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##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
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##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
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##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations">
##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio. Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing. Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=technology.ILLUMINA,Number=A,Type=Float,Description="Fraction of observations supporting the alternate observed in reads from ILLUMINA">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
##bcftools_normVersion=1.2+htslib-1.2.1
##bcftools_normCommand=norm -f ./genome/GCA_000013465.1_ASM1346v1_genomic.fa
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 1
CP000255.1 317 . A G 482.345 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=7.89611;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=11;SAP=7.89611;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:116.329:16:0:0:16:566:-51.2938,-4.81648,0
CP000255.1 5010 . C G 760.225 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=7.63648;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.4899;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=880;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=10.6577;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=11;SAP=3.10471;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:146.07:23:0:0:23:880:-79.5826,-6.92369,0
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CP000255.1 26631 . A G 1.1853 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.15899;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=230;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1.1853:8:6:230:2:55:-4.26392,0,-20.1223
CP000255.1 34179 . T A 654.806 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=755;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=4.74748;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=11;SAP=3.44459;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140.232:20:0:0:20:755:-68.3275,-6.0206,0
CP000255.1 35803 . C T 102.426 . AB=0.357143;ABP=5.49198;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.5845;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=353;RO=9;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=9.04217;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102.426:14:9:353:5:202:-17.671,0,-31.2493
CP000255.1 35813 . TA T 60.0826 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=5;CIGAR=1M1D1M;DP=22;DPB=22.6667;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=3.13803;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.8345;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=3.5;PQA=111;PQR=15;PRO=0.5;QA=184;QR=656;RO=17;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=18.4661;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=9;SRP=3.13803;SRR=8;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60.0826:22:17:656:5:184:-14.7259,0,-57.2237
CP000255.1 35817 . A T 205.88 . AB=0.333333;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=4.9405;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.4055;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=690;RO=18;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=3.49285;RPR=9;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=9;SRP=3.0103;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149.132:27:18:690:9:323:-27.972,0,-61.0264
CP000255.1 36581 . C T 202.905 . AB=0.357143;ABP=7.97367;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=15.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.7206;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=373;QR=683;RO=18;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=42.0968;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=4;SRP=15.074;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160.002:28:18:683:10:373:-32.6322,0,-60.5386
CP000255.1 61025 . G A 397.889 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:467:-42.4192,-3.61236,0
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CP000255.1 62598 . C A 78.5838 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0946;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=547;RO=16;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=2;SRP=22.5536;SRR=14;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78.5838:21:16:547:5:200:-16.3869,0,-47.5588
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CP000255.1 148201 . T C 283.781 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=9.04217;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=8;SAP=14.8328;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:74.1854:9:0:0:9:352:-32.0711,-2.70927,0
CP000255.1 170067 . C T 7.23803 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.45727;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=248;RO=7;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7.23803:9:7:248:2:71:-5.59203,0,-21.5213
CP000255.1 182746 . T G 329.764 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=3;SAP=7.94546;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:11:0:0:11:389:-35.3636,-3.31133,0
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CP000255.1 270510 . T C 438.979 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=7.18621;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=8;SAP=4.51363;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:98.2678:13:0:0:13:513:-46.5646,-3.91339,0
CP000255.1 292738 . A C 315.738 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=377;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=10.8276;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=3.87889;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:80.206:10:0:0:10:377:-34.307,-3.0103,0
CP000255.1 330452 . G T 332.906 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=4.78696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=10;SAP=19.0002;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:11:0:0:11:407:-37,-3.31133,0
