main.nf

#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    seqeralabs/nf-chai
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    Github : https://github.com/seqeralabs/nf-chai
----------------------------------------------------------------------------------------
*/

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    IMPORT FUNCTIONS / MODULES / SUBWORKFLOWS / WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

include { NF_CHAI                 } from './workflows/nf_chai'
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_seqeralabs_nf_chai_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION     } from './subworkflows/local/utils_seqeralabs_nf_chai_pipeline'

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

workflow {

    main:

    //
    // SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
    //
    PIPELINE_INITIALISATION (
        params.version,
        params.validate_params,
        params.monochrome_logs,
        args,
        params.outdir
    )

    //
    // WORKFLOW: Run main workflow
    //
    NF_CHAI (
        params.input,
        params.weights_dir,
        params.msa_dir,
        params.num_trunk_recycles,
        params.num_diffusion_timesteps,
        params.seed,
        params.use_esm_embeddings
    )

    //
    // SUBWORKFLOW: Run completion tasks
    //
    PIPELINE_COMPLETION (
        params.monochrome_logs
    )
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/