WSI处理工具

目的

由于WSI图像尺寸一般都很大，无法使用普通的图像查看软件将其打开，也无法直接进行后续处理，因此实现了这一工具集合。

工具及其使用方法

• 基于Patch分类方法的组织病理WSI缩略热图生成器；
• WSI Patch提取器；

效果

基于Patch分类方法的组织病理WSI缩略热图生成器

• 本工具生成的WSI缩略图热图如下图所示：
• 局部放大后的细节：

WSI Patch提取器

• 提取WSI图像中的组织区域（绿色），组织区域中的孔洞（蓝色）以及肿瘤区域（红色）：

  

• 从组织区域中提取出的patch：

  

参考仓库

本工具集的实现借鉴了以下仓库：

• mahmoodlab/CLAM: Data-efficient and weakly supervised computational pathology on whole slide images - Nature Biomedical Engineering (github.com)。