CP000255.1 376057 . C T 465.047 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=8.59409;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=541;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:104.288:14:0:0:14:541:-49.0764,-4.21442,0
CP000255.1 376231 . T G 845.156 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=3.79203;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.2625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=964;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=3.79203;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=14;SAP=3.79203;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:149.763:25:0:0:25:964:-87.1456,-7.52575,0
CP000255.1 379485 . C A 312.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=19.0002;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.90973;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=41;RO=1;RPL=3;RPP=7.94546;RPPR=5.18177;RPR=8;RUN=1;SAF=2;SAP=12.6832;SAR=9;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:0.000586553:12:1:41:11:433:-36.8305,0,-1.56682
CP000255.1 425833 . A T 512.045 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=6.62942;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=8;SAP=3.15506;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:593:-53.7653,-4.51545,0
CP000255.1 429073 . C T 375.294 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=3.73412;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:436:-39.6033,-3.61236,0
CP000255.1 460107 . A G 16.906 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.87216;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=240;RO=6;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.45795;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16.906:8:6:240:2:78:-6.44892,0,-21.0389
CP000255.1 467549 . A T 142.286 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=182;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=3;SAP=3.44459;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:50.103:5:0:0:5:182:-16.744,-1.50515,0
CP000255.1 492765 . C CG 43.3065 . AB=0.375;ABP=4.09604;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1M1I2M;DP=8;DPB=9.33333;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.97164;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=18.5;PQR=18.5;PRO=0.5;QA=111;QR=165;RO=5;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=3.44459;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43.3064:8:5:165:3:111:-9.69995,0,-14.5199
CP000255.1 518102 . G A 122.966 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=2;SAP=3.44459;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:50.103:5:0:0:5:161:-14.812,-1.50515,0
CP000255.1 525614 . TA T 491.546 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1M1D8M;DP=17;DPB=17.3;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=74;PQR=74;PRO=2;QA=571;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=3.55317;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:116.327:17:0:0:16:571:-51.3776,-4.81648,0
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CP000255.1 556082 . T C 611.233 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=4.03889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=714;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=12.2676;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=12;SAP=5.8675;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:134.286:19:0:0:19:714:-64.6358,-5.71957,0
CP000255.1 556291 . T C 178.865 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=3.32051;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:62.1442:7:0:0:7:231:-21.12,-2.10721,0
CP000255.1 558118 . T C 83.7563 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.94997;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=28;RO=1;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=5.18177;RPR=4;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:0.0828297:5:1:28:4:137:-11.8663,0,-1.99382
CP000255.1 584619 . C T 197.451 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=1;SAP=8.80089;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:56.1236:6:0:0:6:239:-21.9083,-1.80618,0
CP000255.1 593858 . AT A 459.194 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1M1D1M;DP=16;DPB=12.3333;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=68;PQR=0;PRO=0;QA=546;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=12;SAP=14.7363;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:16:0:0:15:546:-49.1906,-4.51545,0
CP000255.1 609106 . C T 520.802 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:116.329:16:0:0:16:612:-55.4625,-4.81648,0
CP000255.1 613471 . C A 440.022 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5261;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=541;QR=35;RO=1;RPL=10;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=6;RUN=1;SAF=9;SAP=3.55317;SAR=7;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:71.7721:17:1:35:16:541:-45.5281,-0.387061,0
CP000255.1 656348 . G T 39.8914 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:31.3842:2:0:0:2:61:-5.795,-0.60206,0
CP000255.1 658463 . AAT TAA 252.18 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1X1M1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:68.1648:8:0:0:8:297:-27.1013,-2.40824,0
CP000255.1 663643 . G A 520.927 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=4.31318;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:604:-54.7627,-4.51545,0
CP000255.1 672184 . TC AG 219.129 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:68.1648:8:0:0:8:281:-25.6413,-2.40824,0
CP000255.1 694985 . A G 181.015 . AB=0.3;ABP=13.4334;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=3.1137;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.6802;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=773;RO=21;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=3.94093;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=16;SRP=15.5221;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147.74:30:21:773:9:351:-30.1047,0,-68.0627
CP000255.1 769854 . T C 710.314 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=9.32731;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=825;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=9.32731;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=12;SAP=3.40511;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:150.18:22:0:0:22:825:-74.625,-6.62266,0
