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#install.packages('httpuv', dependencies = TRUE)
#install.packages('dash')
rm(list = ls())
thisFile <- function() {
cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle <- "--file="
match <- grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
} else {
# 'source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
this_file_path = thisFile()
this_file_path = dirname(this_file_path)
setwd(this_file_path)
#setwd("~/Documents/covid_projects/covid_dashboard/") # backup setwd
source("sources/data_proc.R")
source("sources/region_comparaison_acp.R")
dep_list = load("sources/dep_list")
library(dash)
library(plotly)
library(dashCoreComponents)
library(dashHtmlComponents)
location_data = get_fr_data()
donnees_hosp_mixed = get_hosp_data()
res_pca1 = compute_acp_data(territoires_france_infos,donnees_hosp_mixed,max_date = Sys.Date())
now = timestamp()
app <- Dash$new()
get_positive_figure = function(location_data, title_suffix = ""){
return(
list(
data=list(
list(
x=as.list(location_data$days),
y=as.list(location_data$rolling_positives)
)
),
layout = list(title=paste('Nombre de testés positifs', title_suffix),
yaxis = list(hoverformat = ".0f"))
# layout = list(title='Nombre de testés positifs',
# yaxis = list(hoverformat = ".0f"))
)
)
}
get_tested_figure = function(location_data, title_suffix = ""){
return(
list(
data=list(
list(
x=as.list(location_data$days),
y=as.list(location_data$rolling_tests)
)
),
layout = list(title=paste('Nombre de test effectué', title_suffix),
yaxis = list(hoverformat = ".0f"))
#
# layout = list(title='Nombre de test effectué',
# yaxis = list(hoverformat = ".0f"))
)
)
}
get_ratio_figure = function(location_data){
return(
list(
data=list(
list(
x=as.list(location_data$days),
y=as.list(location_data$rolling_positives/location_data$rolling_tests)
)
),
layout = list(title='Représentation de la proportion de testés positif',
yaxis = list(hoverformat = ".2%"))
)
)
}
app$layout(
htmlDiv(
list(
htmlH1('Evolution COVID'),
htmlP(children = list("Ce dashboard présente l'évolution de plusieurs indicateurs de l'état de l'épidémie en France.", htmlBr(),
'Les données sont mises à jour au moins une fois tous les 15 jours et des nouvelles fonctionnalités seront ajoutées.',htmlBr(),
'contact : ', htmlA('[email protected]', href = "mailto:[email protected]")),
style = list("font-size" = "130%")),
htmlH2("Comparaison de l'évolution épidémique département par département"),
htmlP(children = list("Construction de l'analyse en composantes principales selon plusieurs indicateurs épidémiques
qui peuvent être choisis à l'aide des boites de sélection. Les indicateurs se distinguent par
les grandeurs qu'ils réprésentent ainsi que par les calculs effectués pour normaliser la grandeur
d'un département à un autre. Les grandeurs proposées sont : ",
htmlUl(list(htmlLi("Différence du nombre de personnes hospitalisés entre les deux dates séléctionnées"),
htmlLi("Différence du nombre de personnes en réanimation entre les deux dates séléctionnées"),
htmlLi("Nombre de morts entre les deux dates sélectionnées")
)
),
"Les normalisations proposées sont",
htmlUl(list(htmlLi("Par population"),
htmlLi("Par superficie"),
htmlLi("Par densité")))
)
),
htmlBr(),
htmlDiv(
#children = list(get_dep_pca_date_picker(),get_dep_acp_var_selection_dropdown(),get_dep_acp_computation_selection_dropdown()),
children = htmlTable(
children = list(htmlTr(list(htmlTd("Sélection de la date", style = list("text-align" = 'center')),
htmlTd("Sélection des grandeurs", style = list("text-align" = 'center')),
htmlTd("Sélection des calculs", style = list("text-align" = 'center'))
)
),
htmlTr(list(htmlTd(get_dep_pca_date_picker(), style = list('padding' = '0px,20px,0px,20px','width' = "20%")),
htmlTd(get_dep_acp_var_selection_dropdown(), style = list('padding' = '0px,20px,0px,20px','width' = "20%")),
htmlTd(get_dep_acp_computation_selection_dropdown(), style = list('padding' = '0px,20px,0px,20px','width' = "20%"))
)
)
)
),
style = list("text-align" = 'center', 'width' = '100%')
),
htmlDiv(
children = dccGraph(
id = 'dep_pca',
figure = get_dep_pca_figure(res_pca1)
),
style = list("margin" = "50px")
),
htmlH2("Evolution des indicateurs au cours du temps"),
htmlTable(htmlTr(list(
htmlTd(
list(
