diff --git a/.github/workflows/ci.yaml b/.github/workflows/ci.yaml index cd46f200773..c1f6cbf8b78 100644 --- a/.github/workflows/ci.yaml +++ b/.github/workflows/ci.yaml @@ -112,6 +112,8 @@ jobs: - name: Get number of CPU cores uses: SimenB/github-actions-cpu-cores@v1 id: cpu-cores + - name: Clean dotnet folder for space + run: rm -Rf /usr/share/dotnet - name: Planemo test uses: galaxyproject/planemo-ci-action@v1 id: test diff --git a/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.py b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.py index 05b5884822f..1ad53081217 100644 --- a/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.py +++ b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.py @@ -1,4 +1,6 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 + +# IMPORTANT: This will run using Python 2 still! import datetime import json @@ -14,6 +16,11 @@ def write_gemini_config(config, config_file): yaml.dump(config, fo, allow_unicode=False, default_flow_style=False) +def load_gemini_config(config_file): + with open(config_file) as fi: + return yaml.load(fi) + + def main(): today = datetime.date.today() with open(sys.argv[1]) as fh: @@ -21,36 +28,7 @@ def main(): target_directory = params['output_data'][0]['extra_files_path'] os.mkdir(target_directory) - # Generate a minimal configuration file for GEMINI update - # to instruct the tool to download the annotation data into a - # subfolder of the target directory. - config_file = os.path.join(target_directory, 'gemini-config.yaml') - anno_dir = os.path.join(target_directory, 'gemini/data') - gemini_bootstrap_config = {'annotation_dir': anno_dir} - write_gemini_config(gemini_bootstrap_config, config_file) - - # Now gemini update can be called to download the data. - # The GEMINI_CONFIG environment variable lets the tool discover - # the configuration file we prepared for it. - # Note that the tool will rewrite the file turning it into a - # complete gemini configuration file. - gemini_env = os.environ.copy() - gemini_env['GEMINI_CONFIG'] = target_directory - cmd = "gemini update --dataonly %s %s" % ( - params['param_dict']['gerp_bp'], - params['param_dict']['cadd'] - ) - subprocess.check_call(cmd, shell=True, env=gemini_env) - - # GEMINI tool wrappers that need access to the annotation files - # are supposed to symlink them into a gemini/data subfolder of - # the job working directory. To have GEMINI discover them there, - # we need to set this location as the 'annotation_dir' in the - # configuration file. - with open(config_file) as fi: - config = yaml.load(fi) - config['annotation_dir'] = 'gemini/data' - write_gemini_config(config, config_file) + # Prepare the metadata for the new data table record # The name of the database should reflect whether it was built with or # without the optional GERP-bp data, the CADD scores, or both. @@ -65,7 +43,6 @@ def main(): else: anno_desc = '' - # Finally, we prepare the metadata for the new data table record ... data_manager_dict = { 'data_tables': { 'gemini_versioned_databases': [ @@ -83,10 +60,49 @@ def main(): } } - # ... and save it to the json results file + # Save the data table metadata to the json results file with open(sys.argv[1], 'w') as fh: json.dump(data_manager_dict, fh, sort_keys=True) + # Generate a minimal configuration file for GEMINI update + # to instruct the tool to download the annotation data into a + # subfolder of the target directory. + config_file = os.path.join(target_directory, 'gemini-config.yaml') + anno_dir = os.path.join(target_directory, 'gemini/data') + gemini_bootstrap_config = {'annotation_dir': anno_dir} + write_gemini_config(gemini_bootstrap_config, config_file) + + # Verify that we can read the config_file just created as we need to do so + # after the data download has finished and it is very annoying to have this + # fail after dozens of Gbs of data have been downloaded + config = load_gemini_config(config_file) + + # Now gemini update can be called to download the data. + # The GEMINI_CONFIG environment variable lets the tool discover + # the configuration file we prepared for it. + # Note that the tool will rewrite the file turning it into a + # complete gemini configuration file. + gemini_env = os.environ.copy() + gemini_env['GEMINI_CONFIG'] = target_directory + cmd = ['gemini', 'update', '--dataonly'] + if params['param_dict']['gerp_bp']: + cmd += ['--extra', 'gerp_bp'] + if params['param_dict']['cadd']: + cmd += ['--extra', 'cadd_score'] + + if not params['param_dict']['test_data_manager']: + # This is not a test => Going to embark on a massive download now + subprocess.check_call(cmd, env=gemini_env) + + # GEMINI tool wrappers that need access to the annotation files + # are supposed to symlink them into a gemini/data subfolder of + # the job working directory. To have GEMINI discover them there, + # we need to set this location as the 'annotation_dir' in the + # configuration file. + config = load_gemini_config(config_file) + config['annotation_dir'] = 'gemini/data' + write_gemini_config(config, config_file) + if __name__ == "__main__": main() diff --git a/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.xml b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.xml index 45840bd28f8..34a9f40de25 100644 --- a/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.xml +++ b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/data_manager/data_manager_gemini_download.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + the annotation files required by the GEMINI suite of tools 0.20.1 @@ -11,16 +11,32 @@ python '$__tool_directory__/data_manager_gemini_download.py' '$out_file' - - + + + + + + + + + + + + + + + + This tool downloads the GEMINI annotation files and makes them available to diff --git a/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/test-data/gemini_versioned_databases.loc b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/test-data/gemini_versioned_databases.loc new file mode 100644 index 00000000000..63b383c0d7e --- /dev/null +++ b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/test-data/gemini_versioned_databases.loc @@ -0,0 +1,3 @@ +## GEMINI versioned databases +#DownloadDate dbkey DBversion Description +#2018-07-08 hg19 181 GEMINI annotations (2018-07-08 snapshot) diff --git a/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/test-data/test.json b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/test-data/test.json new file mode 100644 index 00000000000..ed8c9034448 --- /dev/null +++ b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/test-data/test.json @@ -0,0 +1 @@ +\{"data_tables": \{"gemini_versioned_databases": \[\{"dbkey": "hg19", "name": "GEMINI annotations \(.+ snapshot\)", "path": "./.+", "value": ".+", "version": "200"\}\]\}\} diff --git a/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/tool_data_table_conf.xml.test b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/tool_data_table_conf.xml.test new file mode 100644 index 00000000000..0cbb46b7617 --- /dev/null +++ b/data_managers/data_manager_gemini_database_downloader/tool_data_table_conf.xml.test @@ -0,0 +1,7 @@ + + + value, dbkey, version, name, path + +
+ + diff --git a/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.py b/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.py index 0bffd7dd716..330f914d46d 100644 --- a/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.py +++ b/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.py @@ -79,6 +79,14 @@ def main(): else: tag = all_tags[-1] + setup_script = 'initial_setup.py' + sub_version = re.match(r"^[0-9]\.([0-9]{2})-[0-9]{2}\.[0-9]$", tag) + if sub_version and len(sub_version.groups()) == 1 and int(sub_version.group(1)) >= 58: + # The setup script was renamed in 5.58 + setup_script = 'setup.py' + else: + raise RuntimeError("Sorry, this data manager can only download data for InterProScan >= 5.58-91.0. Use the 0.0.2 version for older versions of InterProScan.") + print("Will download data for InterProScan version: %s" % tag) print("Getting MD5 checksum:") @@ -125,7 +133,7 @@ def main(): os.remove(dest_tar) shutil.rmtree(os.path.join(output_directory, 'interproscan-%s' % tag)) - print("Running initial_setup.py (index hmm models)...") + print("Running {} (index hmm models)...".format(setup_script)) # Write a temp properties file in work dir prop_file_src = os.path.join(os.path.dirname(os.path.realpath(shutil.which("interproscan.sh"))), 'interproscan.properties') with open(prop_file_src, 'r') as prop: @@ -134,14 +142,14 @@ def main(): with open('interproscan.properties', 'w') as prop: prop.write(prop_content) # Run the index command - cmd_args = [os.path.join(os.path.dirname(os.path.realpath(shutil.which("interproscan.sh"))), 'initial_setup.py')] + cmd_args = [os.path.join(os.path.dirname(os.path.realpath(shutil.which("interproscan.sh"))), setup_script), 'interproscan.properties'] proc = subprocess.Popen(args=cmd_args, shell=False) out, err = proc.communicate() print(out) print(err, file=sys.stderr) return_code = proc.wait() if return_code: - print("Error running initial_setup.py.", file=sys.stderr) + print("Error running {}.".format(setup_script), file=sys.stderr) sys.exit(return_code) data_manager_dict["data_tables"][args.datatable_name].append( diff --git a/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.xml b/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.xml index 31fbb3387dc..d922dc77e39 100644 --- a/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.xml +++ b/data_managers/data_manager_interproscan/data_manager/interproscan.xml @@ -1,6 +1,6 @@ - + - interproscan + interproscan requests hmmer @@ -15,7 +15,7 @@ $partial_data - ^([0-9]+\.[0-9]+-[0-9]+\.[0-9]+)?$ + ^([0-9]+\.[0-9]+-[0-9]+\.[0-9]+)?$ @@ -31,24 +31,29 @@ $partial_data - - + - + - - + + - - + + + + + + + + diff --git a/tool_collections/snpeff/snpEff.xml b/tool_collections/snpeff/snpEff.xml index 1c3324029ca..d5823bd30ce 100644 --- a/tool_collections/snpeff/snpEff.xml +++ b/tool_collections/snpeff/snpEff.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + annotate variants snpEff_macros.xml @@ -9,6 +9,9 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + Aligned.sortedByCoord.out.bam && samtools index Aligned.sortedByCoord.out.bam #end if @@ -441,16 +441,13 @@ output_fusion_bams == True - - input_params['input_source'] == "use_fastq" - visualization['do_viz'] == "yes" - + @@ -472,7 +469,7 @@ - + diff --git a/tools/arriba/macros.xml b/tools/arriba/macros.xml index ad6f17f4a4d..7a022c40364 100644 --- a/tools/arriba/macros.xml +++ b/tools/arriba/macros.xml @@ -1,6 +1,6 @@ 2.3.0 - 2 + 3 arriba diff --git a/tools/bandage/bandage_image.xml b/tools/bandage/bandage_image.xml index 72b204e9be3..f5b5e2f4b7a 100644 --- a/tools/bandage/bandage_image.xml +++ b/tools/bandage/bandage_image.xml @@ -7,10 +7,13 @@ - + @@ -52,27 +55,43 @@ Bandage - - + + + + + + - + - + + + + + - + - + + + + + - + - + + + + + @@ -80,10 +99,17 @@ Bandage - + + + + + `_. This fork of the original Bandage is better maintained with additional features and performance upgrades.* + @BANDAGE_OVERVIEW@ **Command Documentation** @@ -96,4 +122,3 @@ Bandage ]]> - diff --git a/tools/bandage/bandage_info.xml b/tools/bandage/bandage_info.xml index 052f110808a..6fc8c12bdce 100644 --- a/tools/bandage/bandage_info.xml +++ b/tools/bandage/bandage_info.xml @@ -8,16 +8,18 @@ out.tab ]]> - + @@ -25,22 +27,24 @@ Bandage - + - + `_. This fork of the original Bandage is better maintained with additional features and performance upgrades.* + @BANDAGE_OVERVIEW@ **Command Documentation** -``Bandage info`` takes a graph file as input and outputs the following statistics about the graph: +``Bandage info`` takes a graph file (GFA) as input and outputs the following statistics about the graph: - **Node count:** The number of nodes in the graph. Only positive nodes are counted (i.e. each complementary pair counts as one). - **Edge count:** The number of edges in the graph. Only one edge in each complementary pair is counted. diff --git a/tools/bandage/macros.xml b/tools/bandage/macros.xml index f27f70d0b99..28be29610c3 100644 --- a/tools/bandage/macros.xml +++ b/tools/bandage/macros.xml @@ -1,8 +1,8 @@ - 0.8.1 + 2022.09 - bandage + bandage_ng diff --git a/tools/bandage/test-data/gfa.tabular b/tools/bandage/test-data/gfa.tabular deleted file mode 100644 index 2a77a9e0d8a..00000000000 --- a/tools/bandage/test-data/gfa.tabular +++ /dev/null @@ -1,3540 +0,0 @@ -S utg000001l GAAATCATCAGGCGTTTTTCACGATATGGACGGGAAGATGCGGAAATAGGCAGGAGGACATAGAAATGCCTGAGGGGTCTGGGATGGTGCGGGCAACGGATGTTATGGTAAATAAGCTTCCGTTGGTAAACCTGTAAGTTTTCAGGAACGAGACTCGTTTAGAACATCTAAAAAGCACATGAATGCTGCTATAGAAGCGACTGTTTGATGGTTCATGGTTTTATATTAAGGTAGATGAAAACTCAATACAGCGCTATTTAGAGACGCTTAAATGGCATTCTTGTATTTTAACGATGCAGAGTAACAGGCTCTAGCTAGTTATAGTACATCGAAAAGTTCATATAGGGACAAAACAAAGGGACTGAAATACATAGCCATAAGCTCGCTTCAAAGTCCTAACCACCAGCTATATTGCATGGGTTTGGTTAAGACATACGTCATGTCTTTGGGGCATATTATGGTGAAAAACGCGTTCATCTACACCAATATTTATACATTTCTCTTCAATAATGACGCCGTTTCCAGCCAACTTTGCTATATGGGTGACAATTTTCGCTTTTAAACGGAGATGTCTCCATGATTGAGCAGATCTAAAAATCTGCATTTTGTGCTGTGCAGGCATTACCATTCTTTCTATGCACAAACGTGCCGCGTCTTGCATTCTGCTTTGTATGCGGAGGTGCTCAATGAGGCTTTAACTACTCCCCTCCGTTAACGCCGTTCGTGTTTTAAACCGCCTTCTCGATAAAGAGTTTCACAGGTGCTGAAGAAATTCGCCTTTACGATGATCAGGGCGGGTGATTGGTACATCAACAACAGGCTTCTTGTTCTGTTTTGAGAGCATGAAGATCAGCCGCGATGGTAATATGTTCGTGTATTTGTCTCAAATACATTGATGACTATTACAACCGTCGTGAGTATCAGTTTAGTCAGCAGAGGCATGCTGTCGCTGTGCTCGTCAGCATAGAAAAGCCTCTACGGCCGCTCGTTTGCTTTTATCGCTAGGTGAGCTTGTCCCAGAAAGTATCCGTATGATTCTTGCGCTAATGATGATTAGGGGATATTATGTTTCTGGGGTTATTTTGTTGTTTTGCTGGCTTTCTCTACTATTAGAGAGCTTGGGGTTTCTTGGAAACGTTGAATGGGGTCCTCTAGCATGATTTGTTTGAGCTTCATCTGGTCTATGAAGCAGTCAGGAAGAGTCTTAAGCACGATGTTGGGTCTTAAACTAGACTAAAAATATAATATGCGAGCTTTTAACTCATAGACGTGTAGTTTTCACTCTTTTTGCTGGTGTTCTAAGCAAAAACTTCTGCATTACGCCTGTTTGTGGTTGCCTGTTATAAGATAACAGTAAAATCCATGCGTTTCTAAGGAGAAAATGAACAAAAGCTATCACTAAATCGTATTTCCAATAGAGGTTTCGTCCTCTTTGAAAGGGGTAGTTCATGAAAATTAGTTCATGGAAATGTTTATGATTTAGGTTGGAGTTATTAGGCGCAAAGAAGAAATATAAAAGGATAATTGAAGTTCTAAATCATTATGGTGATTGAGAGGCGTTATGAGCACAGCTAAGGAAAGTTAAGGAAAAAGGCACTCCAATGAGTAGTGCCAATGAATATTCTGGTCGTGATAGTATGAATCAAGATTACATCTAGGCAATCCATGGATATTATTATAGGTTTCTGTGGGCTGTTGGTTCGGTATTAAGTCAATTGTAGATGTAACCGAAGAAGAACTGAAGATTTAGGATACGAAGTATATAGGATAAGAGTTAGCGATCTTATCAGAAACTTTTTCTGAGTGGTGGGGATACATCTACTCCATTCAAAAGATATAATTCCTTGCGGGATTTTGGTGATTCCTTAAGATGTAGAGTACTACCCACACATACTAGCTGAAGCTGTAATTCATGAAATAAAGATAGAAAAATCTAGAAGGAAAATCAAAGGTTAAAGAAACGACTTTCCTTATGAATCAACTAAAAACATAAGATGAAGTGAGTTGCCCAAGTGGTCTAACATAATTTCTATTTATTAGGTGATAGGGCGAAACTGAAAGAAAAGAAATCTTCGAGATAGGGGTTTAAGCAAATCTGAAGTTGATATAATCATCCATCATGACAGGAGTCTGAGCACCCTTATGGCCAGCAAACAGCAAAAGCTATACTTGATGCTGACTATTTTGTTAAAATAATCAGGCCAGAGCTCACCTTAAATCTAAGTTAAACGCTTTCTTGGTCTATTCATGGGCTTAATGGCCTTACGCCAAACGCGCATGAGGAAGACATGTACGCAGCTCATTCTGCCTCTTTACAATCTGCATGTCTTTCCAGACAGGTAGGTGCTGCTATTTTAGATATAAAGGAAATTTAATTGCTGTTGGGCGCAATGATGTTCTAAATTTAACAGTGTGGCCTTTATAGTGCTGATGATGGTGAATGATCATCGCTGTGTCTACAAAGGTGGCAAATGTTACAATGAAGCAAGAAAATTAAATAAAGATAAATACAGCAAATATTGCTTTTCTGATAGGTTAAGAATTTGTCTGTTCAGTTAACTCAAGAACAAGCAGAAAAGGTTGCTGGAATGTCTACGAAGGTACTCCTGTATCATCAATCGACAGTACTCGCTCTATTCATGCTGAAATGGATGCTTCACAGCCCATCTTGCTAGACTCGAGATAGTGGTTTTGAAGATAAGGTTTTATATACAACTACGTTCCCCTGTCATAATTGTGCAGGGTATATTGTTGCTGTTGGTATCAATAAAGTTGTTTATTGAACATATGAAAAAGCAGCTTTAGAGTTGCTGATGATGCAATAACTAGAAGTTAACGAAAGTGGTAAAGTTTTATTTGAGTCCTTTGAAGGGGTTTCTACTGGAATATCATAGAAGTTCTTCTTTTCTACAGATGAAAGGATAGTAAGGTAATGCGGAGAAATATTCAACGAAGTATAAGAATCATATTGATATACAGTTTATTGATAGTTGGATTTTAATCGTGTGGCGGATATTTTCATTAACACAAAACAGATGCTGAAGCTCAAGTAGCCGTTCCATCTGGGACATAGTTAATCCGCTTCTGCCACCGATTCTCGACACCACCAACATCGGGTATGAATCTGTGACTCTGATGTTACAGAGCTTAATCTTGTGTACCAAAAACCACCATACCAACGGTGGTTTTCTCTGAGCTACTGCTCTTTGAGCCGAGGTAACTGGCTTGGAGGAGCTCAGTCACCAAAACTTGTTCTTTCAGTTTAGCCTTAACAGGCGCACAACTTAAGATGCTCCTCTAAATCAGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGCTTTGTCGTGCCTTCTGGGTTGGACTCAAGACGATAGTTACCGGGGCAGGCGCAGCGGTCGGACTGAACGGGGTTCGTGCGCTGGTCAGCTTGGGCGAACTGCCTGCGGAACGCTGAGTGTCAGGCGATGAGTAAAGTTTAAACAGCCATAACAGCAGGTGAAGAGCACCCCGGTGCCAAACCGAAGGCAGGAACAGAGCGCAGGGAGCTACCGGGGAAACGCAGGATCTTTATAGTCCTGTCCGGGTTTCGCCACCATGATTTGAGCGTCAGATTCTGTGATGCTTGTCAGGGGGCGGAGCCTATCGGAAAACCGGCAACGCGGCCTTTCTTGTTGCTTCTCCCATTCTCTCATTGCCTATGGCTTAATGTCTCTGTTCCCTCCGCTCGCCGCAGCGAACGACCGAGCGGGCGAGTCAGTGAGCGGAAGCGGAATATCTGCGGGCTTCTCTTTGGCACCGTACGCCATAGCGCATTTTAATACGATGCAGAATAGGGCGGGTACGCCGCAAAGTGACGTCACCTGACGTTCTGGATTACAAAGGTTAAAGCAGCGGACAGGAAATGTTTTGTGCCTAGCTATGCTATTCACAAGTAGCAGGACAGATGTGTTTTGGAGTACCATGACATAAAGACTCTGGTTAGCTCCCGCATGTTTGCTATCTTTGCTACCATTTGCTACTTTTGCTATCTCCAGGGTCTTCTGGTCTTTCAGTTGCTATCCTTTTGCTACTTTTGCTATCAAAATGCTACCTCTCCCTTCTTGCAATAAATGACCAAGGCACGTTAGCGATGTATACATCGCGCACCATAAGTGCCCCTTCCGAATCCCGTTCATCACTGTGTGATTAATCGAGGTTAAATCGACTACCAACGTAAAATCCTGCCATGCCTGACGGCTGACAACGCCCTCACGGTCGCGCAGTAAACTGCGCGCCCCTTTCACCGTTATCGGTGGGGTTCGTGGTGGCTTTCAGGGCGCTCGCCGGATTTTAACCGCTAAAATGAGCGATCCATGCGTTCGTG 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a/tools/bandage/test-data/out_standard.tab +++ b/tools/bandage/test-data/out_standard.tab @@ -1,19 +1,19 @@ -Node count: 455 -Edge count: 1061 -Smallest edge overlap (bp): 3348 -Largest edge overlap (bp): 4532 -Total length (bp): 2238438 -Total length no overlaps (bp): 268863 -Dead ends: 12 -Percentage dead ends: 1.31868% -Connected components: 7 -Largest component (bp): 1960789 -Total length orphaned nodes (bp): 1960789 -N50 (bp): 4421 -Shortest node (bp): 736 -Lower quartile node (bp): 4290 -Median node (bp): 4404 -Upper quartile node (bp): 4460 -Longest node (bp): 147170 -Median depth: 1 -Estimated sequence length (bp): 297647 +Node count: 3 +Edge count: 4 +Smallest edge overlap (bp): 0 +Largest edge overlap (bp): 0 +Total length (bp): 116705 +Total length no overlaps (bp): 116705 +Dead ends: 0 +Percentage dead ends: 0% +Connected components: 1 +Largest component (bp): 116705 +Total length orphaned nodes (bp): 0 +N50 (bp): 77945 +Shortest node (bp): 10875 +Lower quartile node (bp): 19380 +Median node (bp): 27885 +Upper quartile node (bp): 52915 +Longest node (bp): 77945 +Median depth: 0 +Estimated sequence length (bp): 0 diff --git a/tools/dnaweaver/.shed.yml b/tools/dnaweaver/.shed.yml new file mode 100644 index 00000000000..a15c6ac04ab --- /dev/null +++ b/tools/dnaweaver/.shed.yml @@ -0,0 +1,10 @@ +categories: +- Synthetic Biology +description: Given a SBOL input, calculate assembly parts for Gibson or Golden Gate. +homepage_url: https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/DnaWeaver +long_description: 'This tool uses a multi-objective algorithm to predict the best + synthesis and assembling strategy for the previously designed plasmid using either + Golden gate assembly, or Gibson assembly, or a mix of both.' +name: dnaweaver +owner: iuc +remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/dnaweaver diff --git a/tools/dnaweaver/dnaweaver.xml b/tools/dnaweaver/dnaweaver.xml new file mode 100644 index 00000000000..a57e639a7fa --- /dev/null +++ b/tools/dnaweaver/dnaweaver.xml @@ -0,0 +1,134 @@ + + Given a SBOL input, calculate assembly parts for Gibson or Golden Gate + + 0 + 1.0.2 + + + dnaweaver_synbiocad + + + + + + + + + + + + + +
+ +
+ + + + + + + + + + + + + + + + `_ + + +Method +-------- + + - We assume that the different standard parts are available or will be ordered, with the exact sequence provided in the input file (in the future it would be easy to automatically break long parts into smaller fragments). + - The desired construct sequence for a genetic part design is simply the concatenation of that design's part sequences in the right order (no assembly overhang is included). + - Buy primers with overhangs to extend the parts fragments via PCR and create homologies between them so they can be assembled together. + - Assemble each construct in a single step with Golden Gate assembly if possible (that is if at least one site out of BsaI, BbsI, and BsmBI is totally absent from the construct sequence), else with Gibson assembly. It can also be only one of the two methods if the option Gibson or golden_gate is selected instead of any_method. + - Start with the first design, and for each subsequence design assembly plan reuse the primers ordered and fragments PCRed in previous designs, if relevant. + +Here is a schema of the supply network used: + +.. image:: https://raw.githubusercontent.com/brsynth/synbiocad-galaxy-wrappers/master/DNAWeaver/img/image4.png + :width: 30 % + :align: center + +| + +The output Excel spreadsheet contains the following sub-sheets: + + - construct_parts: the ID and list of part names (in the right order) for each design. + - construct_sequences: the final sequence of the constructs to build. + - part_sequences: the list of each standard part and its sequence (same information as in the input SBOL file). + - fragment_extensions: for each PCR fragment, the standard part and the primers to use + - assembly_plan: for each design, the list of PCR fragments to use. + - errors: list of errors to help troubleshooting assemblies for which no valid assembly plan was found. + + +Limitations +-------------- + +For constructs with repeated parts and other homologies (such as, in the example, the designs with several "Ter" in a row, ), Gibson assembly (and probably LCR assembly too) may create mis-annealed constructs and more clones will need to be picked. This is not taken into account by the script at the moment. This could be fixed by buying custom fragments from a commercial vendor for extreme cases (i.e. by amending the current implementation to forbid Gibson cuts in regions with homologies elsewhere and add a DNA vendor in the supply network). + + +License +------- + +`MIT `_ + + +References +--------------- + +`DNA Weaver: optimal DNA assembly strategies via supply networks and shortest-path algorithms `_ + + +Acknowledgments +--------------- + +* Thomas Duigou +* Joan Hérisson + + ]]> + + + + + diff --git a/tools/dnaweaver/test-data/constructs_lycopene.xml b/tools/dnaweaver/test-data/constructs_lycopene.xml new file mode 100644 index 00000000000..e703c466ab8 --- /dev/null +++ b/tools/dnaweaver/test-data/constructs_lycopene.xml @@ -0,0 +1,8911 @@ + + + + P21683_10000_cds_seq + ATGAACAACCCGTCACTTTTGAATCATGCCGTGGAAACTATGGCAGTGGGCAGCAAAAGCTTTGCCACCGCGTCCAAACTATTCGATGCGAAAACGCGGCGCTCAGTACTTATGCTGTACGCGTGGTGCCGCCACTGTGATGATGTTATTGATGATCAAACATTGGGTTTTCAAGCCCGCCAGCCAGCTTTGCAGACCCCGGAACAGCGTCTTATGCAGCTGGAAATGAAAACCCGACAGGCCTATGCAGGGAGTCAGATGCACGAGCCGGCGTTTGCGGCGTTCCAGGAGGTGGCCATGGCCCATGATATCGCACCGGCGTACGCCTTCGATCATCTTGAAGGCTTTGCAATGGATGTGCGCGAAGCGCAATACTCGCAGCTGGACGACACCCTGCGGTATTGTTACCACGTAGCCGGTGTTGTCGGTCTGATGATGGCACAAATTATGGGGGTGCGCGACAACGCGACCTTGGATAGGGCCTGTGACCTGGGCCTAGCATTCCAGTTGACCAACATTGCGCGCGATATCGTGGATGATGCACACGCCGGTCGCTGCTACCTACCGGCGAGTTGGCTGGAACATGAAGGCCTGAATAAGGAAAATTATGCCGCCCCTGAAAACCGCCAGGCGCTGTCTCGCATTGCGCGTCGTCTTGTTCAGGAGGCCGAACCGTATTATCTTAGCGCGACCGCCGGGTTAGCCGGTCTGCCGCTGCGTAGCGCTTGGGCGATTGCCACCGCCAAGCAGGTATACCGTAAAATCGGCGTTAAAGTTGAACAGGCCGGCCAGCAAGCGTGGGATCAGCGCCAGAGCACGACCACCCCTGAAAAGTTGACGTTACTGCTGGCCGCGTCGGGCCAGGCGCTTACCAGCCGCATGCGCGCGCACCCACCGCGACCGGCTCATCTGTGGCAGCGCCCGCTG + + + 1 + + + P21683_10000_gene_seq + 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+ + 1 + + + plasmid21 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_2 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50032_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid22 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + 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P21684_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid24 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50032_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid25 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + 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+ + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_10000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid29 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50041_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid30 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50032_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_30000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid31 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J64101_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_1 + + + 1 + + + plasmid32 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + rxn_1_3_prime_assembly + rxn_1_3_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_1_5_prime_assembly + rxn_1_5_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_2_3_prime_assembly + rxn_2_3_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_2_5_prime_assembly + rxn_2_5_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_3_3_prime_assembly + rxn_3_3_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_3_5_prime_assembly + rxn_3_5_prime_assembly + + + + + 1 + + + + Haiyao Huang + 2006-08-30T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_B1006/1 + 2015-08-31T04:07:21Z + Ter + BBa_B1006 + + + + + + + B1006 + annotation1898428 + + + range1898428 + 39 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + modified thr terminator + annotation1898429 + + + range1898429 + 31 + + + 10 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + PolyA + annotation1898430 + + + range1898430 + 39 + + + 32 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + PolyA + annotation1898431 + + + range1898431 + 9 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + true + + _41_ + 0 + 745 + 41 + Released HQ 2013 + In stock + + false + Artificial terminator, estimated %T~>90% +*8bp stem, 6nt loop +*Bidirectional, estimated reverse %T~>90% + Bidirectional, with the reverse estimated to be less effective than the forward. Has a polyA tail of 9 residues. + modified E. coli thr terminator, replaced all A-T pairs in stem with C-G pairs + true + + + + + BBa_B1006_sequence + aaaaaaaaaccccgcccctgacagggcggggtttttttt + + + 1 + + + + + robertb + 2004-07-18T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_I13800/1 + 2015-08-31T04:07:36Z + res1 + BBa_I13800 + + + + + + + Ampicillin Resistance + annotation902300 + + + range902300 + 861 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _6_ + 0 + 159 + 7 + Not in stock + + false + This is the wild-type cassette for ampicillin resistance. + false + + + + + BBa_I13800_sequence + ttaccaatgcttaatcagtgaggcacctatctcagcgatctgtctatttcgttcatccatagttgcctgactccccgtcgtgtagataactacgatacgggagggcttaccatctggccccagtgctgcaatgataccgcgagacccacgctcaccggctccagatttatcagcaataaaccagccagccggaagggccgagcgcagaagtggtcctgcaactttatccgcctccatccagtctattaattgttgccgggaagctagagtaagtagttcgccagttaatagtttgcgcaacgttgttgccattgctacaggcatcgtggtgtcacgctcgtcgtttggtatggcttcattcagctccggttcccaacgatcaaggcgagttacatgatcccccatgttgtgcaaaaaagcggttagctccttcggtcctccgatcgttgtcagaagtaagttggccgcagtgttatcactcatggttatggcagcactgcataattctcttactgtcatgccatccgtaagatgcttttctgtgactggtgagtactcaaccaagtcattctgagaatagtgtatgcggcgaccgagttgctcttgcccggcgtcaatacgggataataccgcgccacatagcagaactttaaaagtgctcatcattggaaaacgttcttcggggcgaaaactctcaaggatcttaccgctgttgagatccagttcgatgtaacccactcgtgcacccaactgatcttcagcatcttttactttcaccagcgtttctgggtgagcaaaaacaggaaggcaaaatgccgcaaaaaagggaataagggcgacacggaaatgttgaatactcat + + + 1 + + + + + Reshma Shetty + 2007-04-10T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_I50032/1 + 2015-08-31T04:07:42Z + p15A + BBa_I50032 + + + + + + + p15A origin of replication + annotation1928307 + + + range1928307 + 1223 + + + 399 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + repeat region + annotation1928308 + + + range1928308 + 1450 + + + 1223 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _41_ + 0 + 126 + 70 + Not in stock + + false + p15A origin of replication which is supposed to have low to medium copy number. It is also the origin of replication in pSB3* series plasmids. + The boundaries of this part are quite liberal to ensure that this part is a functional origin. + This part was constructed by PCR amplification of pSB3K3-P1010. + false + + + + + BBa_I50032_sequence + atggaatagactggatggaggcggataaagttgcaggaccacttctgcgctcggcccttccggctggctggtttattgctgataaatctggagccggtgagcgtgggtctcgcggtatcattgcagcactggggccagatggtaagccctcccgtatcgtagttatctacacgacggggagtcaggcaactatggatgaacgaaatagacagatcgctgagataggtgcctcactgattaagcattggtaactgtcagaccaagtttactcatatatactttagattgatttaaaacttcatttttaatttaaaaggatctaggtgaagatcctttttgataatctcatgaccaaaatcccttaacgtgagttttcgttccactgagcgtcagaccccttaataagatgatcttcttgagatcgttttggtctgcgcgtaatctcttgctctgaaaacgaaaaaaccgccttgcagggcggtttttcgaaggttctctgagctaccaactctttgaaccgaggtaactggcttggaggagcgcagtcaccaaaacttgtcctttcagtttagccttaaccggcgcatgacttcaagactaactcctctaaatcaattaccagtggctgctgccagtggtgcttttgcatgtctttccgggttggactcaagacgatagttaccggataaggcgcagcggtcggactgaacggggggttcgtgcatacagtccagcttggagcgaactgcctacccggaactgagtgtcaggcgtggaatgagacaaacgcggccataacagcggaatgacaccggtaaaccgaaaggcaggaacaggagagcgcacgagggagccgccaggggaaacgcctggtatctttatagtcctgtcgggtttcgccaccactgatttgagcgtcagatttcgtgatgcttgtcaggggggcggagcctatggaaaaacggctttgccgcggccctctcacttccctgttaagtatcttcctggcatcttccaggaaatctccgccccgttcgtaagccatttccgctcgccgcagtcgaacgaccgagcgtagcgagtcagtgagcgaggaagcggaatatatcctgtatcacatattctgctgacgcaccggtgcagccttttttctcctgccacatgaagcacttcactgacaccctcatcagtgccaacatagtaagccagtatacactccgctagcgctgaggtctgcctcgtgaagaaggtgttgctgactcataccaggcctgaatcgccccatcatccagccagaaagtgagggagccacggttgatgagagctttgttgtaggtggaccagttggtgattttgaacttttgctttgccacggaacggtctgcgttgtcgggaagatgcgtgatctgatccttcaactcagcaaaagttcgatttattcaacaaagccacgttgtgtctcaaaatctctgatgttacattgcacaagataaaaatatatcatcatgaacaataaaactgtctgcttacataaacagtaatacaaggggtgtt + + + 1 + + + + + Reshma Shetty + 2006-03-13T12:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_I50041/1 + 2015-08-31T04:07:42Z + BBR1 + BBa_I50041 + + + + + + + putative polyA + annotation1932215 + + + range1932215 + 91 + + + 76 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + repA + annotation1932216 + + + range1932216 + 1152 + + + 202 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932217 + + + range1932217 + 1176 + + + 1154 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + