run-main.pbs

#!/usr/bin/env bash
#PBS -N flora_workflow
#PBS -m n
#PBS -q sequentiel
#PBS -l mem=10G
#PBS -l walltime=720:00:00

#activate nextflow environment
. /appli/bioinfo/nextflow/20.10.0/env.sh

#nextflow temp directory
export NXF_TEMP=$SCRATCH/.nxf_temp_flora
mkdir -p $NXF_TEMP

############################################################################################################
##### THE WORKFLOW USED THE CONF/BASE.CONFIG TO DEFINE THE PARAMETERS FITTING THE AMOCYST PROJECT DATA #####
############################################################################################################
cd $PBS_O_WORKDIR

# Running the workflow for the first time
nextflow run main.nf -c ifremer.config &> flora_workflow.log 2>&1

# Resume a previous analysis to continue it
#nextflow run main.nf -c ifremer.config -resume &> flora_workflow.log 2>&1

#deactivate nextflow environment and module
. /appli/bioinfo/nextflow/20.10.0/delenv.sh