAC@+CCCCCCCCCCCCCCC@CCCCCCCCCCCCCCCC	RG:Z:UNKNOWN	XG:i:0	XM:i:0	XN:i:0	XO:i:0	AS:i:0	XS:i:0	YT:Z:UU
+@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:0	VN:1.15.1	CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 15293 --subsample 0.20000000 -o outfile infile
+SRR065390.14978392	16	CHROMOSOME_I	2	1	27M1D73M	*	0	0	CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA	#############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC	RG:Z:UNKNOWN	XG:i:1	XM:i:5	XN:i:0	XO:i:1	AS:i:-18	XS:i:-18	YT:Z:UU
+SRR065390.921023	16	CHROMOSOME_I	3	12	100M	*	0	0	CTAAGCCTAAATCTAAGCCTAACCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA	###############################################???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000	RG:Z:UNKNOWN	XG:i:0	XM:i:3	XN:i:0	XO:i:0	AS:i:-6	XS:i:-13	YT:Z:UU
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_22.sam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_22.sam
@@ -3,7 +3,7 @@
 @RG	ID:UNKNOWN	SM:UNKNOWN
 @PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.0.0-beta5
 @PG	ID:0	CL:aaaaa/aaa/aaaaa/aaaaaa/aaaaaaaaa/aaa/iuc/package_aaaaaaaaa_x_y/aaaaaaaaaaaa/bin/aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.cram aa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.fa -O test	PN:samtools	VN:1.2
-@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:0	VN:1.15.1	CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 6467 --subsample 1.00000000 -o outfile infile
+@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:0	VN:1.15.1	CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 19072 --subsample 1.00000000 -o outfile infile
 SRR065390.14978392	16	CHROMOSOME_I	2	1	27M1D73M	*	0	0	CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA	#############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC	RG:Z:UNKNOWN	XG:i:1	XM:i:5	XN:i:0	XO:i:1	AS:i:-18	XS:i:-18	YT:Z:UU
 SRR065390.921023	16	CHROMOSOME_I	3	12	100M	*	0	0	CTAAGCCTAAATCTAAGCCTAACCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA	###############################################???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000	RG:Z:UNKNOWN	XG:i:0	XM:i:3	XN:i:0	XO:i:0	AS:i:-6	XS:i:-13	YT:Z:UU
 SRR065390.1871511	16	CHROMOSOME_I	3	1	100M	*	0	0	CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA	<?@<@A8>0:BB@>B<=B@???@=8@B>BB@CA@DACDCBBCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC	RG:Z:UNKNOWN	XG:i:0	XM:i:0	XN:i:0	XO:i:0	AS:i:0	XS:i:0	YT:Z:UU

diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_23.sam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_23.sam
@@ -4,4 +4,4 @@
 @PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.0.0-beta5
 @PG	ID:0	CL:aaaaa/aaa/aaaaa/aaaaaa/aaaaaaaaa/aaa/iuc/package_aaaaaaaaa_x_y/aaaaaaaaaaaa/bin/aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.cram aa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.fa -O test	PN:samtools	VN:1.2
 @PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:0	VN:1.12	CL:samtools view -@ 0 -h -s .0 -o outfile infile
-@PG	ID:samtools.1	PN:samtools	PP:samtools	VN:1.15.1	CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 17524 --subsample 1.00000000 -o outfile infile
+@PG	ID:samtools.1	PN:samtools	PP:samtools	VN:1.15.1	CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 28685 --subsample 1.00000000 -o outfile infile
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_24.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_24.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_3.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_3.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_31.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_31.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_4.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_4.bam
diff --git a/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_7.bam b/tool_collections/samtools/samtools_view/test-data/test_7.bam