RBS + annotation1932218 + + + range1932218 + 1159 + + + 1154 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + RBS + annotation1932219 + + + range1932219 + 1168 + + + 1156 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + promoter region + annotation1932220 + + + range1932220 + 1192 + + + 1173 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932221 + + + range1932221 + 1200 + + + 1179 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + rep promoter -10 + annotation1932222 + + + range1932222 + 1188 + + + 1183 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + rep promoter -35 + annotation1932223 + + + range1932223 + 1210 + + + 1205 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + Mutated SpeI site + annotation1932224 + + + range1932224 + 1224 + + + 1219 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + direct repeat + annotation1932225 + + + range1932225 + 1269 + + + 1250 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + direct repeat + annotation1932226 + + + range1932226 + 1301 + + + 1282 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + direct repeat + annotation1932227 + + + range1932227 + 1322 + + + 1303 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + AT rich region + annotation1932228 + + + range1932228 + 1403 + + + 1321 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + par region + annotation1932229 + + + range1932229 + 1901 + + + 1534 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932230 + + + range1932230 + 1817 + + + 1800 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932231 + + + range1932231 + 1846 + + + 1823 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932232 + + + range1932232 + 1873 + + + 1857 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + Tn3 integration site + annotation1932233 + + + range1932233 + 1880 + + + 1876 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932234 + + + range1932234 + 1899 + + + 1886 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + terminator + annotation1932235 + + + range1932235 + 1992 + + + 1963 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080856 + + + range2080856 + 36 + + + 36 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080857 + + + range2080857 + 126 + + + 126 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080858 + + + range2080858 + 288 + + + 288 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080859 + + + range2080859 + 383 + + + 383 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _41_6_ + 0 + 126 + 45 + Not in stock + + false + pSC101 origin of replication which is supposed to have low copy number. This was the origin used in Michael Elowitz's repressilator and in Bujard's pZS4Int-1 vector with mutations introduced to eliminate a SpeI site. It is also the origin of replication in pSB4* series plasmids. This part is the reverse copy of BBa_I50040. + false + + + + + BBa_I50041_sequence + gttacattgtcgatctgttcatggtgaacagctttgaatgcaccaaaaactcgtaaaagctctgatgtatctatcttttttacaccgttttcatctgtgcatatggacagttttccctttgatatgtaacggtgaacagttgttctacttttgtttgttagtcttgatgcttcactgatagatacaagagccataagaacctcagatccttccgtatttagccagtatgttctctagtgtggttcgttgtttttgcgtgagccatgagaacgaaccattgagatcatacttactttgcatgtcactcaaaaattttgcctcaaaactggtgagctgaatttttgcagttaaagcatcgtgtagtgtttttcttagtccgttatgtaggtaggaatctgatgtaatggttgttggtattttgtcaccattcatttttatctggttgttctcaagttcggttacgagatccatttgtctatctagttcaacttggaaaatcaacgtatcagtcgggcggcctcgcttatcaaccaccaatttcatattgctgtaagtgtttaaatctttacttattggtttcaaaacccattggttaagccttttaaactcatggtagttattttcaagcattaacatgaacttaaattcatcaaggctaatctctatatttgccttgtgagttttcttttgtgttagttcttttaataaccactcataaatcctcatagagtatttgttttcaaaagacttaacatgttccagattatattttatgaatttttttaactggaaaagataaggcaatatctcttcactaaaaactaattctaatttttcgcttgagaacttggcatagtttgtccactggaaaatctcaaagcctttaaccaaaggattcctgatttccacagttctcgtcatcagctctctggttgctttagctaatacaccataagcattttccctactgatgttcatcatctgagcgtattggttataagtgaacgataccgtccgttctttccttgtagggttttcaatcgtggggttgagtagtgccacacagcataaaattagcttggtttcatgctccgttaagtcatagcgactaatcgctagttcatttgctttgaaaacaactaattcagacatacatctcaattggtctaggtgattttaatcactataccaattgagatgggctagtcaatgataattacatgtccttttcctttgagttgtgggtatctgtaaattctgctagacctttgctggaaaacttgtaaattctgctagaccctctgtaaattccgctagacctttgtgtgttttttttgtttatattcaagtggttataatttatagaataaagaaagaataaaaaaagataaaaagaatagatcccagccctgtgtataactcactactttagtcagttccgcagtattacaaaaggatgtcgcaaacgctgtttgctcctctacaaaacagaccttaaaaccctaaaggcttaagtagcaccctcgcaagctcgggcaaatcgctgaatattccttttgtctccgaccatcaggcacctgagtcgctgtctttttcgtgacattcagttcgctgcgctcacggctctggcagtgaatgggggtaaatggcactacaggcgccttttatggattcatgcaaggaaactacccataatacaagaaaagcccgtcacgggcttctcagggcgttttatggcgggtctgctatgtggtgctatctgactttttgctgttcagcagttcctgccctctgattttccagtctgaccacttcggattatcccgtgacaggtcattcagactggctaatgcacccagtaaggcagcggtatcatcaacaggcttacccgtcttactgtccctagtgcttggattctcaccaataaaaaacgcccggcggcaaccgagcgttctgaacaaatccagatggagttctgaggtcattactggatctatcaacaggagtccaagcgagctcgtaaacttggtctgacag + + + 1 + + + + + Matt Eames + 2006-10-31T12:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_J56012/1 + 2015-08-31T03:22:59Z + Ptrc + BBa_J56012 + + + + + 1 + false + false + _79_98_ + 0 + 1132 + 98 + Not in stock + + false + Seuqence is inverted by the FimE protein. Inside recognition sequence is a Ptrc promoter sequence. Switch is irreversible. + None + Synthesized by DNA 2.0 + false + + + + + BBa_J56012_sequence + ctgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatttggggccaaactgtccatattatacgagccggatgattaattgtcaaccataaaaatattaaaaaacgacaaaaagcatctaactgtttgatatgtaaattatttctattgtaaattaatttcacatcacctccgctatatgtaaagctaacgtttctgtggctcgacgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcggtacc + + + 1 + + + + + Jeffrey J Tabor + 2007-04-13T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_J64101/1 + 2015-05-08T01:08:17Z + ColE1 + BBa_J64101 + + + + + + + BBa_J64100 + annotation1931320 + + + range1931320 + 2800 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + G00100 + annotation1931321 + + + range1931321 + 25 + + + 6 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + prefix + annotation1931322 + + + range1931322 + 145 + + + 124 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + B0025 + annotation1931323 + + + range1931323 + 274 + + + 146 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + suffix + annotation1931324 + + + range1931324 + 295 + + + 275 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + G00101 + annotation1931325 + + + range1931325 + 450 + + + 431 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + G00101 + annotation1931326 + + + range1931326 + 502 + + + 483 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _98_ + 0 + 88 + 98 + Not in stock + + false + ColE1 biobrick plasmid with backward terminator in MCS + None + Composite registry part derived from J64100 and B0025 + false + + + + + BBa_J64101_sequence + tcgagtgccacctgacgtctaagaaaccattattatcatgacattaacctataaaaataggcgtatcacgaggcagaatttcagataaaaaaaatccttagctttcgctaaggatgatttctggaattcgcggccgcttctagagtataaacgcagaaaggcccacccgaaggtgagccagtgtgactctagtagagagcgttcaccgacaaacaacagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggtactagtagcggccgctgcagtccggcaaaaaaacgggcaaggtgtcaccaccctgccctttttctttaaaaccgaaaagattacttcgcgttatgcaggcttcctcgctcactgactcgctgcgctcggtcgttcggctgcggcgagcggtatcagctcactcaaaggcggtaatcctagggcgttcggctgcggcgagcggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatccacagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccaggaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcatcacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccaggcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcaatgctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacacgacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggcggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaaggacagtatttggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatccggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgcagaaaaaaaggatctcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgacttgtgcttggattctcaccaataaaaaacgcccggcggcaaccgagcgttctgaacaaatccagatggagttctgaggtcattactggatctatcaacaggagtccaagcgagctcgatatcaaattacgccccgccctgccactcatcgcagtactgttgtaattcattaagcattctgccgacatggaagccatcacagacggcatgatgaacctgaatcgccagcggcatcagcaccttgtcgccttgcgtataatatttgcccatggtgaaaacgggggcgaagaagttgtccatattggccacgtttaaatcaaaactggtgaaactcacccagggattggctgagacgaaaaacatattctcaataaaccctttagggaaataggccaggttttcaccgtaacacgccacatcttgcgaatatatgtgtagaaactgccggaaatcgtcgtggtattcactccagagcgatgaaaacgtttcagtttgctcatggaaaacggtgtaacaagggtgaacactatcccatatcaccagctcaccgtctttcattgccatacgaaattccggatgagcattcatcaggcgggcaagaatgtgaataaaggccggataaaacttgtgcttatttttctttacggtctttaaaaaggccgtaatatccagctgaacggtctggttataggtacattgagcaactgactgaaatgcctcaaaatgttctttacgatgccattgggatatatcaacggtggtatatccagtgatttttttctccattttagcttccttagctcctgaaaatctcgataactcaaaaaatacgcccggtagtgatcttatttcattatggtgaaagttggaacctcttacgtgccgatcaacgtctcattttcgccagatatcgacgtctaagaaaccattattatcatgacattaacctataaaaataggcgtatcacgaggccctttcgtcttcacc + + + 1 + + + + + Anna Fomitcheva, Lisa Baumgartner + 2015-08-25T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_K1847014/1 + 2015-08-26T09:07:45Z + PlacUV5 + BBa_K1847014 + + + + + + plac UV5 + annotation2438101 + + + range2438101 + 31 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + lacO + annotation2438102 + + + range2438102 + 55 + + + 39 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _2273_ + 26442 + 26442 + 9 + + false + Promoter regulated by LacI. + Synthetic synthesis. + false + + + + + BBa_K1847014_sequence + tttacactttatgcttccggctcgtataatgtgtggaattgtgagcggataacaa + + + 1 + + + + + Chris J. Myers + James Alastair McLaughlin + Conversion of the iGEM parts registry to SBOL2.1 + iGEM to SBOL conversion + igem2sbol + + 1 + 2017-03-06T15:00:00.000Z + + diff --git a/tools/feelnc/feelnc_wrapper.xml b/tools/feelnc/feelnc_wrapper.xml index d7247294343..fe011ace074 100644 --- a/tools/feelnc/feelnc_wrapper.xml +++ b/tools/feelnc/feelnc_wrapper.xml @@ -1,6 +1,9 @@ - - + FlExible Extraction of LncRNA + + 0.2.1 + 0 + feelnc diff --git a/tools/ggplot2/ggplot_point.xml b/tools/ggplot2/ggplot_point.xml index 3f65f03376d..322e07a4444 100644 --- a/tools/ggplot2/ggplot_point.xml +++ b/tools/ggplot2/ggplot_point.xml @@ -2,6 +2,7 @@ macros.xml + gg_line = geom_line(size=1, alpha=1, gg_factor) r-svglite @@ -34,12 +35,14 @@ names(input)[$yplot] <- "ycol" gg_facet = facet_wrap( ~ factor) gg_factor = NULL color_scale = NULL - #if $adv.type_conditional.points.pointoptions == "default" + #if $adv.type_conditional.type_options == "lines": + @SIMPLE_GGLINE@ + #elif $adv.type_conditional.points.pointoptions == "default" gg_point = geom_point(size=1, alpha=1, gg_factor) - gg_line = geom_line(size=1, alpha=1, gg_factor) + @SIMPLE_GGLINE@ #else - gg_point = geom_point(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor') - gg_line = geom_line(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor') + gg_point = geom_point(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor', shape=as.numeric('$adv.type_conditional.points.shape')) + gg_line = geom_line(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor', shape=as.numeric('$adv.type_conditional.points.shape')) #end if names(input)[$adv.factor.factorcol] <- "factor" @@ -48,9 +51,11 @@ names(input)[$yplot] <- "ycol" gg_facet = NULL gg_factor = aes(colour=factor(factor)) - #if $adv.type_conditional.points.pointoptions == "default" + #if $adv.type_conditional.type_options == "lines": + @SIMPLE_GGLINE@ + #elif $adv.type_conditional.points.pointoptions == "default" gg_point = geom_point(size=1, alpha=1, gg_factor) - gg_line = geom_line(size=1, alpha=1, gg_factor) + @SIMPLE_GGLINE@ #else gg_point = geom_point(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, gg_factor) gg_line = geom_line(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, gg_factor) @@ -68,12 +73,14 @@ names(input)[$yplot] <- "ycol" gg_factor = NULL color_scale = NULL - #if $adv.type_conditional.points.pointoptions == "default" + #if $adv.type_conditional.type_options == "lines": + @SIMPLE_GGLINE@ + #elif $adv.type_conditional.points.pointoptions == "default" gg_point = geom_point(size=1, alpha=1, gg_factor) - gg_line = geom_line(size=1, alpha=1, gg_factor) + @SIMPLE_GGLINE@ #else - gg_point = geom_point(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor') - gg_line = geom_line(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor') + gg_point = geom_point(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor', shape=as.numeric('$adv.type_conditional.points.shape')) + gg_line = geom_line(size=$adv.type_conditional.points.size, alpha=$adv.type_conditional.points.alpha, colour='$adv.type_conditional.points.pointcolor', shape=as.numeric('$adv.type_conditional.points.shape')) #end if #end if @@ -220,6 +227,39 @@ plot_out <- ggplot(input, aes(xcol, ycol)) + gg_point + gg_line + gg_facet + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + + + +
+ + + 3.3.5 - 0 + 2 Grey + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_histogram_result1.pdf b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_histogram_result1.pdf index 2adb196e303..088cce19b88 100644 Binary files a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_histogram_result1.pdf and b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_histogram_result1.pdf differ diff --git a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_line_result1.pdf b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_line_result1.pdf new file mode 100644 index 00000000000..cd2d1ec8624 Binary files /dev/null and b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_line_result1.pdf differ diff --git a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_pca_result1.pdf b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_pca_result1.pdf index b90aa94eda9..21dc6e726c2 100644 Binary files a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_pca_result1.pdf and b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_pca_result1.pdf differ diff --git a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result1.pdf b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result1.pdf index 198d28481c6..1423040296b 100644 Binary files a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result1.pdf and b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result1.pdf differ diff --git a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result2.pdf b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result2.pdf index 45df78c4ca2..912aa9019a3 100644 Binary files a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result2.pdf and b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result2.pdf differ diff --git a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result3.pdf b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result3.pdf new file mode 100644 index 00000000000..bbce5f0aaef Binary files /dev/null and b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_point_result3.pdf differ diff --git a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_violin_result1.pdf b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_violin_result1.pdf index e042493f895..7d2707c50a8 100644 Binary files a/tools/ggplot2/test-data/ggplot_violin_result1.pdf and b/tools/ggplot2/test-data/ggplot_violin_result1.pdf differ diff --git a/tools/hicstuff/.shed.yml b/tools/hicstuff/.shed.yml new file mode 100644 index 00000000000..941578e75ac --- /dev/null +++ b/tools/hicstuff/.shed.yml @@ -0,0 +1,13 @@ +categories: +- Sequence Analysis +homepage_url: https://github.com/koszullab/hicstuff +auto_tool_repositories: + name_template: "{{ tool_id }}" + description_template: "{{ tool_name }} (from the hicstuff tool suite)" +suite: + name: suite_hicstuff + description: A toolkit to generate and manipulate Hi-C matrices + long_description: A toolkit to generate and manipulate Hi-C matrices +owner: iuc +remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/hicstuff +type: unrestricted diff --git a/tools/hicstuff/hicstuff_pipeline.xml b/tools/hicstuff/hicstuff_pipeline.xml new file mode 100644 index 00000000000..4b55df6225d --- /dev/null +++ b/tools/hicstuff/hicstuff_pipeline.xml @@ -0,0 +1,107 @@ + + generates a Hi-C contact matrix + + macros.xml + 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tools/hicstuff/macros.xml b/tools/hicstuff/macros.xml new file mode 100644 index 00000000000..a4e7f09cc1c --- /dev/null +++ b/tools/hicstuff/macros.xml @@ -0,0 +1,34 @@ + + 3.1.5 + 21.09 + + + hicstuff + + + + + + 10.5281/zenodo.4066363 + +@software{cyril_matthey_doret_2020_4066351, + author = {Cyril Matthey-Doret and + Lyam Baudry and + Amaury Bignaud and + Axel Cournac and + Remi-Montagne and + Nadège Guiglielmoni and + Théo Foutel-Rodier and + Vittore F. 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@@ -89,10 +89,10 @@ - + - + @@ -118,7 +118,7 @@ - + @@ -160,7 +160,7 @@ 10 CDS): 0 -# Composite elements -Total nested elements (partial or complete): 0 -Host element: 0 -Guest element: 0 -Element that are both host and guest: 0 +##################### ICEscreen statistics for genome accession NC_004668.1 ##################### -################### Signature proteins detection statistics #################### -# Total SP detected -Total SP: 4 -Total Integrase: 1 -Total Relaxase: 1 -Total Coupling protein: 1 -Total VirB4: 1 +##### Mobile elements ##### +## Number of complete elements +Complete ICE (4 types of SP): 1 +Complete IME (R+I, R+C+I with distance between consecutive SPs <= 14 CDSs): 0 +## Number of complete modules +Conjugation module (R+C+V): 0 +Mobilizable element (R+C with distance between consecutive SPs <= 14 CDS): 0 +## Number of partial elements +Partial ICE (at least V): 0 +Other partial element (R+C, R+V, V+C with distance between consecutive SPs > 14 CDS): 0 +## Composite elements +Total nested elements (partial or complete): 0 +Host element: 0 +Guest element: 0 +Element that are both host and guest: 0 -# Unassigned SP -Unassigned SP: 0 -Unassigned Integrase: 0 -Unassigned Relaxase: 0 -Unassigned Coupling protein: 0 -Unassigned VirB4: 0 +##### Signature proteins ##### +## Total SPs detected +Total SPs: 4 +Total Integrase: 1 +Total Relaxase: 1 +Total Coupling protein: 1 +Total VirB4: 1 +## Unassigned SPs +Unassigned SPs: 0 +Unassigned Integrase: 0 +Unassigned Relaxase: 0 +Unassigned Coupling protein: 0 +Unassigned VirB4: 0 -############################# Segments statistics ############################## -Number of segments: 1 -Segment with one element: 1 -Segment with several elements: 0 -Segment with nested elements: 0 -Segment with no element: 0 +##### Segments ##### +Number of segments with one element: 1 +Number of segments with several elements: 0 +Number of segments with nested elements: 0 +Number of segments with exclusively isolated SPs to manually verify: 0 -############################### Parameters used ################################ -Maximum CDS numbers in initial segments: 100 -Maximum CDS numbers in an IME element: 10 diff --git a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_detected_ME.tsv b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_detected_ME.tsv index 34aaa7f8442..8b638f77b88 100644 --- a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_detected_ME.tsv +++ b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_detected_ME.tsv @@ -1,2 +1,2 @@ -ICE IME Number segment number category of element category of integrase host ICE / IME guest ICE / IME other ICE / IME colocalized ICEline format ICE SuperFamily From Blast Of SP Conj Module ICE Family From Blast Of SP Conj Module IME Family From Blast Of SP Conj Module family SP conj module HMM integrase upstream integrase downstream relaxase coupling protein VirB4 list ordered SPs SPs conj module to manually review Integrase to manually review comment -2 1 Complete ICE (4 types of SP) one integrase - Tyr C3.R1:V7.I Tn916 ICESt3 C:TcpA, R:MOBT, V:VirB4 WP_002392915.1-25273 WP_002359299.1-3098 WP_002359295.1-1 WP_002359320.1-17920 WP_002359295.1-1, WP_002359299.1-3098, WP_002359320.1-17920, WP_002392915.1-25273 Integrase WP_002392915.1-25273 has been associated to the structure 2 because they are adjacent, this integrase has already be seen rattached to this conjugaison module family, and there is no upstream/downstream ambiguity. +ICE_IME_id Segment_number Genome_accession Category_of_element Category_of_integrase Host_ICE_IME_ids Guest_ICE_IME_ids Colocalized_ICE_IME_ids ICEline_format ICE_consensus_superfamily_SP_conj_module ICE_consensus_family_SP_conj_module IME_relaxase_family_domains_blast HMM_family_SP_conj_module Integrase_upstream Integrase_downstream Relaxase Coupling_protein VirB4 List_SP_ordered_genomic_position Other_potential_SP_conj_module_need_manual_curation_and_review Other_potential_integrase_need_manual_curation_and_review Comments_regarding_structure +ID_1 1 NC_004668.1 Complete ICE (C+R+V+I) one integrase Tyr - - - C3.R1:V7.I Tn916 ICESt3 - C:TcpA, R:MOBT, V:VirB4 - EF_RS00760 EF_RS00650 EF_RS00630 EF_RS00720 EF_RS00630, EF_RS00650, EF_RS00720, EF_RS00760 - - Downstream integrase EF_RS00760 has been associated to the structure ID_1 pre-merging because it is adjacent to the conj module and there is no upstream/downstream ambiguity. diff --git a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.embl b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.embl index 863fa51f5ca..d6f89be0882 100644 --- a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.embl +++ b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.embl @@ -11,8 +11,8 @@ OC . XX FH Key Location/Qualifiers FH -FT CDS 1..1511 -FT /origid="WP_002359295.1" +FT CDS 1..1512 +FT /origid="EF_RS00630" FT /function="Coupling Protein" FT /protein_id="WP_002359295.1" FT /locus_tag="EF_RS00630" @@ -20,11 +20,11 @@ FT /codon_start=1 FT /color=6 FT /note="ICEscreen prediction: Coupling protein; BlastP FT result (Annotation confidence: HIGH): Coupling protein TcpA -FT [Hit with AAO80014; Identity:100.00%; E-value:0; Query -FT coverage:100.00%]; Hmmscan result: TcpA [Hit with tcpA HMM -FT profile; E-value:0; i-Evalue:0]" -FT CDS 3098..4380 -FT /origid="WP_002359299.1" +FT [Hit with AAO80014; Identity:100.00%; E-value:0.00e+00; +FT Query coverage:100.00%]; Hmmscan result: TcpA [Hit with +FT tcpA HMM profile; E-value:7.00e-94; i-Evalue:8.80e-94]" +FT CDS 3098..4381 +FT /origid="EF_RS00650" FT /function="Relaxase" FT /protein_id="WP_002359299.1" FT /locus_tag="EF_RS00650" @@ -32,11 +32,11 @@ FT /codon_start=1 FT /color=7 FT /note="ICEscreen prediction: Relaxase; BlastP result FT (Annotation confidence: HIGH): Relaxase MOBT (PF02486) [Hit -FT with AAO80018; Identity:99.77%; E-value:0; Query +FT with AAO80018; Identity:99.77%; E-value:0.00e+00; Query FT coverage:95.53%]; Hmmscan result: MOBT [Hit with T4SS_MOBT -FT HMM profile; E-value:0; i-Evalue:0]" -FT CDS 17920..20426 -FT /origid="WP_002359320.1" +FT HMM profile; E-value:3.00e-128; i-Evalue:3.40e-128]" +FT CDS 17920..20427 +FT /origid="EF_RS00720" FT /function="VirB4" FT /protein_id="WP_002359320.1" FT /locus_tag="EF_RS00720" @@ -44,11 +44,11 @@ FT /codon_start=1 FT /color="184 134 11" FT /note="ICEscreen prediction: VirB4; BlastP result FT (Annotation confidence: HIGH): VirB4 [Hit with CAE52368; -FT Identity:41.15%; E-value:0; Query coverage:99.76%]; Hmmscan -FT result: VirB4 [Hit with T4SS_virb4 HMM profile; E-value:0; -FT i-Evalue:0]" -FT CDS 25273..26438 -FT /origid="WP_002392915.1" +FT Identity:41.15%; E-value:0.00e+00; Query coverage:99.76%]; +FT Hmmscan result: VirB4 [Hit with T4SS_virb4 HMM profile; +FT E-value:1.80e-28; i-Evalue:2.40e-28]" +FT CDS 25273..26439 +FT /origid="EF_RS00760" FT /function="Tyrosine Integrase" FT /protein_id="WP_002392915.1" FT /locus_tag="EF_RS00760" @@ -56,16 +56,17 @@ FT /codon_start=1 FT /color=8 FT /note="ICEscreen prediction: Tyrosine integrase; BlastP FT result (Annotation confidence: HIGH): Tyrosine integrase -FT [Hit with AAO80040; Identity:100.00%; E-value:0; Query -FT coverage:100.00%]; Hmmscan result: Tyrosine integrase [Hit -FT with Phage_integrase HMM profile; E-value:0; i-Evalue:0]" +FT [Hit with AAO80040; Identity:100.00%; E-value:0.00e+00; +FT Query coverage:100.00%]; Hmmscan result: Tyrosine integrase +FT [Hit with Phage_integrase HMM profile; E-value:4.40e-29; +FT i-Evalue:9.70e-29]" FT mobile_element 1..26439 FT /mobile_element_type="other: integrative and conjugative FT element" -FT /note="ICEscreen prediction: Putative ICE (one integrase - +FT /note="ICEscreen prediction: Putative ICE (one integrase FT Tyr) [Element structure: Single; ICE superfamily: Tn916; -FT ICE family: ICESt3; Relaxase family: MOBT; Coupling protein -FT family: TcpA] (ICEscreen ID: 2)" +FT ICE family: ICESt3; Relaxase family: - (MOBT); Coupling +FT protein family: TcpA] (ICEscreen ID: ID_1)" FT /color=15 XX SQ Sequence 0 BP; 0 A; 0 C; 0 G; 0 T; 0 other; diff --git a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gb b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gb index dabbd4d32b3..1e3454ffcd4 100644 --- a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gb +++ b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gb @@ -607,8 +607,8 @@ FEATURES Location/Qualifiers YLTVKKSLYYKNAQTYELVSPKTRASIRTIYLDEDTVHYLRDWKKRQDDVGGIEFILSY NSVPTQKHTVRHIIKRHAKLAEVHDIRIHALRHSHASLLISMGTNALLIKERLGHEDVQ TTLGTYGHLYPSSSTEIANELKGIVNVEFTNQNMASEVTNQFTKGVKK" - CDS 1..1511 - /origid="WP_002359295.1" + CDS 1..1512 + /origid="EF_RS00630" /function="Coupling Protein" /protein_id="WP_002359295.1" /locus_tag="EF_RS00630" @@ -616,11 +616,11 @@ FEATURES Location/Qualifiers /color=6 /note="ICEscreen prediction: Coupling protein; BlastP result (Annotation confidence: HIGH): Coupling protein TcpA - [Hit with AAO80014; Identity:100.00%; E-value:0; Query - coverage:100.00%]; Hmmscan result: TcpA [Hit with tcpA HMM - profile; E-value:0; i-Evalue:0]" - CDS 3098..4380 - /origid="WP_002359299.1" + [Hit with AAO80014; Identity:100.00%; E-value:0.00e+00; + Query coverage:100.00%]; Hmmscan result: TcpA [Hit with + tcpA HMM profile; E-value:7.00e-94; i-Evalue:8.80e-94]" + CDS 3098..4381 + /origid="EF_RS00650" /function="Relaxase" /protein_id="WP_002359299.1" /locus_tag="EF_RS00650" @@ -628,11 +628,11 @@ FEATURES Location/Qualifiers /color=7 /note="ICEscreen prediction: Relaxase; BlastP result (Annotation confidence: HIGH): Relaxase MOBT (PF02486) [Hit - with AAO80018; Identity:99.77%; E-value:0; Query + with AAO80018; Identity:99.77%; E-value:0.00e+00; Query coverage:95.53%]; Hmmscan result: MOBT [Hit with T4SS_MOBT - HMM profile; E-value:0; i-Evalue:0]" - CDS 17920..20426 - /origid="WP_002359320.1" + HMM profile; E-value:3.00e-128; i-Evalue:3.40e-128]" + CDS 17920..20427 + /origid="EF_RS00720" /function="VirB4" /protein_id="WP_002359320.1" /locus_tag="EF_RS00720" @@ -640,11 +640,11 @@ FEATURES Location/Qualifiers /color="184 134 11" /note="ICEscreen prediction: VirB4; BlastP result (Annotation confidence: HIGH): VirB4 [Hit with CAE52368; - Identity:41.15%; E-value:0; Query coverage:99.76%]; Hmmscan - result: VirB4 [Hit with T4SS_virb4 HMM profile; E-value:0; - i-Evalue:0]" - CDS 25273..26438 - /origid="WP_002392915.1" + Identity:41.15%; E-value:0.00e+00; Query coverage:99.76%]; + Hmmscan result: VirB4 [Hit with T4SS_virb4 HMM profile; + E-value:1.80e-28; i-Evalue:2.40e-28]" + CDS 25273..26439 + /origid="EF_RS00760" /function="Tyrosine Integrase" /protein_id="WP_002392915.1" /locus_tag="EF_RS00760" @@ -652,16 +652,17 @@ FEATURES Location/Qualifiers /color=8 /note="ICEscreen prediction: Tyrosine integrase; BlastP result (Annotation confidence: HIGH): Tyrosine integrase - [Hit with AAO80040; Identity:100.00%; E-value:0; Query - coverage:100.00%]; Hmmscan result: Tyrosine integrase [Hit - with Phage_integrase HMM profile; E-value:0; i-Evalue:0]" + [Hit with AAO80040; Identity:100.00%; E-value:0.00e+00; + Query coverage:100.00%]; Hmmscan result: Tyrosine integrase + [Hit with Phage_integrase HMM profile; E-value:4.40e-29; + i-Evalue:9.70e-29]" mobile_element 1..26439 /mobile_element_type="other: integrative and conjugative element" - /note="ICEscreen prediction: Putative ICE (one integrase - + /note="ICEscreen prediction: Putative ICE (one integrase Tyr) [Element structure: Single; ICE superfamily: Tn916; - ICE family: ICESt3; Relaxase family: MOBT; Coupling protein - family: TcpA] (ICEscreen ID: 2)" + ICE family: ICESt3; Relaxase family: - (MOBT); Coupling + protein family: TcpA] (ICEscreen ID: ID_1)" /color=15 ORIGIN 1 atgttaaaaa aattatttag atatagagga aggcgtattc gttattcttc aagaaacctg diff --git a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gff b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gff index 5b4515ec781..bc08f5ce75e 100644 --- a/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gff +++ b/tools/icescreen/test-data/NC_004668_137848_164286_icescreen.gff @@ -1,3 +1,7 @@ ##gff-version 3 -##sequence-region NC_004668.1 1 26439 -NC_004668.1 ICEscreen CDS 1 1511 .+ 1 origid=WP_002359295.1;function=Coupling Protein;protein_id=WP_002359295.1;locus_tag=EF_RS00630;codon_start=1;color=6;Note=ICEscreen prediction%3A Coupling protein%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A Coupling protein TcpA %5BHit with AAO80014%3B Identity%3A100.00%25%3B E-value%3A0%3B Query coverage%3A100.00%25%5D%3B Hmmscan result%3A TcpA %5BHit with tcpA HMM profile%3B E-value%3A0%3B i-Evalue%3A0%5DNC_004668.1 ICEscreen CDS 3098 4380 .+ 1 origid=WP_002359299.1;function=Relaxase;protein_id=WP_002359299.1;locus_tag=EF_RS00650;codon_start=1;color=7;Note=ICEscreen prediction%3A Relaxase%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A Relaxase MOBT %28PF02486%29 %5BHit with AAO80018%3B Identity%3A99.77%25%3B E-value%3A0%3B Query coverage%3A95.53%25%5D%3B Hmmscan result%3A MOBT %5BHit with T4SS_MOBT HMM profile%3B E-value%3A0%3B i-Evalue%3A0%5DNC_004668.1 ICEscreen CDS 17920 20426 .