CP000255.1 834652 . T C 15.3196 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.49275;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=67;RO=2;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14.6697:4:2:67:2:65:-5.74903,0,-5.93903
CP000255.1 834666 . G A 25.3508 . AB=0.666667;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.794329;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=41;RO=1;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5.0411:3:1:41:2:74:-6.60403,0,-3.67403
CP000255.1 834692 . CA C 43.0552 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1M1D1M;DP=4;DPB=3;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.0166016;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=96;QR=41;RO=1;RPL=2;RPP=3.73412;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2.97419:4:1:41:3:96:-8.35794,0,-3.49794
CP000255.1 837108 . G T 225.526 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=5.80219;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:62.1442:7:0:0:7:270:-24.6857,-2.10721,0
CP000255.1 881174 . A G 499.942 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=9;SAP=4.31318;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:576:-52.224,-4.51545,0
CP000255.1 892727 . T C 722.759 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=9.32731;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=6.56362;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=13;SAP=4.58955;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:150.178:22:0:0:22:837:-75.7105,-6.62266,0
CP000255.1 909600 . A G 564.97 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=6.20364;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=676;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=24.5973;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=9;SAP=3.13803;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:122.342:17:0:0:17:676:-61.2376,-5.11751,0
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CP000255.1 941592 . T A 621.167 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=8.61041;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=718;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.03889;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=9;SAP=3.12459;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:134.39:19:0:0:19:718:-64.9979,-5.71957,0
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CP000255.1 1229474 . A G 631.097 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=5.8675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=726;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.12459;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=4.03889;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:134.39:19:0:0:19:726:-65.7221,-5.71957,0
CP000255.1 1252470 . T G 12.0276 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.70472;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=287;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12.0276:10:8:287:2:81:-6.33791,0,-24.8317
CP000255.1 1264382 . CA TG 777.905 . AB=0.6875;ABP=17.6677;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=33;CIGAR=2X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=14.7363;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=91.5586;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1267;QR=570;RO=15;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=10.1038;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=12;SRP=14.7363;SRR=3;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:150.583:48:15:570:33:1267:-112.003,0,-49.2693
CP000255.1 1268368 . A G 471.009 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.8795;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=583;QR=41;RO=1;RPL=5;RPP=6.62942;RPPR=5.18177;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4.07356e-06:16:1:41:15:583:-49.2463,0,-0.48764
CP000255.1 1269542 . A T 194.429 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=2;SAP=4.45795;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:56.1236:6:0:0:6:230:-21.0833,-1.80618,0
CP000255.1 1286986 . A G 273.363 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:74.1854:9:0:0:9:347:-31.6156,-2.70927,0
CP000255.1 1295497 . A G 725.553 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=17.2236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=844;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=10;SAP=3.40511;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:150.173:22:0:0:22:844:-76.3436,-6.62266,0
CP000255.1 1333569 . A T 471.816 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=8.59409;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=555;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=10;SAP=8.59409;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:104.288:14:0:0:14:555:-50.3464,-4.21442,0
CP000255.1 1354028 . C T 356.128 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=7.94546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.20771;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:11:0:0:11:418:-38,-3.31133,0
CP000255.1 1355744 . T A 471.931 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=3;SAP=14.7363;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:559:-50.6827,-4.51545,0
CP000255.1 1363207 . A T 371.03 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=7.94546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:11:0:0:11:436:-39.6364,-3.31133,0
CP000255.1 1366355 . G T 325.633 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=19.0002;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:11:0:0:11:399:-36.2727,-3.31133,0
CP000255.1 1366868 . T C 7.04401 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.4019;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=191;RO=5;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7.04401:7:5:191:2:63:-5.20001,0,-16.787
CP000255.1 1426811 . T C 621.109 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.4184;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=759;QR=36;RO=1;RPL=8;RPP=4.74748;RPPR=5.18177;RPR=12;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=15;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:93.0191:21:1:36:20:759:-65.0895,-1.39941,0
