v3.4.1 BUGFIX : explizit seed

BackofenLab · Sep 18, 2024 · ab7b220 · ab7b220
1 parent c9c15e1
commit ab7b220
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diff --git a/ChangeLog b/ChangeLog
@@ -11,11 +11,28 @@
 ################################################################################
 
 # IntaRNA
-- BUGFIX : seed order check was buggy
 
 ################################################################################  
 ################################################################################
 
+
+
+################################################################################
+### version 3.4.1
+################################################################################  
+
+# IntaRNA
+- BUGFIX : seed order check was buggy
+- BUGFIX : explizit seed : wrong direction of query base pair parsing (thanks to Tim15-tech)
+
+################################################################################  
+################################################################################  
+
+240918 Martin Raden
+ * IntaRNA/SeedHandlerExplicit :
+   * SeedData() :
+     + BUGFIX : reversal of dotBar2 was missing
+
 240430 Martin Raden
  * IntaRNA/PredictorMfeEns :
    * updateZ()

diff --git a/src/IntaRNA/SeedHandlerExplicit.cpp b/src/IntaRNA/SeedHandlerExplicit.cpp
@@ -349,6 +349,8 @@ SeedData( const std::string & seedEncoding, const InteractionEnergy & energyFunc
 				// seed exceeds sequence end
 				start2 = std::string::npos;
 			}
+			// reverse dotBar2
+			std::reverse(dotBar2.begin(), dotBar2.end());
 		}
 	}