+ 1 origid=WP_002359320.1;function=VirB4;protein_id=WP_002359320.1;locus_tag=EF_RS00720;codon_start=1;color=184 134 11;Note=ICEscreen prediction%3A VirB4%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A VirB4 %5BHit with CAE52368%3B Identity%3A41.15%25%3B E-value%3A0%3B Query coverage%3A99.76%25%5D%3B Hmmscan result%3A VirB4 %5BHit with T4SS_virb4 HMM profile%3B E-value%3A0%3B i-Evalue%3A0%5DNC_004668.1 ICEscreen CDS 25273 26438 .+ 1 origid=WP_002392915.1;function=Tyrosine Integrase;protein_id=WP_002392915.1;locus_tag=EF_RS00760;codon_start=1;color=8;Note=ICEscreen prediction%3A Tyrosine integrase%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A Tyrosine integrase %5BHit with AAO80040%3B Identity%3A100.00%25%3B E-value%3A0%3B Query coverage%3A100.00%25%5D%3B Hmmscan result%3A Tyrosine integrase %5BHit with Phage_integrase HMM profile%3B E-value%3A0%3B i-Evalue%3A0%5DNC_004668.1 ICEscreen mobile_element 1 26439 .+ . mobile_element_type=other%3A integrative and conjugative element;Note=ICEscreen prediction%3A Putative ICE %28one integrase - Tyr%29 %5BElement structure%3A Single%3B ICE superfamily%3A Tn916%3B ICE family%3A ICESt3%3B Relaxase family%3A MOBT%3B Coupling protein family%3A TcpA%5D %28ICEscreen ID%3A 2%29;color=15 \ No newline at end of file +##sequence-region NC_004668.1 1 0 +NC_004668.1 ICEscreen CDS 1 1512 .+ 1 origid=EF_RS00630;function=Coupling Protein;protein_id=WP_002359295.1;locus_tag=EF_RS00630;codon_start=1;color=6;Note=ICEscreen prediction%3A Coupling protein%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A Coupling protein TcpA %5BHit with AAO80014%3B Identity%3A100.00%25%3B E-value%3A0.00e%2B00%3B Query coverage%3A100.00%25%5D%3B Hmmscan result%3A TcpA %5BHit with tcpA HMM profile%3B E-value%3A7.00e-94%3B i-Evalue%3A8.80e-94%5D +NC_004668.1 ICEscreen CDS 3098 4381 .+ 1 origid=EF_RS00650;function=Relaxase;protein_id=WP_002359299.1;locus_tag=EF_RS00650;codon_start=1;color=7;Note=ICEscreen prediction%3A Relaxase%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A Relaxase MOBT %28PF02486%29 %5BHit with AAO80018%3B Identity%3A99.77%25%3B E-value%3A0.00e%2B00%3B Query coverage%3A95.53%25%5D%3B Hmmscan result%3A MOBT %5BHit with T4SS_MOBT HMM profile%3B E-value%3A3.00e-128%3B i-Evalue%3A3.40e-128%5D +NC_004668.1 ICEscreen CDS 17920 20427 .+ 1 origid=EF_RS00720;function=VirB4;protein_id=WP_002359320.1;locus_tag=EF_RS00720;codon_start=1;color=184 134 11;Note=ICEscreen prediction%3A VirB4%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A VirB4 %5BHit with CAE52368%3B Identity%3A41.15%25%3B E-value%3A0.00e%2B00%3B Query coverage%3A99.76%25%5D%3B Hmmscan result%3A VirB4 %5BHit with T4SS_virb4 HMM profile%3B E-value%3A1.80e-28%3B i-Evalue%3A2.40e-28%5D +NC_004668.1 ICEscreen CDS 25273 26439 .+ 1 origid=EF_RS00760;function=Tyrosine Integrase;protein_id=WP_002392915.1;locus_tag=EF_RS00760;codon_start=1;color=8;Note=ICEscreen prediction%3A Tyrosine integrase%3B BlastP result %28Annotation confidence%3A HIGH%29%3A Tyrosine integrase %5BHit with AAO80040%3B Identity%3A100.00%25%3B E-value%3A0.00e%2B00%3B Query coverage%3A100.00%25%5D%3B Hmmscan result%3A Tyrosine integrase %5BHit with Phage_integrase HMM profile%3B E-value%3A4.40e-29%3B i-Evalue%3A9.70e-29%5D +NC_004668.1 ICEscreen mobile_element 1 26439 .+ . mobile_element_type=other%3A integrative and conjugative element;Note=ICEscreen prediction%3A Putative ICE %28one integrase Tyr%29 %5BElement structure%3A Single%3B ICE superfamily%3A Tn916%3B ICE family%3A ICESt3%3B Relaxase family%3A - %28MOBT%29%3B Coupling protein family%3A TcpA%5D %28ICEscreen ID%3A ID_1%29;color=15 diff --git a/tools/interproscan/README.md b/tools/interproscan/README.md index 5cbf334d9e7..09739a30573 100644 --- a/tools/interproscan/README.md +++ b/tools/interproscan/README.md @@ -17,7 +17,7 @@ All the following steps assume that: - You agree with each software license - InterProScan was installed using Conda in the `IPRSCAN_DIR` directory -- You have run the InterProScan data manager which placed the data files in the `IPRSCAN_DATA_DIR` directory (e.g. `/data/db/data_managers/interproscan/5.55-88.0/`) +- You have run the InterProScan data manager which placed the data files in the `IPRSCAN_DATA_DIR` directory (e.g. `/data/db/data_managers/interproscan/5.59-91.0/`) Everytime you upgrade InterProScan, you'll need to do the same things: modify the `${IPRSCAN_DIR}/share/InterProScan/interproscan.properties` file + add the SMART file. diff --git a/tools/interproscan/interproscan.xml b/tools/interproscan/interproscan.xml index bbbd60ad775..cf34fcea3a4 100644 --- a/tools/interproscan/interproscan.xml +++ b/tools/interproscan/interproscan.xml @@ -4,7 +4,7 @@ macros.xml - interproscan_4 + interproscan_ebi interproscan @@ -64,6 +64,7 @@ $iprlookup + diff --git a/tools/interproscan/macros.xml b/tools/interproscan/macros.xml index e72415acdbd..c8638ab8ad9 100644 --- a/tools/interproscan/macros.xml +++ b/tools/interproscan/macros.xml @@ -5,7 +5,7 @@ Conda understands both notations, but the Galaxy tool requires the use of "-". The version should also be bumped in test-data/interproscan.loc --> - 5.55-88.0 + 5.59-91.0 3 diff --git a/tools/interproscan/test-data/interproscan.loc b/tools/interproscan/test-data/interproscan.loc index e2ce9815885..5707cf621f2 100644 --- a/tools/interproscan/test-data/interproscan.loc +++ b/tools/interproscan/test-data/interproscan.loc @@ -5,4 +5,4 @@ # value description interproscan_version path # # for example -5.55-88.0 InterProScan 5.55-88.0 5.55-88.0 ${__HERE__}/fake_db/ +5.59-91.0 InterProScan 5.59-91.0 5.59-91.0 ${__HERE__}/fake_db/ diff --git a/tools/lcrgenie/.shed.yml b/tools/lcrgenie/.shed.yml new file mode 100644 index 00000000000..c248def4904 --- /dev/null +++ b/tools/lcrgenie/.shed.yml @@ -0,0 +1,10 @@ +categories: +- Synthetic Biology +description: Ligase Chain Reaction Genie +homepage_url: https://github.com/neilswainston/LCRGenie +long_description: 'LCR Genie is a web-based tool for supporting the design of bridging + oligos, which are required for annealing together individual synthetic DNA parts + (designed by PartsGenie) into multi-gene plasmid assemblies, designed by OptDoE.' +name: lcrgenie +owner: iuc +remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/lcrgenie diff --git a/tools/lcrgenie/lcrgenie.xml b/tools/lcrgenie/lcrgenie.xml new file mode 100644 index 00000000000..cc5c60558a4 --- /dev/null +++ b/tools/lcrgenie/lcrgenie.xml @@ -0,0 +1,78 @@ + + Web-based tool for supporting the design of bridging oligos + + 1.0.2 + 0 + + + lcr_genie + + + + + + + + +
+ +
+ + + + + + + + + + + + + + + + `_ node (supporting multi-part assembly but by a different experimental method) and as such, its output format matches that of DNA Weaver. + + +Input +----- + +* **Constructs**\ : SBOL (Synthetic Biology Open Language) file containing constructs designs and sequences +* **Melting temperature**\ : (float) is the target melting temperature for the bridging oligos (default=60.0) + +Output +------ + +* **Assembly Plan**\ : Output spreadsheet + +Project Links +--------------------- + +* `GitHub `_ + +License +------- + +`MIT `_ + + ]]> + + + + + diff --git a/tools/lcrgenie/test-data/LCR_input_lycopene.xml b/tools/lcrgenie/test-data/LCR_input_lycopene.xml new file mode 100644 index 00000000000..e703c466ab8 --- /dev/null +++ b/tools/lcrgenie/test-data/LCR_input_lycopene.xml @@ -0,0 +1,8911 @@ + + + + P21683_10000_cds_seq + ATGAACAACCCGTCACTTTTGAATCATGCCGTGGAAACTATGGCAGTGGGCAGCAAAAGCTTTGCCACCGCGTCCAAACTATTCGATGCGAAAACGCGGCGCTCAGTACTTATGCTGTACGCGTGGTGCCGCCACTGTGATGATGTTATTGATGATCAAACATTGGGTTTTCAAGCCCGCCAGCCAGCTTTGCAGACCCCGGAACAGCGTCTTATGCAGCTGGAAATGAAAACCCGACAGGCCTATGCAGGGAGTCAGATGCACGAGCCGGCGTTTGCGGCGTTCCAGGAGGTGGCCATGGCCCATGATATCGCACCGGCGTACGCCTTCGATCATCTTGAAGGCTTTGCAATGGATGTGCGCGAAGCGCAATACTCGCAGCTGGACGACACCCTGCGGTATTGTTACCACGTAGCCGGTGTTGTCGGTCTGATGATGGCACAAATTATGGGGGTGCGCGACAACGCGACCTTGGATAGGGCCTGTGACCTGGGCCTAGCATTCCAGTTGACCAACATTGCGCGCGATATCGTGGATGATGCACACGCCGGTCGCTGCTACCTACCGGCGAGTTGGCTGGAACATGAAGGCCTGAATAAGGAAAATTATGCCGCCCCTGAAAACCGCCAGGCGCTGTCTCGCATTGCGCGTCGTCTTGTTCAGGAGGCCGAACCGTATTATCTTAGCGCGACCGCCGGGTTAGCCGGTCTGCCGCTGCGTAGCGCTTGGGCGATTGCCACCGCCAAGCAGGTATACCGTAAAATCGGCGTTAAAGTTGAACAGGCCGGCCAGCAAGCGTGGGATCAGCGCCAGAGCACGACCACCCCTGAAAAGTTGACGTTACTGCTGGCCGCGTCGGGCCAGGCGCTTACCAGCCGCATGCGCGCGCACCCACCGCGACCGGCTCATCTGTGGCAGCGCCCGCTG + + + 1 + + + P21683_10000_gene_seq + TGGGCCAGATATGATGTAGGAAGCGATCATTAGCCTGCGAATCCTGGAGTCTATGTGAGACTTGAATCTTAATTTTGGAGCTAAAAATGAACAACCCGTCACTTTTGAATCATGCCGTGGAAACTATGGCAGTGGGCAGCAAAAGCTTTGCCACCGCGTCCAAACTATTCGATGCGAAAACGCGGCGCTCAGTACTTATGCTGTACGCGTGGTGCCGCCACTGTGATGATGTTATTGATGATCAAACATTGGGTTTTCAAGCCCGCCAGCCAGCTTTGCAGACCCCGGAACAGCGTCTTATGCAGCTGGAAATGAAAACCCGACAGGCCTATGCAGGGAGTCAGATGCACGAGCCGGCGTTTGCGGCGTTCCAGGAGGTGGCCATGGCCCATGATATCGCACCGGCGTACGCCTTCGATCATCTTGAAGGCTTTGCAATGGATGTGCGCGAAGCGCAATACTCGCAGCTGGACGACACCCTGCGGTATTGTTACCACGTAGCCGGTGTTGTCGGTCTGATGATGGCACAAATTATGGGGGTGCGCGACAACGCGACCTTGGATAGGGCCTGTGACCTGGGCCTAGCATTCCAGTTGACCAACATTGCGCGCGATATCGTGGATGATGCACACGCCGGTCGCTGCTACCTACCGGCGAGTTGGCTGGAACATGAAGGCCTGAATAAGGAAAATTATGCCGCCCCTGAAAACCGCCAGGCGCTGTCTCGCATTGCGCGTCGTCTTGTTCAGGAGGCCGAACCGTATTATCTTAGCGCGACCGCCGGGTTAGCCGGTCTGCCGCTGCGTAGCGCTTGGGCGATTGCCACCGCCAAGCAGGTATACCGTAAAATCGGCGTTAAAGTTGAACAGGCCGGCCAGCAAGCGTGGGATCAGCGCCAGAGCACGACCACCCCTGAAAAGTTGACGTTACTGCTGGCCGCGTCGGGCCAGGCGCTTACCAGCCGCATGCGCGCGCACCCACCGCGACCGGCTCATCTGTGGCAGCGCCCGCTGTGACTGACTCTGACACTTTATAGAACTAGGCATGTAAGCCGAGCTTTTCTATGTTTAAAAGTGGCATCATTAGCCTGCGAATCCTGGAGTCTATGTGAGACTTGAATCTTAATTTTGGAGCTAAAAATGAACAACCCGTCACTTTTGAATCATGCCGTGGAAACTATGGCAGTGGGCAGCAAAAGCTTTGCCACCGCGTCCAAACTATTCGATGCGAAAACGCGGCGCTCAGTACTTATGCTGTACGCGTGGTGCCGCCACTGTGATGATGTTATTGATGATCAAACATTGGGTTTTCAAGCCCGCCAGCCAGCTTTGCAGACCCCGGAACAGCGTCTTATGCAGCTGGAAATGAAAACCCGACAGGCCTATGCAGGGAGTCAGATGCACGAGCCGGCGTTTGCGGCGTTCCAGGAGGTGGCCATGGCCCATGATATCGCACCGGCGTACGCCTTCGATCATCTTGAAGGCTTTGCAATGGATGTGCGCGAAGCGCAATACTCGCAGCTGGACGACACCCTGCGGTATTGTTACCACGTAGCCGGTGTTGTCGGTCTGATGATGGCACAAATTATGGGGGTGCGCGACAACGCGACCTTGGATAGGGCCTGTGACCTGGGCCTAGCATTCCAGTTGACCAACATTGCGCGCGATATCGTGGATGATGCACACGCCGGTCGCTGCTACCTACCGGCGAGTTGGCTGGAACATGAAGGCCTGAATAAGGAAAATTATGCCGCCCCTGAAAACCGCCAGGCGCTGTCTCGCATTGCGCGTCGTCTTGTTCAGGAGGCCGAACCGTATTATCTTAGCGCGACCGCCGGGTTAGCCGGTCTGCCGCTGCGTAGCGCTTGGGCGATTGCCACCGCCAAGCAGGTATACCGTAAAATCGGCGTTAAAGTTGAACAGGCCGGCCAGCAAGCGTGGGATCAGCGCCAGAGCACGACCACCCCTGAAAAGTTGACGTTACTGCTGGCCGCGTCGGGCCAGGCGCTTACCAGCCGCATGCGCGCGCACCCACCGCGACCGGCTCATCTGTGGCAGCGCCCGCTGAGTGAATCTAAACGTGTCTTTCTGGGAAGATCGGGGACATGGGGATCGATCACCAATAGCTCATTAGCCTGCGAATCCTGGAGTCTATGTGAGACTTGAATCTTAATTTTGGAGCTAAAAATGAACAACCCGTCACTTTTGAATCATGCCGTGGAAACTATGGCAGTGGGCAGCAAAAGCTTTGCCACCGCGTCCAAACTATTCGATGCGAAAACGCGGCGCTCAGTACTTATGCTGTACGCGTGGTGCCGCCACTGTGATGATGTTATTGATGATCAAACATTGGGTTTTCAAGCCCGCCAGCCAGCTTTGCAGACCCCGGAACAGCGTCTTATGCAGCTGGAAATGAAAACCCGACAGGCCTATGCAGGGAGTCAGATGCACGAGCCGGCGTTTGCGGCGTTCCAGGAGGTGGCCATGGCCCATGATATCGCACCGGCGTACGCCTTCGATCATCTTGAAGGCTTTGCAATGGATGTGCGCGAAGCGCAATACTCGCAGCTGGACGACACCCTGCGGTATTGTTACCACGTAGCCGGTGTTGTCGGTCTGATGATGGCACAAATTATGGGGGTGCGCGACAACGCGACCTTGGATAGGGCCTGTGACCTGGGCCTAGCATTCCAGTTGACCAACATTGCGCGCGATATCGTGGATGATGCACACGCCGGTCGCTGCTACCTACCGGCGAGTTGGCTGGAACATGAAGGCCTGAATAAGGAAAATTATGCCGCCCCTGAAAACCGCCAGGCGCTGTCTCGCATTGCGCGTCGTCTTGTTCAGGAGGCCGAACCGTATTATCTTAGCGCGACCGCCGGGTTAGCCGGTCTGCCGCTGCGTAGCGCTTGGGCGATTGCCACCGCCAAGCAGGTATACCGTAAAATCGGCGTTAAAGTTGAACAGGCCGGCCAGCAAGCGTGGGATCAGCGCCAGAGCACGACCACCCCTGAAAAGTTGACGTTACTGCTGGCCGCGTCGGGCCAGGCGCTTACCAGCCGCATGCGCGCGCACCCACCGCGACCGGCTCATCTGTGGCAGCGCCCGCTGTACGCCTGGAAAACATTACTGACCCCC 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P21684_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid24 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50032_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid25 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50032_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_1 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_30000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid26 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50032_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_1 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_30000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid27 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50041_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid28 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50041_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_10000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid29 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50041_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid30 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_I50032_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_30000_gene_0 + + + 1 + + + plasmid31 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_B1006_1 + + + 1 + + + + + + + BBa_I13800_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J56012_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_J64101_0 + + + 1 + + + + + + + BBa_K1847014_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_gene_1 + + + 1 + + + plasmid32 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + constraint_3 + + + + + 1 + + + + + constraint_4 + + + + + 1 + + + + + constraint_5 + + + + + 1 + + + + + constraint_6 + + + + + 1 + + + + + constraint_7 + + + + + 1 + + + + + 1 + + + rxn_1_3_prime_assembly + rxn_1_3_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_1_5_prime_assembly + rxn_1_5_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_2_3_prime_assembly + rxn_2_3_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_2_5_prime_assembly + rxn_2_5_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_3_3_prime_assembly + rxn_3_3_prime_assembly + + + + + 1 + + + + rxn_3_5_prime_assembly + rxn_3_5_prime_assembly + + + + + 1 + + + + Haiyao Huang + 2006-08-30T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_B1006/1 + 2015-08-31T04:07:21Z + Ter + BBa_B1006 + + + + + + + B1006 + annotation1898428 + + + range1898428 + 39 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + modified thr terminator + annotation1898429 + + + range1898429 + 31 + + + 10 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + PolyA + annotation1898430 + + + range1898430 + 39 + + + 32 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + PolyA + annotation1898431 + + + range1898431 + 9 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + true + + _41_ + 0 + 745 + 41 + Released HQ 2013 + In stock + + false + Artificial terminator, estimated %T~>90% +*8bp stem, 6nt loop +*Bidirectional, estimated reverse %T~>90% + Bidirectional, with the reverse estimated to be less effective than the forward. Has a polyA tail of 9 residues. + modified E. coli thr terminator, replaced all A-T pairs in stem with C-G pairs + true + + + + + BBa_B1006_sequence + aaaaaaaaaccccgcccctgacagggcggggtttttttt + + + 1 + + + + + robertb + 2004-07-18T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_I13800/1 + 2015-08-31T04:07:36Z + res1 + BBa_I13800 + + + + + + + Ampicillin Resistance + annotation902300 + + + range902300 + 861 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _6_ + 0 + 159 + 7 + Not in stock + + false + This is the wild-type cassette for ampicillin resistance. + false + + + + + BBa_I13800_sequence + ttaccaatgcttaatcagtgaggcacctatctcagcgatctgtctatttcgttcatccatagttgcctgactccccgtcgtgtagataactacgatacgggagggcttaccatctggccccagtgctgcaatgataccgcgagacccacgctcaccggctccagatttatcagcaataaaccagccagccggaagggccgagcgcagaagtggtcctgcaactttatccgcctccatccagtctattaattgttgccgggaagctagagtaagtagttcgccagttaatagtttgcgcaacgttgttgccattgctacaggcatcgtggtgtcacgctcgtcgtttggtatggcttcattcagctccggttcccaacgatcaaggcgagttacatgatcccccatgttgtgcaaaaaagcggttagctccttcggtcctccgatcgttgtcagaagtaagttggccgcagtgttatcactcatggttatggcagcactgcataattctcttactgtcatgccatccgtaagatgcttttctgtgactggtgagtactcaaccaagtcattctgagaatagtgtatgcggcgaccgagttgctcttgcccggcgtcaatacgggataataccgcgccacatagcagaactttaaaagtgctcatcattggaaaacgttcttcggggcgaaaactctcaaggatcttaccgctgttgagatccagttcgatgtaacccactcgtgcacccaactgatcttcagcatcttttactttcaccagcgtttctgggtgagcaaaaacaggaaggcaaaatgccgcaaaaaagggaataagggcgacacggaaatgttgaatactcat + + + 1 + + + + + Reshma Shetty + 2007-04-10T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_I50032/1 + 2015-08-31T04:07:42Z + p15A + BBa_I50032 + + + + + + + p15A origin of replication + annotation1928307 + + + range1928307 + 1223 + + + 399 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + repeat region + annotation1928308 + + + range1928308 + 1450 + + + 1223 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _41_ + 0 + 126 + 70 + Not in stock + + false + p15A origin of replication which is supposed to have low to medium copy number. It is also the origin of replication in pSB3* series plasmids. + The boundaries of this part are quite liberal to ensure that this part is a functional origin. + This part was constructed by PCR amplification of pSB3K3-P1010. + false + + + + + BBa_I50032_sequence + atggaatagactggatggaggcggataaagttgcaggaccacttctgcgctcggcccttccggctggctggtttattgctgataaatctggagccggtgagcgtgggtctcgcggtatcattgcagcactggggccagatggtaagccctcccgtatcgtagttatctacacgacggggagtcaggcaactatggatgaacgaaatagacagatcgctgagataggtgcctcactgattaagcattggtaactgtcagaccaagtttactcatatatactttagattgatttaaaacttcatttttaatttaaaaggatctaggtgaagatcctttttgataatctcatgaccaaaatcccttaacgtgagttttcgttccactgagcgtcagaccccttaataagatgatcttcttgagatcgttttggtctgcgcgtaatctcttgctctgaaaacgaaaaaaccgccttgcagggcggtttttcgaaggttctctgagctaccaactctttgaaccgaggtaactggcttggaggagcgcagtcaccaaaacttgtcctttcagtttagccttaaccggcgcatgacttcaagactaactcctctaaatcaattaccagtggctgctgccagtggtgcttttgcatgtctttccgggttggactcaagacgatagttaccggataaggcgcagcggtcggactgaacggggggttcgtgcatacagtccagcttggagcgaactgcctacccggaactgagtgtcaggcgtggaatgagacaaacgcggccataacagcggaatgacaccggtaaaccgaaaggcaggaacaggagagcgcacgagggagccgccaggggaaacgcctggtatctttatagtcctgtcgggtttcgccaccactgatttgagcgtcagatttcgtgatgcttgtcaggggggcggagcctatggaaaaacggctttgccgcggccctctcacttccctgttaagtatcttcctggcatcttccaggaaatctccgccccgttcgtaagccatttccgctcgccgcagtcgaacgaccgagcgtagcgagtcagtgagcgaggaagcggaatatatcctgtatcacatattctgctgacgcaccggtgcagccttttttctcctgccacatgaagcacttcactgacaccctcatcagtgccaacatagtaagccagtatacactccgctagcgctgaggtctgcctcgtgaagaaggtgttgctgactcataccaggcctgaatcgccccatcatccagccagaaagtgagggagccacggttgatgagagctttgttgtaggtggaccagttggtgattttgaacttttgctttgccacggaacggtctgcgttgtcgggaagatgcgtgatctgatccttcaactcagcaaaagttcgatttattcaacaaagccacgttgtgtctcaaaatctctgatgttacattgcacaagataaaaatatatcatcatgaacaataaaactgtctgcttacataaacagtaatacaaggggtgtt + + + 1 + + + + + Reshma Shetty + 2006-03-13T12:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_I50041/1 + 2015-08-31T04:07:42Z + BBR1 + BBa_I50041 + + + + + + + putative polyA + annotation1932215 + + + range1932215 + 91 + + + 76 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + repA + annotation1932216 + + + range1932216 + 1152 + + + 202 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932217 + + + range1932217 + 1176 + + + 1154 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + RBS + annotation1932218 + + + range1932218 + 1159 + + + 1154 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + RBS + annotation1932219 + + + range1932219 + 1168 + + + 1156 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + promoter region + annotation1932220 + + + range1932220 + 1192 + + + 1173 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932221 + + + range1932221 + 1200 + + + 1179 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + rep promoter -10 + annotation1932222 + + + range1932222 + 1188 + + + 1183 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + rep promoter -35 + annotation1932223 + + + range1932223 + 1210 + + + 1205 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + Mutated SpeI site + annotation1932224 + + + range1932224 + 1224 + + + 1219 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + direct repeat + annotation1932225 + + + range1932225 + 1269 + + + 1250 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + direct repeat + annotation1932226 + + + range1932226 + 1301 + + + 1282 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + direct repeat + annotation1932227 + + + range1932227 + 1322 + + + 1303 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + AT rich region + annotation1932228 + + + range1932228 + 1403 + + + 1321 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + par region + annotation1932229 + + + range1932229 + 1901 + + + 1534 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932230 + + + range1932230 + 1817 + + + 1800 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932231 + + + range1932231 + 1846 + + + 1823 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932232 + + + range1932232 + 1873 + + + 1857 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + Tn3 integration site + annotation1932233 + + + range1932233 + 1880 + + + 1876 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + inverted repeat + annotation1932234 + + + range1932234 + 1899 + + + 1886 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + terminator + annotation1932235 + + + range1932235 + 1992 + + + 1963 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080856 + + + range2080856 + 36 + + + 36 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080857 + + + range2080857 + 126 + + + 126 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080858 + + + range2080858 + 288 + + + 288 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + difference from canonical pSC101 sequence in Genbank + annotation2080859 + + + range2080859 + 383 + + + 383 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _41_6_ + 0 + 126 + 45 + Not in stock + + false + pSC101 origin of replication which is supposed to have low copy number. This was the origin used in Michael Elowitz's repressilator and in Bujard's pZS4Int-1 vector with mutations introduced to eliminate a SpeI site. It is also the origin of replication in pSB4* series plasmids. This part is the reverse copy of BBa_I50040. + false + + + + + BBa_I50041_sequence + gttacattgtcgatctgttcatggtgaacagctttgaatgcaccaaaaactcgtaaaagctctgatgtatctatcttttttacaccgttttcatctgtgcatatggacagttttccctttgatatgtaacggtgaacagttgttctacttttgtttgttagtcttgatgcttcactgatagatacaagagccataagaacctcagatccttccgtatttagccagtatgttctctagtgtggttcgttgtttttgcgtgagccatgagaacgaaccattgagatcatacttactttgcatgtcactcaaaaattttgcctcaaaactggtgagctgaatttttgcagttaaagcatcgtgtagtgtttttcttagtccgttatgtaggtaggaatctgatgtaatggttgttggtattttgtcaccattcatttttatctggttgttctcaagttcggttacgagatccatttgtctatctagttcaacttggaaaatcaacgtatcagtcgggcggcctcgcttatcaaccaccaatttcatattgctgtaagtgtttaaatctttacttattggtttcaaaacccattggttaagccttttaaactcatggtagttattttcaagcattaacatgaacttaaattcatcaaggctaatctctatatttgccttgtgagttttcttttgtgttagttcttttaataaccactcataaatcctcatagagtatttgttttcaaaagacttaacatgttccagattatattttatgaatttttttaactggaaaagataaggcaatatctcttcactaaaaactaattctaatttttcgcttgagaacttggcatagtttgtccactggaaaatctcaaagcctttaaccaaaggattcctgatttccacagttctcgtcatcagctctctggttgctttagctaatacaccataagcattttccctactgatgttcatcatctgagcgtattggttataagtgaacgataccgtccgttctttccttgtagggttttcaatcgtggggttgagtagtgccacacagcataaaattagcttggtttcatgctccgttaagtcatagcgactaatcgctagttcatttgctttgaaaacaactaattcagacatacatctcaattggtctaggtgattttaatcactataccaattgagatgggctagtcaatgataattacatgtccttttcctttgagttgtgggtatctgtaaattctgctagacctttgctggaaaacttgtaaattctgctagaccctctgtaaattccgctagacctttgtgtgttttttttgtttatattcaagtggttataatttatagaataaagaaagaataaaaaaagataaaaagaatagatcccagccctgtgtataactcactactttagtcagttccgcagtattacaaaaggatgtcgcaaacgctgtttgctcctctacaaaacagaccttaaaaccctaaaggcttaagtagcaccctcgcaagctcgggcaaatcgctgaatattccttttgtctccgaccatcaggcacctgagtcgctgtctttttcgtgacattcagttcgctgcgctcacggctctggcagtgaatgggggtaaatggcactacaggcgccttttatggattcatgcaaggaaactacccataatacaagaaaagcccgtcacgggcttctcagggcgttttatggcgggtctgctatgtggtgctatctgactttttgctgttcagcagttcctgccctctgattttccagtctgaccacttcggattatcccgtgacaggtcattcagactggctaatgcacccagtaaggcagcggtatcatcaacaggcttacccgtcttactgtccctagtgcttggattctcaccaataaaaaacgcccggcggcaaccgagcgttctgaacaaatccagatggagttctgaggtcattactggatctatcaacaggagtccaagcgagctcgtaaacttggtctgacag + + + 1 + + + + + Matt Eames + 2006-10-31T12:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_J56012/1 + 2015-08-31T03:22:59Z + Ptrc + BBa_J56012 + + + + + 1 + false + false + _79_98_ + 0 + 1132 + 98 + Not in stock + + false + Seuqence is inverted by the FimE protein. Inside recognition sequence is a Ptrc promoter sequence. Switch is irreversible. + None + Synthesized by DNA 2.0 + false + + + + + BBa_J56012_sequence + ctgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatttggggccaaactgtccatattatacgagccggatgattaattgtcaaccataaaaatattaaaaaacgacaaaaagcatctaactgtttgatatgtaaattatttctattgtaaattaatttcacatcacctccgctatatgtaaagctaacgtttctgtggctcgacgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcggtacc + + + 1 + + + + + Jeffrey J Tabor + 2007-04-13T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_J64101/1 + 2015-05-08T01:08:17Z + ColE1 + BBa_J64101 + + + + + + + BBa_J64100 + annotation1931320 + + + range1931320 + 2800 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + G00100 + annotation1931321 + + + range1931321 + 25 + + + 6 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + prefix + annotation1931322 + + + range1931322 + 145 + + + 124 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + B0025 + annotation1931323 + + + range1931323 + 274 + + + 146 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + suffix + annotation1931324 + + + range1931324 + 295 + + + 275 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + G00101 + annotation1931325 + + + range1931325 + 450 + + + 431 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + G00101 + annotation1931326 + + + range1931326 + 502 + + + 483 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _98_ + 0 + 88 + 98 + Not in stock + + false + ColE1 biobrick plasmid with backward terminator in MCS + None + Composite registry part derived from J64100 and B0025 + false + + + + + BBa_J64101_sequence + tcgagtgccacctgacgtctaagaaaccattattatcatgacattaacctataaaaataggcgtatcacgaggcagaatttcagataaaaaaaatccttagctttcgctaaggatgatttctggaattcgcggccgcttctagagtataaacgcagaaaggcccacccgaaggtgagccagtgtgactctagtagagagcgttcaccgacaaacaacagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggtactagtagcggccgctgcagtccggcaaaaaaacgggcaaggtgtcaccaccctgccctttttctttaaaaccgaaaagattacttcgcgttatgcaggcttcctcgctcactgactcgctgcgctcggtcgttcggctgcggcgagcggtatcagctcactcaaaggcggtaatcctagggcgttcggctgcggcgagcggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatccacagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccaggaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcatcacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccaggcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcaatgctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacacgacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggcggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaaggacagtatttggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatccggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgcagaaaaaaaggatctcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgacttgtgcttggattctcaccaataaaaaacgcccggcggcaaccgagcgttctgaacaaatccagatggagttctgaggtcattactggatctatcaacaggagtccaagcgagctcgatatcaaattacgccccgccctgccactcatcgcagtactgttgtaattcattaagcattctgccgacatggaagccatcacagacggcatgatgaacctgaatcgccagcggcatcagcaccttgtcgccttgcgtataatatttgcccatggtgaaaacgggggcgaagaagttgtccatattggccacgtttaaatcaaaactggtgaaactcacccagggattggctgagacgaaaaacatattctcaataaaccctttagggaaataggccaggttttcaccgtaacacgccacatcttgcgaatatatgtgtagaaactgccggaaatcgtcgtggtattcactccagagcgatgaaaacgtttcagtttgctcatggaaaacggtgtaacaagggtgaacactatcccatatcaccagctcaccgtctttcattgccatacgaaattccggatgagcattcatcaggcgggcaagaatgtgaataaaggccggataaaacttgtgcttatttttctttacggtctttaaaaaggccgtaatatccagctgaacggtctggttataggtacattgagcaactgactgaaatgcctcaaaatgttctttacgatgccattgggatatatcaacggtggtatatccagtgatttttttctccattttagcttccttagctcctgaaaatctcgataactcaaaaaatacgcccggtagtgatcttatttcattatggtgaaagttggaacctcttacgtgccgatcaacgtctcattttcgccagatatcgacgtctaagaaaccattattatcatgacattaacctataaaaataggcgtatcacgaggccctttcgtcttcacc + + + 1 + + + + + Anna Fomitcheva, Lisa Baumgartner + 2015-08-25T11:00:00Z + https://synbiohub.org/public/igem/BBa_K1847014/1 + 2015-08-26T09:07:45Z + PlacUV5 + BBa_K1847014 + + + + + + plac UV5 + annotation2438101 + + + range2438101 + 31 + + + 1 + 1 + + + + + + + 1 + + + + + lacO + annotation2438102 + + + range2438102 + 55 + + + 39 + 1 + + + + + + + 1 + + + + 1 + false + false + + _2273_ + 26442 + 26442 + 9 + + false + Promoter regulated by LacI. + Synthetic synthesis. + false + + + + + BBa_K1847014_sequence + tttacactttatgcttccggctcgtataatgtgtggaattgtgagcggataacaa + + + 1 + + + + + Chris J. Myers + James Alastair McLaughlin + Conversion of the iGEM parts registry to SBOL2.1 + iGEM to SBOL conversion + igem2sbol + + 1 + 2017-03-06T15:00:00.000Z + + diff --git a/tools/metaphlan/customizemetadata.py b/tools/metaphlan/customizemetadata.py index a980def05a8..252968018da 100644 --- a/tools/metaphlan/customizemetadata.py +++ b/tools/metaphlan/customizemetadata.py @@ -56,6 +56,7 @@ def transform_pkl_to_json(pkl_fp, json_fp): 'taxonomy': in_metadata['taxonomy'], 'merged_taxon': {} } + # transform merged_taxons tuple keys to string for k in in_metadata['merged_taxon']: n = ' , '.join(k) @@ -85,6 +86,13 @@ def transform_json_to_pkl(json_fp, pkl_fp): n = ' , '.split(k) out_metadata[n] = in_metadata['merged_taxon'][k] + # Ensure that there are 8 taxonomy levels (for compatibility between Metaphlan v3 and v4) + # v3 DB release encodes the taxids as: ('2|1224|1236|91347|543|547|354276', 4404432) + # v4 DB release encodes the taxids as: ('2|1224|1236|91347|543|547|354276|', 4404432) + for k in out_metadata['taxonomy']: + if out_metadata['taxonomy'][k][0].count('|') == 6: + out_metadata['taxonomy'][k] = (out_metadata['taxonomy'][k][0] + '|', out_metadata['taxonomy'][k][1]) + # dump metadata to Pickle file with bz2.BZ2File(pkl_fp, 'w') as pkl_f: pickle.dump(out_metadata, pkl_f) diff --git a/tools/metaphlan/formatoutput.py b/tools/metaphlan/formatoutput.py index 0549f74569a..32acf9a278c 100644 --- a/tools/metaphlan/formatoutput.py +++ b/tools/metaphlan/formatoutput.py @@ -57,9 +57,11 @@ def split_levels(metaphlan_output_fp, out_dp, legacy_output): # skip headers if line.startswith("#"): continue - # skip UNKNOWN lines in Predicted taxon relative abundances - if "UNKNOWN" in line: + + # skip UNKNOWN (v3) or UNCLASSIFIED (v4) lines in predicted taxon relative abundances + if "UNKNOWN" in line or 'UNCLASSIFIED' in line: continue + # spit lines split_line = line[:-1].split('\t') taxo_n = split_line[0].split('|') diff --git a/tools/metaphlan/macros.xml b/tools/metaphlan/macros.xml index e85d3f09432..2c6405a8932 100644 --- a/tools/metaphlan/macros.xml +++ b/tools/metaphlan/macros.xml @@ -1,6 +1,6 @@ - 3.0.14 + 4.0.3 0 20.01 diff --git a/tools/metaphlan/merge_metaphlan_tables.xml b/tools/metaphlan/merge_metaphlan_tables.xml index c31166435e3..a90d25a7b57 100644 --- a/tools/metaphlan/merge_metaphlan_tables.xml +++ b/tools/metaphlan/merge_metaphlan_tables.xml @@ -27,8 +27,8 @@ merge_metaphlan_tables.py - + @@ -38,7 +38,7 @@ What it does ============ MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, -Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level. +Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) at the species-level. This tool performs a table join on one or more tab-separated files with the predicted taxon relative abundances that have been generated by MetaPhlAn. diff --git a/tools/metaphlan/metaphlan.xml b/tools/metaphlan/metaphlan.xml index d19caba3b3f..3be996607e3 100644 --- a/tools/metaphlan/metaphlan.xml +++ b/tools/metaphlan/metaphlan.xml @@ -107,7 +107,7 @@ bzcat '$inputs.in.raw_in.in_r' > 'in_r' #if $inputs.db.db_selector == "history" mkdir 'ref_db' && -bowtie2-build '$inputs.db.bowtie2db' 'ref_db/custom_db' +bowtie2-build --large-index '$inputs.db.bowtie2db' 'ref_db/custom_db' && python '$__tool_directory__/customizemetadata.py' transform_json_to_pkl @@ -123,9 +123,15 @@ metaphlan --read_min_len $inputs.in.read_min_len --bt2_ps '$inputs.in.mapping.bt2_ps' --min_mapq_val $inputs.in.mapping.min_mapq_val + #if $ext == "sam" + --nreads \$(cat '$file_path' | grep -c -v '^@') + #end if #else '$inputs.in.in' --input_type '$inputs.in.selector' + #if $inputs.in.selector == "sam" + --nreads \$(cat '$inputs.in.in' | grep -c -v '^@') + #end if #end if #if $inputs.db.db_selector == "cached" --bowtie2db '$inputs.db.cached_db.fields.path' @@ -334,7 +340,7 @@ python '$__tool_directory__/formatoutput.py' - @@ -408,7 +414,7 @@ python '$__tool_directory__/formatoutput.py'