CP000255.1 1428907 . T A 174.753 . AB=0.666667;ABP=5.9056;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7159;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=159;RO=4;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72.5963:12:4:159:8:281:-24.7235,0,-13.7897
CP000255.1 1428912 . T C 5.08913 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.801035;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=259;RO=7;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=18.2106;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5.08913:9:7:259:2:68:-5.30703,0,-22.527
CP000255.1 1450582 . G A 579.726 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=669;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:128.36:18:0:0:18:669:-60.5817,-5.41854,0
CP000255.1 1451355 . G A 191.679 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:56.1236:6:0:0:6:227:-20.8083,-1.80618,0
CP000255.1 1461663 . G T 399.355 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=464;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:464:-42.1467,-3.61236,0
CP000255.1 1496413 . G C 384.391 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.9056;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=449;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:449:-40.7842,-3.61236,0
CP000255.1 1533312 . A T 350.819 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=410;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:80.206:10:0:0:10:410:-37.31,-3.0103,0
CP000255.1 1568945 . C T 664.157 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=20.4855;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=11.386;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=6;SAP=11.386;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:146.755:22:0:0:21:800:-72.1345,-6.32163,0
CP000255.1 1575242 . C T 476.24 . AB=0.809524;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=9.26925;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.88503;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=135;RO=4;RPL=9;RPP=3.13803;RPPR=5.18177;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=6.20364;SAR=11;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29.9057:21:4:135:17:638:-55.2507,0,-9.94293
CP000255.1 1585273 . T A 401.635 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:465:-42.2375,-3.61236,0
CP000255.1 1630757 . T A 348.434 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=7.94546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=19.0002;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=7;SAP=4.78696;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:11:0:0:11:429:-39,-3.31133,0
CP000255.1 1648487 . A AT 30.1877 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1M1I2M;DP=3;DPB=4;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.126705;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=15;PQR=15;PRO=0.5;QA=71;QR=37;RO=1;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2.74021:3:1:37:2:71:-6.31903,0,-3.27403
CP000255.1 1667112 . A T 1.34426 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.01395;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=311;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=20.3821;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1.34426:10:8:311:2:64:-4.72291,0,-27.0217
CP000255.1 1765020 . A C 550.288 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.13803;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=4.1599;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=6.20364;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:122.349:17:0:0:17:636:-57.6141,-5.11751,0
CP000255.1 1802712 . TTTT CTGTC 25.6384 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1M1I1M1X1M1X;DP=4;DPB=4.6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.89895;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=17;PQR=17;PRO=0.5;QA=76;QR=78;RO=2;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23.475:4:2:78:2:76:-6.79403,0,-6.98403
CP000255.1 1845855 . C A 523.576 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=16.582;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=619;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:116.327:16:0:0:16:619:-56.0969,-4.81648,0
CP000255.1 1847071 . C A 440.644 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=514;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=5.49198;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:104.288:14:0:0:14:514:-46.6271,-4.21442,0
CP000255.1 1853771 . A G 472.304 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=549;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=8.59409;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:104.288:14:0:0:14:549:-49.8021,-4.21442,0
CP000255.1 1857182 . G A 103.362 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=12.6832;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.7999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=407;RO=11;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=4.78696;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.44459;SAR=3;SRF=6;SRP=3.20771;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103.361:16:11:407:5:187:-16.0278,0,-35.8238
CP000255.1 1879980 . A T 399.833 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=466;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:466:-42.3283,-3.61236,0
CP000255.1 1891933 . GCACC ACACA 74.3866 . AB=0.24;ABP=17.6895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=6;CIGAR=1X3M1X;DP=25;DPB=25.8;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=15.074;GTI=0;LEN=5;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.1281;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=29;PRO=1;QA=212;QR=637;RO=18;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=4.9405;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=9;SRP=3.0103;SRR=9;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74.3866:25:18:637:6:212:-16.9529,0,-55.2001
