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#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nf-core/rnavar
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/nf-core/rnavar
Website: https://nf-co.re/rnavar
Slack : https://nfcore.slack.com/channels/rnavar
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
params.fasta = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'fasta')
params.fasta_fai = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'fasta_fai')
params.dict = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'dict')
params.gtf = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'gtf')
params.gff = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'gff')
params.exon_bed = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'exon_bed')
params.star_index = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'star')
params.dbsnp = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'dbsnp')
params.dbsnp_tbi = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'dbsnp_tbi')
params.known_indels = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'known_indels')
params.known_indels_tbi = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'known_indels_tbi')
params.snpeff_db = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'snpeff_db')
params.vep_cache_version = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'vep_cache_version')
params.vep_genome = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'vep_genome')
params.vep_species = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'vep_species')
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
VALIDATE & PRINT PARAMETER SUMMARY
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
WorkflowMain.initialise(workflow, params, log)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOW FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { RNAVAR } from './workflows/rnavar'
//
// WORKFLOW: Run main nf-core/rnavar analysis pipeline
//
workflow NFCORE_RNAVAR {
RNAVAR ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
// See: https://github.com/nf-core/rnaseq/issues/619
//
workflow {
NFCORE_RNAVAR ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/