- + @@ -503,7 +509,8 @@ python '$__tool_directory__/formatoutput.py' - + + @@ -1051,7 +1058,7 @@ What it does ============ MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, -Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level. +Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) at species-level. MetaPhlAn relies on ~1.1M unique clade-specific marker genes identified from ~100,000 reference genomes (~99,500 bacterial and archaeal and ~500 eukaryotic), allowing: @@ -1077,8 +1084,8 @@ MetaPhlAn introduces the capability of characterizing organisms at the strain le aggregated marker information. Such capability comes with several slightly different flavours and are a way to perform strain tracking and comparison across multiple samples. -Usually, MetaPhlAn is first ran with the default parameter for the type of analysis to profile the -species present in the community, and then a strain-level profiling can be performed to zoom-in into +Usually, MetaPhlAn is first ran with default parameters for the type of analysis to profile the +species present in the community, and then a strain-level profiling can be performed to zoom-in on specific species of interest. This operation can be performed quickly as it exploits the bowtie2out intermediate file saved during the execution of the default analysis type. @@ -1087,16 +1094,16 @@ Inputs Metaphlan takes as input either: -- one or several sequence files in Fasta, FastQ (compressed or not) +- one or several sequence files in Fasta, FastQ (whether compressed or not) - a BowTie2 produced SAM file - an intermediary mapping file of the microbiota generated by a previous MetaPhlAn run -It also need the reference database, which can be locally installed or customized using the dedicated tools. +It also needs the reference database, which can be locally installed or customized using the dedicated tools. Outputs ======= -The main output file is a tab-separated file with the predicted taxon relative abundances. +The main output is a tab-separated file with the predicted taxon relative abundances. It also generates a BIOM file and some intermediate files (SAM and BowTie2out) if sequence files are given as inputs. @@ -1106,7 +1113,7 @@ More help and use cases To get more information about MetaPhlAn usage and use cases, please refer to the `Metaphlan documentation`_. -.. _Metaphlan documentation: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-3.0#basic-usage +.. _Metaphlan documentation: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4#Basic-Usage ]]> diff --git a/tools/metaphlan/test-data/test-db.json b/tools/metaphlan/test-data/test-db.json index ebffe0f3e3b..8df5cda008a 100644 --- a/tools/metaphlan/test-data/test-db.json +++ b/tools/metaphlan/test-data/test-db.json @@ -1 +1 @@ -{"markers": {"504553__GeneID:10498608": {"ext": ["GCA_000144505", "GCA_000144125", "GCA_000488875", "GCA_000178055", "GCA_001660965", "GCA_000144445", "GCA_003384145", "GCA_002572705", "GCA_001660935", "GCA_001750525", "GCA_000144775", "GCA_003390995", "GCA_001750535", "GCA_000008345", 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length bases mean min max +sample 1000 585663 585.66 0 1697 +sample_region 1000 585663 585.66 0 1697 +total 1000 585663 585.66 0 1697 +total_region 1000 585663 585.66 0 1697 diff --git a/tools/mosdepth/test-data/output_region_summary_windowed_median.tabular b/tools/mosdepth/test-data/output_region_summary_windowed_median.tabular new file mode 100644 index 00000000000..da0cd4d8f39 --- /dev/null +++ b/tools/mosdepth/test-data/output_region_summary_windowed_median.tabular @@ -0,0 +1,5 @@ +chrom length bases mean min max +sample 1000 599548 599.55 0 1700 +sample_region 1000 599548 599.55 0 1700 +total 1000 599548 599.55 0 1700 +total_region 1000 599548 599.55 0 1700 diff --git a/tools/mosdepth/test-data/output_summary.tabular b/tools/mosdepth/test-data/output_summary.tabular new file mode 100644 index 00000000000..fb315e98358 --- /dev/null +++ b/tools/mosdepth/test-data/output_summary.tabular @@ -0,0 +1,3 @@ +chrom length bases mean min max +sample 1000 585663 585.66 0 1697 +total 1000 585663 585.66 0 1697 diff --git a/tools/mosdepth/test-data/output_thresholds.bed b/tools/mosdepth/test-data/output_thresholds.bed new file mode 100644 index 00000000000..0dd93a78276 --- /dev/null +++ b/tools/mosdepth/test-data/output_thresholds.bed @@ -0,0 +1,3 @@ +#chrom start end region 20X 40X +sample 22 581 varskip-0317-1_01 394 394 +sample 418 998 varskip-0317-1_02 354 22 diff --git a/tools/mosdepth/test-data/output_window_depths.bed b/tools/mosdepth/test-data/output_window_depths.bed new file mode 100644 index 00000000000..8cf00fec18a --- /dev/null +++ b/tools/mosdepth/test-data/output_window_depths.bed @@ -0,0 +1,5 @@ +sample 0 200 1175.42 +sample 200 400 1477.54 +sample 400 600 215.08 +sample 600 800 27.68 +sample 800 1000 32.59 diff --git a/tools/mosdepth/test-data/output_window_depths_median.bed b/tools/mosdepth/test-data/output_window_depths_median.bed new file mode 100644 index 00000000000..f3bdc16c013 --- /dev/null +++ b/tools/mosdepth/test-data/output_window_depths_median.bed @@ -0,0 +1,5 @@ +sample 0 200 1526.00 +sample 200 400 1523.00 +sample 400 600 1.00 +sample 600 800 38.00 +sample 800 1000 38.00 diff --git a/tools/ncbi_acc_download/macros.xml b/tools/ncbi_acc_download/macros.xml index d36a3102573..7040ab6df94 100644 --- a/tools/ncbi_acc_download/macros.xml +++ b/tools/ncbi_acc_download/macros.xml @@ -1,3 +1,3 @@ - 0.2.7 + 0.2.8 diff --git a/tools/ncbi_acc_download/ncbi_acc_download.xml b/tools/ncbi_acc_download/ncbi_acc_download.xml index 23be96a1aa2..41f4b461189 100644 --- a/tools/ncbi_acc_download/ncbi_acc_download.xml +++ b/tools/ncbi_acc_download/ncbi_acc_download.xml @@ -24,6 +24,9 @@ #if $molecule.format != 'featuretable' and $molecule.format != 'gff3': --extended-validation all #end if + #if $range != "" + --range $range + #end if \${accession}; failure=\$?; if [ \$failure -ne 0 ]; then @@ -73,6 +76,15 @@ + + + + + + + + + @@ -296,6 +308,25 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + download gene sequences and metadata + + + macros.xml + + + + gene_data_report.tsv +## if ! dataformat tsv gene --package ncbi_dataset.zip > gene_data_report.tsv 2> dataformat.log; then +## dataformat tsv prok-gene --package ncbi_dataset.zip > gene_data_report.tsv 2>> dataformat.log; +## fi + +#if $file_choices.kingdom_cond.include and "product-report" in $file_choices.kingdom_cond.include + && dataformat tsv gene-product --package ncbi_dataset.zip > gene_product_report.tsv +#end if + +## unzip and rehydrate if any data is to be downloaded (include is not None) +#if $file_choices.kingdom_cond.include + ## unzip + && 7z x -y ncbi_dataset.zip > 7z.log +#end if +]]> + +
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+ + + + + file_choices['kingdom_cond']['include'] and "product-report" in file_choices['kingdom_cond']['include'] + + + file_choices['kingdom_cond']['include'] and "gene" in file_choices['kingdom_cond']['include'] + + + file_choices['kingdom_cond']['include'] and "rna" in file_choices['kingdom_cond']['include'] + + + file_choices['kingdom_cond']['include'] and "protein" in file_choices['kingdom_cond']['include'] + + + file_choices['kingdom_cond']['include'] and "cds" in file_choices['kingdom_cond']['include'] + + + file_choices['kingdom_cond']['include'] and "5p-utr" in file_choices['kingdom_cond']['include'] + + + file_choices['kingdom_cond']['include'] and "5p-utr" in file_choices['kingdom_cond']['include'] + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tools/ncbi_datasets/datasets_genome.xml b/tools/ncbi_datasets/datasets_genome.xml index cbb20b9a782..974a4cab3b7 100644 --- a/tools/ncbi_datasets/datasets_genome.xml +++ b/tools/ncbi_datasets/datasets_genome.xml @@ -1,211 +1,341 @@ download genome sequence, annotation and metadata + macros.xml + ncbi_dataset.txt +--no-progressbar +--dehydrated + +## produce TSV report file +&& dataformat tsv genome + --package ncbi_dataset.zip + --fields #echo ",".join($file_choices.report_columns) + > genome_data_report.tsv + +## unzip and rehydrate if any data is to be downloaded (include is not None) +#if $file_choices.include + ## unzip + && 7z x -y ncbi_dataset.zip > 7z.log + + ## rehydrate + && datasets rehydrate + --directory ./ + #if not $file_choices.decompress + --gzip + #end if + --max-workers \${NCBI_DATASETS_MAX_WORKERS:-10} + + ## rename all faa, fna (resp faa.gz, fna.gz) to fasta (resp fasta.gz) to allow discovery + && find ncbi_dataset \( -name "*.faa" -o -name "*.fna" -o -name "*.faa.gz" -o -name "*.fna.gz" \) -exec sh -c 'mv {} \$(echo {} | sed "s/.f[an]a\(.gz\)\?\$/.fasta\1/")' \; + + ## unzip all compressed (non-fasta) files (jsonl files are just named .gz) + ## note "not decompress" means that the datasets are provided uncompressed (datasets rehydrate is called we --gzip) + ## in this case we need to decompress all datasets that don't have a Galaxy datatype allowing for compression + && find ncbi_dataset -name "*.jsonl.gz" -exec sh -c 'mv {} \$(dirname {})/\$(basename {} .gz)' \; + #if not $file_choices.decompress + && find ncbi_dataset \( -name "*.gz" ! -name "*fasta.gz" \) -exec gunzip {} \; + #end if + + #if "seq-report" in $file_choices.include + && find ncbi_dataset -name sequence_report.jsonl -exec sh -c 'dataformat tsv genome-seq --inputfile {} > \$(dirname {})/\$(basename {} .jsonl).tsv' \; + #end if + + && true ## because Galaxy removes trailing ; from command #end if ]]>
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- - - not uncompressed - - - not uncompressed - - - uncompressed - + - - uncompressed + + file_choices['include'] and "seq-report" in file_choices['include'] - - uncompressed and not file_choices['exclude_seq'] - - - - uncompressed and not file_choices['exclude_genomic_cds'] - - - - uncompressed and not file_choices['exclude_gff3'] + + file_choices['include'] and "genome" in file_choices['include'] - - uncompressed and not file_choices['exclude_rna'] + + file_choices['include'] and "rna" in file_choices['include'] - - uncompressed and not file_choices['exclude_protein'] + + file_choices['include'] and "protein" in file_choices['include'] - - - uncompressed and file_choices['include_gbff'] + + + file_choices['include'] and "cds" in file_choices['include'] + + + + file_choices['include'] and "gff3" in file_choices['include'] - - uncompressed and file_choices['include_gtf'] + + file_choices['include'] and "gtf" in file_choices['include'] + + + + file_choices['include'] and "gbff" in file_choices['include'] + + + + + + + + +
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+ - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tools/ncbi_datasets/macros.xml b/tools/ncbi_datasets/macros.xml index 1fdf01f0371..d00c73957af 100644 --- a/tools/ncbi_datasets/macros.xml +++ b/tools/ncbi_datasets/macros.xml @@ -1,6 +1,6 @@ - 13.36.0 - 0 + 14.4 + 1 21.01 MIT profile="@PROFILE@" license="@LICENSE@" @@ -11,28 +11,33 @@ ncbi-datasets-cli - ca-certificates + ca-certificates p7zip + + + ncbi_datasets + + + - - - - + - + - + @@ -42,8 +47,10 @@ - - + + + @@ -62,58 +69,255 @@ - - - - - - + + + - - + + + + + + + + + + + - - - - - - + + + + + - - - - + + + + + + + + + + - + + + - - - - - - - - - - - $file_choices.exclude_gff3 $file_choices.exclude_genomic_cds $file_choices.exclude_protein $file_choices.exclude_rna $file_choices.exclude_seq - $exclude_gene $exclude_protein $exclude_rna - $exclude_protein $exclude_pdb $exclude_gpff $exclude_cds - $exclude_seq @EXCLUDES_VIRUS_PROTEIN@ - - - - $file_choices.include_gbff $file_choices.include_gtf - $include_gbff + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + [0-9]{2}/[0-9]{2}/[0-9]{4} + #if $filters.released_before: --released-before '$filters.released_before' #end if - #if $filters.released_since: ---released-since '$filters.released_since' + #if $filters.released_after: +--released-after '$filters.released_after' #end if + + + + + + + + + + diff --git a/tools/ncbi_datasets/test-data/geneids.txt b/tools/ncbi_datasets/test-data/geneids.txt new file mode 100644 index 00000000000..366374ffcdf --- /dev/null +++ b/tools/ncbi_datasets/test-data/geneids.txt @@ -0,0 +1,2 @@ +2597 +14433 diff --git a/tools/necat/.shed.yml b/tools/necat/.shed.yml new file mode 100644 index 00000000000..407c7cbc8ea --- /dev/null +++ b/tools/necat/.shed.yml @@ -0,0 +1,13 @@ +categories: +- Assembly +description: Error correction and de-novo assembly for ONT Nanopore reads +homepage_url: https://github.com/xiaochuanle/NECAT +long_description: | + NECAT performs error correction to remove complex errors in nanopore reads. It can also optionally de novo assembly. + + See https://doi.org/10.1038/s41467-020-20236-7 for more information + +name: necat +owner: iuc +remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/necat +type: unrestricted \ No newline at end of file diff --git a/tools/necat/macros.xml b/tools/necat/macros.xml new file mode 100644 index 00000000000..dff30dbed3f --- /dev/null +++ b/tools/necat/macros.xml @@ -0,0 +1,250 @@ + + + + 0.0.1_update20200803 + 0 + + + + + + + + + +
+ + + + + + + + + +
+ + + + + +
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+ + + + + + + 10.1038/s41467-020-20236-7 + + + diff --git a/tools/necat/necat.xml b/tools/necat/necat.xml new file mode 100644 index 00000000000..de1548471b2 --- /dev/null +++ b/tools/necat/necat.xml @@ -0,0 +1,440 @@ + + Error correction and de-novo assembly for ONT Nanopore reads + + macros.xml + + + necat + + + necat + + > read_list.txt && + #set i = $i + 1 + #end for + + ## #for $i, $input in enumerate($input_fastqs): + ## #set filename = 'reads_${i}.$input.ext' + ## ln -s '$input' $filename && + ## echo $filename >> read_list.txt && + ## #end for + + ## necat commands + necat correct '${job_configfile}' + #if $assembly.should_assemble == "yes": + && necat assemble '${job_configfile}' + && necat bridge '${job_configfile}' + #end if + ]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + + + + + + +
+ + + + + assembly['should_assemble'] == 'yes' and not assembly['polish_contigs'] + + + assembly['should_assemble'] == 'yes' and assembly['polish_contigs'] + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + + + + kmer size +-z scan window size +-q kmer occurs > q times will be ignored +-b block size +-n number of candidates +-a min align length +-d ddf score cutoff +-e sequencing error +-m number of output + +| + +| DEFAULT OPTIONS: +| -k 15 -z 10 -q 500 -b 2000 -s 3 -n 500 -a 500 -d 0.250000 -e 0.500000 -m 500 -t 1 + +| +| + +*oc2cns* + +| Creates consensus reads from raw-read overlaps +| *Consensus Sensitive Options & Consensus Fast Options* +| + +-a align length cutoff +-x minimal coverage +-y maximal coverage +-l minimal length of corrected reads. +-f <0 or 1> full consensus or not: 1 = yes, 0 = no +-e sequencing error +-p minimal mapping ratio +-r <0 or 1> rescue long indels or not: 1 = yes, 0 = no +-u <0 or 1> use dynamic or fixed ident cutoff: 1 = fixed, 0 = dynamic + +| + +| DEFAULT OPTIONS: +| -a 400 -x 4 -y 12 -l 500 -f 0 -e 0.500000 -p 0.800000 -t 1 -r 0 -u 0 -s 0 + +| +| + +*oc2asmpm* + +| Identifies corrected-read overlaps for assembly +| *Trimming Overlap Options & Assembly Overlap Options* +| + + +-k kmer size +-z scan window size +-q kmer occurs > q times will be ignored +-b block size +-n number of candidates +-a min align length +-d ddf score cutoff +-e sequencing error +-m number of output + +| +| + +*fsa_ol_filter* + +| Filters out low-quality corrected-read overlaps for assembly +| *Assembly Overlap Filtering Options* +| + +--min_length=INT minimum length of reads. default: 2500 +--max_length=INT maximum length of reads. default: 2147483647 +--min_identity=DOUBLE minimum identity of overlaps default: -1 +--min_aligned_length=INT minimum aligned length of overlaps default: 2500 +--max_overhang=INT maximum overhang of overlaps, negative number = determined by the program. default: -1 +--min_coverage=INT minimum base coverage, negative number = determined by the program. default: -1 +--max_coverage=INT maximum base coverage, negative number = determined by the program default: -1 +--max_diff_coverage=INT maximum difference of base coverage, negative number = determined by the program default: -1 +--coverage_discard=DOUBLE discard ratio of base coverage. If max_coverage or max_diff_coverage is negative, it will be reset to (100-coverage_discard)th percentile. default: 0.01 +--bestn=INT output best n overlaps on 5' or 3' end for each read. default: 10 +--genome_size=INT genome size. It determines the maximum length of reads with coverage together default: 0 +--coverage=INT coverage. It determines the maximum length of reads with genome_size together default: 40 +--identity_global_deviation1=DOUBLE If min_identity < 0, min_identity is set to min(m, deviation1) - 1.4826*mad*deviation2 default: 98 +--identity_global_deviation2=DOUBLE If min_identity < 0, min_identity is set to min(m, deviation1) - 1.4826*mad*deviation2 default: 6 +--overhang_global_deviation1=DOUBLE If max_overhang < 0, max_overhang is set to max(m, deviation1) + 1.4826*mad*deviation2 default: 30 +--overhang_global_deviation2=DOUBLE If max_overhang < 0, max_overhang is set to max(m, deviation1) + 1.4826*mad*deviation2 default: 6 +--identity_local_deviation1=DOUBLE The local threshold of identity is set to min(m, deviation1) - 1.4826*mad*deviation2 default: 99 +--identity_local_deviation2=DOUBLE The local threshold of identity is set to min(m, deviation1) - 1.4826*mad*deviation2 default: 6 +--overhang_local_deviation1=DOUBLE The local threshold of overhang is set to max(m, deviation1) + 1.253*mad*deviation2 default: 10 +--overhang_local_deviation2=DOUBLE The local threshold of overhang is set to max(m, deviation1) + 1.253*mad*deviation2 default: 6 +--identity_local_condition=INT Local filtering conditions. 0 = overlap idenitity < threshold, 1 = overlap idenitity < threshold and query identity >= target identity default: 0 +--local_low_coverage=INT If the coverage of reads is less than local_low_coverage, min_identity and max_overhang are used to filter out low-quality overlaps. Otherwise, the local threshold is used. default: 25 + +| +| + +*fsa_assemble* + +| Constructs contigs from filtered overlaps +| *Contig Assembly Options* +| + +--min_length=INT minimum length of reads default: 0 +--min_identity=DOUBLE minimum identity of overlaps default: 0 +--min_aligned_length=INT minimum aligned length of overlaps default: 0 +--min_contig_length=INT minimum length of contigs default: 500 +--select_branch=BOOL select the most probable branch default: "no" +--max_spur_length=INT branches less the threshod are treated as spurs default: 50000 + +| +| + +*fsa_ctg_bridge* + +| Bridges contigs using input long raw-reads +| *Contig Bridging Options* +| + +--read_min_length=INT minimum rawread length default: 5000 +--ctg_min_length=INT minimum contig length default: 500 +--ctg2ctg_min_identity=DOUBLE minimum identity of overlaps between contigs default: 95 +--ctg2ctg_max_overhang=INT maximum overhang of overlaps between contigs default: 100 +--ctg2ctg_min_aligned_length=INT minimum aligned length of overlaps between contigs default: 2000 +--read2ctg_min_identity=DOUBLE minimum identity of overlaps between rawreads and contigs default: 80 +--read2ctg_max_overhang=INT maximum overhang of overlaps between rawreads and contigs default: 500 +--read2ctg_min_aligned_length=INT minimum aligned length of overlaps between rawreads and contigs default: 5000 +--read2ctg_min_coverage=INT minimum coverage of links between rawreads and contigs default: 3 +--min_contig_length=INT minimum length of bridged contig default: 500 +--select_branch=BOOL select the most probable branch default: "no" +--window_size=INT threshold is used to group rawreads that bridge contigs default: 1000 + +| + + + ]]> + + \ No newline at end of file diff --git a/tools/necat/test-data/test1.fa b/tools/necat/test-data/test1.fa new file mode 100644 index 00000000000..ef23657bc63 --- /dev/null +++ b/tools/necat/test-data/test1.fa @@ -0,0 +1,164 @@ +>SRR7477814.1.32925 1aa2d72-91ef-48d9-950c-cb47fa132b5d_Basecall_1D length=542 +TTGGTACTTCGTTCAGTTACGTATTGCGGGTCTTGTGTCCCCACTTGGGGTTTCGCATTTATCGTCGCGAAACGCTTTTCGCGTTTTTCGTGCGCCCACTTCATTGGCACCAGTCGGTATTGGTAGTCGTGAATATGACATTTGTGCAGGGCTATCGATAAAACTCGAGTGAACTCAAAATTCCGGTGCAAACAGACGGGCGAAACACTGAAGATCAACATTCTGATCACGAGCATTCCGGAAGATCGGCAGAAGAATGGCTGGGATCATTGGATTAATTTACTCAAATAAAGTATATACAGATCGATTGCGATCACTGTGGATAACTTTATCGGGAAGCTTGGATCAACCGGTAGTTATCAAAGAACAACCGTTGTTCAGTTTTGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCAACGCGGTCGGGGATCACCGATCATTCTGATTGATCCTTTCCGGGTTGTTGATCTTAAAACCCGGATCCTTGGTATCCACAGGGCAGTACGATCTAATAAGAGATAACAATAGAACAGATCTCTACCA +>SRR7477814.1.22516 6931c7d-1ac3-4ddd-b75c-778274821323_Basecall_1D length=5075 +TTGGTATTACTTCGTTCAGTTACGTATTGCTGGTCTTGTGTCCCAGTTACCGGGTTTTCGCATTTATCGTGAAACGCTTTTCGCGTTTTCGTGCGCCGCTTCAGTGGATTCTGCTCAACTTTGTCGGCGAAAGACACAGGATCACGGGTATTAAAGAAGATCTATTTATTTAGAATCTGTTCTAAACGTTATCTCTTATTAGGATCGCACTTTTAACCCTGTGGATGCTGGGGATCGGCTTTTAAGGATCAACAGCACGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGATCGATCTTGGGCCGTATAAGCTGGATCAGAATGAGGGGTTATACGCAACTCAAAAAGCGCTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCAAGCTTCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCGCGATCTGTATACTTGGTAAATTAATCCACGATCCCAGCCATTCTTCTGCCGGATCTTCCCGGAATGTCGTGATCAGAATGTTGATCTTCAGTGTTTTTCGCCCGTCTGTTTTGCACCGGAATTTTTGAACCGGCCTCGAGTTTATCAGTAGCCCCACAAAATGTGTCATATTCGACTACCAATACCGGTGCGCCAAACGGACCGCCAGAAAGTCGGGCTTCTGTTCCTGCAATAGCCATAGAAAGGAAGGTTGTCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAATGATAACCAGCCCAGATCCCGAGGCAGATAAATCTTCAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCTGGTGGTGGTTCTCTTCAGCTTTCAGCGGGTGTTCTGCTACATGTTGGCACCGCCGAGGTGCTACCGCTGATAAAGTTATATCACCATAAACCGCCACTAACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACCTTTAATGAACGTTAGGATACTGTGGAAAATTATGGGATTAAAAAGCCGATCAGAACTGATGAAACGCATGATCAGGTTCTGCAGGACGATCAGTAATCTCGGTGGACTGGTTCATCAATTGTTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCATCGATCGAACAGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTGGTGTAGTACGCCTCGGTCACTTCATCGAACTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGGAAAGCTGCTTCGGGCTGATTTATCAATACGCGCCCGAAGTAATGATCCCCGCCGCAACTTCATTTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCAGTGCGCACGTGCCATTAATGCTTCAGCGGATGCCACGGTCCGTTGTCGATAAAGATAATTTTTCCGCAAGTTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTGTTGTAATCATAACTTATCGGACGCAAGGTATAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGCCAAATTAAGCTTCGGTAATCTCCGCACCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCGGTACCGATTCTTAGCCGTGTGAGGATGGCACGCAGGATAACTGGTCGGGCTGTGAAAAGCGGTACAGGTAAAAGTGAAAAGCTCGCCGCAGTGCCCAGTTCGAAGTGGTTCATTCACTGGCGAAGTGAAACGTCAGACCTTAGAACAACGACTTCAGCGCGGGCGAAGGGCTGTACACGCACGCGAAAAACCCACTTCGCCGATGAAGACCGTCTTTCTCCGTTGCACTCGGTCTATGTTGACCAGTGGGACTGGGAACGCGTAATGGGCGACGGTGAGCGGTAATTCTCGACGCTCTGAAAAGCACAGTAAGAGGCGATTTGGGCGGCGAATTAAAAAGCAACCGAAGCTGCGGTTATGGCGAAGAGTTTGGCTTTGGCACCATTCCTGCCGGATCAGATCCACTTCGTACACTGGCGAGTTACTGTCGTTATCGGATCTTGATGCCAAAGGGCGTGAGCGGGCGATAGCGAAGATCTTGGTGCGGTATTCCTTGTCGGGATTGGCGGCAAGCTGAACGTGGTCATCGCCACGACATTACGCGCACCGGATTATGATGACTGGAGCACCCCGTCAGAGCTGGGCCATTGCGGTCTGAACGGCGATATTCTAGTGTGGAACCTGTACTGGAAGGTGCGTTGGCTTTCTTCCGTAGGGGATCCCGCGTGGATGCCGACACGTTGAAGCATCAGTTGGCGCTGACCGGTAGTGAAAAGATCGTCTGCAGCTGGAATGGCATCAGGCGTTGCTGCGCGGTGAAATGCCGCAGACCATCGGCGGCGGTATCGACCAGTCTCGTTTGACCATGCTGCTGCTGCAACTGCCGCATATCGGCCAGGTCAATTAACTGGGTATGGCCAGCTGCTGTTCGCGAGAGCGTCCTTCTCTGCTGTAATAATTTATCGCCGCCAGCGTCTGAGCGAGCGGCTTCGCATCCGGTATCAAAGCGCCAGATATGATCGAAAATGCGCATGATGCCGGGTTTATAGGTATTACCGACATCGCCACGGCATGAAAGCGATACTGATGTACCCGCTGCAGCTCTTTCACTTTACTCGTCACGTCGTCAAAGGCAACCGCTGGGCGATAAAATCAGAAATCACCACCGCATCGGCATCAAACCATTCCCTGCTTTGCAAGCGTTCCATAATGGCGCGAAAACAACTGGCCAAGATCGGTGCCGCCGCAAGGCGCTGCTGGCAAAAACGGATTGCTTGTTCGATGCCTTGTGGGCGCAAAGCTCATAACGGACGATCTCGGTGGAAAATAGCGCCAATATAACAGCGCCGGTTTTCAGCGAGAGCAATAACATCAAAGCCGGGCAGGTACTTTCGCGCACTGTTCATTAAAGCCGCCCATTGAGCCGGAAGTATCACGCAGACAATAAACGGTCCGCGCGGCTGTTCGTCGTAATCTTTATGCCACCGGGCGTTCGAACTTTTCACCACGACTCACCGTGCAGGCGATGGTGAGCAACTGTTTTCCACCAGCCGACGGTAAAGCTCGCATACTCCAGTTCCGTTATCCTAGTGTCGCCAGTTCTGGCGGCAGAAGACATGAAATATCATCGCTTTGTTGCGGACCATCAGCATCCAGGAACCGTCGCCGGTTCGCGCACCATGGTGCGGAAAGGTTTCCATCTGCGCATCGTTGCGCGGTATTGATTGCTTCAGGAACGCCCCAGTTGTTCTGCCGGGCGTTTCCAGTTCCGGCTGTTCGTTAAGGACCACCACCGTATTTCACAATCAACTGATGAGTCGCCACGTTTAAGCTGACCAGCGCTCATATCCTGAACGCGCGACCAACTGCAGAGTATTGTTATCTGCGGGGAGAATCGGTTCAAGTTGTCCGCTCAGCGTCATGCGTTCTGAACTACTCAACAGTTTGTTCGTCTTCTTCTAATAGCTGTTGATTTAACGATTGTTGTTGCTGCACGATCGGGCTTAAACGCCAGCGCTGGAGAAAAGCGTGTCGCTGGAAGTGATCGTGCTGTTAGCATCGACAGCTGTCAGGCTTGTTCTGCCCATGGGAATTCAGACGATGCAGTAAGTCGGGATCTGTAGTGGCTGCTGTCGCAAACTGCAGCGTGGAAGGGCTGGCTTGCTGATAACATCACCTCTTCAGTGAGTTCGGCAGGACTCGGGCATCTTTCAGCCAACTGCGCAGCGCCTCACGCCAGCGAGGAACATCGTCAGTGATTGCCGCCTTCAGTCGTAGGTACAAAGAAGACTGCCAGCTGCTGGTGAGGGCCAGCAGCACGATGATCATCTCTTCGATCAATCCCTCTTCGCTGACGGCCAGCATCACATTAAGCAATATCCAGCGTTAGCAATTGTTATTACTGGCGAATCTGTTGCGCCGACATCCTGCGGCTGGCTTCAATGCGACCCTAACCAGTCGCCGGGGATAAGCAGACATCTTTGCTGTTCGCTGAATAAGCGTGTTGCTTGCCAGTCGCTTTAAATGCTTCAGTGTTTATTTCACTGGCAGACCTTCAGCCGATGAACCGAGATTCTGCCAGCCCGTACTGCCTTAAACATCGTACAACAAGATGTTGGGCGCTATCCTTCAGATTCAGTTTCTGAACCTGGCCGATACCGTTCGGTTGCCGCGAATTTCACCACCGCTGCTCAGCCACTGTTCCAGCGCGCTACGCTCAAAGGAGATATGAACCACTTCCATATTATGCAATTTTAACGGTTTTGGCAACGGGGTCAGAGTGGAGTAACGTTAACAGGAAGTTATTATACTGCGACGACGGCTGAAAAATGCCGCCAGACAGATTACCACGTTAAAGGCATTTTATCGCTTTGTTGCTGCTGGAGTTGCGGGTGACGTTGCACAATCGCGCCCGGGCGGGTCAACATCCTTGCTGTTGCGGGCATGACCGATCATCCAGCATCAATTTGTTGTATCAAATTCGAGCTTGCGCGTCATACAAAGGCAATCTTTCCGGCAAATGAGGATCTACGGTGGCAACACTGCGACCGCTAAAAAGGCGCTGGCCTGCAATAATCGAATCGCTTTTTCCAGCGACGATCCGAGACATAAAAGGCGCATCCGGTAATTTATCCAGTTGCTGGCTGTATAAATCAGCTCAAATACATGATCGGGCAGCGTAATTTCGCAATCTCTTTTGCCAGCGTTCACTTATTCTTCATCTGTGACCTGCAAGGAGGCTGGAACCGGATTGTCATTTTCATCCTGACGACTGGTCAGCATGGAGCGGAAATTCGCTTTATCCTGCACTATCTAACCACAGACGAATCAGCATGCGGTCGCCATAGCAACCAGACTGCTGTGCTTCCGCAGCTCGTTGGGGCCGCCGCAGCAGGCGCATCGGATTCGGAACAGGACGGCAG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@@ -153,7 +142,7 @@ action['action_type'] == 'download_files' - + @@ -187,7 +176,13 @@ - + + + + + + + @@ -201,7 +196,6 @@ - @@ -215,7 +209,6 @@ - @@ -232,10 +225,9 @@ - - - + + diff --git a/tools/pyega3/test-data/filelist3.tabular b/tools/pyega3/test-data/filelist3.tabular index 22eca395ddc..491d1e6a9b9 100644 --- a/tools/pyega3/test-data/filelist3.tabular +++ b/tools/pyega3/test-data/filelist3.tabular @@ -1,3 +1,3 @@ File ID Status Bytes Check sum File name -EGAF00007243779 1 15340 ebad4425191a89d3e970c02190a87175 HG01890.HGSVC__145r__1.900100-10001000__18.2001000-90001000.vcf.gz -EGAF00007243775 1 23033 51cfb69bf3b9416ff425381a58c18a2b HG00408.novoBreak__256r__4.100100-10100100__7.200100-9000100.vcf.gz \ No newline at end of file +EGAF00007243779 1 15340 ebad4425191a89d3e970c02190a87175 HG01890.HGSVC__145r__1.900100-10001000__18.2001000-900010.vcf.gz +EGAF00007243775 1 23033 51cfb69bf3b9416ff425381a58c18a2b HG00408.novoBreak__256r__4.100100-10100100__7.200100-90001.vcf.gz \ No newline at end of file diff --git a/tools/pyega3/test-data/filelist_EGAD00001003338.tabular b/tools/pyega3/test-data/filelist_EGAD00001003338.tabular index 1098b5b90d2..76f0c87a69e 100644 --- a/tools/pyega3/test-data/filelist_EGAD00001003338.tabular +++ b/tools/pyega3/test-data/filelist_EGAD00001003338.tabular @@ -59,3 +59,25 @@ EGAF00001770106 1 462139278 ce073afcbc07afa343f2d4e4d07efeda ENCFF000VWO.bam EGAF00001770107 1 3551031027 dfef3f355230915418a78da460665d56 ENCFF284YOU.bam EGAF00001775034 1 5991400 b8ae14d5d1f717ab17d45e8fc36946a0 ENCFF000VWO.bam.bai EGAF00001775036 1 4804928 3b89b96387db5199fef6ba613f70e27c ENCFF284YOU.bam.bai +EGAF00007462299 1 15965067873 858d928a1a772cd0f1617ef72bae304e EE-2564.HG03520.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.ESN.low_coverage.bam +EGAF00007462300 1 7426229740 13a22b3eb197affaf69f5b25c2cad1b1 EE-2564.HG03520.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.ESN.low_coverage.cram +EGAF00007462301 1 69693619962 cca89d5791ebbac96fdb692a2894949f 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" 1 true true 2022-08-10 12:31:34 anonymous worldwide NCBI https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR244347/DRR244347 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR244347/DRR244347 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-2/sra/DRR244347/DRR244347.1 public 2022-08-10 12:34:53 DRR244347 2404780abb312680ae9bfcc4bb7c6b02 run 418971020 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR244347/DRR244347 1 1070030618 false 1070030618 418969197 1 12814785 sample_name Col_mock age 8 day old genotype wild type tissue_type whole seedling treatment mock ecotype Columbia Wild type Col seedlings were mock-treated for 24 hours after grwon for 7 days on half-strength MS medium containing 2% sucrose under continuous light condition SAMD00246670 BioSample Col_7DAG_24h control treatment DRP008863 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB10553 BioProject Three MYB3R proteins, MYB3R1, MYB3R3 and MYB3R5, are responsible for transcriptional repression of G2/M-specific genes to maintain their proper expression levels during cell cycle and plant development. Importantly, MYB3R repressors were found to be required for active growth repression under salt stress conditions. To understand the mechanisms of the MYB3R-mediated growth repression under salt stress, transcriptome analysis was performed for Arabidopsis seedlings treated with high concentration of NaCl continuously or transiently. Roles of MYB3R repressors for gene expression changes under salt stress Other DRA010790 DRA010790 CHUBU Chubu University -DRP008429 DRX218758 NextSeq 500 sequencing of SAMD00227985 3702 Arabidopsis thaliana RNA-Seq TRANSCRIPTOMIC RANDOM DRS235491 SAMD00227985 NextSeq 500 11647755 416563035 DRR228494 11647755 1001706915 DRX218758 1 CHUBU SAMD00227985 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina WT_12_3 ILLUMINA Application Read 0 Forward DRS235491 CHUBU DRS235491 86 SINGLE SAMD00227985 DRS235491 1001706915 Arabidopsis thaliana SAMD00227985 WT_12 3702 DRR228494 263477176 240385788 238894690 2782 258946479 CHUBU run gs.US gs run s3.us-east-1 s3 public "