CP000255.1 1897648 . G T 673.2 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=11.386;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=784;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=5.59539;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=8;SAP=5.59539;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:145.227:21:0:0:21:784:-70.9333,-6.32163,0
CP000255.1 1942205 . C T 499.167 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=10.1038;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=590;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=11;SAP=10.1038;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:590:-53.4933,-4.51545,0
CP000255.1 1944161 . A G 84.1837 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:38.0624:3:0:0:3:109:-10.1733,-0.90309,0
CP000255.1 1957938 . C T 400.278 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=468;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=8;SAP=5.9056;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:468:-42.51,-3.61236,0
CP000255.1 1959504 . T A 415.938 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=492;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=11.1951;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=8;SAP=4.51363;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:98.2678:13:0:0:13:492:-44.6585,-3.91339,0
CP000255.1 1961354 . C T 247.05 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=12.7819;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:68.1648:8:0:0:8:305:-27.8313,-2.40824,0
CP000255.1 1969360 . T C 476.887 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=11;SAP=10.1038;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:558:-50.592,-4.51545,0
CP000255.1 1988138 . A C 3.89366 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.37234;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=303;RO=8;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3.89366:10:8:303:2:64:-4.72291,0,-26.2917
CP000255.1 1997102 . A T 69.8363 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.0804;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=411;RO=11;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=12.6832;RPR=4;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.78696;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69.8363:15:11:411:4:153:-12.7722,0,-35.9833
CP000255.1 1997161 . A T 2.719 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.138972;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=275;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:2.719:10:8:275:2:68:-5.10291,0,-23.7367
CP000255.1 1997484 . A T 507.299 . AB=0.548387;ABP=3.64073;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=9.26925;EPPR=8.59409;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=87.5274;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=496;RO=14;RPL=9;RPP=3.13803;RPPR=8.59409;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=4.1599;SAR=10;SRF=6;SRP=3.63072;SRR=8;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160.002:31:14:496:17:634:-56.5246,0,-44.0859
CP000255.1 1997489 . G C 538.796 . AB=0.575758;ABP=4.65535;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=28.7251;EPPR=5.49198;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=91.3873;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=695;QR=513;RO=14;RPL=10;RPP=3.12459;RPPR=8.59409;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.12459;SAR=10;SRF=7;SRP=3.0103;SRR=7;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160.002:33:14:513:19:695:-61.895,0,-45.5156
CP000255.1 2003099 . C T 361.079 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=453;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:453:-41.1475,-3.61236,0
CP000255.1 2010400 . T C 589.099 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=699;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=15;SAP=20.3821;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:128.359:18:0:0:18:699:-63.2983,-5.41854,0
CP000255.1 2052173 . T C 653.901 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=754;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.74748;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140.232:20:0:0:20:754:-68.237,-6.0206,0
CP000255.1 2063475 . G A 514.761 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=16.582;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=607;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=3.0103;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:116.327:16:0:0:16:607:-55.0094,-4.81648,0
CP000255.1 2096430 . C A 716.69 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=3.40511;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=6.56362;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=16;SAP=12.8806;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:150.18:22:0:0:22:833:-75.3486,-6.62266,0
CP000255.1 2100157 . A C 328.377 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=7.94546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=7.94546;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=7;SAP=4.78696;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:11:0:0:11:394:-35.8182,-3.31133,0
CP000255.1 2109994 . C A 1009.7 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=32;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=48.9666;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1167;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=24;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:159.899:32:0:0:32:1167:-105.395,-9.63296,0
CP000255.1 2123176 . TA T 161.681 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1M1D7M;DP=6;DPB=5.77778;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=30.5;PQR=30.5;PRO=1;QA=197;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=4;SAP=4.45795;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:56.1236:6:0:0:6:197:-18.0583,-1.80618,0
CP000255.1 2133944 . C T 229.898 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=6;SAP=10.7656;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:62.1442:7:0:0:7:280:-25.6,-2.10721,0
CP000255.1 2165375 . GC CA 20.2762 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.65933;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=96;RO=3;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.73412;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20.2665:5:3:96:2:72:-6.33485,0,-8.45485