htmlDiv("Selectionner un lieu géographique (France ou n°de département) :", style = list("margin-bottom" = "15px")),
dccDropdown(
options=dropdown_list,
value="France",
id="location_selector"
)
) , style = list("width" = "35%")),
htmlTd(list(
htmlDiv("Selectionnner le nombre de jour utilisé pour la moyenne mobile :", style = list("margin-bottom" = "15px")),
dccSlider(
id = 'day_lag',
min = 1,
max = 21,
step = 1,
marks=0:21,
value = 7
))
))) , style = list("width" = "70%")),
htmlH2("Résultats des tests PCR"),
htmlP("Ces graphiques présentent l'évolution de la situation concernant les tests PCR effectués"),
htmlP(children = "Source des donnees :"),
htmlA(children = "https://www.data.gouv.fr/en/datasets/donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19/" ,href = "https://www.data.gouv.fr/en/datasets/donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19/"),
htmlDiv(
dccGraph(
id = 'graph_pos'
#figure=get_positive_figure(location_data_data)
),
# style = list("width" = "80%", "text-align" = 'center')
style = list("margin" = "50px")
),
htmlDiv(
dccGraph(
id = 'graph_tested'
),
# style = list("width" = "80%", "text-align" = 'center')
style = list("margin" = "50px")
),
htmlDiv(
dccGraph(
id = 'graph_ratio'
),
# style = list("width" = "80%", "text-align" = 'center')
style = list("margin" = "50px")
),
htmlH2(children = "Données Hospitalières"),
htmlP(children = list("Ce graphique montre l'évolution de la situation hospitalière au cours du temps")),
htmlP("Source des données hospitalières : "),
htmlA('https://www.data.gouv.fr/en/datasets/donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/', href = 'https://www.data.gouv.fr/en/datasets/donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/'),
htmlP(list("Les graphiques sont superposés pour mieux visualiser les interactions entre les indicateurs hospitaliers : ",
htmlUl(list(htmlLi("Nombre de personnes hospitalisées"), htmlLi("Nombre de personnes en réanimations") , htmlLi("Nombre de décès quotidien à l'hopital (hors EPHAD et EMS)"))))),
htmlDiv(
dccGraph(
id = 'graph_hosp'
),
# style = list("width" = "80%", "text-align" = 'center')
style = list("margin" = "50px")
),
htmlDiv(
dccGraph(
id = 'graph_severity'
),
# style = list("width" = "80%", "text-align" = 'center')
style = list("margin" = "50px")
)
)
)
)
app$callback(
output = output(id='dep_pca', property = 'figure'),
params = list(input(id = 'dep_pca_date_picker', property = 'start_date'),
input(id = 'dep_pca_date_picker', property = 'end_date'),
input(id = 'dep_acp_var_selection_dropdown', property = 'value'),
input(id = "dep_acp_computation_selection_dropdown", property = 'value')),
function(start_date, end_date,var_selection, computation_selection){
#print(var_selection)
#print(computation_selection)
#print(class(computation_selection))
res_pca = compute_acp_data(territoires_france_infos,donnees_hosp_mixed,min_date = as.Date(start_date),max_date = as.Date(end_date),interest_variables = var_selection, computations=computation_selection)
return(get_dep_pca_figure(res_pca))
}
)
app$callback(
output=list(output(id='graph_pos', property='figure'),
output(id='graph_tested', property='figure'),
output(id='graph_ratio', property='figure'),
output(id='graph_hosp', property='figure'),
output(id='graph_severity', property = 'figure')
),
params=list(input(id='day_lag', property='value'),
input(id='location_selector', property = 'value')),
function(input_value,selected_location) {
suffix_title = ""
sprintf("You've entered \"%s\"", input_value)
if (class(input_value) == "list"){
#print("list")
input_value = 7
}
if (input_value != 1){
suffix_title = "(Moyenne cumulée)"
}
if (class(selected_location) == 'list'){
#print('location_list')
selected_location == 'France'
}
print(selected_location)
if (selected_location == 'France'){
location_data = get_fr_data(day_lag = input_value)
} else {
location_data = get_dep_data(dep_val = selected_location, day_lag = input_value)
}
hosp_fig = prossess_hosp_graph(donnees_hosp_mixed = donnees_hosp_mixed, dep_itt = selected_location,k = input_value,alignement = 'center')
assign("now", timestamp(), envir = .GlobalEnv)
return(append(list(get_positive_figure(location_data,suffix_title) , get_tested_figure(location_data,suffix_title), get_ratio_figure(location_data)), hosp_fig))
})
app$run_server(host = '0.0.0.0')
#app$run_server()