" 1 true true 2022-04-12 12:22:14 anonymous worldwide NCBI https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228494/DRR228494 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228494/DRR228494 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-9/DRR228494/DRR228494.1 public 2022-04-12 12:22:24 DRR228494 df1c218fb5016da9e2b40e598afa27c1 run 416564858 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228494/DRR228494 1 1001706915 false 1001706915 416563035 1 11647755 sample_name WT_12 age 14-day-old cold_stress_hours 12 collection_date 2019-06-24 genotype wild type tissue_type whole seedlings WT (Col-0) plants under the cold stress conditions for 12 hour from ZT2 SAMD00227985 BioSample WT_12 DRP008429 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB9852 BioProject It was reported that CCA1 and LHY positively regulated the gene expression of DREB1A and DREB1C. In addition, we revealed that RVE4 and RVE8 directly activated the cold-inducible DREB1A expression. The cca1 lhy double mutant, rve4 rve8 double mutant (rve48), and cca1 lhy rve4 rve8 quadruple mutant (quad) plants were sensitive to the freezing stress. In order to comprehensively analyze downstream genes of RVE4/RVE8 and CCA1/LHY in the cold response, we conducted RNA sequence analyses. We used 14-day-old whole seedlings of wild type (Col-0), cca1 lhy, rve48 and quad mutant plants grown on GM agar plates under the normal growth conditions at ZT2 (2 h after dawn) and the cold stress conditions treated at 4°C for 3 h and 12 h. We have three biological replicates for this analysis. RNAseq analyses of the multiple mutant plants of CCA1/LHY and RVE4/RVE8 under cold stresses Transcriptome Analysis DRA010211 DRA010211 CHUBU Chubu University -DRP008429 DRX218757 NextSeq 500 sequencing of SAMD00227984 3702 Arabidopsis thaliana RNA-Seq TRANSCRIPTOMIC RANDOM DRS235490 SAMD00227984 NextSeq 500 11660980 393314912 DRR228493 11660980 1002844280 DRX218757 1 CHUBU SAMD00227984 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina WT_3_3 ILLUMINA Application Read 0 Forward DRS235490 CHUBU DRS235490 86 SINGLE SAMD00227984 DRS235490 1002844280 Arabidopsis thaliana SAMD00227984 WT_3 3702 DRR228493 276494020 229709012 226372617 3566 270265065 CHUBU run gs.US gs run s3.us-east-1 s3 public "
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" 1 true true 2022-04-12 12:22:14 anonymous worldwide NCBI https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228490/DRR228490 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228490/DRR228490 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-3/DRR228490/DRR228490.1 public 2022-04-12 12:21:14 DRR228490 8d53cbdb5ca069810a1e4c2af83b9c3c run 502402216 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228490/DRR228490 1 1304266110 false 1304266110 502400983 1 15165885 sample_name r48_3 age 14-day-old cold_stress_hours 3 collection_date 2019-06-24 genotype rve4 rve8 tissue_type whole seedlings rve4 rve8 mutant plants under the cold stress conditions for 3 hour from ZT2 SAMD00227981 BioSample rve48_3 DRP008429 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB9852 BioProject It was reported that CCA1 and LHY positively regulated the gene expression of DREB1A and DREB1C. In addition, we revealed that RVE4 and RVE8 directly activated the cold-inducible DREB1A expression. The cca1 lhy double mutant, rve4 rve8 double mutant (rve48), and cca1 lhy rve4 rve8 quadruple mutant (quad) plants were sensitive to the freezing stress. In order to comprehensively analyze downstream genes of RVE4/RVE8 and CCA1/LHY in the cold response, we conducted RNA sequence analyses. We used 14-day-old whole seedlings of wild type (Col-0), cca1 lhy, rve48 and quad mutant plants grown on GM agar plates under the normal growth conditions at ZT2 (2 h after dawn) and the cold stress conditions treated at 4°C for 3 h and 12 h. We have three biological replicates for this analysis. RNAseq analyses of the multiple mutant plants of CCA1/LHY and RVE4/RVE8 under cold stresses Transcriptome Analysis DRA010211 DRA010211 CHUBU Chubu University -DRP008429 DRX218753 NextSeq 500 sequencing of SAMD00227980 3702 Arabidopsis thaliana RNA-Seq TRANSCRIPTOMIC RANDOM DRS235486 SAMD00227980 NextSeq 500 15187212 501850106 DRR228489 15187212 1306100232 DRX218753 1 CHUBU SAMD00227980 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina r48_0_3 ILLUMINA Application Read 0 Forward DRS235486 CHUBU DRS235486 86 SINGLE SAMD00227980 DRS235486 1306100232 Arabidopsis thaliana SAMD00227980 rve48_0 3702 DRR228489 358607812 298955729 297427715 4774 351104202 CHUBU run gs.US gs run s3.us-east-1 s3 public "
" 1 true true 2022-04-12 12:24:40 anonymous worldwide NCBI https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228489/DRR228489 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228489/DRR228489 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-5/DRR228489/DRR228489.1 public 2022-04-12 12:22:11 DRR228489 660d223a0a0a89d1c8c21dec834162fe run 501851337 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228489/DRR228489 1 1306100232 false 1306100232 501850106 1 15187212 sample_name r48_0 age 14-day-old cold_stress_hours 0 collection_date 2019-06-24 genotype rve4 rve8 tissue_type whole seedlings rve4 rve8 mutant plants under the normal growth conditions at 2 hour after dawn (ZT2) SAMD00227980 BioSample rve48_0 DRP008429 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB9852 BioProject It was reported that CCA1 and LHY positively regulated the gene expression of DREB1A and DREB1C. In addition, we revealed that RVE4 and RVE8 directly activated the cold-inducible DREB1A expression. The cca1 lhy double mutant, rve4 rve8 double mutant (rve48), and cca1 lhy rve4 rve8 quadruple mutant (quad) plants were sensitive to the freezing stress. In order to comprehensively analyze downstream genes of RVE4/RVE8 and CCA1/LHY in the cold response, we conducted RNA sequence analyses. We used 14-day-old whole seedlings of wild type (Col-0), cca1 lhy, rve48 and quad mutant plants grown on GM agar plates under the normal growth conditions at ZT2 (2 h after dawn) and the cold stress conditions treated at 4°C for 3 h and 12 h. We have three biological replicates for this analysis. RNAseq analyses of the multiple mutant plants of CCA1/LHY and RVE4/RVE8 under cold stresses Transcriptome Analysis DRA010211 DRA010211 CHUBU Chubu University -DRP008429 DRX218752 NextSeq 500 sequencing of SAMD00227979 3702 Arabidopsis thaliana RNA-Seq TRANSCRIPTOMIC RANDOM DRS235485 SAMD00227979 NextSeq 500 13006006 464544238 DRR228488 13006006 1118516489 DRX218752 1 CHUBU SAMD00227979 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina Clr48_12_3 ILLUMINA Application Read 0 Forward DRS235485 CHUBU DRS235485 86 SINGLE SAMD00227979 DRS235485 1118516489 Arabidopsis thaliana SAMD00227979 quad_12 3702 DRR228488 291308300 271620363 269869779 3179 285714868 CHUBU run gs.US gs run s3.us-east-1 s3 public "
" 1 true true 2022-04-12 12:22:13 anonymous worldwide NCBI https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228488/DRR228488 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228488/DRR228488 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-10/DRR228488/DRR228488.1 public 2022-04-12 12:22:16 DRR228488 c4535e1ae353ca7b702c218f5dee501a run 464546063 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228488/DRR228488 1 1118516489 false 1118516489 464544238 1 13006006 sample_name Clr48_12 age 14-day-old cold_stress_hours 12 collection_date 2019-06-24 genotype cca1 lhy rve4 rve8 tissue_type whole seedlings cca1 lhy rve4 rve8 mutant plants under the cold stress conditions for 12 hour from ZT2 SAMD00227979 BioSample quad_12 DRP008429 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB9852 BioProject It was reported that CCA1 and LHY positively regulated the gene expression of DREB1A and DREB1C. In addition, we revealed that RVE4 and RVE8 directly activated the cold-inducible DREB1A expression. The cca1 lhy double mutant, rve4 rve8 double mutant (rve48), and cca1 lhy rve4 rve8 quadruple mutant (quad) plants were sensitive to the freezing stress. In order to comprehensively analyze downstream genes of RVE4/RVE8 and CCA1/LHY in the cold response, we conducted RNA sequence analyses. We used 14-day-old whole seedlings of wild type (Col-0), cca1 lhy, rve48 and quad mutant plants grown on GM agar plates under the normal growth conditions at ZT2 (2 h after dawn) and the cold stress conditions treated at 4°C for 3 h and 12 h. We have three biological replicates for this analysis. RNAseq analyses of the multiple mutant plants of CCA1/LHY and RVE4/RVE8 under cold stresses Transcriptome Analysis DRA010211 DRA010211 CHUBU Chubu University -DRP008429 DRX218751 NextSeq 500 sequencing of SAMD00227978 3702 Arabidopsis thaliana RNA-Seq TRANSCRIPTOMIC RANDOM DRS235484 SAMD00227978 NextSeq 500 11941593 416101311 DRR228487 11941593 1003093742 DRX218751 1 CHUBU SAMD00227978 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina Clr48_3_3 ILLUMINA Application Read 0 Forward DRS235484 CHUBU DRS235484 86 SINGLE SAMD00227978 DRS235484 1003093742 Arabidopsis thaliana SAMD00227978 quad_3 3702 DRR228487 274672358 229405455 229040046 3169 269972714 CHUBU run gs.US gs run s3.us-east-1 s3 public "
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" 1 true true 2022-04-12 12:22:14 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228491/DRR228491 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-3/DRR228491/DRR228491.1 public 2022-04-12 12:21:09 DRR228491 73aeb463276c206aa41f12add4dac462 run 320967316 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228491/DRR228491 1 763320418 false 763320418 320965496 1 8875819 sample_name r48_12 age 14-day-old cold_stress_hours 12 collection_date 2019-06-24 genotype rve4 rve8 tissue_type whole seedlings rve4 rve8 mutant plants under the cold stress conditions for 12 hour from ZT2 SAMD00227982 BioSample rve48_12 DRP008429 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB9852 BioProject It was reported that CCA1 and LHY positively regulated the gene expression of DREB1A and DREB1C. In addition, we revealed that RVE4 and RVE8 directly activated the cold-inducible DREB1A expression. The cca1 lhy double mutant, rve4 rve8 double mutant (rve48), and cca1 lhy rve4 rve8 quadruple mutant (quad) plants were sensitive to the freezing stress. In order to comprehensively analyze downstream genes of RVE4/RVE8 and CCA1/LHY in the cold response, we conducted RNA sequence analyses. We used 14-day-old whole seedlings of wild type (Col-0), cca1 lhy, rve48 and quad mutant plants grown on GM agar plates under the normal growth conditions at ZT2 (2 h after dawn) and the cold stress conditions treated at 4°C for 3 h and 12 h. We have three biological replicates for this analysis. RNAseq analyses of the multiple mutant plants of CCA1/LHY and RVE4/RVE8 under cold stresses Transcriptome Analysis DRA010211 DRA010211 CHUBU Chubu University +DRP008429 DRX218754 NextSeq 500 sequencing of SAMD00227981 3702 Arabidopsis thaliana RNA-Seq TRANSCRIPTOMIC RANDOM DRS235487 SAMD00227981 NextSeq 500 15165885 502400983 DRR228490 15165885 1304266110 DRX218754 1 CHUBU SAMD00227981 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina r48_3_3 ILLUMINA Application Read 0 Forward DRS235487 CHUBU DRS235487 86 SINGLE SAMD00227981 DRS235487 1304266110 Arabidopsis thaliana SAMD00227981 rve48_3 3702 DRR228490 359176604 297760568 295069565 4766 352254607 CHUBU run gs.US gs run s3.us-east-1 s3 public "
" 1 true true 2022-04-12 12:22:14 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228490/DRR228490 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-3/DRR228490/DRR228490.1 public 2022-04-12 12:21:14 DRR228490 8d53cbdb5ca069810a1e4c2af83b9c3c run 502402216 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228490/DRR228490 1 1304266110 false 1304266110 502400983 1 15165885 sample_name r48_3 age 14-day-old cold_stress_hours 3 collection_date 2019-06-24 genotype rve4 rve8 tissue_type whole seedlings rve4 rve8 mutant plants under the cold stress conditions for 3 hour from ZT2 SAMD00227981 BioSample rve48_3 DRP008429 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB9852 BioProject It was reported that CCA1 and LHY positively regulated the gene expression of DREB1A and DREB1C. In addition, we revealed that RVE4 and RVE8 directly activated the cold-inducible DREB1A expression. The cca1 lhy double mutant, rve4 rve8 double mutant (rve48), and cca1 lhy rve4 rve8 quadruple mutant (quad) plants were sensitive to the freezing stress. In order to comprehensively analyze downstream genes of RVE4/RVE8 and CCA1/LHY in the cold response, we conducted RNA sequence analyses. We used 14-day-old whole seedlings of wild type (Col-0), cca1 lhy, rve48 and quad mutant plants grown on GM agar plates under the normal growth conditions at ZT2 (2 h after dawn) and the cold stress conditions treated at 4°C for 3 h and 12 h. We have three biological replicates for this analysis. RNAseq analyses of the multiple mutant plants of CCA1/LHY and RVE4/RVE8 under cold stresses Transcriptome Analysis DRA010211 DRA010211 CHUBU Chubu University +DRP008429 DRX218753 NextSeq 500 sequencing of SAMD00227980 3702 Arabidopsis thaliana RNA-Seq TRANSCRIPTOMIC RANDOM DRS235486 SAMD00227980 NextSeq 500 15187212 501850106 DRR228489 15187212 1306100232 DRX218753 1 CHUBU SAMD00227980 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina r48_0_3 ILLUMINA Application Read 0 Forward DRS235486 CHUBU DRS235486 86 SINGLE SAMD00227980 DRS235486 1306100232 Arabidopsis thaliana SAMD00227980 rve48_0 3702 DRR228489 358607812 298955729 297427715 4774 351104202 CHUBU run gs.US gs run s3.us-east-1 s3 public "
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" 1 true true 2022-04-12 12:22:13 anonymous worldwide AWS https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228487/DRR228487 gcp identity gs.US GCP gs://sra-pub-run-7/DRR228487/DRR228487.1 public 2022-04-12 12:22:39 DRR228487 00d3b8388e7320bd796e17ebb0d6e993 run 416103140 1 Primary ETL https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/DRR228487/DRR228487 1 1003093742 false 1003093742 416101311 1 11941593 sample_name Clr48_3 age 14-day-old cold_stress_hours 3 collection_date 2019-06-24 genotype cca1 lhy rve4 rve8 tissue_type whole seedlings cca1 lhy rve4 rve8 mutant plants under the cold stress conditions for 3 hour from ZT2 SAMD00227978 BioSample quad_3 DRP008429 CHUBU Arabidopsis thaliana PRJDB9852 BioProject It was reported that CCA1 and LHY positively regulated the gene expression of DREB1A and DREB1C. In addition, we revealed that RVE4 and RVE8 directly activated the cold-inducible DREB1A expression. The cca1 lhy double mutant, rve4 rve8 double mutant (rve48), and cca1 lhy rve4 rve8 quadruple mutant (quad) plants were sensitive to the freezing stress. In order to comprehensively analyze downstream genes of RVE4/RVE8 and CCA1/LHY in the cold response, we conducted RNA sequence analyses. We used 14-day-old whole seedlings of wild type (Col-0), cca1 lhy, rve48 and quad mutant plants grown on GM agar plates under the normal growth conditions at ZT2 (2 h after dawn) and the cold stress conditions treated at 4°C for 3 h and 12 h. We have three biological replicates for this analysis. RNAseq analyses of the multiple mutant plants of CCA1/LHY and RVE4/RVE8 under cold stresses Transcriptome Analysis DRA010211 DRA010211 CHUBU Chubu University diff --git a/tools/rptools/.shed.yml b/tools/rptools/.shed.yml new file mode 100644 index 00000000000..e0f06c9c8a4 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/.shed.yml @@ -0,0 +1,19 @@ +name: rptools +owner: iuc +description: Suite of tools that work on rpSBML format +long_description: | + Suite of tools that work on rpSBML format +homepage_url: https://github.com/brsynth/rptools +remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/rptools +categories: + - Synthetic Biology +type: unrestricted +auto_tool_repositories: + name_template: "{{ tool_id }}" + description_template: "{{ tool_name }} tool from the rptools suite" +suite: + name: suite_rptools + description: Suite of tools that work on rpSBML format + long_description: | + Suite of tools that work on rpSBML format + type: repository_suite_definition diff --git a/tools/rptools/rpextractsink.xml b/tools/rptools/rpextractsink.xml new file mode 100644 index 00000000000..d5e07af00fd --- /dev/null +++ b/tools/rptools/rpextractsink.xml @@ -0,0 +1,94 @@ + + Generate the RetroPath2.0 sink file from an SBML input + + 0 + 5.13.1 + + + rptools + + + + + + + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + `_ to finish metabolic route exploration. This tool uses an SBML (Systems Biology Markup Language) file of the desired chassis organism, parses all the molecules within a specified compartment (example: cytosol, Golgi apparatus, nucleus, etc) and uses its MIRIAM (Minimal Information Requested In the Annotation of Models) annotation to find their InChI (International Chemical Identifier) structures. In *Advanced Options*, You can use *Remove dead-end metabolites using FVA evaluation?* to conduct Flux Variability Analysis to remove metabolites that lack the requisite flux that would account for their production or consumption within the metabolic network. + +The user can also specify the compartment from which the tool will extract the chemical species. The default is 'c', the BiGG code for the cytosol. If the user wishes to upload an SBML file from another source, then this value must be changed. + +The results are written to a RetroPath2.0 friendly CSV file format that can be used as sink input. + +Input +----- + +Required: + +* **Strain**\ : The structure of metabolites present in the chosen chassis strain in SBML format. +* **SBML compartment ID**\ : (string, default: c) Specify the compartment from which to extract the sink molecules. The default are for BiGG models (cytosol). + +Advanced options: + +* **Remove dead-end metabolites using FVA evaluation?**\ : (boolean, default: True) Perform FVA (Flux Variability Analysis) evaluation to remove dead end metabolites. + +Output +------ + +* **Sink**\ : CSV file containing a collection of chemical species used by the restrosynthesis algorithm of `RetroPath2.0 `_. + +Project Links +--------------------- + +* `GitHub `_ + +License +------- + +`MIT `_ + +Acknowledgments +--------------- + +* Thomas Duigou + + ]]> + + + + + + 10.1038/nbt1156 + 10.1016/j.ymben.2017.12.002 + 10.1186/1752-0509-7-74 + 10.1093/bioinformatics/btn051 + + diff --git a/tools/rptools/rpfba.xml b/tools/rptools/rpfba.xml new file mode 100644 index 00000000000..590dd6e1ee2 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/rpfba.xml @@ -0,0 +1,194 @@ + + for the RetroPath2.0 heterologous pathways + + 0 + 5.13.1 + + + rptools + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + +
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + `_ + +License +------- + +* `MIT `_ + +Acknowledgments +--------------- + +* Thomas Duigou + ]]> + + + + + + 10.1186/1752-0509-7-74 + 10.1515/jib-2016-290 + + diff --git a/tools/rptools/rpranker.xml b/tools/rptools/rpranker.xml new file mode 100644 index 00000000000..9121f9b40a7 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/rpranker.xml @@ -0,0 +1,71 @@ + + Rank heterologous pathways according to their global score + + 0 + 5.13.1 + + + rptools + + + + + + '$sorted_pathways' + ]]> + + + + + + + + + + + + + + `_ + +License +------- + +* `MIT `_ + +Acknowledgments +--------------- + +* Thomas Duigou + + ]]> + + + + diff --git a/tools/rptools/rpreport.xml b/tools/rptools/rpreport.xml new file mode 100644 index 00000000000..ba7c7907a42 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/rpreport.xml @@ -0,0 +1,91 @@ + + Explore the main characteristics of pathways predicted with RetroPath suite + + 0 + 5.13.1 + + + rptools + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + `_. + + +Input +----- + +Required: + +* **Source SBML**: rpSBML file(s) containing pathways predicted with RetroPath suite. + +Output +------ + +* **Pathways HTML Report**: Pathways HTML Report + +Project Links +--------------------- + +* `GitHub `_ + +Acknowledgments +--------------- + +* Thomas Duigou +* Joan Hérisson + +Licence +------- + +`MIT `_ + ]]> + + + + diff --git a/tools/rptools/rpviz.xml b/tools/rptools/rpviz.xml new file mode 100644 index 00000000000..5baca6fa0b6 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/rpviz.xml @@ -0,0 +1,117 @@ + + Visualize pathways from the RetroPath Suite + + 0 + 5.13.1 + + + rptools + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ +
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + `_. + +Input +----- + +Required: + +* **Source SBML**\ : Input file containing rpSBML files in a tar archive, collection or single file. + +Optional: + +* **Cofactor file**\ : File listing structures to consider as cofactors. + +Output +------ + +* **Pathways Visualization**\ : HTML output for pathway's visualization. + +Project Links +------------------ + +* `GitHub `_ + +License +------- + +* `MIT `_ + + ]]> + + + + diff --git a/tools/rptools/test-data/as_tar_inputs.tgz b/tools/rptools/test-data/as_tar_inputs.tgz new file mode 100644 index 00000000000..74125c810de Binary files /dev/null and b/tools/rptools/test-data/as_tar_inputs.tgz differ diff --git a/tools/rptools/test-data/iCN718.xml.gz b/tools/rptools/test-data/iCN718.xml.gz new file mode 100644 index 00000000000..d7061dccf67 Binary files /dev/null and b/tools/rptools/test-data/iCN718.xml.gz differ diff --git a/tools/rptools/test-data/input_rpSBML.tar b/tools/rptools/test-data/input_rpSBML.tar new file mode 100644 index 00000000000..8534cc4e597 Binary files /dev/null and b/tools/rptools/test-data/input_rpSBML.tar differ diff --git a/tools/rptools/test-data/lycopene_CrtEBI_from_selenzy.xml b/tools/rptools/test-data/lycopene_CrtEBI_from_selenzy.xml new file mode 100644 index 00000000000..f729e64acf5 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/test-data/lycopene_CrtEBI_from_selenzy.xml @@ -0,0 +1,532 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tools/rptools/test-data/lycopene_ranked_pathways.csv b/tools/rptools/test-data/lycopene_ranked_pathways.csv new file mode 100644 index 00000000000..720b11bb813 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/test-data/lycopene_ranked_pathways.csv @@ -0,0 +1,10 @@ +#Name,Score +002_0001,0.9892438888549804 +003_0261,0.9863117098808288 +002_0011,0.9851486444473266 +002_0021,0.9851486444473266 +001_0001,0.9850856959819794 +001_0006,0.9850397169589996 +001_0011,0.9850397169589996 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new file mode 100644 index 00000000000..d14a41afe7c --- /dev/null +++ b/tools/rptools/test-data/rp_003_0131.xml @@ -0,0 +1,626 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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00000000000..4c4a9200de3 --- /dev/null +++ b/tools/rptools/test-data/rpreport_output.html @@ -0,0 +1,127 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + rpReport + + + +