CP000255.1 2204011 . T C 621.674 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=5.59539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=763;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=40.3389;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=12;SAP=3.94093;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:145.227:21:0:0:21:763:-69.0333,-6.32163,0
CP000255.1 2252060 . G A 654.613 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=752;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.74748;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=4.74748;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140.232:20:0:0:20:752:-68.056,-6.0206,0
CP000255.1 2276564 . A G 365.288 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.9056;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=448;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=21.1059;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:92.2472:12:0:0:12:448:-40.6933,-3.61236,0
CP000255.1 2311157 . G A 496.447 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=577;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=4.31318;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:577:-52.3147,-4.51545,0
CP000255.1 2320387 . A T 22.1673 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09811;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=91;QR=225;RO=6;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=16.0391;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22.1673:9:6:225:3:91:-7.70834,0,-19.84
CP000255.1 2322700 . T C 317.149 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=373;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:80.206:10:0:0:10:373:-33.943,-3.0103,0
CP000255.1 2327863 . T C 11.44 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.55968;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=238;RO=6;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.45795;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11.44:8:6:238:2:72:-5.87892,0,-20.8556
CP000255.1 2356644 . C T 296.189 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:74.1854:9:0:0:9:349:-31.7978,-2.70927,0
CP000255.1 2372257 . A G 4.8962 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.73601;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=289;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4.8962:10:8:289:2:72:-5.48291,0,-25.0142
CP000255.1 2408191 . A G 868.2 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=8.35546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=40.6488;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=995;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=4.34659;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=12;SAP=3.34437;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:151.001:26:0:0:26:995:-89.9327,-7.82678,0
CP000255.1 2414718 . G T 297.003 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=9.04217;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:74.1854:9:0:0:9:352:-32.0711,-2.70927,0
CP000255.1 2473098 . G T 774.002 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=3.10471;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.4899;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=887;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=5.3706;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=14;SAP=5.3706;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:151.574:23:0:0:23:887:-80.2157,-6.92369,0
CP000255.1 2478075 . G C 56.2588 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.62841;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=34;RO=1;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:0.778185:4:1:34:3:105:-9.19794,0,-2.79794
CP000255.1 2507609 . C CA 302.995 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1M1I7M;DP=12;DPB=15.25;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=60;PQR=60;PRO=2;QA=388;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:12:0:0:11:388:-34.9042,-3.31133,0
CP000255.1 2561071 . AG CA 397.502 . AB=0.414634;ABP=5.60547;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=17;CIGAR=2X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=91.5282;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=656;QR=887;RO=24;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=6.26751;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=13;SRP=3.37221;SRR=11;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146.632:41:24:887:17:656:-58.2643,0,-79.038
CP000255.1 2581529 . T A 432.059 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.51363;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.17734;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:98.2678:13:0:0:13:504:-45.7477,-3.91339,0
CP000255.1 2607910 . C T 419.01 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=491;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.51363;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:98.2678:13:0:0:13:491:-44.5677,-3.91339,0
CP000255.1 2627119 . TTA T 56.3053 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1M2D13M;DP=4;DPB=7.9375;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.38161;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2.83333;PQA=102.083;PQR=65.5833;PRO=1.83333;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:0.824482:4:0:0:2:74:-6.6725,-0.60206,0
CP000255.1 2638608 . C T 631.313 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=753;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=3;SAP=24.2907;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:139.843:20:0:0:20:753:-68.1465,-6.0206,0
CP000255.1 2641344 . T C 751.27 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=4.58955;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=35.1036;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=860;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.40511;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=9;SAP=4.58955;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:150.173:22:0:0:22:860:-77.7909,-6.62266,0
CP000255.1 2662000 . T C 313.328 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=6;SAP=3.87889;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:80.206:10:0:0:10:367:-33.397,-3.0103,0
