diff --git a/tools/carveme/.shed.yml b/tools/carveme/.shed.yml
new file mode 100644
index 0000000000..a231141ddc
--- /dev/null
+++ b/tools/carveme/.shed.yml
@@ -0,0 +1,8 @@
+name: carveme
+owner: bgruening
+long_description: CarveMe is a tool to reconstruct genome scale metabolic models
+homepage_url: https://github.com/cdanielmachado/carveme
+remote_repository_url: https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/carveme
+description: Genome-scale metabolic model reconstruction with CarveMe
+categories:
+- Systems Biology
diff --git a/tools/carveme/carveme.xml b/tools/carveme/carveme.xml
new file mode 100644
index 0000000000..8c36247941
--- /dev/null
+++ b/tools/carveme/carveme.xml
@@ -0,0 +1,107 @@
+
+ Tool to reconstruct genome-scale metabolic models
+
+ 1.6.1
+ 0
+
+
+ CarveMe
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+ carveme
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+
+CarveMe reconstructs genome-scale metabolic models of prokaryotes using an annotated genome to 'carve' a universal model.
+
+An annotation input is required as a protein or DNA FASTA file, or, as an eggNOG output.
+
+The default universe is 'bacteria', but alternative, more specific, universes are available for Gram-Positive/Negative, Cyanobacteria and Archaea.
+
+Other universes might be uploaded by the user (e.g. for yeast reconstructions).
+
+Providing a Media database file enforces the model to grow in the said media.
+
+Reactions' directionalities (1:forward, -1:backward, 0:blocked) can be enforced with a soft constraints tabular file: (e.g R_XXX -1).
+
+Reactions' bounds can be enforced with a hard constraints tabular file (e.g. R_XXX -10 10)
+
+
+Note: Different solvers may result in slightly different models.
+Here, the reconstructions rely on the open source solver SCIP.
+For local installations, CPLEX or Gurobi are faster alternatives.
+
+
+
+ 10.1093/nar/gky537
+
+
diff --git a/tools/carveme/test-data/e_coli_core.xml b/tools/carveme/test-data/e_coli_core.xml
new file mode 100644
index 0000000000..b1ee5c6248
--- /dev/null
+++ b/tools/carveme/test-data/e_coli_core.xml
@@ -0,0 +1,9898 @@
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new file mode 100644
index 0000000000..aff677496a
--- /dev/null
+++ b/tools/carveme/test-data/protein.faa
@@ -0,0 +1,40 @@
+>AAC73229.1 AcnB [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MLEEYRKHVAERAAEGIAPKPLDANQMAALVELLKNPPAGEEEFLLDLLTNRVPPGVDEAAYVKAGFLAAIAKGEAKSPLLTPEKAIELLGTMQGGYNIHPLIDALDDAKLAPIAAKALSHTLLMFDNFYDVEEKAKAGNEYAKQVMQSWADAEWFLNRPALAEKLTVTVFKVTGETNTDDLSPAPDAWSRPDIPLHALAMLKNAREGIEPDQPGVVGPIKQIEALQQKGFPLAYVGDVVGTGSSRKSATNSVLWFMGDDIPHVPNKRGGGLCLGGKIAPIFFNTMEDAGALPIEVDVSNLNMGDVIDVYPYKGEVRNHETGELLATFELKTDVLIDEVRAGGRIPLIIGRGLTTKAREALGLPHSDVFRQAKDVAESDRGFSLAQKMVGRACGVKGIRPGAYCEPKMTSVGSQDTTGPMTRDELKDLACLGFSADLVMQSFCHTAAYPKPVDVNTHHTLPDFIMNRGGVSLRPGDGVIHSWLNRMLLPDTVGTGGDSHTRFPIGISFPAGSGLVAFAAATGVMPLDMPESVLVRFKGKMQPGITLRDLVHAIPLYAIKQGLLTVEKKGKKNIFSGRILEIEGLPDLKVEQAFELTDASAERSAAGCTIKLNKEPIIEYLNSNIVLLKWMIAEGYGDRRTLERRIQGMEKWLANPELLEADADAEYAAVIDIDLADIKEPILCAPNDPDDARPLSAVQGEKIDEVFIGSCMTNIGHFRAAGKLLDAHKGQLPTRLWVAPPTRMDAAQLTEEGYYSVFGKSGARIEIPGCSLCMGNQARVADGATVVSTSTRNFPNRLGTGANVFLASAELAAVAALIGKLPTPEEYQTYVAQVDKTAVDTYRYLNFNQLSQYTEKADGVIFQTAV
+>AAC74323.1 fused acetaldehyde-CoA dehydrogenase and iron-dependent alcohol dehydrogenasealdehyde/alcohol dehydrogenase AdhE [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MAVTNVAELNALVERVKKAQREYASFTQEQVDKIFRAAALAAADARIPLAKMAVAESGMGIVEDKVIKNHFASEYIYNAYKDEKTCGVLSEDDTFGTITIAEPIGIICGIVPTTNPTSTAIFKSLISLKTRNAIIFSPHPRAKDATNKAADIVLQAAIAAGAPKDLIGWIDQPSVELSNALMHHPDINLILATGGPGMVKAAYSSGKPAIGVGAGNTPVVIDETADIKRAVASVLMSKTFDNGVICASEQSVVVVDSVYDAVRERFATHGGYLLQGKELKAVQDVILKNGALNAAIVGQPAYKIAELAGFSVPENTKILIGEVTVVDESEPFAHEKLSPTLAMYRAKDFEDAVEKAEKLVAMGGIGHTSCLYTDQDNQPARVSYFGQKMKTARILINTPASQGGIGDLYNFKLAPSLTLGCGSWGGNSISENVGPKHLINKKTVAKRAENMLWHKLPKSIYFRRGSLPIALDEVITDGHKRALIVTDRFLFNNGYADQITSVLKAAGVETEVFFEVEADPTLSIVRKGAELANSFKPDVIIALGGGSPMDAAKIMWVMYEHPETHFEELALRFMDIRKRIYKFPKMGVKAKMIAVTTTSGTGSEVTPFAVVTDDATGQKYPLADYALTPDMAIVDANLVMDMPKSLCAFGGLDAVTHAMEAYVSVLASEFSDGQALQALKLLKEYLPASYHEGSKNPVARERVHSAATIAGIAFANAFLGVCHSMAHKLGSQFHIPHGLANALLICNVIRYNANDNPTKQTAFSQYDRPQARRRYAEIADHLGLSAPGDRTAAKIEKLLAWLETLKAELGIPKSIREAGVQEADFLANVDKLSEDAFDDQCTGANPRYPLISELKQILLDTYYGRDYVEGETAAKKEAAPAKAEKKAKKSA
+>AAC73962.1 water channel AqpZ [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MFRKLAAECFGTFWLVFGGCGSAVLAAGFPELGIGFAGVALAFGLTVLTMAFAVGHISGGHFNPAVTIGLWAGGRFPAKEVVGYVIAQVVGGIVAAALLYLIASGKTGFDAAASGFASNGYGEHSPGGYSMLSALVVELVLSAGFLLVIHGATDKFAPAGFAPIAIGLALTLIHLISIPVTNTSVNPARSTAVAIFQGGWALEQLWFFWVVPIVGGIIGGLIYRTLLEKRD
+>AAC76762.2 ATP synthase accessory factor AtpI [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MSVSLVSRNVARKLLLVQLLVVIASGLLFSLKDPFWGVSAISGGLAVFLPNVLFMIFAWRHQAHTPAKGRVAWTFAFGEAFKVLAMLVLLVVALAVLKAVFLPLIVTWVLVLVVQILAPAVINNKG
+>AAC75511.1 phosphate acetyltransferase EutD [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MIIERCRELALRAPARVVFPDALDQRVLKAAQYLHQQGLATPILVANPFELRQFALSHGVAMDGLQVIDPHGNLAMREEFAHRWLARAGEKTPPDALEKLTDPLMFAAAMVSAGKADVCIAGNLSSTANVLRAGLRIIGLQPGCKTLSSIFLMLPQYSGPALGFADCSVVPQPTAAQLADIALASAETWRAITGEEPRVAMLSFSSNGSARHPCVANVQQATEIVRERAPKLVVDGELQFDAAFVPEVAAQKAPASPLQGKANVMVFPSLEAGNIGYKIAQRLGGYRAVGPLIQGLAAPMHDLSRGCSVQEIIELALVAAVPRQTEVNRESSLQTLVE
+>AAC73990.1 formate channel FocA [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MKADNPFDLLLPAAMAKVAEEAGVYKATKHPLKTFYLAITAGVFISIAFVFYITATTGTGTMPFGMAKLVGGICFSLGLILCVVCGADLFTSTVLIVVAKASGRITWGQLAKNWLNVYFGNLVGALLFVLLMWLSGEYMTANGQWGLNVLQTADHKVHHTFIEAVCLGILANLMVCLAVWMSYSGRSLMDKAFIMVLPVAMFVASGFEHSIANMFMIPMGIVIRDFASPEFWTAVGSAPENFSHLTVMNFITDNLIPVTIGNIIGGGLLVGLTYWVIYLRENDHH