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+"MNXM427","InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-3(8)5(10)6(11)4(9)2-15-16(12,13)14/h1,3-6,8-11H,2H2,(H2,12,13,14)" +"MNXM721","InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(14-2)15-16(11,12)13/h2-10H,1H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM51","InChI=1S/C10H16N5O14P3/c11-10-13-7-4(8(18)14-10)12-2-15(7)9-6(17)5(16)3(27-9)1-26-31(22,23)29-32(24,25)28-30(19,20)21/h2-3,5-6,9,16-17H,1H2,(H,22,23)(H,24,25)(H2,19,20,21)(H3,11,13,14,18)" +"MNXM82","InChI=1S/C16H25N5O16P2/c17-16-19-12-6(13(28)20-16)18-3-21(12)14-10(26)8(24)5(34-14)2-33-38(29,30)37-39(31,32)36-15-11(27)9(25)7(23)4(1-22)35-15/h3-5,7-11,14-15,22-27H,1-2H2,(H,29,30)(H,31,32)(H3,17,19,20,28)" +"MNXM89795","InChI=1S/C15H24N2O17P2/c18-3-5-8(20)10(22)12(24)14(32-5)33-36(28,29)34-35(26,27)30-4-6-9(21)11(23)13(31-6)17-2-1-7(19)16-15(17)25/h1-2,5-6,8-14,18,20-24H,3-4H2,(H,26,27)(H,28,29)(H,16,19,25)" +"MNXM121","InChI=1S/C9H15N2O15P3/c12-5-1-2-11(9(15)10-5)8-7(14)6(13)4(24-8)3-23-28(19,20)26-29(21,22)25-27(16,17)18/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,19,20)(H,21,22)(H,10,12,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM41","InChI=1S/C6H12O6/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(11)12-2/h2-11H,1H2" +"MNXM42","InChI=1S/C4H7NO4/c5-2(4(8)9)1-3(6)7/h2H,1,5H2,(H,6,7)(H,8,9)" +"MNXM448","InChI=1S/C12H23O14P/c13-1-3-5(14)7(16)9(18)11(24-3)26-12-10(19)8(17)6(15)4(25-12)2-23-27(20,21)22/h3-19H,1-2H2,(H2,20,21,22)" +"MNXM17","InChI=1S/C9H14N2O12P2/c12-5-1-2-11(9(15)10-5)8-7(14)6(13)4(22-8)3-21-25(19,20)23-24(16,17)18/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,19,20)(H,10,12,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM37","InChI=1S/C5H10N2O3/c6-3(5(9)10)1-2-4(7)8/h3H,1-2,6H2,(H2,7,8)(H,9,10)" +"MNXM370","InChI=1S/C6H14NO8P/c7-3-5(9)4(8)2(15-6(3)10)1-14-16(11,12)13/h2-6,8-10H,1,7H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM89557","InChI=1S/C5H9NO4/c6-3(5(9)10)1-2-4(7)8/h3H,1-2,6H2,(H,7,8)(H,9,10)" +"MNXM969","InChI=1S/C6H14NO8P/c7-3-5(10)4(9)2(1-8)14-6(3)15-16(11,12)13/h2-6,8-10H,1,7H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM91871","InChI=1S/C8H16NO9P/c1-3(11)9-5-7(13)6(12)4(2-10)17-8(5)18-19(14,15)16/h4-8,10,12-13H,2H2,1H3,(H,9,11)(H2,14,15,16)" +"MNXM47","InChI=1S/C17H27N3O17P2/c1-6(22)18-10-13(26)11(24)7(4-21)35-16(10)36-39(31,32)37-38(29,30)33-5-8-12(25)14(27)15(34-8)20-3-2-9(23)19-17(20)28/h2-3,7-8,10-16,21,24-27H,4-5H2,1H3,(H,18,22)(H,29,30)(H,31,32)(H,19,23,28)" +"MNXM1688","InChI=1S/C20H29N3O19P2/c1-7(18(30)31)38-16-12(21-8(2)25)19(40-9(5-24)14(16)28)41-44(35,36)42-43(33,34)37-6-10-13(27)15(29)17(39-10)23-4-3-11(26)22-20(23)32/h3-4,9-10,12-17,19,24,27-29H,1,5-6H2,2H3,(H,21,25)(H,30,31)(H,33,34)(H,35,36)(H,22,26,32)" +"MNXM722733","InChI=1S/C20H31N3O19P2/c1-7(18(30)31)38-16-12(21-8(2)25)19(40-9(5-24)14(16)28)41-44(35,36)42-43(33,34)37-6-10-13(27)15(29)17(39-10)23-4-3-11(26)22-20(23)32/h3-4,7,9-10,12-17,19,24,27-29H,5-6H2,1-2H3,(H,21,25)(H,30,31)(H,33,34)(H,35,36)(H,22,26,32)" +"MNXM162233","InChI=1S/C17H27N3O17P2/c1-6(22)18-10-13(26)11(24)7(4-21)35-16(10)36-39(31,32)37-38(29,30)33-5-8-12(25)14(27)15(34-8)20-3-2-9(23)19-17(20)28/h2-3,7-8,10-16,21,24-27H,4-5H2,1H3,(H,18,22)(H,29,30)(H,31,32)(H,19,23,28)" +"MNXM1376","InChI=1S/C16H26N2O16P2/c1-6-3-18(16(25)17-14(6)24)10-2-7(20)9(31-10)5-30-35(26,27)34-36(28,29)33-15-13(23)12(22)11(21)8(4-19)32-15/h3,7-13,15,19-23H,2,4-5H2,1H3,(H,26,27)(H,28,29)(H,17,24,25)" +"MNXM394","InChI=1S/C10H17N2O14P3/c1-5-3-12(10(15)11-9(5)14)8-2-6(13)7(24-8)4-23-28(19,20)26-29(21,22)25-27(16,17)18/h3,6-8,13H,2,4H2,1H3,(H,19,20)(H,21,22)(H,11,14,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM451","InChI=1S/C16H24N2O15P2/c1-6-4-18(16(24)17-14(6)23)10-3-8(19)9(31-10)5-29-34(25,26)33-35(27,28)32-15-13(22)12(21)11(20)7(2)30-15/h4,7-10,12-13,15,19,21-22H,3,5H2,1-2H3,(H,25,26)(H,27,28)(H,17,23,24)" +"MNXM2371","InChI=1S/C16H24N2O15P2/c1-6-4-18(16(24)17-14(6)23)10-3-8(19)9(31-10)5-29-34(25,26)33-35(27,28)32-15-13(22)12(21)11(20)7(2)30-15/h4,7-10,12-13,15,19,21-22H,3,5H2,1-2H3,(H,25,26)(H,27,28)(H,17,23,24)" +"MNXM899","InChI=1S/C16H26N2O15P2/c1-6-4-18(16(24)17-14(6)23)10-3-8(19)9(31-10)5-29-34(25,26)33-35(27,28)32-15-13(22)12(21)11(20)7(2)30-15/h4,7-13,15,19-22H,3,5H2,1-2H3,(H,25,26)(H,27,28)(H,17,23,24)" +"MNXM156","InChI=1S/C3H7NO2/c1-2(4)3(5)6/h2H,4H2,1H3,(H,5,6)" +"MNXM160","InChI=1S/C6H13O9P/c7-3-2(1-14-16(11,12)13)15-6(10)5(9)4(3)8/h2-10H,1H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM280","InChI=1S/C2H5O5P/c1-2(3)7-8(4,5)6/h1H3,(H2,4,5,6)" +"MNXM69","InChI=1S/C2H2O3/c3-1-2(4)5/h1H,(H,4,5)" +"MNXM58","InChI=1S/H2O4S/c1-5(2,3)4/h(H2,1,2,3,4)" +"MNXM133","InChI=1S/C25H40N7O18P3S/c1-13(33)8-16(35)54-7-6-27-15(34)4-5-28-23(38)20(37)25(2,3)10-47-53(44,45)50-52(42,43)46-9-14-19(49-51(39,40)41)18(36)24(48-14)32-12-31-17-21(26)29-11-30-22(17)32/h11-12,14,18-20,24,36-37H,4-10H2,1-3H3,(H,27,34)(H,28,38)(H,42,43)(H,44,45)(H2,26,29,30)(H2,39,40,41)" +"MNXM287","InChI=1S/C10H14N5O10PS/c11-8-5-9(13-2-12-8)15(3-14-5)10-7(17)6(16)4(24-10)1-23-26(18,19)25-27(20,21)22/h2-4,6-7,10,16-17H,1H2,(H,18,19)(H2,11,12,13)(H,20,21,22)" +"MNXM49","InChI=1S/C10H15N5O13P2S/c11-8-5-9(13-2-12-8)15(3-14-5)10-6(16)7(27-29(17,18)19)4(26-10)1-25-30(20,21)28-31(22,23)24/h2-4,6-7,10,16H,1H2,(H,20,21)(H2,11,12,13)(H2,17,18,19)(H,22,23,24)" +"MNXM508","InChI=1S/C6H13O9P/c7-3-2(1-14-16(11,12)13)15-6(10)5(9)4(3)8/h2-10H,1H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM57","InChI=1S/C10H17N3O6S/c11-5(10(18)19)1-2-7(14)13-6(4-20)9(17)12-3-8(15)16/h5-6,20H,1-4,11H2,(H,12,17)(H,13,14)(H,15,16)(H,18,19)" +"MNXM105630","InChI=1S/H2O3S/c1-4(2)3/h(H2,1,2,3)" +"MNXM89621","InChI=1S/C6H13O9P/c7-2-6(10)5(9)4(8)3(15-6)1-14-16(11,12)13/h3-5,7-10H,1-2H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM179","InChI=1S/C3H6O3/c1-2(4)3(5)6/h2,4H,1H3,(H,5,6)" +"MNXM89588","InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(14-2)15-16(11,12)13/h2-10H,1H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM238","InChI=1S/C5H8O3/c1-3(2)4(6)5(7)8/h3H,1-2H3,(H,7,8)" +"MNXM45","InChI=1S/C10H15N5O10P2/c11-8-5-9(13-2-12-8)15(3-14-5)10-6(16)7(25-27(20,21)22)4(24-10)1-23-26(17,18)19/h2-4,6-7,10,16H,1H2,(H2,11,12,13)(H2,17,18,19)(H2,20,21,22)" +"MNXM417","InChI=1S/C6H14O12P2/c7-4-3(1-16-19(10,11)12)18-6(9,5(4)8)2-17-20(13,14)15/h3-5,7-9H,1-2H2,(H2,10,11,12)(H2,13,14,15)" +"MNXM985","InChI=1S/C7H12O5/c1-4(2)7(12,6(10)11)3-5(8)9/h4,12H,3H2,1-2H3,(H,8,9)(H,10,11)" +"MNXM2","InChI=1S/H2O/h1H2" +"MNXM30","InChI=1S/C10H15N5O11P2/c11-10-13-7-4(8(18)14-10)12-2-15(7)9-6(17)5(16)3(25-9)1-24-28(22,23)26-27(19,20)21/h2-3,5-6,9,16-17H,1H2,(H,22,23)(H2,19,20,21)(H3,11,13,14,18)" +"MNXM89582","InChI=1S/H2S/h1H2" +"MNXM9","InChI=1S/H3O4P/c1-5(2,3)4/h(H3,1,2,3,4)" +"MNXM39","InChI=1S/CH2O2/c2-1-3/h1H,(H,2,3)" +"MNXM74","InChI=1S/C3H7O6P/c4-1-3(5)2-9-10(6,7)8/h1,3,5H,2H2,(H2,6,7,8)" +"MNXM40","InChI=1S/C24H38N7O19P3S/c1-24(2,19(37)22(38)27-4-3-13(32)26-5-6-54-15(35)7-14(33)34)9-47-53(44,45)50-52(42,43)46-8-12-18(49-51(39,40)41)17(36)23(48-12)31-11-30-16-20(25)28-10-29-21(16)31/h10-12,17-19,23,36-37H,3-9H2,1-2H3,(H,26,32)(H,27,38)(H,33,34)(H,42,43)(H,44,45)(H2,25,28,29)(H2,39,40,41)" +"MNXM222","InChI=1S/C2H4O3/c3-1-2(4)5/h3H,1H2,(H,4,5)" +"MNXM349","InChI=1S/C2H4O2/c3-1-2-4/h1,4H,2H2" +"MNXM77","InChI=1S/C3H7O6P/c4-1-3(5)2-9-10(6,7)8/h4H,1-2H2,(H2,6,7,8)" +"MNXM475","InChI=1S/C3H4O4/c4-1-2(5)3(6)7/h1-2,5H,(H,6,7)" +"MNXM189","InChI=1S/C3H6O4/c4-1-2(5)3(6)7/h2,4-5H,1H2,(H,6,7)" +"MNXM261","InChI=1S/C3H8O10P2/c4-2(1-12-14(6,7)8)3(5)13-15(9,10)11/h2,4H,1H2,(H2,6,7,8)(H2,9,10,11)" +"MNXM1","InChI=1S/p+1" +"MNXM8","InChI=1S/C21H27N7O14P2/c22-17-12-19(25-7-24-17)28(8-26-12)21-16(32)14(30)11(41-21)6-39-44(36,37)42-43(34,35)38-5-10-13(29)15(31)20(40-10)27-3-1-2-9(4-27)18(23)33/h1-4,7-8,10-11,13-16,20-21,29-32H,5-6H2,(H5-,22,23,24,25,33,34,35,36,37)/p+1" +"MNXM622","InChI=1S/C5H11O7P/c1-3(6)5(8)4(7)2-12-13(9,10)11/h4-5,7-8H,2H2,1H3,(H2,9,10,11)" +"MNXM10","InChI=1S/C21H29N7O14P2/c22-17-12-19(25-7-24-17)28(8-26-12)21-16(32)14(30)11(41-21)6-39-44(36,37)42-43(34,35)38-5-10-13(29)15(31)20(40-10)27-3-1-2-9(4-27)18(23)33/h1,3-4,7-8,10-11,13-16,20-21,29-32H,2,5-6H2,(H2,23,33)(H,34,35)(H,36,37)(H2,22,24,25)" +"MNXM63","InChI=1S/C9H16N3O14P3/c10-5-1-2-12(9(15)11-5)8-7(14)6(13)4(24-8)3-23-28(19,20)26-29(21,22)25-27(16,17)18/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,19,20)(H,21,22)(H2,10,11,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM650","InChI=1S/C24H38N7O17P3S/c1-4-15(33)52-8-7-26-14(32)5-6-27-22(36)19(35)24(2,3)10-45-51(42,43)48-50(40,41)44-9-13-18(47-49(37,38)39)17(34)23(46-13)31-12-30-16-20(25)28-11-29-21(16)31/h4,11-13,17-19,23,34-35H,1,5-10H2,2-3H3,(H,26,32)(H,27,36)(H,40,41)(H,42,43)(H2,25,28,29)(H2,37,38,39)" +"MNXM31","InChI=1S/C9H14N3O8P/c10-5-1-2-12(9(15)11-5)8-7(14)6(13)4(20-8)3-19-21(16,17)18/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H2,10,11,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM3","InChI=1S/C10H16N5O13P3/c11-8-5-9(13-2-12-8)15(3-14-5)10-7(17)6(16)4(26-10)1-25-30(21,22)28-31(23,24)27-29(18,19)20/h2-4,6-7,10,16-17H,1H2,(H,21,22)(H,23,24)(H2,11,12,13)(H2,18,19,20)" +"MNXM7","InChI=1S/C10H15N5O10P2/c11-8-5-9(13-2-12-8)15(3-14-5)10-7(17)6(16)4(24-10)1-23-27(21,22)25-26(18,19)20/h2-4,6-7,10,16-17H,1H2,(H,21,22)(H2,11,12,13)(H2,18,19,20)" +"MNXM126","InChI=1S/C3H7O7P/c4-2(3(5)6)1-10-11(7,8)9/h2,4H,1H2,(H,5,6)(H2,7,8,9)" +"MNXM1263","InChI=1S/C24H40N7O18P3S/c1-24(2,19(36)22(37)27-5-3-14(33)26-6-8-53-15(34)4-7-32)10-46-52(43,44)49-51(41,42)45-9-13-18(48-50(38,39)40)17(35)23(47-13)31-12-30-16-20(25)28-11-29-21(16)31/h11-13,17-19,23,32,35-36H,3-10H2,1-2H3,(H,26,33)(H,27,37)(H,41,42)(H,43,44)(H2,25,28,29)(H2,38,39,40)" +"MNXM275","InChI=1S/C3H7O7P/c4-1-2(3(5)6)10-11(7,8)9/h2,4H,1H2,(H,5,6)(H2,7,8,9)" +"MNXM73","InChI=1S/C3H5O6P/c1-2(3(4)5)9-10(6,7)8/h1H2,(H,4,5)(H2,6,7,8)" +"MNXM11","InChI=1S/H4O7P2/c1-8(2,3)7-9(4,5)6/h(H2,1,2,3)(H2,4,5,6)" +"MNXM26","InChI=1S/C2H4O2/c1-2(3)4/h1H3,(H,3,4)" +"MNXM1499","InChI=1S/C3H7O5P/c1-2-3(4)8-9(5,6)7/h2H2,1H3,(H2,5,6,7)" +"MNXM12","InChI=1S/C21H36N7O16P3S/c1-21(2,16(31)19(32)24-4-3-12(29)23-5-6-48)8-41-47(38,39)44-46(36,37)40-7-11-15(43-45(33,34)35)14(30)20(42-11)28-10-27-13-17(22)25-9-26-18(13)28/h9-11,14-16,20,30-31,48H,3-8H2,1-2H3,(H,23,29)(H,24,32)(H,36,37)(H,38,39)(H2,22,25,26)(H2,33,34,35)" +"MNXM14","InChI=1S/C10H14N5O7P/c11-8-5-9(13-2-12-8)15(3-14-5)10-7(17)6(16)4(22-10)1-21-23(18,19)20/h2-4,6-7,10,16-17H,1H2,(H2,11,12,13)(H2,18,19,20)" +"MNXM86","InChI=1S/C24H40N7O17P3S/c1-4-15(33)52-8-7-26-14(32)5-6-27-22(36)19(35)24(2,3)10-45-51(42,43)48-50(40,41)44-9-13-18(47-49(37,38)39)17(34)23(46-13)31-12-30-16-20(25)28-11-29-21(16)31/h11-13,17-19,23,34-35H,4-10H2,1-3H3,(H,26,32)(H,27,36)(H,40,41)(H,42,43)(H2,25,28,29)(H2,37,38,39)" +"MNXM21","InChI=1S/C23H38N7O17P3S/c1-12(31)51-7-6-25-14(32)4-5-26-21(35)18(34)23(2,3)9-44-50(41,42)47-49(39,40)43-8-13-17(46-48(36,37)38)16(33)22(45-13)30-11-29-15-19(24)27-10-28-20(15)30/h10-11,13,16-18,22,33-34H,4-9H2,1-3H3,(H,25,32)(H,26,35)(H,39,40)(H,41,42)(H2,24,27,28)(H2,36,37,38)" +"MNXM75","InChI=1S/C2H4O/c1-2-3/h2H,1H3" +"MNXM46","InChI=1S/C4H4O5/c5-2(4(8)9)1-3(6)7/h1H2,(H,6,7)(H,8,9)" +"MNXM90279","InChI=1S/C7H10O7/c1-3(5(10)11)7(14,6(12)13)2-4(8)9/h3,14H,2H2,1H3,(H,8,9)(H,10,11)(H,12,13)" +"MNXM131","InChI=1S/C6H8O7/c7-3(8)1-6(13,5(11)12)2-4(9)10/h13H,1-2H2,(H,7,8)(H,9,10)(H,11,12)" +"MNXM89661","InChI=1S/C6H8O7/c7-3(8)1-2(5(10)11)4(9)6(12)13/h2,4,9H,1H2,(H,7,8)(H,10,11)(H,12,13)" +"MNXM1694","InChI=1S/C7H10O7/c1-7(14,6(12)13)3(5(10)11)2-4(8)9/h3,14H,2H2,1H3,(H,8,9)(H,10,11)(H,12,13)" +"MNXM20","InChI=1S/C5H6O5/c6-3(5(9)10)1-2-4(7)8/h1-2H2,(H,7,8)(H,9,10)" +"MNXM114079","InChI=1S/C5H8O4/c1-3(6)5(2,9)4(7)8/h9H,1-2H3,(H,7,8)" +"MNXM13","InChI=1S/CO2/c2-1-3" +"MNXM5","InChI=1S/C21H28N7O17P3/c22-17-12-19(25-7-24-17)28(8-26-12)21-16(44-46(33,34)35)14(30)11(43-21)6-41-48(38,39)45-47(36,37)40-5-10-13(29)15(31)20(42-10)27-3-1-2-9(4-27)18(23)32/h1-4,7-8,10-11,13-16,20-21,29-31H,5-6H2,(H7-,22,23,24,25,32,33,34,35,36,37,38,39)/p+1" +"MNXM6","InChI=1S/C21H30N7O17P3/c22-17-12-19(25-7-24-17)28(8-26-12)21-16(44-46(33,34)35)14(30)11(43-21)6-41-48(38,39)45-47(36,37)40-5-10-13(29)15(31)20(42-10)27-3-1-2-9(4-27)18(23)32/h1,3-4,7-8,10-11,13-16,20-21,29-31H,2,5-6H2,(H2,23,32)(H,36,37)(H,38,39)(H2,22,24,25)(H2,33,34,35)" +"MNXM60","InChI=1S/CH2O3/c2-1(3)4/h(H2,2,3,4)" +"MNXM1024","InChI=1S/C8H15NOS2/c9-8(10)4-2-1-3-7-5-6-11-12-7/h7H,1-6H2,(H2,9,10)" +"MNXM446","InChI=1S/C25H42N7O18P3S/c1-13(33)8-16(35)54-7-6-27-15(34)4-5-28-23(38)20(37)25(2,3)10-47-53(44,45)50-52(42,43)46-9-14-19(49-51(39,40)41)18(36)24(48-14)32-12-31-17-21(26)29-11-30-22(17)32/h11-14,18-20,24,33,36-37H,4-10H2,1-3H3,(H,27,34)(H,28,38)(H,42,43)(H,44,45)(H2,26,29,30)(H2,39,40,41)" +"MNXM3710","InChI=1S/C12H21NO4S2/c13-10(14)4-2-1-3-9(18)7-8-19-12(17)6-5-11(15)16/h9,18H,1-8H2,(H2,13,14)(H,15,16)" +"MNXM66","InChI=1S/C3H9O6P/c4-1-3(5)2-9-10(6,7)8/h3-5H,1-2H2,(H2,6,7,8)" +"MNXM1277","InChI=1S/C8H17NOS2/c9-8(10)4-2-1-3-7(12)5-6-11/h7,11-12H,1-6H2,(H2,9,10)" +"MNXM192","InChI=1S/C4H9NO2/c5-3-1-2-4(6)7/h1-3,5H2,(H,6,7)" +"MNXM422","InChI=1S/C4H9NO/c5-3-1-2-4-6/h4H,1-3,5H2" +"MNXM17312","InChI=1S/C35H69O8P/c1-3-5-7-9-11-13-15-17-19-21-23-25-27-29-34(36)41-31-33(32-42-44(38,39)40)43-35(37)30-28-26-24-22-20-18-16-14-12-10-8-6-4-2/h33H,3-32H2,1-2H3,(H2,38,39,40)" +"MNXM1608","InChI=1S/C4H6O5/c5-2(4(8)9)1-3(6)7/h2,5H,1H2,(H,6,7)(H,8,9)" +"MNXM92","InChI=1S/C25H40N7O19P3S/c1-25(2,20(38)23(39)28-6-5-14(33)27-7-8-55-16(36)4-3-15(34)35)10-48-54(45,46)51-53(43,44)47-9-13-19(50-52(40,41)42)18(37)24(49-13)32-12-31-17-21(26)29-11-30-22(17)32/h11-13,18-20,24,37-38H,3-10H2,1-2H3,(H,27,33)(H,28,39)(H,34,35)(H,43,44)(H,45,46)(H2,26,29,30)(H2,40,41,42)" +"MNXM244","InChI=1S/C3H4O3/c4-2-1-3(5)6/h2H,1H2,(H,5,6)" +"MNXM232","InChI=1S/C49H74O4/c1-36(2)20-13-21-37(3)22-14-23-38(4)24-15-25-39(5)26-16-27-40(6)28-17-29-41(7)30-18-31-42(8)32-19-33-43(9)34-35-45-44(10)46(50)48(52-11)49(53-12)47(45)51/h20,22,24,26,28,30,32,34H,13-19,21,23,25,27,29,31,33,35H2,1-12H3" +"MNXM25","InChI=1S/C4H6O4/c5-3(6)1-2-4(7)8/h1-2H2,(H,5,6)(H,7,8)" +"MNXM32181","InChI=1S/C38H74NO10P/c1-3-5-7-9-11-13-15-17-19-21-23-25-27-29-36(40)46-31-34(32-47-50(44,45)48-33-35(39)38(42)43)49-37(41)30-28-26-24-22-20-18-16-14-12-10-8-6-4-2/h34-35H,3-33,39H2,1-2H3,(H,42,43)(H,44,45)" +"MNXM191","InChI=1S/C49H76O4/c1-36(2)20-13-21-37(3)22-14-23-38(4)24-15-25-39(5)26-16-27-40(6)28-17-29-41(7)30-18-31-42(8)32-19-33-43(9)34-35-45-44(10)46(50)48(52-11)49(53-12)47(45)51/h20,22,24,26,28,30,32,34,50-51H,13-19,21,23,25,27,29,31,33,35H2,1-12H3" +"MNXM93","InChI=1S/C4H4O4/c5-3(6)1-2-4(7)8/h1-2H,(H,5,6)(H,7,8)" +"MNXM4","InChI=1S/O2/c1-2" +"MNXM38","InChI=1S/C27H35N9O15P2/c1-10-3-12-13(4-11(10)2)35(24-18(32-12)25(42)34-27(43)33-24)5-14(37)19(39)15(38)6-48-52(44,45)51-53(46,47)49-7-16-20(40)21(41)26(50-16)36-9-31-17-22(28)29-8-30-23(17)36/h3-4,8-9,14-16,19-21,26,32,37-41H,5-7H2,1-2H3,(H,44,45)(H,46,47)(H2,28,29,30)(H2,33,34,42,43)" +"MNXM53","InChI=1S/C3H7NO3/c4-2(1-5)3(6)7/h2,5H,1,4H2,(H,6,7)" +"MNXM32178","InChI=1S/C37H74NO8P/c1-3-5-7-9-11-13-15-17-19-21-23-25-27-29-36(39)43-33-35(34-45-47(41,42)44-32-31-38)46-37(40)30-28-26-24-22-20-18-16-14-12-10-8-6-4-2/h35H,3-34,38H2,1-2H3,(H,41,42)" +"MNXM33","InChI=1S/C27H33N9O15P2/c1-10-3-12-13(4-11(10)2)35(24-18(32-12)25(42)34-27(43)33-24)5-14(37)19(39)15(38)6-48-52(44,45)51-53(46,47)49-7-16-20(40)21(41)26(50-16)36-9-31-17-22(28)29-8-30-23(17)36/h3-4,8-9,14-16,19-21,26,37-41H,5-7H2,1-2H3,(H5,28,29,30,34,42,43,44,45,46,47)/p+1" +"MNXM223","InChI=1S/C51H74O2/c1-38(2)20-13-21-39(3)22-14-23-40(4)24-15-25-41(5)26-16-27-42(6)28-17-29-43(7)30-18-31-44(8)32-19-33-45(9)36-37-47-46(10)50(52)48-34-11-12-35-49(48)51(47)53/h11-12,20,22,24,26,28,30,32,34-36,52-53H,13-19,21,23,25,27,29,31,33,37H2,1-10H3" +"MNXM107","InChI=1S/HNO2/c2-1-3/h(H,2,3)/p-1" +"MNXM509","InChI=1S/C51H72O2/c1-38(2)20-13-21-39(3)22-14-23-40(4)24-15-25-41(5)26-16-27-42(6)28-17-29-43(7)30-18-31-44(8)32-19-33-45(9)36-37-47-46(10)50(52)48-34-11-12-35-49(48)51(47)53/h11-12,20,22,24,26,28,30,32,34-36H,13-19,21,23,25,27,29,31,33,37H2,1-10H3" +"MNXM218","InChI=1S/C2H7NO/c3-1-2-4/h4H,1-3H2" +"MNXM32180","InChI=1S/C38H76O13P2/c1-3-5-7-9-11-13-15-17-19-21-23-25-27-29-37(40)47-33-36(34-50-53(45,46)49-32-35(39)31-48-52(42,43)44)51-38(41)30-28-26-24-22-20-18-16-14-12-10-8-6-4-2/h35-36,39H,3-34H2,1-2H3,(H,45,46)(H2,42,43,44)" +"MNXM558","InChI=1S/C50H72O2/c1-38(2)19-12-20-39(3)21-13-22-40(4)23-14-24-41(5)25-15-26-42(6)27-16-28-43(7)29-17-30-44(8)31-18-32-45(9)35-36-46-37-49(51)47-33-10-11-34-48(47)50(46)52/h10-11,19,21,23,25,27,29,31,33-35,37,51-52H,12-18,20,22,24,26,28,30,32,36H2,1-9H3" +"MNXM207","InChI=1S/NO3/c2-1(3)4/q-1" +"MNXM2178","InChI=1S/C50H70O2/c1-38(2)19-12-20-39(3)21-13-22-40(4)23-14-24-41(5)25-15-26-42(6)27-16-28-43(7)29-17-30-44(8)31-18-32-45(9)35-36-46-37-49(51)47-33-10-11-34-48(47)50(46)52/h10-11,19,21,23,25,27,29,31,33-35,37H,12-18,20,22,24,26,28,30,32,36H2,1-9H3" +"MNXM32179","InChI=1S/C38H75O10P/c1-3-5-7-9-11-13-15-17-19-21-23-25-27-29-37(41)45-33-36(34-47-49(43,44)46-32-35(40)31-39)48-38(42)30-28-26-24-22-20-18-16-14-12-10-8-6-4-2/h35-36,39-40H,3-34H2,1-2H3,(H,43,44)" +"MNXM15","InChI=1S/H3N/h1H3" +"MNXM91","InChI=1S/C5H13O14P3/c6-3-2(1-16-20(8,9)10)17-5(4(3)7)18-22(14,15)19-21(11,12)13/h2-7H,1H2,(H,14,15)(H2,8,9,10)(H2,11,12,13)" +"MNXM90003","InChI=1S/C5H12NO7P/c6-5-4(8)3(7)2(13-5)1-12-14(9,10)11/h2-5,7-8H,1,6H2,(H2,9,10,11)" +"MNXM98","InChI=1S/C4H6O5/c5-2(4(8)9)1-3(6)7/h2,5H,1H2,(H,6,7)(H,8,9)" +"MNXM186","InChI=1S/C5H11O8P/c6-1-3(7)5(9)4(8)2-13-14(10,11)12/h4-6,8-9H,1-2H2,(H2,10,11,12)" +"MNXM463","InChI=1S/C7H15N2O8P/c8-1-4(10)9-7-6(12)5(11)3(17-7)2-16-18(13,14)15/h3,5-7,11-12H,1-2,8H2,(H,9,10)(H2,13,14,15)" +"MNXM29","InChI=1S/C2H5NO2/c3-1-2(4)5/h1,3H2,(H,4,5)" +"MNXM453","InChI=1S/C8H15N2O9P/c11-3-9-1-5(12)10-8-7(14)6(13)4(19-8)2-18-20(15,16)17/h3-4,6-8,13-14H,1-2H2,(H,9,11)(H,10,12)(H2,15,16,17)" +"MNXM145","InChI=1S/C5H11O8P/c6-1-3(7)5(9)4(8)2-13-14(10,11)12/h4-6,8-9H,1-2H2,(H2,10,11,12)" +"MNXM15900","InChI=1S/C5H11O8P/c6-3-2(1-12-14(9,10)11)13-5(8)4(3)7/h2-8H,1H2,(H2,9,10,11)" +"MNXM271","InChI=1S/C7H15O10P/c8-1-3(9)5(11)7(13)6(12)4(10)2-17-18(14,15)16/h4-8,10-13H,1-2H2,(H2,14,15,16)" +"MNXM258","InChI=1S/C4H9O7P/c5-1-3(6)4(7)2-11-12(8,9)10/h1,3-4,6-7H,2H2,(H2,8,9,10)" +"MNXM2179","InChI=1S/C5H11O7P/c6-2-1-4(7)5(8)3-12-13(9,10)11/h2,4-5,7-8H,1,3H2,(H2,9,10,11)" +"MNXM79","InChI=1S/C19H23N7O6/c20-19-25-15-14(17(30)26-19)23-11(8-22-15)7-21-10-3-1-9(2-4-10)16(29)24-12(18(31)32)5-6-13(27)28/h1-4,11-12,21,23H,5-8H2,(H,24,29)(H,27,28)(H,31,32)(H4,20,22,25,26,30)" +"MNXM237","InChI=1S/C20H23N7O7/c21-20-25-16-15(18(32)26-20)23-11(7-22-16)8-27(9-28)12-3-1-10(2-4-12)17(31)24-13(19(33)34)5-6-14(29)30/h1-4,9,11,13,23H,5-8H2,(H,24,31)(H,29,30)(H,33,34)(H4,21,22,25,26,32)" +"MNXM479745","InChI=1S/C8H16N3O8P/c9-5(1-10-3-12)11-8-7(14)6(13)4(19-8)2-18-20(15,16)17/h3-4,6-8,13-14H,1-2H2,(H2,9,11)(H,10,12)(H2,15,16,17)" +"MNXM162266","InChI=1S/C8H14N3O7P/c9-5-1-10-3-11(5)8-7(13)6(12)4(18-8)2-17-19(14,15)16/h1,3-4,6-8,12-13H,2,9H2,(H2,14,15,16)" +"MNXM507","InChI=1S/C9H14N3O9P/c10-7-4(9(15)16)11-2-12(7)8-6(14)5(13)3(21-8)1-20-22(17,18)19/h2-3,5-6,8,13-14H,1,10H2,(H,15,16)(H2,17,18,19)" +"MNXM789","InChI=1S/C5H11O7P/c6-2-4-3(7)1-5(11-4)12-13(8,9)10/h3-7H,1-2H2,(H2,8,9,10)" +"MNXM649","InChI=1S/C6H11O9P/c7-3(1-4(8)6(10)11)5(9)2-15-16(12,13)14/h3,5,7,9H,1-2H2,(H,10,11)(H2,12,13,14)" +"MNXM607","InChI=1S/C13H19N4O12P/c14-10-7(11(22)16-4(13(23)24)1-6(18)19)15-3-17(10)12-9(21)8(20)5(29-12)2-28-30(25,26)27/h3-5,8-9,12,20-21H,1-2,14H2,(H,16,22)(H,18,19)(H,23,24)(H2,25,26,27)" +"MNXM365","InChI=1S/C9H15N4O8P/c10-7-4(8(11)16)12-2-13(7)9-6(15)5(14)3(21-9)1-20-22(17,18)19/h2-3,5-6,9,14-15H,1,10H2,(H2,11,16)(H2,17,18,19)" +"MNXM465","InChI=1S/C5H8N2O5/c6-5(12)7-2(4(10)11)1-3(8)9/h2H,1H2,(H,8,9)(H,10,11)(H3,6,7,12)" +"MNXM456","InChI=1S/C10H15N4O9P/c11-8(18)5-9(13-3-15)14(2-12-5)10-7(17)6(16)4(23-10)1-22-24(19,20)21/h2-4,6-7,10,16-17H,1H2,(H2,11,18)(H,13,15)(H2,19,20,21)" +"MNXM138","InChI=1S/CH4NO5P/c2-1(3)7-8(4,5)6/h(H2,2,3)(H2,4,5,6)" +"MNXM125","InChI=1S/C10H13N4O8P/c15-6-4(1-21-23(18,19)20)22-10(7(6)16)14-3-13-5-8(14)11-2-12-9(5)17/h2-4,6-7,10,15-16H,1H2,(H,11,12,17)(H2,18,19,20)" +"MNXM252","InChI=1S/C5H6N2O4/c8-3-1-2(4(9)10)6-5(11)7-3/h2H,1H2,(H,9,10)(H2,6,7,8,11)" +"MNXM235","InChI=1S/C5H4N2O4/c8-3-1-2(4(9)10)6-5(11)7-3/h1H,(H,9,10)(H2,6,7,8,11)" +"MNXM565","InChI=1S/C14H18N5O11P/c20-7(21)1-5(14(24)25)18-11-8-12(16-3-15-11)19(4-17-8)13-10(23)9(22)6(30-13)2-29-31(26,27)28/h3-6,9-10,13,22-23H,1-2H2,(H,20,21)(H,24,25)(H,15,16,18)(H2,26,27,28)" +"MNXM519","InChI=1S/C10H13N2O11P/c13-5-1-3(9(16)17)12(10(18)11-5)8-7(15)6(14)4(23-8)2-22-24(19,20)21/h1,4,6-8,14-15H,2H2,(H,16,17)(H,11,13,18)(H2,19,20,21)" +"MNXM231","InChI=1S/C6H13NO2/c1-3-4(2)5(7)6(8)9/h4-5H,3,7H2,1-2H3,(H,8,9)" +"MNXM298","InChI=1S/C10H13N4O9P/c15-5-3(1-22-24(19,20)21)23-9(6(5)16)14-2-11-4-7(14)12-10(18)13-8(4)17/h2-3,5-6,9,15-16H,1H2,(H2,19,20,21)(H2,12,13,17,18)" +"MNXM80","InChI=1S/C9H13N2O9P/c12-5-1-2-11(9(15)10-5)8-7(14)6(13)4(20-8)3-19-21(16,17)18/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,10,12,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM113","InChI=1S/C10H14N5O8P/c11-10-13-7-4(8(18)14-10)12-2-15(7)9-6(17)5(16)3(23-9)1-22-24(19,20)21/h2-3,5-6,9,16-17H,1H2,(H2,19,20,21)(H3,11,13,14,18)" +"MNXM439","InChI=1S/C6H10O3/c1-3-4(2)5(7)6(8)9/h4H,3H2,1-2H3,(H,8,9)" +"MNXM220","InChI=1S/C9H15N3O11P2/c10-5-1-2-12(9(15)11-5)8-7(14)6(13)4(22-8)3-21-25(19,20)23-24(16,17)18/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,19,20)(H2,10,11,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM404","InChI=1S/C6H10O3/c1-4(2)3-5(7)6(8)9/h4H,3H2,1-2H3,(H,8,9)" +"MNXM411","InChI=1S/C9H15N3O10P2/c10-7-1-2-12(9(14)11-7)8-3-5(13)6(21-8)4-20-24(18,19)22-23(15,16)17/h1-2,5-6,8,13H,3-4H2,(H,18,19)(H2,10,11,14)(H2,15,16,17)" +"MNXM212","InChI=1S/C10H13N5O4/c11-8-5-9(13-2-12-8)15(3-14-5)10-7(18)6(17)4(1-16)19-10/h2-4,6-7,10,16-18H,1H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM140","InChI=1S/C6H13NO2/c1-4(2)3-5(7)6(8)9/h4-5H,3,7H2,1-2H3,(H,8,9)" +"MNXM114097","InChI=1S/C5H10O4/c1-5(2,9)3(6)4(7)8/h3,6,9H,1-2H3,(H,7,8)" +"MNXM360","InChI=1S/C9H16N3O13P3/c10-7-1-2-12(9(14)11-7)8-3-5(13)6(23-8)4-22-27(18,19)25-28(20,21)24-26(15,16)17/h1-2,5-6,8,13H,3-4H2,(H,18,19)(H,20,21)(H2,10,11,14)(H2,15,16,17)" +"MNXM114220","InChI=1S/C6H10O4/c1-3-6(10,4(2)7)5(8)9/h10H,3H2,1-2H3,(H,8,9)" +"MNXM625","InChI=1S/C10H13N5O3/c11-9-8-10(13-3-12-9)15(4-14-8)7-1-5(17)6(2-16)18-7/h3-7,16-17H,1-2H2,(H2,11,12,13)" +"MNXM257","InChI=1S/C10H15N2O8P/c1-5-3-12(10(15)11-9(5)14)8-2-6(13)7(20-8)4-19-21(16,17)18/h3,6-8,13H,2,4H2,1H3,(H,11,14,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM1202","InChI=1S/C6H12O4/c1-3-6(2,10)4(7)5(8)9/h4,7,10H,3H2,1-2H3,(H,8,9)" +"MNXM152","InChI=1S/C10H16N2O11P2/c1-5-3-12(10(15)11-9(5)14)8-2-6(13)7(22-8)4-21-25(19,20)23-24(16,17)18/h3,6-8,13H,2,4H2,1H3,(H,19,20)(H,11,14,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM1602","InChI=1S/C7H10O5/c1-3(2)4(6(9)10)5(8)7(11)12/h3-4H,1-2H3,(H,9,10)(H,11,12)" +"MNXM891","InChI=1S/C7H12O5/c1-3(2)4(6(9)10)5(8)7(11)12/h3-5,8H,1-2H3,(H,9,10)(H,11,12)" +"MNXM432","InChI=1S/C10H14N5O6P/c11-9-8-10(13-3-12-9)15(4-14-8)7-1-5(16)6(21-7)2-20-22(17,18)19/h3-7,16H,1-2H2,(H2,11,12,13)(H2,17,18,19)" +"MNXM546","InChI=1S/C10H14N5O7P/c11-10-13-8-7(9(17)14-10)12-3-15(8)6-1-4(16)5(22-6)2-21-23(18,19)20/h3-6,16H,1-2H2,(H2,18,19,20)(H3,11,13,14,17)" +"MNXM158","InChI=1S/C4H4N2O2/c7-3-1-2-5-4(8)6-3/h1-2H,(H2,5,6,7,8)" +"MNXM647","InChI=1S/C10H13N5O4/c11-10-13-8-7(9(18)14-10)12-3-15(8)6-1-4(17)5(2-16)19-6/h3-6,16-17H,1-2H2,(H3,11,13,14,18)" +"MNXM436","InChI=1S/C10H15N5O10P2/c11-10-13-8-7(9(17)14-10)12-3-15(8)6-1-4(16)5(24-6)2-23-27(21,22)25-26(18,19)20/h3-6,16H,1-2H2,(H,21,22)(H2,18,19,20)(H3,11,13,14,17)" +"MNXM495","InChI=1S/C10H14N4O11P2/c15-6-4(1-23-27(21,22)25-26(18,19)20)24-10(7(6)16)14-3-13-5-8(14)11-2-12-9(5)17/h2-4,6-7,10,15-16H,1H2,(H,21,22)(H,11,12,17)(H2,18,19,20)" +"MNXM199","InChI=1S/C5H11NO2/c1-3(2)4(6)5(7)8/h3-4H,6H2,1-2H3,(H,7,8)" +"MNXM492","InChI=1S/C9H12N2O5/c12-4-6-5(13)3-8(16-6)11-2-1-7(14)10-9(11)15/h1-2,5-6,8,12-13H,3-4H2,(H,10,14,15)" +"MNXM423","InChI=1S/C10H15N4O14P3/c15-6-4(1-25-30(21,22)28-31(23,24)27-29(18,19)20)26-10(7(6)16)14-3-13-5-8(14)11-2-12-9(5)17/h2-4,6-7,10,15-16H,1H2,(H,21,22)(H,23,24)(H,11,12,17)(H2,18,19,20)" +"MNXM807","InChI=1S/C7H7NO4/c9-6(10)4-2-1-3-5(8-4)7(11)12/h1-2,5H,3H2,(H,9,10)(H,11,12)" +"MNXM452","InChI=1S/C9H15N2O14P3/c12-5-3-8(11-2-1-7(13)10-9(11)14)23-6(5)4-22-27(18,19)25-28(20,21)24-26(15,16)17/h1-2,5-6,8,12H,3-4H2,(H,18,19)(H,20,21)(H,10,13,14)(H2,15,16,17)" +"MNXM213","InChI=1S/C5H4N4O/c10-5-3-4(7-1-6-3)8-2-9-5/h1-2H,(H2,6,7,8,9,10)" +"MNXM480","InChI=1S/C7H9NO4/c9-6(10)4-2-1-3-5(8-4)7(11)12/h4H,1-3H2,(H,9,10)(H,11,12)" +"MNXM572","InChI=1S/C9H14N2O11P2/c12-5-3-8(11-2-1-7(13)10-9(11)14)21-6(5)4-20-24(18,19)22-23(15,16)17/h1-2,5-6,8,12H,3-4H2,(H,18,19)(H,10,13,14)(H2,15,16,17)" +"MNXM1563","InChI=1S/C11H15NO8/c13-7(11(19)20)3-1-2-6(10(17)18)12-8(14)4-5-9(15)16/h6H,1-5H2,(H,12,14)(H,15,16)(H,17,18)(H,19,20)" +"MNXM174","InChI=1S/C5H4N4O2/c10-4-2-3(7-1-6-2)8-5(11)9-4/h1H,(H3,6,7,8,9,10,11)" +"MNXM234","InChI=1S/C9H13N2O8P/c12-5-3-8(11-2-1-7(13)10-9(11)14)19-6(5)4-18-20(15,16)17/h1-2,5-6,8,12H,3-4H2,(H,10,13,14)(H2,15,16,17)" +"MNXM168","InChI=1S/C5H5N5/c6-4-3-5(9-1-7-3)10-2-8-4/h1-2H,(H3,6,7,8,9,10)" +"MNXM1488","InChI=1S/C11H18N2O7/c12-6(10(17)18)2-1-3-7(11(19)20)13-8(14)4-5-9(15)16/h6-7H,1-5,12H2,(H,13,14)(H,15,16)(H,17,18)(H,19,20)" +"MNXM644","InChI=1S/C7H14N2O4/c8-4(6(10)11)2-1-3-5(9)7(12)13/h4-5H,1-3,8-9H2,(H,10,11)(H,12,13)" +"MNXM344","InChI=1S/C10H16N5O13P3/c11-10-13-8-7(9(17)14-10)12-3-15(8)6-1-4(16)5(26-6)2-25-30(21,22)28-31(23,24)27-29(18,19)20/h3-6,16H,1-2H2,(H,21,22)(H,23,24)(H2,18,19,20)(H3,11,13,14,17)" +"MNXM529","InChI=1S/C7H14N2O4/c8-4(6(10)11)2-1-3-5(9)7(12)13/h4-5H,1-3,8-9H2,(H,10,11)(H,12,13)" +"MNXM78","InChI=1S/C6H14N2O2/c7-4-2-1-3-5(8)6(9)10/h5H,1-4,7-8H2,(H,9,10)" +"MNXM761","InChI=1S/C4H5N3O/c5-3-1-2-6-4(8)7-3/h1-2H,(H3,5,6,7,8)" +"MNXM374","InChI=1S/C10H15N5O9P2/c11-9-8-10(13-3-12-9)15(4-14-8)7-1-5(16)6(23-7)2-22-26(20,21)24-25(17,18)19/h3-7,16H,1-2H2,(H,20,21)(H2,11,12,13)(H2,17,18,19)" +"MNXM70","InChI=1S/C6H14N4O2/c7-4(5(11)12)2-1-3-10-6(8)9/h4H,1-3,7H2,(H,11,12)(H4,8,9,10)" +"MNXM1756","InChI=1S/C10H18N4O5/c11-10(12)13-5-1-2-6(9(18)19)14-7(15)3-4-8(16)17/h6H,1-5H2,(H,14,15)(H,16,17)(H,18,19)(H4,11,12,13)" +"MNXM286","InChI=1S/C10H16N5O12P3/c11-9-8-10(13-3-12-9)15(4-14-8)7-1-5(16)6(25-7)2-24-29(20,21)27-30(22,23)26-28(17,18)19/h3-7,16H,1-2H2,(H,20,21)(H,22,23)(H2,11,12,13)(H2,17,18,19)" +"MNXM478","InChI=1S/C7H10O6/c8-3-1-7(13,6(11)12)2-4(9)5(3)10/h3,5,8,10,13H,1-2H2,(H,11,12)" +"MNXM611","InChI=1S/C7H8O5/c8-4-1-3(7(11)12)2-5(9)6(4)10/h1,5-6,9-10H,2H2,(H,11,12)" +"MNXM602","InChI=1S/C7H10O5/c8-4-1-3(7(11)12)2-5(9)6(4)10/h1,4-6,8-10H,2H2,(H,11,12)" +"MNXM1617","InChI=1S/C5H7NO2/c7-5(8)4-2-1-3-6-4/h3-4H,1-2H2,(H,7,8)" +"MNXM114","InChI=1S/C5H9NO2/c7-5(8)4-2-1-3-6-4/h4,6H,1-3H2,(H,7,8)" +"MNXM1265","InChI=1S/C7H11O8P/c8-4-1-3(7(10)11)2-5(6(4)9)15-16(12,13)14/h2,4-6,8-9H,1H2,(H,10,11)(H2,12,13,14)" +"MNXM1365","InChI=1S/C10H13O10P/c1-4(9(12)13)19-6-2-5(10(14)15)3-7(8(6)11)20-21(16,17)18/h3,6-8,11H,1-2H2,(H,12,13)(H,14,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM337","InChI=1S/C10H10O6/c1-5(9(12)13)16-8-4-6(10(14)15)2-3-7(8)11/h2-4,7-8,11H,1H2,(H,12,13)(H,14,15)" +"MNXM1489","InChI=1S/C12H16NO9P/c14-9-8(5-21-23(18,19)20)22-11(10(9)15)13-7-4-2-1-3-6(7)12(16)17/h1-4,8-11,13-15H,5H2,(H,16,17)(H2,18,19,20)" +"MNXM1455","InChI=1S/C12H16NO9P/c14-9(11(16)10(15)6-22-23(19,20)21)5-13-8-4-2-1-3-7(8)12(17)18/h1-4,10-11,13,15-16H,5-6H2,(H,17,18)(H2,19,20,21)" +"MNXM866","InChI=1S/C11H14NO6P/c13-10(6-18-19(15,16)17)11(14)8-5-12-9-4-2-1-3-7(8)9/h1-5,10-14H,6H2,(H2,15,16,17)" +"MNXM32","InChI=1S/C3H7NO2/c1-2(4)3(5)6/h2H,4H2,1H3,(H,5,6)" +"MNXM377","InChI=1S/C8H7N/c1-2-4-8-7(3-1)5-6-9-8/h1-6,9H" +"MNXM503","InChI=1S/C10H10O6/c11-6-1-3-10(4-2-6,9(15)16)5-7(12)8(13)14/h1-4,6,11H,5H2,(H,13,14)(H,15,16)" +"MNXM147","InChI=1S/C4H8N2O3/c5-2(4(8)9)1-3(6)7/h2H,1,5H2,(H2,6,7)(H,8,9)" +"MNXM22","InChI=1S/H2O2/c1-2/h1-2H" +"MNXM1763","InChI=1S/C9H13NO6/c11-5-1-2-6(9(15)16)10-7(12)3-4-8(13)14/h5-6H,1-4H2,(H,10,12)(H,13,14)(H,15,16)" +"MNXM974","InChI=1S/C4H7NO4/c5-2(4(8)9)1-3(6)7/h2H,1,5H2,(H,6,7)(H,8,9)" +"MNXM1757","InChI=1S/C9H13NO7/c11-6(2-4-8(14)15)10-5(9(16)17)1-3-7(12)13/h5H,1-4H2,(H,10,11)(H,12,13)(H,14,15)(H,16,17)" +"MNXM1152","InChI=1S/C9H16N2O5/c10-5-1-2-6(9(15)16)11-7(12)3-4-8(13)14/h6H,1-5,10H2,(H,11,12)(H,13,14)(H,15,16)" +"MNXM1351","InChI=1S/C15H25N5O20P4/c16-12-7-13(18-4-19(12)14-10(23)8(21)5(37-14)1-35-41(25,26)27)20(3-17-7)15-11(24)9(22)6(38-15)2-36-43(31,32)40-44(33,34)39-42(28,29)30/h3-6,8-11,14-16,21-24H,1-2H2,(H,31,32)(H,33,34)(H2,25,26,27)(H2,28,29,30)" +"MNXM1515","InChI=1S/C15H23N5O14P2/c16-12-7-13(18-4-19(12)14-10(23)8(21)5(33-14)1-31-35(25,26)27)20(3-17-7)15-11(24)9(22)6(34-15)2-32-36(28,29)30/h3-6,8-11,14-16,21-24H,1-2H2,(H2,25,26,27)(H2,28,29,30)" +"MNXM1177","InChI=1S/C4H8NO7P/c5-2(4(7)8)1-3(6)12-13(9,10)11/h2H,1,5H2,(H,7,8)(H2,9,10,11)" +"MNXM1397","InChI=1S/C15H25N5O15P2/c16-12(25)7-13(17-3-18-14-10(23)8(21)5(34-14)1-32-36(26,27)28)20(4-19-7)15-11(24)9(22)6(35-15)2-33-37(29,30)31/h3-6,8-11,14-15,21-24H,1-2H2,(H2,16,25)(H,17,18)(H2,26,27,28)(H2,29,30,31)" +"MNXM1408","InChI=1S/C15H25N5O15P2/c16-13(26)9-14(18-4-17-1-6(21)10(23)7(22)2-33-36(27,28)29)20(5-19-9)15-12(25)11(24)8(35-15)3-34-37(30,31)32/h4-5,7-8,10-12,15,22-25H,1-3H2,(H2,16,26)(H,17,18)(H2,27,28,29)(H2,30,31,32)" +"MNXM361","InChI=1S/C4H7NO3/c5-3(1-2-6)4(7)8/h2-3H,1,5H2,(H,7,8)" +"MNXM1422","InChI=1S/C6H11N2O6P/c9-5(2-14-15(11,12)13)6(10)4-1-7-3-8-4/h1,3,5-6,9-10H,2H2,(H,7,8)(H2,11,12,13)" +"MNXM353","InChI=1S/C4H9NO3/c5-3(1-2-6)4(7)8/h3,6H,1-2,5H2,(H,7,8)" +"MNXM1456","InChI=1S/C6H9N2O5P/c9-6(3-13-14(10,11)12)1-5-2-7-4-8-5/h2,4H,1,3H2,(H,7,8)(H2,10,11,12)" +"MNXM1334","InChI=1S/C4H10NO6P/c5-3(4(6)7)1-2-11-12(8,9)10/h3H,1-2,5H2,(H,6,7)(H2,8,9,10)" +"MNXM1482","InChI=1S/C6H12N3O4P/c7-5(3-13-14(10,11)12)1-6-2-8-4-9-6/h2,4-5H,1,3,7H2,(H,8,9)(H2,10,11,12)" +"MNXM142","InChI=1S/C4H9NO3/c1-2(6)3(5)4(7)8/h2-3,6H,5H2,1H3,(H,7,8)" +"MNXM1281","InChI=1S/C6H11N3O/c7-5(3-10)1-6-2-8-4-9-6/h2,4-5,10H,1,3,7H2,(H,8,9)" +"MNXM541","InChI=1S/C3H5O7P/c4-2(3(5)6)1-10-11(7,8)9/h1H2,(H,5,6)(H2,7,8,9)" +"MNXM1280","InChI=1S/C5H10NO7P/c6-3(5(8)9)1-2-4(7)13-14(10,11)12/h3H,1-2,6H2,(H,8,9)(H2,10,11,12)" +"MNXM245","InChI=1S/C5H9NO3/c6-4(5(8)9)2-1-3-7/h3-4H,1-2,6H2,(H,8,9)" +"MNXM134","InChI=1S/C6H9N3O2/c7-5(6(10)11)1-4-2-8-3-9-4/h2-3,5H,1,7H2,(H,8,9)(H,10,11)" +"MNXM730","InChI=1S/C7H11NO5/c1-4(9)8-5(7(12)13)2-3-6(10)11/h5H,2-3H2,1H3,(H,8,9)(H,10,11)(H,12,13)" +"MNXM1384","InChI=1S/C7H12NO8P/c1-4(9)8-5(7(11)12)2-3-6(10)16-17(13,14)15/h5H,2-3H2,1H3,(H,8,9)(H,11,12)(H2,13,14,15)" +"MNXM1062","InChI=1S/C7H11NO4/c1-5(10)8-6(7(11)12)3-2-4-9/h4,6H,2-3H2,1H3,(H,8,10)(H,11,12)" +"MNXM817","InChI=1S/C7H14N2O3/c1-5(10)9-6(7(11)12)3-2-4-8/h6H,2-4,8H2,1H3,(H,9,10)(H,11,12)" +"MNXM159","InChI=1S/C4H6O3/c1-2-3(5)4(6)7/h2H2,1H3,(H,6,7)" +"MNXM89689","InChI=1S/C5H12N2O2/c6-3-1-2-4(7)5(8)9/h4H,1-3,6-7H2,(H,8,9)" +"MNXM211","InChI=1S/C6H13N3O3/c7-4(5(10)11)2-1-3-9-6(8)12/h4H,1-3,7H2,(H,10,11)(H3,8,9,12)" +"MNXM722743","InChI=1S/C10H18N4O6/c11-5(8(17)18)2-1-3-13-10(12)14-6(9(19)20)4-7(15)16/h5-6H,1-4,11H2,(H,15,16)(H,17,18)(H,19,20)(H3,12,13,14)" +"MNXM694","InChI=1S/C3H7NO3/c4-2(1-5)3(6)7/h2,5H,1,4H2,(H,6,7)" +"MNXM123","InChI=1S/C4H9NO2S/c5-3(1-2-8)4(6)7/h3,8H,1-2,5H2,(H,6,7)" +"MNXM318","InChI=1S/C20H25N7O6/c1-27-12(9-23-16-15(27)18(31)26-20(21)25-16)8-22-11-4-2-10(3-5-11)17(30)24-13(19(32)33)6-7-14(28)29/h2-5,12-13,22H,6-9H2,1H3,(H,24,30)(H,28,29)(H,32,33)(H4,21,23,25,26,31)" +"MNXM117","InChI=1S/CH4N2O/c2-1(3)4/h(H4,2,3,4)" +"MNXM61","InChI=1S/C5H11NO2S/c1-9-3-2-4(6)5(7)8/h4H,2-3,6H2,1H3,(H,7,8)" +"MNXM16","InChI=1S/C15H22N6O5S/c1-27(3-2-7(16)15(24)25)4-8-10(22)11(23)14(26-8)21-6-20-9-12(17)18-5-19-13(9)21/h5-8,10-11,14,22-23H,2-4,16H2,1H3,(H2-,17,18,19,24,25)/p+1" +"MNXM144","InChI=1S/C3H7NO2/c4-2-1-3(5)6/h1-2,4H2,(H,5,6)" +"MNXM19","InChI=1S/C14H20N6O5S/c15-6(14(23)24)1-2-26-3-7-9(21)10(22)13(25-7)20-5-19-8-11(16)17-4-18-12(8)20/h4-7,9-10,13,21-22H,1-3,15H2,(H,23,24)(H2,16,17,18)" +"MNXM699","InChI=1S/C6H11NO4/c1-4(8)11-3-2-5(7)6(9)10/h5H,2-3,7H2,1H3,(H,9,10)" +"MNXM55","InChI=1S/C3H7NO2S/c4-2(1-7)3(5)6/h2,7H,1,4H2,(H,5,6)" +"MNXM153","InChI=1S/C9H8O4/c10-7-3-1-6(2-4-7)5-8(11)9(12)13/h1-4,10H,5H2,(H,12,13)" +"MNXM76","InChI=1S/C9H11NO3/c10-8(9(12)13)5-6-1-3-7(11)4-2-6/h1-4,8,11H,5,10H2,(H,12,13)" +"MNXM97","InChI=1S/C9H11NO2/c10-8(9(11)12)6-7-4-2-1-3-5-7/h1-5,8H,6,10H2,(H,11,12)" +"MNXM418","InChI=1S/C5H9NO4/c1-3(7)10-2-4(6)5(8)9/h4H,2,6H2,1H3,(H,8,9)" +"MNXM162242","InChI=1S/C9H8O3/c10-8(9(11)12)6-7-4-2-1-3-5-7/h1-5H,6H2,(H,11,12)" +"MNXM2562","InChI=1S/C4H9NO2Se/c5-3(1-2-8)4(6)7/h3,8H,1-2,5H2,(H,6,7)" +"MNXM323","InChI=1S/H2O3S2/c1-5(2,3)4/h(H2,1,2,3,4)" +"MNXM727","InChI=1S/C3H7NO2Se/c4-2(1-7)3(5)6/h2,7H,1,4H2,(H,5,6)" +"MNXM92652","InChI=1S/H2Se/h1H2/p-1" +"MNXM94","InChI=1S/C11H12N2O2/c12-9(11(14)15)5-7-6-13-10-4-2-1-3-8(7)10/h1-4,6,9,13H,5,12H2,(H,14,15)" +"MNXM119","InChI=1S/C17H21N4O9P/c1-7-3-9-10(4-8(7)2)21(15-13(18-9)16(25)20-17(26)19-15)5-11(22)14(24)12(23)6-30-31(27,28)29/h3-4,11-12,14,22-24H,5-6H2,1-2H3,(H,20,25,26)(H2,27,28,29)" +"MNXM331","InChI=1S/C5H9NO4/c6-3(5(9)10)1-2-4(7)8/h3H,1-2,6H2,(H,7,8)(H,9,10)" +"MNXM669","InChI=1S/C6H12N2O3/c1-3(7)5(9)8-4(2)6(10)11/h3-4H,7H2,1-2H3,(H,8,9)(H,10,11)" +"MNXM683","InChI=1S/C5H10N2O3S/c6-3(2-11)5(10)7-1-4(8)9/h3,11H,1-2,6H2,(H,7,10)(H,8,9)" +"MNXM194","InChI=1S/C11H14NO9P/c13-8-7(5-20-22(17,18)19)21-10(9(8)14)12-3-1-2-6(4-12)11(15)16/h1-4,7-10,13-14H,5H2,(H2-,15,16,17,18,19)/p+1" +"MNXM412","InChI=1S/C8H14N2O5S/c9-4(7(12)13)1-2-6(11)10-5(3-16)8(14)15/h4-5,16H,1-3,9H2,(H,10,11)(H,12,13)(H,14,15)" +"MNXM188","InChI=1S/C7H7NO2/c8-6-4-2-1-3-5(6)7(9)10/h1-4H,8H2,(H,9,10)" +"MNXM1407","InChI=1S/C4H9O8P/c5-2(3(6)4(7)8)1-12-13(9,10)11/h2-3,5-6H,1H2,(H,7,8)(H2,9,10,11)" +"MNXM1514","InChI=1S/C4H7O8P/c5-2(3(6)4(7)8)1-12-13(9,10)11/h2,5H,1H2,(H,7,8)(H2,9,10,11)" +"MNXM759","InChI=1S/C4H10NO7P/c5-3(4(7)8)2(6)1-12-13(9,10)11/h2-3,6H,1,5H2,(H,7,8)(H2,9,10,11)" +"MNXM1219","InChI=1S/C7H13O10P/c8-3(1-4(9)7(12)13)6(11