CP000255.1 2670255 . C T 866.507 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=6.01695;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=40.6488;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=996;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=4.34659;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=17;SAP=8.35546;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:150.997:26:0:0:26:996:-90.0231,-7.82678,0
CP000255.1 2685939 . T G 472.596 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=20.5268;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=10;SAP=6.62942;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110.309:15:0:0:15:568:-51.4987,-4.51545,0
CP000255.1 2708564 . T G 679.177 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=15.5221;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=798;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=8.07707;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=8;SAP=5.59539;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:145.23:21:0:0:21:798:-72.2,-6.32163,0
CP000255.1 2744059 . A G 170.096 . AB=0.363636;ABP=6.56362;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=8.59409;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.1661;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=525;RO=14;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=3.63072;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=10;SRP=8.59409;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:142.848:22:14:525:8:312:-27.3522,0,-46.5072
CP000255.1 2744067 . T A 193.575 . AB=0.375;ABP=6.26751;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=6.62942;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.5722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=582;RO=15;RPL=8;RPP=14.8328;RPPR=6.62942;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=14.8328;SAR=8;SRF=10;SRP=6.62942;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151.183:24:15:582:9:327:-28.6851,0,-51.6597
CP000255.1 2843578 . AT A 325.433 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1M1D7M;DP=12;DPB=10.7778;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=4.78696;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=3;SAP=7.94546;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86.2266:12:0:0:11:390:-35.0767,-3.31133,0
CP000255.1 2871892 . A G 1059.95 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=18.771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.5803;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1223;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=4.76149;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=4.76149;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:154.365:31:0:0:31:1223:-110.465,-9.33193,0
CP000258.1 1760 . A G 1822.14 . AB=0.429412;ABP=10.3678;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=73;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=74.4309;EPPR=48.3426;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=419.562;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2524;QR=3576;RO=97;RPL=73;RPP=161.528;RPPR=205.047;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=74.4309;SAR=61;SRF=70;SRP=44.4026;SRR=27;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160.002:170:97:3576:73:2524:-225.558,0,-320.261
CP000258.1 1913 . A GC,TC 999.875 . AB=0.27907,0.674419;ABP=21.2406,14.3727;AC=1,1;AF=0.5,0.5;AN=2;AO=12,29;CIGAR=1M1I1X,1M1I1X;DP=43;DPB=63.5;DPRA=0,0;EPP=5.9056,57.5966;EPPR=0;GTI=0;LEN=2,2;MEANALT=3,3;MQM=37,37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=2;ODDS=59.9739;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=427,1080;QR=0;RO=0;RPL=12,29;RPP=29.068,65.983;RPPR=0;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=8,28;SAP=5.9056,57.5966;SAR=4,1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex,complex;technology.ILLUMINA=1,1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/2:160.002:43:0:0:12,29:427,1080:-133.145,-98.3325,-94.7202,-44.6688,0,-35.9389
CP000258.1 1918 . A T 618.535 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=23;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.4899;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=917;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:143.72:24:0:0:23:917:-82.6246,-6.92369,0
CP000258.1 9597 . G A 454.611 . AB=0.201389;ABP=114.54;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=29;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=57.5966;EPPR=244.119;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=104.678;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1071;QR=4328;RO=115;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=252.73;RPR=29;RUN=1;SAF=28;SAP=57.5966;SAR=1;SRF=114;SRP=244.119;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160.002:144:115:4328:29:1071:-83.7426,0,-376.88
CP000258.1 9606 . A AT 2115.5 . AB=0.643836;ABP=29.2464;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=94;CIGAR=1M1I7M;DP=146;DPB=157.875;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=18.3809;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=347.373;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3404;QR=1986;RO=51;RPL=94;RPP=207.129;RPPR=25.534;RPR=0;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=49;SRP=97.0649;SRR=2;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137.505:146:51:1986:94:3404:-302.411,0,-174.818
CP000258.1 9630 . TCT GCA,TCA 3416.26 . AB=0.647887,0.34507;ABP=29.9855,32.6157;AC=1,1;AF=0.5,0.5;AN=2;AO=92,49;CIGAR=1X1M1X,2M1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0,0;EPP=202.786,92.7497;EPPR=0;GTI=0;LEN=3,1;MEANALT=3,3;MQM=37,37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=2;ODDS=268.575;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=3423,1831;QR=0;RO=0;RPL=92,49;RPP=202.786,109.412;RPPR=0;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=92,47;SAP=202.786,92.7497;SAR=0,2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex,snp;technology.ILLUMINA=1,1 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/2:139.365:142:0:0:92,49:3423,1831:-468.866,-188.492,-160.797,-318.826,0,-304.076