NOTE: If you set daemon configuration in /etc/docker/daemon.json with { "features": { "buildkit": true } }, the DOCKER_BUILDKIT=1 could be omitted.
$ git clone https://gitlab.rm.ingv.it/shakemap/shakemap4.git
$ cd shakemap4
$ DOCKER_BUILDKIT=1 docker build --no-cache --build-arg ENV_UID=$(id -u) --build-arg ENV_GID=$(id -g) --tag shakemap4 .
Run docker container from shakemap4 image:
# docker run --rm -v $(pwd)/data/shakemap_profiles:/home/shake/shakemap_profiles -v $(pwd)/data/local:/home/shake/.local shakemap4 -p world -c"shake 8863681 select assemble -c \"SM4 run\" model contour shape info stations raster rupture gridxml history plotregr mapping"
Enter into the container :
$ docker run -it --rm -v $(pwd)/data/shakemap_profiles:/home/shake/shakemap_profiles -v $(pwd)/data/local:/home/shake/.local --entrypoint=bash shakemap4
Piccola guida per interaggire con il docker
$ ssh [email protected]
andare nella directory dove sono presenti le directory da montare, come "volumi", nel container:
$
$ cd /home/shake/gitwork/_shakemap/shakemap4
$ shake@shakemap4:~/gitwork/_shakemap/shakemap4
i "volumi" sono:
$(pwd)/data/shakemap_profiles$(pwd)/data/shakemap_data$(pwd)/data/local
creare un container dall'immagine Docker shakemap4 montando all'interno i volumi necessari:
shake@shakemap4:~/gitwork/_shakemap/shakemap4$ docker run -it --rm -v $(pwd)/data/shakemap_profiles:/home/shake/shakemap_profiles -v $(pwd)/data/local:/home/shake/.local --entrypoint=bash shakemap4
(shakemap) root@d0263fbd02ae:/opt#
i volumi, all'interno del container ora sono nelle seguenti dir:
/home/shake/shakemap_profiles/home/shake/shakemap_data/home/shake/.local
lanciare una shakemap:
(shakemap) root@d0263fbd02ae:/opt# shake 8863681 select assemble -c "SM4 run" model contour shape info stations raster rupture gridxml history plotregr mapping
Istruzioni per creare o modificare moduli di OpenQuake per ShakeMap
$ ssh [email protected]
vai nella directory dove sono presenti le directory da montare, come "volumi", nel container:
$
$ cd /home/shake/gitwork/_shakemap/shakemap4
shake@shakemap4:~/gitwork/_shakemap/shakemap4$
Entra dentro il docker con questo comando
docker run -it --rm -v $(pwd)/data/shakemap_profiles:/home/shake/shakemap_profiles -v $(pwd)/data/local:/home/shake/.local --entrypoint=bash shakemap4:4.1.4
—> attento alla versione di ShakeMap da usare (qui per semepio c'è la vesrione shakemap4:4.1.4)
Poi lancia i comandi:
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$ conda activate base
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$ conda activate shakemap
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$ sm_profile -s world
I file relativi a IPE e GMPE sono qui:
/miniconda/envs/shakemap/lib/python3.8/site-packages/openquake/hazardlib/gsim
Copia i file sempre della dir shakemap_profile/world .
I file qui non vengono persi quando entri nel container
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$ cd /miniconda/envs/shakemap/lib/python3.8/site-packages/openquake/hazardlib/gsim
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$ cp *ipe.py ../../../../../../../../../shakemap_profiles/world/.
Da qui li puoi portare nel tuo computer per lavorarci.
Una volta che sei soddisfatto delle modifiche li metti dentro shakemap4-dev della dir /home/shake/gitwork/_shakemap/shakemap4/data/shakemap_profiles/world
shake@shakemap4-dev:~/gitwork/_shakemap/shakemap4 (master)*$
shake@shakemap4-dev:~/gitwork/_shakemap/shakemap4 (master)*$ cd /home/shake/gitwork/_shakemap/shakemap4/data/shakemap_profiles/world
I file che sono qui dentro vengono sempre salvati anche se chiudi il container o ne apri un altro.
A questo punto devi riportare il file modificato dentro il container (quello di prima se è ancora aperto o ne apri un altro) all'intreno della dir:
/miniconda/envs/shakemap/lib/python3.8/site-packages/openquake/hazardlib/gsim
Fai un po' di prove per vedere se il modulo lavora correttamente, lanciano il comando standard di ShakeMap quando si è dentro al container, tipo questo
shake EVENT-ID select assemble -c "SM4 run" model contour shape info stations raster rupture gridxml history plotregr mapping
Quando sei soddisfatto del modulo lo metti qui:
https://gitlab.rm.ingv.it/shakemap/shakemap4/-/tree/master/ext
a seguito della modifica, partirà la build e i test in automatico e li potrai seguire qui:
https://gitlab.rm.ingv.it/shakemap/shakemap4/-/pipelines
Se è già predisposta una modifica del pacchetto per i moduli che hai modificato allinterno del Dorkerfile, tutto verrà integrato in automatico.
Se invece non è presente alcuna modifica dentro il dokerfile bisogna modificarlo.
La procedura è simile a quello fatto per la IPE solo che la GMICE vanno qui:
/home/shake/gitwork/shakemap_src/shakelib/gmice
Entrare in shakemap4-dev:
Andare nella dir di shakemap:
shake@shakemap4-dev:~ $ cd gitwork/_shakemap/shakemap4
shake@shakemap4-dev:~/gitwork/_shakemap/shakemap4 (master)*$ pwd
/home/shake/gitwork/_shakemap/shakemap4
I comandi vanno sempre lanciati da questa dir.
Per capire quale sia l’immagine docker lanciare il comando
docker image ls
Questo ti fornisce tutti le immagini che ci sono, il TAG ci restituisce in nome della reale da usare.
Per esempio ora si usa la 4.1.4
Per lancio della shakemap usare il comando:
docker run --rm -v $(pwd)/data/shakemap_profiles:/home/shake/shakemap_profiles -v $(pwd)/data/local:/home/shake/.local shakemap4:4.1.4 -p world -c"shake EVENT-ID select assemble -c \"SM4 run\" model contour shape info stations raster rupture gridxml history plotregr mapping”
—> attento alla versione di ShakeMap da usare.
Creazione degli event-id: gli eventi vanno messi qui
/home/shake/gitwork/_shakemap/shakemap4/data/shakemap_profiles/world/data
Entrare in shakemap4-dev:
Andare nella dir di shakemap:
shake@shakemap4-dev:~ $ cd gitwork/_shakemap/shakemap4
shake@shakemap4-dev:~/gitwork/_shakemap/shakemap4 (master)*$ pwd
/home/shake/gitwork/_shakemap/shakemap4
A questo punto usa i comandi:
docker run -it --rm -v $(pwd)/data/shakemap_profiles:/home/shake/shakemap_profiles -v $(pwd)/data/local:/home/shake/.local --entrypoint=bash shakemap4:4.1.4
—> attento alla versione di ShakeMap da usare.
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$ conda activate base
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$ conda activate shakemap
(shakemap) shake@8e89e2d3b427:~$sm_profile -s world
Da qui poi lanciare una mappa nel modo classico, ad esempio:
shake EVENT-ID select assemble -c "SM4 run" model contour shape info stations raster rupture gridxml history plotregr mappin
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