)5(10)2-17-18(14,15)16/h3,5-6,8,10-11H,1-2H2,(H,12,13)(H2,14,15,16)" +"MNXM454","InChI=1S/C8H12NO6P/c1-5-8(11)7(3-10)6(2-9-5)4-15-16(12,13)14/h2,10-11H,3-4H2,1H3,(H2,12,13,14)" +"MNXM161","InChI=1S/C8H10NO6P/c1-5-8(11)7(3-10)6(2-9-5)4-15-16(12,13)14/h2-3,11H,4H2,1H3,(H2,12,13,14)" +"MNXM1184","InChI=1S/C5H11O8P/c6-1-3(7)5(9)4(8)2-13-14(10,11)12/h1,3-5,7-9H,2H2,(H2,10,11,12)" +"MNXM311","InChI=1S/C8H9NO3/c1-5-8(12)7(4-11)6(3-10)2-9-5/h2,4,10,12H,3H2,1H3" +"MNXM722774","InChI=1S/C8H15O11P/c9-3(1-4(10)8(14)15)6(12)7(13)5(11)2-19-20(16,17)18/h3,5-7,9,11-13H,1-2H2,(H,14,15)(H2,16,17,18)" +"MNXM36403","InChI=1S/C8H14O8/c9-2-4(11)6-5(12)3(10)1-8(15,16-6)7(13)14/h3-6,9-12,15H,1-2H2,(H,13,14)" +"MNXM1953","InChI=1S/C23H36N4O20P2/c1-8(21(35)36)24-19(34)9(2)43-18-14(25-10(3)29)22(45-11(6-28)16(18)32)46-49(40,41)47-48(38,39)42-7-12-15(31)17(33)20(44-12)27-5-4-13(30)26-23(27)37/h4-5,8-9,11-12,14-18,20,22,28,31-33H,6-7H2,1-3H3,(H,24,34)(H,25,29)(H,35,36)(H,38,39)(H,40,41)(H,26,30,37)" +"MNXM419","InChI=1S/C8H11NO3/c1-5-8(12)7(4-11)6(3-10)2-9-5/h2,10-12H,3-4H2,1H3" +"MNXM955","InChI=1S/C28H43N5O23P2/c1-10(23(42)31-13(26(44)45)4-5-17(37)38)29-24(43)11(2)52-22-18(30-12(3)35)27(54-14(8-34)20(22)40)55-58(49,50)56-57(47,48)51-9-15-19(39)21(41)25(53-15)33-7-6-16(36)32-28(33)46/h6-7,10-11,13-15,18-22,25,27,34,39-41H,4-5,8-9H2,1-3H3,(H,29,43)(H,30,35)(H,31,42)(H,37,38)(H,44,45)(H,47,48)(H,49,50)(H,32,36,46)" +"MNXM162592","InChI=1S/C35H55N7O26P2/c1-13(28(50)40-18(33(56)57)7-8-21(45)39-17(32(54)55)6-4-5-16(36)31(52)53)37-29(51)14(2)64-27-23(38-15(3)44)34(66-19(11-43)25(27)48)67-70(61,62)68-69(59,60)63-12-20-24(47)26(49)30(65-20)42-10-9-22(46)41-35(42)58/h9-10,13-14,16-20,23-27,30,34,43,47-49H,4-8,11-12,36H2,1-3H3,(H,37,51)(H,38,44)(H,39,45)(H,40,50)(H,52,53)(H,54,55)(H,56,57)(H,59,60)(H,61,62)(H,41,46,58)" +"MNXM599","InChI=1S/C4H5NO4/c5-2(4(8)9)1-3(6)7/h5H,1H2,(H,6,7)(H,8,9)" +"MNXM1954","InChI=1S/C41H65N9O28P2/c1-15(32(58)45-17(3)37(62)63)44-35(61)21(8-6-7-20(42)38(64)65)47-25(53)10-9-22(39(66)67)48-33(59)16(2)43-34(60)18(4)74-31-27(46-19(5)52)40(76-23(13-51)29(31)56)77-80(71,72)78-79(69,70)73-14-24-28(55)30(57)36(75-24)50-12-11-26(54)49-41(50)68/h11-12,15-18,20-24,27-31,36,40,51,55-57H,6-10,13-14,42H2,1-5H3,(H,43,60)(H,44,61)(H,45,58)(H,46,52)(H,47,53)(H,48,59)(H,62,63)(H,64,65)(H,66,67)(H,69,70)(H,71,72)(H,49,54,68)" +"MNXM555","InChI=1S/C7H5NO4/c9-6(10)4-2-1-3-8-5(4)7(11)12/h1-3H,(H,9,10)(H,11,12)" +"MNXM2264","InChI=1S/C87H143N7O23P2/c1-56(2)29-18-30-57(3)31-19-32-58(4)33-20-34-59(5)35-21-36-60(6)37-22-38-61(7)39-23-40-62(8)41-24-42-63(9)43-25-44-64(10)45-26-46-65(11)47-27-48-66(12)53-54-113-118(109,110)117-119(111,112)116-87-77(92-71(17)96)79(78(98)75(55-95)115-87)114-70(16)82(101)89-68(14)81(100)94-74(86(107)108)51-52-76(97)93-73(50-28-49-72(88)85(105)106)83(102)90-67(13)80(99)91-69(15)84(103)104/h29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,53,67-70,72-75,77-79,87,95,98H,18-28,30,32,34,36,38,40,42,44,46,48-52,54-55,88H2,1-17H3,(H,89,101)(H,90,102)(H,91,99)(H,92,96)(H,93,97)(H,94,100)(H,103,104)(H,105,106)(H,107,108)(H,109,110)(H,111,112)" +"MNXM355","InChI=1S/C11H15N2O8P/c12-10(16)6-2-1-3-13(4-6)11-9(15)8(14)7(21-11)5-20-22(17,18)19/h1-4,7-9,11,14-15H,5H2,(H3-,12,16,17,18,19)/p+1" +"MNXM251","InChI=1S/C55H91O4P/c1-45(2)23-13-24-46(3)25-14-26-47(4)27-15-28-48(5)29-16-30-49(6)31-17-32-50(7)33-18-34-51(8)35-19-36-52(9)37-20-38-53(10)39-21-40-54(11)41-22-42-55(12)43-44-59-60(56,57)58/h23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43H,13-22,24,26,28,30,32,34,36,38,40,42,44H2,1-12H3,(H2,56,57,58)" +"MNXM722781","InChI=1S/C95H156N8O28P2/c1-58(2)30-19-31-59(3)32-20-33-60(4)34-21-35-61(5)36-22-37-62(6)38-23-39-63(7)40-24-41-64(8)42-25-43-65(9)44-26-45-66(10)46-27-47-67(11)48-28-49-68(12)54-55-125-132(121,122)131-133(123,124)130-95-82(101-74(18)107)86(85(79(57-105)128-95)129-94-81(100-73(17)106)84(110)83(109)78(56-104)127-94)126-72(16)89(113)97-70(14)88(112)103-77(93(119)120)52-53-80(108)102-76(51-29-50-75(96)92(117)118)90(114)98-69(13)87(111)99-71(15)91(115)116/h30,32,34,36,38,40,42,44,46,48,54,69-72,75-79,81-86,94-95,104-105,109-110H,19-29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49-53,55-57,96H2,1-18H3,(H,97,113)(H,98,114)(H,99,111)(H,100,106)(H,101,107)(H,102,108)(H,103,112)(H,115,116)(H,117,118)(H,119,120)(H,121,122)(H,123,124)" +"MNXM309","InChI=1S/C21H26N6O15P2/c22-17-12-18(24-7-23-17)27(8-25-12)20-16(31)14(29)11(41-20)6-39-44(36,37)42-43(34,35)38-5-10-13(28)15(30)19(40-10)26-3-1-2-9(4-26)21(32)33/h1-4,7-8,10-11,13-16,19-20,28-31H,5-6H2,(H4-,22,23,24,32,33,34,35,36,37)/p+1" +"MNXM5043","InChI=1S/C55H92O7P2/c1-45(2)23-13-24-46(3)25-14-26-47(4)27-15-28-48(5)29-16-30-49(6)31-17-32-50(7)33-18-34-51(8)35-19-36-52(9)37-20-38-53(10)39-21-40-54(11)41-22-42-55(12)43-44-61-64(59,60)62-63(56,57)58/h23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43H,13-22,24,26,28,30,32,34,36,38,40,42,44H2,1-12H3,(H,59,60)(H2,56,57,58)" +"MNXM959","InChI=1S/C6H10O4/c1-6(2,3-7)4(8)5(9)10/h7H,3H2,1-2H3,(H,9,10)" +"MNXM183","InChI=1S/C20H23N7O6/c21-20-24-16-15(18(31)25-20)27-9-26(8-12(27)7-22-16)11-3-1-10(2-4-11)17(30)23-13(19(32)33)5-6-14(28)29/h1-4,12-13H,5-9H2,(H,23,30)(H,28,29)(H,32,33)(H4,21,22,24,25,31)" +"MNXM593","InChI=1S/C6H12O4/c1-6(2,3-7)4(8)5(9)10/h4,7-8H,3H2,1-2H3,(H,9,10)" +"MNXM364","InChI=1S/C9H17NO5/c1-9(2,5-11)7(14)8(15)10-4-3-6(12)13/h7,11,14H,3-5H2,1-2H3,(H,10,15)(H,12,13)" +"MNXM662","InChI=1S/C12H17N4O4PS/c1-8-11(3-4-20-21(17,18)19)22-7-16(8)6-10-5-14-9(2)15-12(10)13/h5,7H,3-4,6H2,1-2H3,(H3-,13,14,15,17,18,19)/p+1" +"MNXM415","InChI=1S/C9H18NO8P/c1-9(2,5-18-19(15,16)17)7(13)8(14)10-4-3-6(11)12/h7,13H,3-5H2,1-2H3,(H,10,14)(H,11,12)(H2,15,16,17)" +"MNXM256","InChI=1S/C12H18N4O7P2S/c1-8-11(3-4-22-25(20,21)23-24(17,18)19)26-7-16(8)6-10-5-14-9(2)15-12(10)13/h5,7H,3-4,6H2,1-2H3,(H4-,13,14,15,17,18,19,20,21)/p+1" +"MNXM483","InChI=1S/C12H23N2O9PS/c1-12(2,6-23-24(20,21)22)9(16)10(17)13-4-3-8(15)14-7(5-25)11(18)19/h7,9,16,25H,3-6H2,1-2H3,(H,13,17)(H,14,15)(H,18,19)(H2,20,21,22)" +"MNXM373","InChI=1S/C11H23N2O7PS/c1-11(2,7-20-21(17,18)19)9(15)10(16)13-4-3-8(14)12-5-6-22/h9,15,22H,3-7H2,1-2H3,(H,12,14)(H,13,16)(H2,17,18,19)" +"MNXM1532","InChI=1S/C9H15N4O9P/c10-3-6(12-9(17)13-7(3)16)11-8-5(15)4(14)2(22-8)1-21-23(18,19)20/h2,4-5,8,14-15H,1,10H2,(H2,18,19,20)(H3,11,12,13,16,17)" +"MNXM481","InChI=1S/C21H35N7O13P2S/c1-21(2,16(32)19(33)24-4-3-12(29)23-5-6-44)8-39-43(36,37)41-42(34,35)38-7-11-14(30)15(31)20(40-11)28-10-27-13-17(22)25-9-26-18(13)28/h9-11,14-16,20,30-32,44H,3-8H2,1-2H3,(H,23,29)(H,24,33)(H,34,35)(H,36,37)(H2,22,25,26)" +"MNXM1178","InChI=1S/C9H17N4O9P/c10-5-7(12-9(18)13-8(5)17)11-1-3(14)6(16)4(15)2-22-23(19,20)21/h3-4,6,14-16H,1-2,10H2,(H2,19,20,21)(H3,11,12,13,17,18)" +"MNXM2323","InChI=1S/C4H9O6P/c1-3(5)4(6)2-10-11(7,8)9/h4,6H,2H2,1H3,(H2,7,8,9)" +"MNXM1313","InChI=1S/C13H18N4O6/c1-5-6(2)17(3-7(19)10(21)8(20)4-18)11-9(14-5)12(22)16-13(23)15-11/h7-8,10,18-21H,3-4H2,1-2H3,(H,16,22,23)" +"MNXM791","InChI=1S/C9H16N4O6/c10-5-7(12-9(19)13-8(5)18)11-1-3(15)6(17)4(16)2-14/h3-4,6,14-17H,1-2,10H2,(H3,11,12,13,18,19)" +"MNXM270","InChI=1S/C17H20N4O6/c1-7-3-9-10(4-8(7)2)21(5-11(23)14(25)12(24)6-22)15-13(18-9)16(26)20-17(27)19-15/h3-4,11-12,14,22-25H,5-6H2,1-2H3,(H,20,26,27)" +"MNXM397","InChI=1S/C9H16N5O13P3/c10-9-13-7-5(8(17)14-9)12-3(1-11-7)6(16)4(15)2-25-29(21,22)27-30(23,24)26-28(18,19)20/h4,6,15-16H,1-2H2,(H,21,22)(H,23,24)(H2,18,19,20)(H4,10,11,13,14,17)" +"MNXM162359","InChI=1S/C9H13N5O4/c10-9-13-7-5(8(18)14-9)12-3(1-11-7)6(17)4(16)2-15/h4,6,15-17H,1-2H2,(H4,10,11,13,14,18)" +"MNXM91459","InChI=1S/C7H11N5O8P2/c8-7-11-5-4(6(13)12-7)10-3(1-9-5)2-19-22(17,18)20-21(14,15)16/h1-2H2,(H,17,18)(H2,14,15,16)(H4,8,9,11,12,13)" +"MNXM27","InChI=1S/Na/q+1" +"MNXM421","InChI=1S/C7H7NO2/c8-6-3-1-5(2-4-6)7(9)10/h1-4H,8H2,(H,9,10)" +"MNXM1458","InChI=1S/C10H11NO5/c1-5(9(12)13)16-8-4-6(10(14)15)2-3-7(8)11/h2-4,7-8H,1,11H2,(H,12,13)(H,14,15)" +"MNXM1572","InChI=1S/C4H6O4/c1-2(3(5)6)4(7)8/h2H,1H3,(H,5,6)(H,7,8)" +"MNXM722728","InChI=1S/C14H14N6O3/c15-14-19-11-10(12(21)20-14)18-9(6-17-11)5-16-8-3-1-7(2-4-8)13(22)23/h1-4,16H,5-6H2,(H,22,23)(H4,15,17,19,20,21)" +"MNXM281","InChI=1S/C19H21N7O6/c20-19-25-15-14(17(30)26-19)23-11(8-22-15)7-21-10-3-1-9(2-4-10)16(29)24-12(18(31)32)5-6-13(27)28/h1-4,12,21H,5-8H2,(H,24,29)(H,27,28)(H,31,32)(H4,20,22,25,26,30)" +"MNXM617","InChI=1S/C19H19N7O6/c20-19-25-15-14(17(30)26-19)23-11(8-22-15)7-21-10-3-1-9(2-4-10)16(29)24-12(18(31)32)5-6-13(27)28/h1-4,8,12,21H,5-7H2,(H,24,29)(H,27,28)(H,31,32)(H3,20,22,25,26,30)" +"MNXM511","InChI=1S/C20H21N7O6/c21-20-24-16-15(18(31)25-20)27-9-26(8-12(27)7-22-16)11-3-1-10(2-4-11)17(30)23-13(19(32)33)5-6-14(28)29/h1-4,9,12-13H,5-8H2,(H6-,21,22,23,24,25,28,29,30,31,32,33)/p+1" +"MNXM799","InChI=1S/C10H10O6/c1-5(9(12)13)16-7-4-2-3-6(8(7)11)10(14)15/h2-4,7-8,11H,1H2,(H,12,13)(H,14,15)" +"MNXM811","InChI=1S/C40H68O7P2/c1-33(2)17-10-18-34(3)19-11-20-35(4)21-12-22-36(5)23-13-24-37(6)25-14-26-38(7)27-15-28-39(8)29-16-30-40(9)31-32-46-49(44,45)47-48(41,42)43/h17,19,21,23,25,27,29,31H,10-16,18,20,22,24,26,28,30,32H2,1-9H3,(H,44,45)(H2,41,42,43)" +"MNXM1899","InChI=1S/C48H74O3/c1-36(2)19-12-20-37(3)21-13-22-38(4)23-14-24-39(5)25-15-26-40(6)27-16-28-41(7)29-17-30-42(8)31-18-32-43(9)33-34-45-44(10)46(49)35-47(51-11)48(45)50/h19,21,23,25,27,29,31,33,35,49-50H,12-18,20,22,24,26,28,30,32,34H2,1-11H3" +"MNXM2187","InChI=1S/C48H74O4/c1-35(2)19-12-20-36(3)21-13-22-37(4)23-14-24-38(5)25-15-26-39(6)27-16-28-40(7)29-17-30-41(8)31-18-32-42(9)33-34-44-43(10)45(49)47(51)48(52-11)46(44)50/h19,21,23,25,27,29,31,33,49-51H,12-18,20,22,24,26,28,30,32,34H2,1-11H3" +"MNXM1249","InChI=1S/C11H12O6/c12-7(4-5-9(14)15)6-2-1-3-8(13)10(6)11(16)17/h1-3,8,10,13H,4-5H2,(H,14,15)(H,16,17)" +"MNXM1212","InChI=1S/C11H10O5/c12-9(5-6-10(13)14)7-3-1-2-4-8(7)11(15)16/h1-4H,5-6H2,(H,13,14)(H,15,16)" +"MNXM1132","InChI=1S/C32H44N7O20P3S/c1-32(2,26(44)29(45)35-10-9-21(41)34-11-12-63-22(42)8-7-19(40)17-5-3-4-6-18(17)31(46)47)14-56-62(53,54)59-61(51,52)55-13-20-25(58-60(48,49)50)24(43)30(57-20)39-16-38-23-27(33)36-15-37-28(23)39/h3-6,15-16,20,24-26,30,43-44H,7-14H2,1-2H3,(H,34,41)(H,35,45)(H,46,47)(H,51,52)(H,53,54)(H2,33,36,37)(H2,48,49,50)" +"MNXM552","InChI=1S/C11H8O4/c12-9-5-8(11(14)15)10(13)7-4-2-1-3-6(7)9/h1-5,12-13H,(H,14,15)" +"MNXM933","InChI=1S/C4H6O3/c1-3(2-5)4(6)7/h2-3H,1H3,(H,6,7)" +"MNXM34810","InChI=1S/C21H44NO7P/c1-2-3-4-5-6-7-8-9-10-11-12-13-14-15-21(24)29-20(18-23)19-28-30(25,26)27-17-16-22/h20,23H,2-19,22H2,1H3,(H,25,26)" +"MNXM45654","InChI=1S/C73H142O17P2/c1-5-9-13-17-21-25-29-33-37-41-45-49-53-57-70(75)83-63-68(89-72(77)59-55-51-47-43-39-35-31-27-23-19-15-11-7-3)65-87-91(79,80)85-61-67(74)62-86-92(81,82)88-66-69(90-73(78)60-56-52-48-44-40-36-32-28-24-20-16-12-8-4)64-84-71(76)58-54-50-46-42-38-34-30-26-22-18-14-10-6-2/h67-69,74H,5-66H2,1-4H3,(H,79,80)(H,81,82)" +"MNXM1705","InChI=1S/C14H22N4O8P2S/c1-8-12(4-5-25-28(23,24)26-27(20,21)22)29-14(9(2)19)18(8)7-11-6-16-10(3)17-13(11)15/h6,9,19H,4-5,7H2,1-3H3,(H4-,15,16,17,20,21,22,23,24)/p+1" +"MNXM2563","InChI=1S/C29H37N9O12/c30-29-37-23-22(25(44)38-29)33-15(12-32-23)11-31-14-3-1-13(2-4-14)24(43)36-18(28(49)50)6-9-20(40)34-16(26(45)46)5-8-19(39)35-17(27(47)48)7-10-21(41)42/h1-4,15-18,31,33H,5-12H2,(H,34,40)(H,35,39)(H,36,43)(H,41,42)(H,45,46)(H,47,48)(H,49,50)(H4,30,32,37,38,44)" +"MNXM2623","InChI=1S/C30H39N9O12/c1-39-16(13-33-24-23(39)26(45)38-30(31)37-24)12-32-15-4-2-14(3-5-15)25(44)36-19(29(50)51)7-10-21(41)34-17(27(46)47)6-9-20(40)35-18(28(48)49)8-11-22(42)43/h2-5,16-19,32H,6-13H2,1H3,(H,34,41)(H,35,40)(H,36,44)(H,42,43)(H,46,47)(H,48,49)(H,50,51)(H4,31,33,37,38,45)" +"MNXM379","InChI=1S/C3H8NO6P/c4-2(3(5)6)1-10-11(7,8)9/h2H,1,4H2,(H,5,6)(H2,7,8,9)" +"MNXM469","InChI=1S/C6H14O6/c7-1-3(9)5(11)6(12)4(10)2-8/h3-12H,1-2H2" +"MNXM533","InChI=1S/C6H13NO5/c7-3-5(10)4(9)2(1-8)12-6(3)11/h2-6,8-11H,1,7H2" +"MNXM48464","InChI=1S/C6H10O7/c7-1-2(8)4(5(10)11)13-6(12)3(1)9/h1-4,6-9,12H,(H,10,11)" +"MNXM6325","InChI=1S/C24H38N7O18P3S/c1-24(2,19(36)22(37)27-5-3-14(33)26-6-8-53-15(34)4-7-32)10-46-52(43,44)49-51(41,42)45-9-13-18(48-50(38,39)40)17(35)23(47-13)31-12-30-16-20(25)28-11-29-21(16)31/h7,11-13,17-19,23,35-36H,3-6,8-10H2,1-2H3,(H,26,33)(H,27,37)(H,41,42)(H,43,44)(H2,25,28,29)(H2,38,39,40)" diff --git a/tools/rseqc/FPKM_count.xml b/tools/rseqc/FPKM_count.xml index 4fb6a5da07b..4e3345212e8 100644 --- a/tools/rseqc/FPKM_count.xml +++ b/tools/rseqc/FPKM_count.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + calculates raw read count, FPM, and FPKM for each gene @@ -12,9 +12,8 @@ + calculates the fragment size for each gene/transcript @@ -14,9 +14,8 @@ '${output}' + @BAM_SAM_INPUTS@ + RNA_fragment_size.py -i 'input.${extension}' --refgene='${refgene}' --mapq=${mapq} --frag-num=${fragnum} > '${output}' ]]> diff --git a/tools/rseqc/RPKM_saturation.xml b/tools/rseqc/RPKM_saturation.xml index 8e92690f4fe..c8b6c626979 100644 --- a/tools/rseqc/RPKM_saturation.xml +++ b/tools/rseqc/RPKM_saturation.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + calculates raw count and RPKM values for transcript at exon, intron, and mRNA level @@ -12,7 +12,8 @@ - + diff --git a/tools/rseqc/bam2wig.xml b/tools/rseqc/bam2wig.xml index 57230bb892e..77ceea96535 100644 --- a/tools/rseqc/bam2wig.xml +++ b/tools/rseqc/bam2wig.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + converts all types of RNA-seq data from .bam to .wig @@ -14,9 +14,8 @@ + reads mapping statistics for a provided BAM or SAM file. @@ -14,12 +14,13 @@ '${output}' + @BAM_SAM_INPUTS@ + bam_stat.py -i 'input.${extension}' -q ${mapq} > '${output}' ]]> - + diff --git a/tools/rseqc/clipping_profile.xml b/tools/rseqc/clipping_profile.xml index f81d0bc77fb..e24b0db4060 100644 --- a/tools/rseqc/clipping_profile.xml +++ b/tools/rseqc/clipping_profile.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + estimates clipping profile of RNA-seq reads from BAM or SAM file @@ -14,7 +14,8 @@ diff --git a/tools/rseqc/deletion_profile.xml b/tools/rseqc/deletion_profile.xml index 38a270d461e..d09012f61e1 100644 --- a/tools/rseqc/deletion_profile.xml +++ b/tools/rseqc/deletion_profile.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + calculates the distributions of deleted nucleotides across reads @@ -14,7 +14,8 @@ @@ -35,7 +36,7 @@ - + diff --git a/tools/rseqc/geneBody_coverage.xml b/tools/rseqc/geneBody_coverage.xml index a9822efd74f..ae4b2d5619c 100644 --- a/tools/rseqc/geneBody_coverage.xml +++ b/tools/rseqc/geneBody_coverage.xml @@ -1,5 +1,5 @@ - - Read coverage over gene body + + read coverage over gene body rseqc_macros.xml diff --git a/tools/rseqc/geneBody_coverage2.xml b/tools/rseqc/geneBody_coverage2.xml index eeffdb79625..bd5ad6f4a7d 100644 --- a/tools/rseqc/geneBody_coverage2.xml +++ b/tools/rseqc/geneBody_coverage2.xml @@ -1,7 +1,5 @@ - - - Read coverage over gene body - + + read coverage over gene body rseqc_macros.xml diff --git a/tools/rseqc/infer_experiment.xml b/tools/rseqc/infer_experiment.xml index 3769822c6e7..d45c6cf89ac 100644 --- a/tools/rseqc/infer_experiment.xml +++ b/tools/rseqc/infer_experiment.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + speculates how RNA-seq were configured @@ -12,7 +12,8 @@ '${output}' @@ -27,7 +28,7 @@ - + diff --git a/tools/rseqc/inner_distance.xml b/tools/rseqc/inner_distance.xml index 4c845b50205..4b021b84b25 100644 --- a/tools/rseqc/inner_distance.xml +++ b/tools/rseqc/inner_distance.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + calculate the inner distance (or insert size) between two paired RNA reads @@ -12,7 +12,8 @@ + calculates the distribution of inserted nucleotides across reads @@ -14,12 +14,13 @@ - + diff --git a/tools/rseqc/junction_annotation.xml b/tools/rseqc/junction_annotation.xml index d5534979541..af6ad18399c 100644 --- a/tools/rseqc/junction_annotation.xml +++ b/tools/rseqc/junction_annotation.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + compares detected splice junctions to reference gene model @@ -10,7 +10,7 @@ Required due to conda solver bug: https://github.com/conda/conda/issues/6269 See: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/pull/1578 for more info --> - r-base + r-base @@ -18,8 +18,9 @@ + detects splice junctions from each subset and compares them to reference gene model rseqc_macros.xml - - - - + calculates the distribution of mismatches across reads @@ -14,7 +14,8 @@ @@ -35,7 +36,7 @@ - + diff --git a/tools/rseqc/read_GC.xml b/tools/rseqc/read_GC.xml index eaba5d11dc3..58e55e30720 100644 --- a/tools/rseqc/read_GC.xml +++ b/tools/rseqc/read_GC.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + determines GC% and read count @@ -12,8 +12,9 @@ diff --git a/tools/rseqc/read_NVC.xml b/tools/rseqc/read_NVC.xml index f7f5a07f4b4..a96e789fcdf 100644 --- a/tools/rseqc/read_NVC.xml +++ b/tools/rseqc/read_NVC.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + to check the nucleotide composition bias @@ -12,8 +12,9 @@ + calculates how mapped reads were distributed over genome feature @@ -12,7 +12,8 @@ '${output}' + @BAM_SAM_INPUTS@ + read_distribution.py -i 'input.${extension}' -r '${refgene}' > '${output}' ]]> diff --git a/tools/rseqc/read_duplication.xml b/tools/rseqc/read_duplication.xml index e00ed18d290..4efbf0c928a 100644 --- a/tools/rseqc/read_duplication.xml +++ b/tools/rseqc/read_duplication.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + determines reads duplication rate with sequence-based and mapping-based strategies @@ -12,7 +12,8 @@ diff --git a/tools/rseqc/read_hexamer.xml b/tools/rseqc/read_hexamer.xml index cfde2d69d8e..08c81bec83e 100644 --- a/tools/rseqc/read_hexamer.xml +++ b/tools/rseqc/read_hexamer.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + calculates hexamer (6mer) frequency for reads, genomes, and mRNA sequences @@ -57,7 +57,7 @@ - + @@ -66,7 +66,7 @@ - + @@ -75,7 +75,7 @@ - + @@ -84,7 +84,7 @@ - + diff --git a/tools/rseqc/read_quality.xml b/tools/rseqc/read_quality.xml index 89025df90a2..d826198a420 100644 --- a/tools/rseqc/read_quality.xml +++ b/tools/rseqc/read_quality.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + determines Phred quality score @@ -10,7 +10,7 @@ Required due to conda solver bug: https://github.com/conda/conda/issues/6269 See: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/pull/1578 for more info --> - r-base + r-base @@ -18,8 +18,9 @@ - - 2.6.4 - + 5.0.1 + 0 + 20.01 - rseqc + rseqc @@ -22,35 +22,36 @@ - + - + - + - + - + - + - + - + @@ -119,14 +120,20 @@ - - - + + + diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.FPKM.xls b/tools/rseqc/test-data/output.FPKM.xls index ce3d1503d62..bcd0b53b280 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.FPKM.xls +++ b/tools/rseqc/test-data/output.FPKM.xls @@ -1,6 +1,6 @@ #chrom st end accession mRNA_size gene_strand Frag_count FPM FPKM -chr1 11873 14409 NR_046018 1652.0 + 1.0 50000.0 30266.3438257 -chr1 14361 29370 NR_024540 1769.0 - 2.0 100000.0 56529.1124929 +chr1 11873 14409 NR_046018 1652.0 + 1.0 50000.0 30266.34382566586 +chr1 14361 29370 NR_024540 1769.0 - 2.0 100000.0 56529.11249293386 chr1 17368 17436 NR_106918 68.0 - 0.0 0.0 0.0 chr1 17368 17436 NR_107062 68.0 - 0.0 0.0 0.0 chr1 34610 36081 NR_026818 1130.0 - 0.0 0.0 0.0 diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.GC.xls b/tools/rseqc/test-data/output.GC.xls index 3def2ff502b..a2b4f2babf3 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.GC.xls +++ b/tools/rseqc/test-data/output.GC.xls @@ -1,19 +1,19 @@ GC% read_count -60.78 3 -41.18 3 -47.06 5 56.86 7 -29.41 1 +68.63 1 +60.78 3 27.45 2 37.25 2 -78.43 1 58.82 1 +78.43 1 50.98 3 +43.14 2 49.02 2 +52.94 3 62.75 1 -68.63 1 +47.06 5 +41.18 3 54.90 1 -52.94 3 -35.29 1 -43.14 2 +29.41 1 39.22 1 +35.29 1 diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot.pdf b/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot.pdf index 876afc72d23..d9da3afe16e 100644 Binary files a/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot.pdf and b/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot.pdf differ diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot_r b/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot_r index 3715a2513c6..2b01cd3bcec 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot_r +++ b/tools/rseqc/test-data/output.GC_plot_r @@ -1,4 +1,4 @@ pdf("output.GC_plot.pdf") -gc=rep(c(60.78,41.18,47.06,56.86,29.41,27.45,37.25,78.43,58.82,50.98,49.02,62.75,68.63,54.90,52.94,35.29,43.14,39.22),times=c(3,3,5,7,1,2,2,1,1,3,2,1,1,1,3,1,2,1)) +gc=rep(c(56.86,68.63,60.78,27.45,37.25,58.82,78.43,50.98,43.14,49.02,52.94,62.75,47.06,41.18,54.90,29.41,39.22,35.29),times=c(7,1,3,2,2,1,1,3,2,2,3,1,5,3,1,1,1,1)) hist(gc,probability=T,breaks=100,xlab="GC content (%)",ylab="Density of Reads",border="blue",main="") dev.off() diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.NVC.xls b/tools/rseqc/test-data/output.NVC.xls index f8488a43b8a..7703b555f32 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.NVC.xls +++ b/tools/rseqc/test-data/output.NVC.xls @@ -1,52 +1,52 @@ Position A C G T N X -0 5 7 18 10 0 0 -1 6 7 15 8 4 0 -2 5 9 18 5 3 0 -3 11 9 14 4 2 0 -4 5 9 12 14 0 0 -5 4 11 19 6 0 0 -6 11 7 12 10 0 0 -7 9 8 12 9 2 0 -8 12 9 11 8 0 0 -9 8 9 8 10 5 0 -10 9 8 9 14 0 0 -11 9 6 11 14 0 0 -12 14 8 12 6 0 0 -13 10 6 9 15 0 0 -14 9 9 7 15 0 0 -15 10 10 9 9 2 0 -16 8 4 6 14 8 0 -17 9 9 10 9 3 0 -18 7 5 11 12 5 0 -19 12 8 4 10 6 0 -20 10 6 9 15 0 0 -21 9 9 15 7 0 0 -22 14 6 11 9 0 0 -23 13 11 11 5 0 0 -24 12 8 7 10 3 0 -25 9 13 4 8 6 0 -26 11 16 7 6 0 0 -27 11 8 13 8 0 0 -28 13 6 9 12 0 0 -29 9 9 12 10 0 0 -30 8 6 15 11 0 0 -31 7 9 11 13 0 0 -32 7 8 14 11 0 0 -33 11 11 10 8 0 0 -34 6 12 13 9 0 0 -35 8 17 11 4 0 0 -36 9 8 7 16 0 0 -37 11 9 12 8 0 0 -38 8 9 10 13 0 0 -39 8 12 11 9 0 0 -40 12 9 10 9 0 0 -41 9 13 11 7 0 0 -42 10 12 9 9 0 0 -43 7 13 11 9 0 0 -44 10 12 6 12 0 0 -45 10 10 9 11 0 0 -46 7 10 10 13 0 0 -47 9 9 12 10 0 0 -48 10 6 14 10 0 0 -49 8 10 13 9 0 0 -50 7 8 9 16 0 0 +0 5 7 18 10 0 0 +1 6 7 15 8 4 0 +2 5 9 18 5 3 0 +3 11 9 14 4 2 0 +4 5 9 12 14 0 0 +5 4 11 19 6 0 0 +6 11 7 12 10 0 0 +7 9 8 12 9 2 0 +8 12 9 11 8 0 0 +9 8 9 8 10 5 0 +10 9 8 9 14 0 0 +11 9 6 11 14 0 0 +12 14 8 12 6 0 0 +13 10 6 9 15 0 0 +14 9 9 7 15 0 0 +15 10 10 9 9 2 0 +16 8 4 6 14 8 0 +17 9 9 10 9 3 0 +18 7 5 11 12 5 0 +19 12 8 4 10 6 0 +20 10 6 9 15 0 0 +21 9 9 15 7 0 0 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a/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2.curves.pdf and b/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2.curves.pdf differ diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2.txt b/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2.txt index b0bb0ef5fbc..1344931819b 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2.txt +++ b/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2.txt @@ -1,101 +1,101 @@ percentile count -0 0.0 -1 0.0 -2 0.0 -3 0.0 -4 0.0 -5 0.0 -6 0.0 -7 0.0 -8 0.0 -9 0.0 -10 0.0 -11 0.0 -12 0.0 -13 0.0 -14 0.0 -15 0.0 -16 0.0 -17 0.0 -18 0.0 -19 0.0 -20 0.0 -21 0.0 -22 0.0 -23 0.0 -24 0.0 -25 1.0 -26 0.0 -27 0.0 -28 1.0 -29 0.0 -30 0.0 -31 0.0 -32 0.0 -33 0.0 -34 0.0 -35 0.0 -36 0.0 -37 0.0 -38 1.0 -39 1.0 -40 1.0 -41 0.0 -42 0.0 -43 1.0 -44 1.0 -45 1.0 -46 0.0 -47 0.0 -48 0.0 -49 0.0 -50 0.0 -51 0.0 -52 0.0 -53 0.0 -54 0.0 -55 0.0 -56 0.0 -57 0.0 -58 0.0 -59 0.0 -60 0.0 -61 0.0 -62 0.0 -63 0.0 -64 0.0 -65 0.0 -66 0.0 -67 0.0 -68 0.0 -69 0.0 -70 0.0 -71 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a/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2_r +++ b/tools/rseqc/test-data/output.geneBodyCoverage2_r @@ -1,5 +1,5 @@ pdf('output.geneBodyCoverage.pdf') x=1:100 y=c(0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,1.0,0.0,0.0,1.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,1.0,1.0,1.0,0.0,0.0,1.0,1.0,1.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,1.0,1.0,1.0,0.0,1.0,1.0,1.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0,0.0) -plot(x,y/7,xlab="percentile of gene body (5'->3')",ylab='average wigsum',type='s') +plot(x, y/7, xlab="percentile of gene body (5'->3')", ylab='average wigsum', type='s') dev.off() diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot.pdf b/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot.pdf index 5cdb1d5219c..e5fbcf3c447 100644 Binary files a/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot.pdf and b/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot.pdf differ diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot_r b/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot_r index f78b8e0862b..6f9aead3e32 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot_r +++ b/tools/rseqc/test-data/output.inner_distance_plot_r @@ -1,6 +1,6 @@ out_file = 'output' pdf('output.inner_distance_plot.pdf') -fragsize=rep(c(-248,-243,-238,-233,-228,-223,-218,-213,-208,-203,-198,-193,-188,-183,-178,-173,-168,-163,-158,-153,-148,-143,-138,-133,-128,-123,-118,-113,-108,-103,-98,-93,-88,-83,-78,-73,-68,-63,-58,-53,-48,-43,-38,-33,-28,-23,-18,-13,-8,-3,2,7,12,17,22,27,32,37,42,47,52,57,62,67,72,77,82,87,92,97,102,107,112,117,122,127,132,137,142,147,152,157,162,167,172,177,182,187,192,197,202,207,212,217,222,227,232,237,242,247),times=c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,0,0,2,0,0,2,0,0,0,1,0,1,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,1,0,1,0,1,0,0,0)) +fragsize=rep(c(-247.5,-242.5,-237.5,-232.5,-227.5,-222.5,-217.5,-212.5,-207.5,-202.5,-197.5,-192.5,-187.5,-182.5,-177.5,-172.5,-167.5,-162.5,-157.5,-152.5,-147.5,-142.5,-137.5,-132.5,-127.5,-122.5,-117.5,-112.5,-107.5,-102.5,-97.5,-92.5,-87.5,-82.5,-77.5,-72.5,-67.5,-62.5,-57.5,-52.5,-47.5,-42.5,-37.5,-32.5,-27.5,-22.5,-17.5,-12.5,-7.5,-2.5,2.5,7.5,12.5,17.5,22.5,27.5,32.5,37.5,42.5,47.5,52.5,57.5,62.5,67.5,72.5,77.5,82.5,87.5,92.5,97.5,102.5,107.5,112.5,117.5,122.5,127.5,132.5,137.5,142.5,147.5,152.5,157.5,162.5,167.5,172.5,177.5,182.5,187.5,192.5,197.5,202.5,207.5,212.5,217.5,222.5,227.5,232.5,237.5,242.5,247.5),times=c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,0,0,2,0,0,2,0,0,0,1,0,1,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,1,0,1,0,1,0,0,0)) frag_sd = sd(fragsize) frag_mean = mean(fragsize) frag_median = median(fragsize) diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.junction.xls b/tools/rseqc/test-data/output.junction.xls index ab882d27abf..5df0eff8973 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.junction.xls +++ b/tools/rseqc/test-data/output.junction.xls @@ -1,4 +1,4 @@ chrom intron_st(0-based) intron_end(1-based) read_count annotation -chr1 17055 17232 1 annotated -chr1 21768 22000 1 complete_novel -chr1 12697 13220 1 partial_novel +chr1 12697 13220 1 partial_novel +chr1 17055 17232 1 annotated +chr1 21768 22000 1 complete_novel diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.junction_plot_r b/tools/rseqc/test-data/output.junction_plot_r index b9c83347483..e551b2dddd7 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.junction_plot_r +++ b/tools/rseqc/test-data/output.junction_plot_r @@ -3,6 +3,6 @@ events=c(25.0,25.0,25.0) pie(events,col=c(2,3,4),init.angle=30,angle=c(60,120,150),density=c(70,70,70),main="splicing events",labels=c("partial_novel 25%","complete_novel 25%","known 25%")) dev.off() pdf("output.splice_junction.pdf") -junction=c(33.3333333333,33.3333333333,33.3333333333) +junction=c(33.333333333333336,33.333333333333336,33.333333333333336) pie(junction,col=c(2,3,4),init.angle=30,angle=c(60,120,150),density=c(70,70,70),main="splicing junctions",labels=c("partial_novel 33%","complete_novel 33%","known 33%")) dev.off() diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.splice_events.pdf b/tools/rseqc/test-data/output.splice_events.pdf index 2931a05128b..c6ae81cef77 100644 Binary files a/tools/rseqc/test-data/output.splice_events.pdf and b/tools/rseqc/test-data/output.splice_events.pdf differ diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.splice_junction.pdf b/tools/rseqc/test-data/output.splice_junction.pdf index 804748e0473..956a266c698 100644 Binary files a/tools/rseqc/test-data/output.splice_junction.pdf and b/tools/rseqc/test-data/output.splice_junction.pdf differ diff --git a/tools/rseqc/test-data/output.tin.xls b/tools/rseqc/test-data/output.tin.xls index e5272445fe0..28831d35438 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/output.tin.xls +++ b/tools/rseqc/test-data/output.tin.xls @@ -1,6 +1,6 @@ geneID chrom tx_start tx_end TIN NR_046018 chr1 11873 14409 0.0 -NR_024540 chr1 14361 29370 8.87096774194 +NR_024540 chr1 14361 29370 8.870967741935486 NR_106918 chr1 17368 17436 0.0 NR_107062 chr1 17368 17436 0.0 NR_026818 chr1 34610 36081 0.0 diff --git a/tools/rseqc/test-data/summary.tin.txt b/tools/rseqc/test-data/summary.tin.txt new file mode 100644 index 00000000000..a245f3521a6 --- /dev/null +++ b/tools/rseqc/test-data/summary.tin.txt @@ -0,0 +1,2 @@ +Bam_file TIN(mean) TIN(median) TIN(stdev) +pairend_strandspecific_51mer_hg19_chr1_1-100000_bam.bam 8.870967741935486 8.870967741935486 0.0 diff --git a/tools/rseqc/test-data/testwig.Forward.wig b/tools/rseqc/test-data/testwig.Forward.wig index fed0a06cc62..6521ac61c77 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/testwig.Forward.wig +++ b/tools/rseqc/test-data/testwig.Forward.wig @@ -1,15 +1,3 @@ -variableStep chrom=chr13 -variableStep chrom=chr12 -variableStep chrom=chr11 -variableStep chrom=chr10 -variableStep chrom=chr17 -variableStep chrom=chr16 -variableStep chrom=chr15 -variableStep chrom=chr14 -variableStep chrom=chr19 -variableStep chrom=chr18 -variableStep chrom=chr8 -variableStep chrom=chr3 variableStep chrom=chr1 12674 1.00 12675 1.00 @@ -113,15 +101,27 @@ variableStep chrom=chr1 13531 1.00 13532 1.00 13533 1.00 -variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chr3 +variableStep chrom=chr4 +variableStep chrom=chr5 +variableStep chrom=chr6 +variableStep chrom=chr7 variableStep chrom=chrX +variableStep chrom=chr8 variableStep chrom=chr9 -variableStep chrom=chrM -variableStep chrom=chr22 +variableStep chrom=chr10 +variableStep chrom=chr11 +variableStep chrom=chr12 +variableStep chrom=chr13 +variableStep