+>AAC75545.1 formate channel FocB [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MRNKLSFDLQLSARKAAIAERIAAHKIARSKVSVFLMAMSAGVFMAIGFTFYLSVIADAPSSQALTHLVGGLCFTLGFILLAVCGTSLFTSSVMTVMAKSRGVISWRTWLINALLVACGNLAGIACFSLLIWFSGLVMSENAMWGVAVLHCAEGKMHHTFTESVSLGIMCNLMVCLALWMSYCGRSLCDKIVAMILPITLFVASGFEHCIANLFVIPFAIAIRHFAPPPFWQLAHSSADNFPALTVSHFITANLLPVMLGNIIGGAVLVSMCYRAIYLRQEP
+>AAC77111.1 fumarate reductase membrane protein FrdD [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MINPNPKRSDEPVFWGLFGAGGMWSAIIAPVMILLVGILLPLGLFPGDALSYERVLAFAQSFIGRVFLFLMIVLPLWCGLHRMHHAMHDLKIHVPAGKWVFYGLAAILTVVTLIGVVTI
+>AAC77112.1 fumarate reductase membrane protein FrdC [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MTTKRKPYVRPMTSTWWKKLPFYRFYMLREGTAVPAVWFSIELIFGLFALKNGPEAWAGFVDFLQNPVIVIINLITLAAALLHTKTWFELAPKAANIIVKDEKMGPEPIIKSLWAVTVVATIVILFVALYW
+>AAC76011.1 glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MVTWTQMYMPMGGLGLSALVALIPIIFFFVALAVLRLKGHVAGAITLILSILIAIFAFKMPIDMAFAAAGYGFIYGLWPIAWIIVAAVFLYKLTVASGQFDIIRSSVISITDDQRLQVLLIGFSFGALLEGAAGFGAPVAITGALLVGLGFKPLYAAGLCLIANTAPVAFGALGVPILVAGQVTGIDPFHIGAMAGRQLPFLSVLVPFWLVAMMDGWKGVKETWPAALVAGGSFAVTQFFTSNYIGPELPDITSALVSIVSLALFLKVWRPKNTETAISMGQSAGAMVVNKPSSGGPVPSEYSLGQIIRAWSPFLILTVLVTIWTMKPFKALFAPGGAFYSLVINFQIPHLHQQVLKAAPIVAQPTPMDAVFKFDPLSAGGTAIFIAAIISIFILGVGIKKGIGVFAETLISLKWPILSIGMVLAFAFVTNYSGMSTTLALVLAGTGVMFPFFSPFLGWLGVFLTGSDTSSNALFGSLQSTTAQQINVSDTLLVAANTSGGVTGKMISPQSIAVACAATGMVGRESELFRYTVKHSLIFASVIGIITLLQAYVFTGMLVS
+>AAC76244.2 glutamate synthase subunit GltB [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MLYDKSLERDNCGFGLIAHIEGEPSHKVVRTAIHALARMQHRGAILADGKTGDGCGLLLQKPDRFFRIVAQERGWRLAKNYAVGMLFLNKDPELAAAARRIVEEELQRETLSIVGWRDVPTNEGVLGEIALSSLPRIEQIFVNAPAGWRPRDMERRLFIARRRIEKRLEADKDFYVCSLSNLVNIYKGLCMPTDLPRFYLDLADLRLESAICLFHQRFSTNTVPRWPLAQPFRYLAHNGEINTITGNRQWARARTYKFQTPLIPDLHDAAPFVNETGSDSSSMDNMLELLLAGGMDIIRAMRLLVPPAWQNNPDMDPELRAFFDFNSMHMEPWDGPAGIVMSDGRFAACNLDRNGLRPARYVITKDKLITCASEVGIWDYQPDEVVEKGRVGPGELMVIDTRSGRILHSAETDDDLKSRHPYKEWMEKNVRRLVPFEDLPDEEVGSRELDDDTLASYQKQFNYSAEELDSVIRVLGENGQEAVGSMGDDTPFAVLSSQPRIIYDYFRQQFAQVTNPPIDPLREAHVMSLATSIGREMNVFCEAEGQAHRLSFKSPILLYSDFKQLTTMKEEHYRADTLDITFDVTKTTLEATVKELCDKAEKMVRSGTVLLVLSDRNIAKDRLPVPAPMAVGAIQTRLVDQSLRCDANIIVETASARDPHHFAVLLGFGATAIYPYLAYETLGRLVDTHAIAKDYRTVMLNYRNGINKGLYKIMSKMGISTIASYRCSKLFEAVGLHDDVVGLCFQGAVSRIGGASFEDFQQDLLNLSKRAWLARKPISQGGLLKYVHGGEYHAYNPDVVRTLQQAVQSGEYSDYQEYAKLVNERPATTLRDLLAITPGENAVNIADVEPASELFKRFDTAAMSIGALSPEAHEALAEAMNSIGGNSNSGEGGEDPARYGTNKVSRIKQVASGRFGVTPAYLVNADVIQIKVAQGAKPGEGGQLPGDKVTPYIAKLRYSVPGVTLISPPPHHDIYSIEDLAQLIFDLKQVNPKAMISVKLVSEPGVGTIATGVAKAYADLITIAGYDGGTGASPLSSVKYAGCPWELGLVETQQALVANGLRHKIRLQVDGGLKTGVDIIKAAILGAESFGFGTGPMVALGCKYLRICHLNNCATGVATQDDKLRKNHYHGLPFKVTNYFEFIARETRELMAQLGVTRLVDLIGRTDLLKELDGFTAKQQKLALSKLLETAEPHPGKALYCTENNPPFDNGLLNAQLLQQAKPFVDERQSKTFWFDIRNTDRSVGASLSGYIAQTHGDQGLAADPIKAYFNGTAGQSFGVWNAGGVELYLTGDANDYVGKGMAGGLIAIRPPVGSAFRSHEASIIGNTCLYGATGGRLYAAGRAGERFGVRNSGAITVVEGIGDNGCEYMTGGIVCILGKTGVNFGAGMTGGFAYVLDESGDFRKRVNPELVEVLSVDALAIHEEHLRGLITEHVQHTGSQRGEEILANWSTFATKFALVKPKSSDVKALLGHRSRSAAELRVQAQ
+>AAD13460.1 glutamate/aspartate : H(+) symporter GltP [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MKNIKFSLAWQILFAMVLGILLGSYLHYHSDSRDWLVVNLLSPAGDIFIHLIKMIVVPIVISTLVVGIAGVGDAKQLGRIGAKTIIYFEVITTVAIILGITLANVFQPGAGVDMSQLATVDISKYQSTTEAVQSSSHGIMGTILSLVPTNIVASMAKGEMLPIIFFSVLFGLGLSSLPATHREPLVTVFRSISETMFKVTHMVMRYAPVGVFALIAVTVANFGFSSLWPLAKLVLLVHFAILFFALVVLGIVARLCGLSVWILIRILKDELILAYSTASSESVLPRIIEKMEAYGAPVSITSFVVPTGYSFNLDGSTLYQSIAAIFIAQLYGIDLSIWQEIILVLTLMVTSKGIAGVPGVSFVVLLATLGSVGIPLEGLAFIAGVDRILDMARTALNVVGNALAVLVIAKWEHKFDRKKALAYEREVLGKFDKTADQ
+>AAC76627.1 lactate/glycolate:H(+) symporter LldP [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
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+>AAC74693.1 PTS enzyme IIBC component MalX [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MTAKTAPKVTLWEFFQQLGKTFMLPVALLSFCGIMLGIGSSLSSHDVITLIPVLGNPVLQAIFTWMSKIGSFAFSFLPVMFCIAIPLGLARENKGVAAFAGFIGYAVMNLAVNFWLTNKGILPTTDAAVLKANNIQSILGIQSIDTGILGAVIAGIIVWMLHERFHNIRLPDALAFFGGTRFVPIISSLVMGLVGLVIPLVWPIFAMGISGLGHMINSAGDFGPMLFGTGERLLLPFGLHHILVALIRFTDAGGTQEVCGQTVSGALTIFQAQLSCPTTHGFSESATRFLSQGKMPAFLGGLPGAALAMYHCARPENRHKIKGLLISGLIACVVGGTTEPLEFLFLFVAPVLYVIHALLTGLGFTVMSVLGVTIGNTDGNIIDFVVFGILHGLSTKWYMVPVVAAIWFVVYYVIFRFAITRFNLKTPGRDSEVASSIEKAVAGAPGKSGYNVPAILEALGGADNIVSLDNCITRLRLSVKDMSLVNVQALKDNRAIGVVQLNQHNLQVVIGPQVQSVKDEMAGLMHTVQA
+>AAC73454.1 acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) MhpF [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
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+>AAC76518.1 metal phosphate:H(+) symporter PitA [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
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+>ACO59989.1 PtsG glucose transporter inhibitor [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MRQFYQHYFTATAKLCWLRWLSVPQRLTMLEGLMQWDDRNSES
+>AAC73815.1 succinate:quinone oxidoreductase, membrane protein SdhC [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
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+>AAC73816.1 succinate:quinone oxidoreductase, membrane protein SdhD [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
+MVSNASALGRNGVHDFILVRATAIVLTLYIIYMVGFFATSGELTYEVWIGFFASAFTKVFTLLALFSILIHAWIGMWQVLTDYVKPLALRLMLQLVIVVALVVYVIYGFVVVWGV
+>AAC77257.1 putative epimerase SgcE [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655]
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