chrom=chr14 +variableStep chrom=chr15 +variableStep chrom=chr16 +variableStep chrom=chr17 +variableStep chrom=chr18 variableStep chrom=chr20 +variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr19 +variableStep chrom=chr22 variableStep chrom=chr21 -variableStep chrom=chr7 -variableStep chrom=chr6 -variableStep chrom=chr5 -variableStep chrom=chr4 -variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chrM diff --git a/tools/rseqc/test-data/testwig.Reverse.wig b/tools/rseqc/test-data/testwig.Reverse.wig index b41dd3653cf..8c95ba4f9bd 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/testwig.Reverse.wig +++ b/tools/rseqc/test-data/testwig.Reverse.wig @@ -1,15 +1,3 @@ -variableStep chrom=chr13 -variableStep chrom=chr12 -variableStep chrom=chr11 -variableStep chrom=chr10 -variableStep chrom=chr17 -variableStep chrom=chr16 -variableStep chrom=chr15 -variableStep chrom=chr14 -variableStep chrom=chr19 -variableStep chrom=chr18 -variableStep chrom=chr8 -variableStep chrom=chr3 variableStep chrom=chr1 14596 -1.00 14597 -1.00 @@ -1672,15 +1660,27 @@ variableStep chrom=chr1 94875 -1.00 94876 -1.00 94877 -1.00 -variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chr3 +variableStep chrom=chr4 +variableStep chrom=chr5 +variableStep chrom=chr6 +variableStep chrom=chr7 variableStep chrom=chrX +variableStep chrom=chr8 variableStep chrom=chr9 -variableStep chrom=chrM -variableStep chrom=chr22 +variableStep chrom=chr10 +variableStep chrom=chr11 +variableStep chrom=chr12 +variableStep chrom=chr13 +variableStep chrom=chr14 +variableStep chrom=chr15 +variableStep chrom=chr16 +variableStep chrom=chr17 +variableStep chrom=chr18 variableStep chrom=chr20 +variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr19 +variableStep chrom=chr22 variableStep chrom=chr21 -variableStep chrom=chr7 -variableStep chrom=chr6 -variableStep chrom=chr5 -variableStep chrom=chr4 -variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chrM diff --git a/tools/rseqc/test-data/testwig.wig b/tools/rseqc/test-data/testwig.wig index af43bf96db7..32c477766aa 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/testwig.wig +++ b/tools/rseqc/test-data/testwig.wig @@ -1,15 +1,3 @@ -variableStep chrom=chr13 -variableStep chrom=chr12 -variableStep chrom=chr11 -variableStep chrom=chr10 -variableStep chrom=chr17 -variableStep chrom=chr16 -variableStep chrom=chr15 -variableStep chrom=chr14 -variableStep chrom=chr19 -variableStep chrom=chr18 -variableStep chrom=chr8 -variableStep chrom=chr3 variableStep chrom=chr1 12674 1.00 12675 1.00 @@ -1774,15 +1762,27 @@ variableStep chrom=chr1 94875 1.00 94876 1.00 94877 1.00 -variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chr3 +variableStep chrom=chr4 +variableStep chrom=chr5 +variableStep chrom=chr6 +variableStep chrom=chr7 variableStep chrom=chrX +variableStep chrom=chr8 variableStep chrom=chr9 -variableStep chrom=chrM -variableStep chrom=chr22 +variableStep chrom=chr10 +variableStep chrom=chr11 +variableStep chrom=chr12 +variableStep chrom=chr13 +variableStep chrom=chr14 +variableStep chrom=chr15 +variableStep chrom=chr16 +variableStep chrom=chr17 +variableStep chrom=chr18 variableStep chrom=chr20 +variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr19 +variableStep chrom=chr22 variableStep chrom=chr21 -variableStep chrom=chr7 -variableStep chrom=chr6 -variableStep chrom=chr5 -variableStep chrom=chr4 -variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chrM diff --git a/tools/rseqc/test-data/testwig_wigsum100.wig b/tools/rseqc/test-data/testwig_wigsum100.wig index 90a2dd32824..80915eb9622 100644 --- a/tools/rseqc/test-data/testwig_wigsum100.wig +++ b/tools/rseqc/test-data/testwig_wigsum100.wig @@ -1,15 +1,3 @@ -variableStep chrom=chr13 -variableStep chrom=chr12 -variableStep chrom=chr11 -variableStep chrom=chr10 -variableStep chrom=chr17 -variableStep chrom=chr16 -variableStep chrom=chr15 -variableStep chrom=chr14 -variableStep chrom=chr19 -variableStep chrom=chr18 -variableStep chrom=chr8 -variableStep chrom=chr3 variableStep chrom=chr1 12674 0.05 12675 0.05 @@ -1774,15 +1762,27 @@ variableStep chrom=chr1 94875 0.05 94876 0.05 94877 0.05 -variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chr3 +variableStep chrom=chr4 +variableStep chrom=chr5 +variableStep chrom=chr6 +variableStep chrom=chr7 variableStep chrom=chrX +variableStep chrom=chr8 variableStep chrom=chr9 -variableStep chrom=chrM -variableStep chrom=chr22 +variableStep chrom=chr10 +variableStep chrom=chr11 +variableStep chrom=chr12 +variableStep chrom=chr13 +variableStep chrom=chr14 +variableStep chrom=chr15 +variableStep chrom=chr16 +variableStep chrom=chr17 +variableStep chrom=chr18 variableStep chrom=chr20 +variableStep chrom=chrY +variableStep chrom=chr19 +variableStep chrom=chr22 variableStep chrom=chr21 -variableStep chrom=chr7 -variableStep chrom=chr6 -variableStep chrom=chr5 -variableStep chrom=chr4 -variableStep chrom=chr2 +variableStep chrom=chrM diff --git a/tools/rseqc/tin.xml b/tools/rseqc/tin.xml index d04a5917ffc..1cd53101ac3 100644 --- a/tools/rseqc/tin.xml +++ b/tools/rseqc/tin.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + evaluates RNA integrity at a transcript level @@ -17,15 +17,26 @@ in the filename --> > 'input_list.txt' && + #end for + tin.py -i 'input_list.txt' --refgene='${refgene}' --minCov=${minCov} --sample-size=${samplesize} ${subtractbackground} + && mv *summary.txt summary.tab + && mv *tin.xls tin.xls ]]> - + @@ -41,22 +52,17 @@ - - + + - + - - - - - - - + + diff --git a/tools/seurat/seurat.xml b/tools/seurat/seurat.xml index 0414355b9f4..13123a169ae 100644 --- a/tools/seurat/seurat.xml +++ b/tools/seurat/seurat.xml @@ -1,11 +1,11 @@ - toolkit for exploration of single-cell RNA-seq data - 4.2.0 + 4.3.0 r-seurat - r-rmarkdown + r-rmarkdown - + BLAST-like sequence alignment tool + + 377 + 2 + + + + + + + + + + + + + + + + + + blat - blat + ucsc-blat - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + blat + -q=$query_type + -t=$database_type + ## Basic alignment parameters + #if str($basic_align.minScore) + -minScore=$basic_align.minScore + #end if + #if str($basic_align.minIdentity) + -minIdentity=$basic_align.minIdentity + #end if + $basic_align.trimT + $basic_align.noTrimA + $basic_align.trimHardA + $basic_align.fastMap + $basic_align.fine + #if str($basic_align.maxIntron) + -maxIntron=$basic_align.maxIntron + #end if + $basic_align.extendThroughN + ## Advanced alignment parameters + #if str($adv_align.tileSize) + -tileSize=$adv_align.tileSize + #end if + #if str($adv_align.stepSize) + -stepSize=$adv_align.stepSize + #end if + $adv_align.oneOff + #if str($adv_align.minMatch) + -minMatch=$adv_align.minMatch + #end if + -maxGap=$adv_align.maxGap + #if str($adv_align.repMatch) + -repMatch=$adv_align.repMatch + #end if + ## Repeat masking parameters + #if $repeat.mask_type.mask == "file.out": + -mask='$repeat.mask_type.mask_file' + #elif $repeat.mask_type.mask: + -mask=$repeat.mask_type.mask + #end if + #if $repeat.qMask_type.qMask == "file.out": + -qMask='$repeat.qMask_type.qMask_file' + #elif $repeat.qMask_type.qMask: + -qmask=$repeat.qMask_type.qMask + #end if + #if $repeat.repeats_type.repeats == "file.out": + -repeats='$repeat.repeats_type.repeats_file' + #elif $repeat.repeats_type.repeats: + -repeats=$repeat.repeats_type.repeats + #end if + #if str($repeat.minRepDivergence) + -minRepDivergence=$repeat.minRepDivergence + #end if + + #if str($dots) + -dots=$dots + #end if + '$reference_fasta_filename' + '$query_filename' + -out=$out + '$output' + ]]> + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
- - - - - - - - - - - - - - - - - + @@ -128,59 +161,128 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - +
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- - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -191,36 +293,108 @@ - - - + + + + + - - - - + + + + + + + + + + + + + + +
+ +
+ + + + + + + + + + + + 95% similarity and a minimum length of 25 bases for nucleotide sequences +- >80% similarity and a minimum lenth of 20 amino acids for proteins + +More divergent or shorter sequence alignments may be missed. +The algorithm works in two phases: + +1. Search phase: find regions of probable homology using an index of the reference sequence +2. Alignment phase: Detailed Alignment of the sequences in these regions + +Search phase +++++++++++++ + +Builds an index of the reference containing the nonoverlapping K-mers and their +positions (by default, can be changed using `-tileSize` and `-stepSize`). Hits, +i.e. exactly matching k-mers in query and reference, are then found by looking +up each overlapping K-mer of the query sequence. By enabling `-oneOff` the +algorithm allows for a single substitition. Note that this increases the run +time of this phase significantly. + +The hits are then split into buckets of 64k (based on the database position) +and sorted on the diagonal (database minus query positions). Hits within the +gap limit form so called proto-clumps. Those are then sorted by database position +and put into clumps if they are within the window limit (wrt database coordinate). + +Clumps with less than the minimum number of hits are discarded (-minMatch) and +those within 300 bases or 100 amino acids in the database are merged together. +The resulting clumps define regions of the database which are homologous to the +query sequence which are then aligned. + +Alignment phase ++++++++++++++++ -blat (version: v36)- Standalone blat sequence search command line tool. -------------------------------------------------------------------------- +The alignment is performed differently for nucleotide and +aminoacid sequences. -usage: -++++++ +**Alignment for nucleotide sequences**: A hit list (exactly matching k-mers) for +the query and the homologous region of the database is generated. If necessary +hits are mode unique by extending them until they are unique or have a maximum +size. The hits are then extended maximally allowing no mismatches, and overlapping +hits are merged. +Subsequent (wrt query and reference) extended hits are then linked in an +alignment. If there are gaps in query and reference, the algorithm recurses +using a smaller value for k until no additional hits are found or gaps are +smaller than 6 bases. - $ blat database query [-ooc=11.ooc] output.psl +**Protein Alignments**: The hits from the search stage are extended into maximally +scoring ungapped alignments (HSPs) (match cost 2 and mismatch cost 1). The HSPs +are organized in a directed graph where an edge connect HSPs A and B if A starts +before B wrt query and database coordinates. The weight of the edge is then +defined as the score of B minus a gap penalty based on the distance between A +and B (overlapping HSPs are treated differently, see Kent 2002). The maximal +scoring alignment is then determined as the maximum weight path through the +graph and the HSPs of this path are removed. This is repeated until no HSPs are +left. -where: - database and query are each either a .fa, .nib or .2bit file, - or a list of these files with one file name per line. - -ooc=11.ooc tells the program to load over-occurring 11-mers from - an external file. This will increase the speed - by a factor of 40 in many cases, but is not required. - output.psl is the name of the output file. +**Stitching and Filling In**: +In order to find also alignments of genes scattered across multiple homologous +regions that have been determined in the search phase a variation of the +alignment algorithm for proteins is employed. For details see Kent 2002. -documentation: +Documentation: ++++++++++++++ See Blat documentation (http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html) @@ -230,8 +404,8 @@ Source code: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ -]]> - - 10.1101/gr.229202 - + ]]> + + 10.1101/gr.229202 + diff --git a/tools/ucsc_blat/test-data/all_fasta.loc b/tools/ucsc_blat/test-data/all_fasta.loc index c287bca8bd8..625936a1a9b 100644 --- a/tools/ucsc_blat/test-data/all_fasta.loc +++ b/tools/ucsc_blat/test-data/all_fasta.loc @@ -1,30 +1,2 @@ -#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools -#to use a directory of Samtools indexed sequences data files. You will need -#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file -#similar to this one (store it in this directory) that points to -#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc -#file has this format (white space characters are TAB characters): -# -# -# -#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in -# -# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/, -# -#then the fasta_indexes.loc entry would look like this: -# -#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa -# -#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory -#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files. -# -#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for -#each index set you have stored. The file in the path does actually -#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves -#as a prefix for the index file. For example: -# -#hg18canon hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Canonical /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fa -#hg18full hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Full /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fa -#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa -#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fa -dbia3 dm3 Dbia3 /home/galaxy/galaxy/tool-data/dm3/seq/dbia3.fa \ No newline at end of file +dbia3 dbia3_dbkey dbdia display name ${__HERE__}/dbia3/dbia3.fa + diff --git a/tools/ucsc_blat/test-data/amaVit1_Gallus/amaVit1_Gallus_gallus_sorted.maf b/tools/ucsc_blat/test-data/amaVit1_Gallus/amaVit1_Gallus_gallus_sorted.maf new file mode 100644 index 00000000000..41b4cc912d3 --- /dev/null +++ b/tools/ucsc_blat/test-data/amaVit1_Gallus/amaVit1_Gallus_gallus_sorted.maf @@ -0,0 +1,609 @@ +##maf version=1 scoring=blastz +a score=7638.000000 +s LMAW01000001.1 10027590 110 + 10443977 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NM_204766 5992 49 5815 LMAW01000002.1 5883884 103604 131424 45 51,78,132,3,152,2,29,75,90,63,1,95,81,3,136,119,150,2,169,180,123,48,90,117,123,134,241,261,177,146,90,72,267,129,81,2,196,348,116,193,106,123,177,99,87, 49,154,256,388,391,543,545,574,691,781,844,845,967,1048,1051,1187,1306,1456,1458,1627,1807,1960,2008,2098,2215,2338,2472,2713,2974,3151,3298,3388,3493,3778,3943,4024,4026,4222,4696,4812,5051,5212,5335,5608,5728, 103604,104407,107764,107909,108002,108233,108257,109261,112047,112967,113036,113148,114257,114391,114866,116183,116438,116593,116908,117767,118030,118682,120119,120672,121329,122185,122724,123518,123945,124449,124904,125793,125898,126790,127405,127543,127717,128055,129238,129442,129761,130020,130254,131103,131337, -420 114 0 0 4 99 3 7093 ++ NM_001031013 971 69 702 LMAW01000002.1 5883884 3610886 3618513 5 33,66,21,276,138, 69,138,232,285,564, 3610886,3610955,3617941,3618099,3618375, -49 11 0 0 0 0 0 0 +- NM_001292086 6644 619 679 LMAW01000003.1 4188689 2833085 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N's Q gap Q gap T gap T gap strand Q Q Q Q T T T T block blockSizes qStarts tStarts + match match count bases count bases name size start end name size start end count +--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 40 8 0 0 0 0 0 0 ++ FBtr0070075 2430 1838 1886 contig14 45010 22563 22611 1 48, 1838, 22563, 39 9 0 0 0 0 0 0 ++ FBtr0070075 2430 1838 1886 contig65 45013 12112 12160 1 48, 1838, 12112, 39 9 0 0 0 0 0 0 ++ FBtr0070075 2430 1838 1886 contig64 40016 32121 32169 1 48, 1838, 32121, diff --git a/tools/ucsc_blat/test-data/mini-db.fa.gz b/tools/ucsc_blat/test-data/mini-db.fa.gz new file mode 100644 index 00000000000..b82eb7d1817 Binary files /dev/null and b/tools/ucsc_blat/test-data/mini-db.fa.gz differ diff --git a/tools/ucsc_blat/test-data/mini-query.fa.gz b/tools/ucsc_blat/test-data/mini-query.fa.gz new file mode 100644 index 00000000000..d93e8ae0e5c Binary files /dev/null and b/tools/ucsc_blat/test-data/mini-query.fa.gz differ diff --git a/tools/ucsc_blat/tool-data/all_fasta.loc.sample b/tools/ucsc_blat/tool-data/all_fasta.loc.sample index af18aff69b4..e69de29bb2d 100644 --- a/tools/ucsc_blat/tool-data/all_fasta.loc.sample +++ b/tools/ucsc_blat/tool-data/all_fasta.loc.sample @@ -1,29 +0,0 @@ -#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools -#to use a directory of Samtools indexed sequences data files. You will need -#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file -#similar to this one (store it in this directory) that points to -#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc -#file has this format (white space characters are TAB characters): -# -# -# -#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in -# -# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/, -# -#then the fasta_indexes.loc entry would look like this: -# -#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa -# -#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory -#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files. -# -#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for -#each index set you have stored. The file in the path does actually -#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves -#as a prefix for the index file. For example: -# -#hg18canon hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Canonical /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fa -#hg18full hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Full /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fa -#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa -#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fa \ No newline at end of file diff --git a/tools/ucsc_blat/tool_data_table_conf.xml.test b/tools/ucsc_blat/tool_data_table_conf.xml.test new file mode 100644 index 00000000000..f694f17a3f0 --- /dev/null +++ b/tools/ucsc_blat/tool_data_table_conf.xml.test @@ -0,0 +1,7 @@ + + + + value, dbkey, name, path + +
+ \ No newline at end of file diff --git a/tools/vapor/test-data/HA_sample.fa b/tools/vapor/test-data/HA_sample.fa index 34702799571..615791e8336 100644 --- a/tools/vapor/test-data/HA_sample.fa +++ b/tools/vapor/test-data/HA_sample.fa @@ -21,7 +21,7 @@ ATGAAAGCAAAACTACTGGTTCTGTTATGTACATTTACAGCTACATATGCAGACACAATATGTATAGGCTACCATGCCAA >cds:ADF80462 A/Gangwon/1805/2009 2009/11/18 HA H1N1 Human ATGAAGGCAATACTAGTAGTTCTGCTATATACATTTGCAACCGCAAATGCAGACACATTATGTATAGGTTATCATGCGAACAATTCAACAGACACTGTAGACACAGTACTAGAAAAGAATGTAACAGTAACACACTCTGTTAACCTTCTAGAAGACAAGCATAACGGGAAACTATGCAAACTAAGAGGGGTAGCCCCATTGCATTTGGGTAAATGTAACATTGCTGGCTGGATCCTGGGAAATCCAGAGTGTGAATCACTCTCCACAGCAAGCTCATGGTCCTACATTGTGGAAACATCTAATTCAGACAATGGAACGTGTTACCCAGGAGATTTCATCGATTATGAGGAGCTAAGAGAGCAGTTGAGCTCAGTGTCATCATTTGAAAGGTTTGAGATATTCCCCAAGATAAGTTCATGGCCCAATCATGACTCGAACAAAGGTGTAACGGCAGCATGTCCTCATGCTGGAGCAAAAAGCTTCTACAAAAATTTAATATGGCTAGTTAAAAAAGGAAATTCATACCCAAAGCTCAGCAAATCCTACATTAATGATAAAGGGAAAGAAGTCCTCGTGCTATGGGGCATTCACCATCCATCTACTAGTGCTGACCAACAAAGTCTCTATCAGAATGCAGATGCATATGTTTTTGTGGGGACATCAAGATACAGCAAGAAGTTCAAGCCGGAAATAGCAATAAGACCCAAAGTGAGGGATCAAGAAGGGAGAATGAACTATTACTGGACACTAGTAGAGCCGGGAGACAAAATAACATTCGAAGCAACTGGAAATCTAGTGGTACCGAGATATGCATTCGCAATGGAAAGAAATGCTGGATCTGGTATTATCATTTCAGATACACCAGTCCACGATTGCAATACAACTTGTCAGACACCCAAGGGTGCTATAAACACCAGCCTCCCATTTCAGAATATACATCCGATCACAATTGGAAAATGTCCAAAATATGTAAAAAGCACAAAATTGAGACTGGCCACAGGATTGAGGAATGTCCCTTCTATTCAATCTAGAGGCCTATTTGGGGCCATTGCCGGTTTCATTGAAGGGGGGTGGACAGGGATGGTAGATGGATGGTACGGTTATCACCATCAAAATGAGCAGGGGTCAGGATATGCAGCCGACCTGAAGAGCACACAGAATGCCATTGACGAGATTACTAACAAAGTAAATTCTGTTATTGAAAAGATGAATACACAGTTCACAGCAGTAGGTAAAGAGTTCAACCACCTGGAAAAAAGAATAGAGAATTTAAATAAAAAAGTTGATGATGGTTTCCTGGACATTTGGACTTACAATGCCGAACTGTTGGTTCTATTGGAAAATGAAAGAACTTTGGACTACCACGATTCAAATGTGAAGAACTTATATGAAAAGGTAAGAAGCCAGTTGAAAAACAATGCCAAGGAAATTGGAAACGGCTGCTTTGAATTTTACCACAAATGCGATAACACGTGCATGGAAAGTGTCAAAAATGGGACTTATGACTACCCAAAATACTCAGAGGAAGCAAAATTAAACAGAGAAGAAATAGATGGGGTAAAGCTGGAATCAACAAGGATTTACCAGATTTTGGCGATCTATTCAACTGTCGCCAGTTCATTGGTACTGGTAGTCTCCCTGGGGGCAATCAGTTTCTGGATGTGCTCTAATGGGTCTCTACAGTGTAGAATATGTATTTAA 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-ATGAAGGCAATACTAGTAGTTTTGCTATATACATTTGCAACCGCAAATGCAGACACATTATGTATAGGTTATCATGCGAACAATTCAACAGACACTGTAGACACAGTACTAGAAAAGAATGTAACAGTAACACACTCTGTTAACCTTCTAGAAGACAAGCATAACGGGAAACTATGCAAACTAAGAGGGGTAGCCCCATTGCATTTGGGTAAATGTAACATTGCTGGCTGGATCCTGGGAAATCCAGAGTGTGAATCACTCTCCACAGCAAGCTCATGGTCCTACATTGTGGAAACATCTAGTTCAGACAATGGAACGTGTTACCCAGGAGATTTCATCGATTATGAGGAGCTAAGAGAGCAATTGAGCTCAGTGTCATCATTTGAAAGGTTTGAGATATTCCCCAAGACAAGTTCATGGCCCAATCATGACTCGAACAAAGGTGTAACGGCAGCATGTCCTCATGCTGGAGCAAAAAGCTTCTACAAAAATTTAATATGGCTAGTTAAAAAAGGAAATTCATACCCAAAGCTCAGCAAATCCTACATTAATGATAAAGGGAAAGAAGTCCTCGTGCTATGGGGCATTCACCATCCATCTACTAGTGCTGACCAACAAAGTCTCTATCAGAATGCAGATGCATATGTTTTTGTGGGGACATCAAGATACAGCAAGAAGTTCAAGCCGGAAATAGCAATAAGACCCAAAGTGAGGGATCAAGAAGGGAGAATGAACTATTACTGGACACTAGTAGAGCCGGGAGACAAAATAACATTCGAAGCAACTGGAAATCTAGTGGTACCGAGATATGCATTCGCAATGGAAAGAAATGCTGGATCTGGTATTATCATTTCAGATACACCAGTCCACGATTGCAATACAACTTGTCAGACACCCAAGGGTGCTATAAACACCAGCCTCCCATTTCAGAATATACATCCGATCACAATTGGAAAATGTCCAAAATATGTAAAAAGCACAAAATTGAGACTGGCCACAGGATTGAGGAATGTCCCGTCTATTCAATCTAGAGGCCTATTTGGGGCCATTGCCGGTTTCATTGAAGGGGGGTGGACAGGGATGGTAGATGGATGGTACGGTTATCACCATCAAAATGAGCAGGGGTCAGGATATGCAGCCGACCTGAAGAGCACACAGAATGCCATTGACGAGATTACTAACAAAGTAAATTCTGTTATTGAAAAGATGAATACACAGTTCACAGCAGTAGGTAAAGAGTTCAACCACCTGGAAAAAAGAATAGAGAATTTAAATAAAAAAGTTGATGATGGTTTCCTGGACATTTGGACTTACAATGCCGAACTGTTGGTTCTATTGGAAAATGAAAGAACTTTGGACTACCACGATTCAAATGTGAAGAACTTATATGAAAAGGTAAGAAGCCAGTTAAAAAACAATGCCAAGGAAATTGGAAACGGCTGCTTTGAATTTTACCACAAATGCGATAACACGTGCATGGAAAGTGTCAAAAATGGGACTTATGACTACCCAAAATACTCAGAGGAAGCAAAATTAAACAGAGAAGAAATAGATGGGGTAAAGCTGGAATCAACAAGGATTTACCAGATTTTGGCGATCTATTCAACTGTCGCCAGTTCATTGGTACTGGTAGTCTCCCTGGGGGCAATCAGTTTCTGGATGTGCTCTAATGGGTCTCTACAGTGTAGAATATGTATTTAA 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>cds:AEO19882 A/Shanghai/2167T/2010 2010/01/15 HA H1N1 Human 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106.9047619047619 1000 >cds:ARI68577 A/Canoas/LACENRS-1105/2016 2016/04/25 HA H1N1 Human +0.9394473838918284 181366.0 1701 106.62316284538507 1000 >cds:ANM94264 A/California/99/2016 2016/03/25 HA H1N1 Human +0.9394473838918284 181296.0 1701 106.58201058201058 1000 >cds:AQW37206 A/Minnesota/09/2017 2017/01/30 HA H1N1 Human +0.9394473838918284 181181.0 1701 106.51440329218107 1000 >cds:ARO44116 A/Michigan/41/2017 2017/03/20 HA H1N1 Human +0.897119341563786 173890.0 1701 102.22810111699 1000 >cds:ACQ73203 A/Ohio/01/2007 2007/08/17 HA H1N1 Human diff --git a/tools/vapor/vapor.xml b/tools/vapor/vapor.xml index 3dab69f3114..e01d51879cd 100644 --- a/tools/vapor/vapor.xml +++ b/tools/vapor/vapor.xml @@ -1,6 +1,6 @@ - + - Classify Influenza samples from raw short read sequence data + Classify Influenza samples from short reads sequence data 1.0.2 @@ -10,8 +10,22 @@ vapor + + gawk /) {print toupper($0)} else {print $0} }' '$fasta_file' > ref_upper.fa && + #set $fasta_file = 'ref_upper.fa' + #if str($fastq_input.fastq_input_selector) == "paired" #set r1_ext = $fastq_input.fastq1.extension #set r2_ext = $fastq_input.fastq2.extension @@ -27,54 +41,56 @@ ln -s '$fastq_input.fastq_single' fastq1.$r1_ext && #end if vapor.py - --return_best_n $opt.return_best_n + #if int($return_best_n) > 0 + --return_best_n $return_best_n + #else + --return_best_n $total_refs + #end if #if $output_type == "fasta" --return_seqs #end if - -k '$opt.kmer_length' - -t '$opt.score_threshold' - -c '$opt.min_kmer_cov' - -m '$opt.min_kmer_prop' + -k $opt.kmer_length + -t $opt.threshold + -c $opt.min_kmer_cov + -m $opt.min_kmer_prop -fa '$fasta_file' - -fq - fastq1.$r1_ext + -fq fastq1.$r1_ext #if str($fastq_input.fastq_input_selector) in ["paired", "paired_collection"] fastq2.$r2_ext #end if - -f '$opt.top_seed_frac' - -q + -f $opt.top_seed_frac > out_file - ]]> + ]]> - + - - - - + + + + - + - - + + - + - - - + + + +
- - - - - - + + + + +
@@ -97,6 +113,15 @@ + + + + + + + + + @@ -122,7 +147,7 @@
- + @@ -136,9 +161,7 @@ -
- -
+ @@ -146,11 +169,11 @@ **What it does** VAPOR is a tool for classification of Influenza samples from raw short read sequence data for downstream bioinformatics analysis. -VAPOR is provided with a fasta file of full-length sequences (> 20,000) for a given segment, a set of reads, and attempts to retrieve a reference that is closest to the sample strain. +VAPOR works on a fasta file of full-length reference sequences for a given genome segment and a set of sequenced reads, and attempts to retrieve the reference that is closest to the sequenced strain. `sub_sample` is not an option here (compared to the tool on GitHub), since you can always build a workflow that preprocesses your reads to a (random) subsample. You can use this output as your reads file for VAPOR. ]]> 10.1093/bioinformatics/btz814 - \ No newline at end of file + diff --git a/tools/virhunter/macros.xml b/tools/virhunter/macros.xml index 3a8683418d6..a00558caefd 100644 --- a/tools/virhunter/macros.xml +++ b/tools/virhunter/macros.xml @@ -1,6 +1,6 @@ 1.0.0 - 0 + 1 numpy @@ -14,7 +14,7 @@ - 10.1038/s41467-019-12528-4 + 10.3389/fbinf.2022.867111 - \ No newline at end of file + diff --git a/tools/virhunter/predict.py b/tools/virhunter/predict.py old mode 100755 new mode 100644 index 6ce4301a593..b5a770f9694 --- a/tools/virhunter/predict.py +++ b/tools/virhunter/predict.py @@ -9,7 +9,7 @@ import pandas as pd from Bio import SeqIO from joblib import load -from models import model_5, model_7 +from models import model_10, model_5, model_7 from utils import preprocess as pp os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "" @@ -18,7 +18,7 @@ os.environ['TF_CPP_MIN_LOG_LEVEL'] = '3' -def predict_nn(ds_path, nn_weights_path, length, batch_size=256): +def predict_nn(ds_path, nn_weights_path, length, use_10, batch_size=256): """ Breaks down contigs into fragments and uses pretrained neural networks to give predictions for fragments @@ -37,10 +37,14 @@ def predict_nn(ds_path, nn_weights_path, length, batch_size=256): "pred_plant_7": [], "pred_vir_7": [], "pred_bact_7": [], - # "pred_plant_10": [], - # "pred_vir_10": [], - # "pred_bact_10": [], } + if use_10: + out_table_ = { + "pred_plant_10": [], + "pred_vir_10": [], + "pred_bact_10": [], + } + out_table.update(out_table_) if not seqs_: raise ValueError("All sequences were smaller than length of the model") test_fragments = [] @@ -56,24 +60,32 @@ def predict_nn(ds_path, nn_weights_path, length, batch_size=256): out_table["fragment"].append(j) test_encoded = pp.one_hot_encode(test_fragments) test_encoded_rc = pp.one_hot_encode(test_fragments_rc) - # for model, s in zip([model_5.model(length), model_7.model(length), model_10.model(length)], [5, 7, 10]): - for model, s in zip([model_5.model(length), model_7.model(length)], [5, 7]): + if use_10: + zipped_models = zip([model_5.model(length), model_7.model(length), model_10.model(length)], [5, 7, 10]) + else: + zipped_models = zip([model_5.model(length), model_7.model(length)], [5, 7]) + for model, s in zipped_models: model.load_weights(Path(nn_weights_path, f"model_{s}_{length}.h5")) prediction = model.predict([test_encoded, test_encoded_rc], batch_size) out_table[f"pred_plant_{s}"].extend(list(prediction[..., 0])) out_table[f"pred_vir_{s}"].extend(list(prediction[..., 1])) out_table[f"pred_bact_{s}"].extend(list(prediction[..., 2])) + return pd.DataFrame(out_table) -def predict_rf(df, rf_weights_path, length): +def predict_rf(df, rf_weights_path, length, use_10): """ Using predictions by predict_nn and weights of a trained RF classifier gives a single prediction for a fragment """ clf = load(Path(rf_weights_path, f"RF_{length}.joblib")) - X = df[["pred_plant_5", "pred_vir_5", "pred_plant_7", "pred_vir_7"]] - # X = ["pred_plant_5", "pred_vir_5", "pred_plant_7", "pred_vir_7", "pred_plant_10", "pred_vir_10", ]] + if use_10: + X = df[ + ["pred_plant_5", "pred_vir_5", "pred_plant_7", "pred_vir_7", "pred_plant_10", "pred_vir_10", ]] + else: + X = df[ + ["pred_plant_5", "pred_vir_5", "pred_plant_7", "pred_vir_7", ]] y_pred = clf.predict(X) mapping = {0: "plant", 1: "virus", 2: "bacteria"} df["RF_decision"] = np.vectorize(mapping.get)(y_pred) @@ -89,9 +101,7 @@ def predict_contigs(df): Based on predictions of predict_rf for fragments gives a final prediction for the whole contig """ df = ( - df.groupby(["id", "length", 'RF_decision'], sort=False) - .size() - .unstack(fill_value=0) + df.groupby(["id", "length", 'RF_decision'], sort=False).size().unstack(fill_value=0) ) df = df.reset_index() df = df.reindex(['length', 'id', 'virus', 'plant', 'bacteria'], axis=1) @@ -131,7 +141,7 @@ def predict(test_ds, weights, out_path, return_viral, limit): assert Path(weights).exists(), f'{weights} does not exist' assert isinstance(limit, int), 'limit should be an integer' Path(out_path).mkdir(parents=True, exist_ok=True) - + use_10 = Path(weights, 'model_10_500.h5').exists() for ts in test_ds: dfs_fr = [] dfs_cont = [] @@ -141,12 +151,14 @@ def predict(test_ds, weights, out_path, return_viral, limit): ds_path=ts, nn_weights_path=weights, length=l_, + use_10=use_10 ) print(df) df = predict_rf( df=df, rf_weights_path=weights, length=l_, + use_10=use_10 ) df = df.round(3) dfs_fr.append(df) @@ -178,7 +190,7 @@ def predict(test_ds, weights, out_path, return_viral, limit): parser.add_argument("--weights", help="path to the folder containing weights for NN and RF modules trained on 500 and 1000 fragment lengths (str)") parser.add_argument("--out_path", help="path to the folder to store predictions (str)") parser.add_argument("--return_viral", help="whether to return contigs annotated as viral in separate fasta file (True/False)") - parser.add_argument("--limit", help="Do predictions only for contigs > l. We suggest l=750. (int)", type=int) + parser.add_argument("--limit", help="Do predictions only for contigs > l. We suggest l=750. (int)", type=int, default=750) args = parser.parse_args() if args.test_ds: