diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/editconf.hpp b/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/editconf.hpp index dd89a22d4..535b156a8 100644 Binary files a/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/editconf.hpp and b/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/editconf.hpp differ diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/gromacs.hpp b/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/gromacs.hpp index ed84617ca..1fcc0946a 100644 --- a/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/gromacs.hpp +++ b/lib/tool/tools/mdprep/include/tools/mdprep/gromacs/gromacs.hpp @@ -41,7 +41,7 @@ namespace VTX::Tool::Mdprep::Gromacs // taking the first one that matches the required extension. struct CumulativeOuputFiles { - std::vector fileStringPtrs; + std::vector fileStringPtrs; }; // Execute gromacs with input arguments then check if job issued and error diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/editconf.cpp b/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/editconf.cpp index 13bff667f..6d40ff90a 100644 Binary files a/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/editconf.cpp and b/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/editconf.cpp differ diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/pdb2gmx.cpp b/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/pdb2gmx.cpp index eea90f035..86f447d98 100644 Binary files a/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/pdb2gmx.cpp and b/lib/tool/tools/mdprep/src/gromacs/pdb2gmx.cpp differ diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/#1ubq.index.ndx.1# b/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/#1ubq.index.ndx.1# new file mode 100644 index 000000000..2c06e3639 --- /dev/null +++ b/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/#1ubq.index.ndx.1# @@ -0,0 +1,42 @@ +[ prot_sort ] + 1 2 5 6 7 8 3 4 9 10 13 14 15 16 17 + 11 12 18 19 22 24 23 25 20 21 26 27 30 31 32 + 34 36 35 33 28 29 37 38 41 42 43 39 40 44 45 + 48 49 50 51 52 46 47 53 54 57 59 58 55 56 60 + 61 64 65 66 67 62 63 68 69 72 74 73 70 71 75 + 76 77 78 79 80 83 84 85 86 87 81 82 88 89 92 + 94 93 90 91 95 96 99 101 100 102 97 98 103 104 107 + 109 108 105 106 110 111 114 115 116 117 112 113 118 119 122 + 123 124 125 126 120 121 127 128 131 132 133 129 130 134 135 + 138 139 140 141 142 136 137 143 149 148 147 144 145 146 150 + 151 154 155 152 153 156 157 160 161 162 163 158 159 164 165 + 168 170 169 166 167 171 172 175 177 176 178 173 174 179 180 + 183 184 185 186 187 181 182 188 189 192 193 194 195 190 191 + 196 197 200 201 202 198 199 203 204 207 208 209 210 211 205 + 206 212 213 216 214 215 217 218 221 222 223 224 225 219 220 + 226 227 230 232 231 233 228 229 234 235 238 239 240 241 242 + 236 237 243 244 247 248 249 250 245 246 251 252 255 256 257 + 258 259 253 254 260 261 264 265 266 267 268 262 263 269 270 + 271 272 273 274 277 279 278 280 275 276 281 287 286 285 282 + 283 284 288 294 293 292 289 290 291 295 296 299 300 301 302 + 297 298 303 304 307 308 309 310 311 305 306 312 313 316 317 + 318 319 320 314 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558 559 564 565 568 569 570 571 572 + 573 574 566 567 575 576 579 580 581 582 577 578 583 584 587 + 588 589 590 591 592 593 585 586 594 595 596 597 598 599 600 + 602 601 diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/1ubq.gro b/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/1ubq.gro new file mode 100644 index 000000000..eaae88638 --- /dev/null +++ b/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/1ubq.gro @@ -0,0 +1,1407 @@ +UBIQUITIN + 1404 + 1MET N 1 2.734 2.443 0.261 + 1MET H1 2 2.807 2.485 0.207 + 1MET H2 3 2.771 2.413 0.349 + 1MET H3 4 2.697 2.364 0.212 + 1MET CA 5 2.627 2.541 0.284 + 1MET HA 6 2.587 2.562 0.195 + 1MET CB 7 2.511 2.488 0.365 + 1MET HB1 8 2.493 2.394 0.335 + 1MET HB2 9 2.431 2.545 0.347 + 1MET CG 10 2.535 2.486 0.513 + 1MET HG1 11 2.542 2.582 0.541 + 1MET HG2 12 2.624 2.441 0.526 + 1MET SD 13 2.393 2.396 0.590 + 1MET CE 14 2.445 2.398 0.762 + 1MET HE1 15 2.376 2.352 0.818 + 1MET HE2 16 2.532 2.351 0.771 + 1MET HE3 17 2.454 2.493 0.793 + 1MET C 18 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CD 50 2.797 2.809 1.042 + 3ILE HD1 51 2.893 2.791 1.060 + 3ILE HD2 52 2.760 2.870 1.111 + 3ILE HD3 53 2.746 2.722 1.044 + 3ILE C 54 2.688 3.143 0.786 + 3ILE O 55 2.791 3.171 0.726 + 4PHE N 56 2.621 3.210 0.877 + 4PHE H 57 2.537 3.174 0.917 + 4PHE CA 58 2.677 3.344 0.920 + 4PHE HA 59 2.760 3.367 0.869 + 4PHE CB 60 2.569 3.450 0.895 + 4PHE HB1 61 2.604 3.539 0.924 + 4PHE HB2 62 2.488 3.427 0.948 + 4PHE CG 63 2.529 3.461 0.750 + 4PHE CD1 64 2.415 3.397 0.704 + 4PHE HD1 65 2.357 3.346 0.767 + 4PHE CE1 66 2.381 3.403 0.568 + 4PHE HE1 67 2.301 3.355 0.532 + 4PHE CZ 68 2.462 3.478 0.485 + 4PHE HZ 69 2.434 3.489 0.390 + 4PHE CE2 70 2.581 3.539 0.527 + 4PHE HE2 71 2.641 3.585 0.461 + 4PHE CD2 72 2.614 3.535 0.664 + 4PHE HD2 73 2.694 3.582 0.699 + 4PHE C 74 2.715 3.336 1.065 + 4PHE O 75 2.635 3.278 1.140 + 5VAL N 76 2.826 3.394 1.110 + 5VAL H 77 2.888 3.438 1.044 + 5VAL CA 78 2.861 3.397 1.250 + 5VAL HA 79 2.791 3.342 1.297 + 5VAL CB 80 2.996 3.332 1.281 + 5VAL HB 81 3.069 3.381 1.234 + 5VAL CG1 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position restraint +; entries for all the heavy atoms in your original pdb file. +; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are +; not restrained. + +[ position_restraints ] +; atom type fx fy fz + 1 1 1000 1000 1000 + 5 1 1000 1000 1000 + 7 1 1000 1000 1000 + 10 1 1000 1000 1000 + 13 1 1000 1000 1000 + 14 1 1000 1000 1000 + 18 1 1000 1000 1000 + 19 1 1000 1000 1000 + 20 1 1000 1000 1000 + 22 1 1000 1000 1000 + 24 1 1000 1000 1000 + 27 1 1000 1000 1000 + 30 1 1000 1000 1000 + 31 1 1000 1000 1000 + 32 1 1000 1000 1000 + 35 1 1000 1000 1000 + 36 1 1000 1000 1000 + 37 1 1000 1000 1000 + 39 1 1000 1000 1000 + 41 1 1000 1000 1000 + 43 1 1000 1000 1000 + 47 1 1000 1000 1000 + 50 1 1000 1000 1000 + 54 1 1000 1000 1000 + 55 1 1000 1000 1000 + 56 1 1000 1000 1000 + 58 1 1000 1000 1000 + 60 1 1000 1000 1000 + 63 1 1000 1000 1000 + 64 1 1000 1000 1000 + 66 1 1000 1000 1000 + 68 1 1000 1000 1000 + 70 1 1000 1000 1000 + 72 1 1000 1000 1000 + 74 1 1000 1000 1000 + 75 1 1000 1000 1000 + 76 1 1000 1000 1000 + 78 1 1000 1000 1000 + 80 1 1000 1000 1000 + 82 1 1000 1000 1000 + 86 1 1000 1000 1000 + 90 1 1000 1000 1000 + 91 1 1000 1000 1000 + 92 1 1000 1000 1000 + 94 1 1000 1000 1000 + 96 1 1000 1000 1000 + 99 1 1000 1000 1000 + 102 1 1000 1000 1000 + 105 1 1000 1000 1000 + 108 1 1000 1000 1000 + 111 1 1000 1000 1000 + 112 1 1000 1000 1000 + 113 1 1000 1000 1000 + 115 1 1000 1000 1000 + 117 1 1000 1000 1000 + 119 1 1000 1000 1000 + 123 1 1000 1000 1000 + 125 1 1000 1000 1000 + 126 1 1000 1000 1000 + 127 1 1000 1000 1000 + 129 1 1000 1000 1000 + 131 1 1000 1000 1000 + 134 1 1000 1000 1000 + 136 1 1000 1000 1000 + 140 1 1000 1000 1000 + 144 1 1000 1000 1000 + 145 1 1000 1000 1000 + 146 1 1000 1000 1000 + 148 1 1000 1000 1000 + 150 1 1000 1000 1000 + 152 1 1000 1000 1000 + 156 1 1000 1000 1000 + 158 1 1000 1000 1000 + 159 1 1000 1000 1000 + 160 1 1000 1000 1000 + 162 1 1000 1000 1000 + 165 1 1000 1000 1000 + 166 1 1000 1000 1000 + 167 1 1000 1000 1000 + 169 1 1000 1000 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1 1000 1000 1000 + 268 1 1000 1000 1000 + 269 1 1000 1000 1000 + 270 1 1000 1000 1000 + 272 1 1000 1000 1000 + 274 1 1000 1000 1000 + 276 1 1000 1000 1000 + 280 1 1000 1000 1000 + 284 1 1000 1000 1000 + 285 1 1000 1000 1000 + 286 1 1000 1000 1000 + 288 1 1000 1000 1000 + 290 1 1000 1000 1000 + 293 1 1000 1000 1000 + 296 1 1000 1000 1000 + 297 1 1000 1000 1000 + 298 1 1000 1000 1000 + 299 1 1000 1000 1000 + 300 1 1000 1000 1000 + 301 1 1000 1000 1000 + 302 1 1000 1000 1000 + 305 1 1000 1000 1000 + 308 1 1000 1000 1000 + 311 1 1000 1000 1000 + 313 1 1000 1000 1000 + 314 1 1000 1000 1000 + 315 1 1000 1000 1000 + 317 1 1000 1000 1000 + 319 1 1000 1000 1000 + 322 1 1000 1000 1000 + 324 1 1000 1000 1000 + 325 1 1000 1000 1000 + 326 1 1000 1000 1000 + 328 1 1000 1000 1000 + 330 1 1000 1000 1000 + 333 1 1000 1000 1000 + 334 1 1000 1000 1000 + 335 1 1000 1000 1000 + 336 1 1000 1000 1000 + 337 1 1000 1000 1000 + 338 1 1000 1000 1000 + 340 1 1000 1000 1000 + 342 1 1000 1000 1000 + 344 1 1000 1000 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CB LEU A 15 31.562 29.686 8.045 1.00 11.08 C +ATOM 115 CG LEU A 15 32.631 29.444 9.060 1.00 15.79 C +ATOM 116 CD1 LEU A 15 33.814 30.390 9.030 1.00 15.88 C +ATOM 117 CD2 LEU A 15 31.945 29.449 10.436 1.00 15.27 C +ATOM 118 N GLU A 16 31.834 28.412 5.125 1.00 11.04 N +ATOM 119 CA GLU A 16 31.220 27.341 4.275 1.00 11.50 C +ATOM 120 C GLU A 16 31.440 26.079 5.080 1.00 10.13 C +ATOM 121 O GLU A 16 32.576 25.802 5.461 1.00 9.83 O +ATOM 122 CB GLU A 16 31.827 27.262 2.894 1.00 17.22 C +ATOM 123 CG GLU A 16 31.363 28.410 1.962 1.00 23.33 C +ATOM 124 CD GLU A 16 31.671 28.291 0.498 1.00 26.99 C +ATOM 125 OE1 GLU A 16 30.869 28.621 -0.366 1.00 28.86 O +ATOM 126 OE2 GLU A 16 32.835 27.861 0.278 1.00 28.90 O +ATOM 127 N VAL A 17 30.310 25.458 5.384 1.00 8.99 N +ATOM 128 CA VAL A 17 30.288 24.245 6.193 1.00 8.85 C +ATOM 129 C VAL A 17 29.279 23.227 5.641 1.00 8.04 C +ATOM 130 O VAL A 17 28.478 23.522 4.725 1.00 8.99 O +ATOM 131 CB VAL A 17 29.903 24.590 7.665 1.00 9.78 C +ATOM 132 CG1 VAL A 17 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OG1 THR A 22 33.778 18.739 14.516 1.00 10.22 O +ATOM 170 CG2 THR A 22 32.352 16.700 14.630 1.00 9.65 C +ATOM 171 N ILE A 23 31.113 20.863 15.860 1.00 8.32 N +ATOM 172 CA ILE A 23 31.288 22.201 16.417 1.00 9.92 C +ATOM 173 C ILE A 23 32.776 22.519 16.577 1.00 10.01 C +ATOM 174 O ILE A 23 33.233 23.659 16.384 1.00 8.71 O +ATOM 175 CB ILE A 23 30.520 22.300 17.764 1.00 10.78 C +ATOM 176 CG1 ILE A 23 29.006 22.043 17.442 1.00 11.38 C +ATOM 177 CG2 ILE A 23 30.832 23.699 18.358 1.00 10.90 C +ATOM 178 CD ILE A 23 28.407 22.948 16.366 1.00 12.30 C +ATOM 179 N GLU A 24 33.548 21.526 16.950 1.00 9.54 N +ATOM 180 CA GLU A 24 35.031 21.722 17.069 1.00 11.81 C +ATOM 181 C GLU A 24 35.615 22.190 15.759 1.00 11.14 C +ATOM 182 O GLU A 24 36.532 23.046 15.724 1.00 10.62 O +ATOM 183 CB GLU A 24 35.667 20.383 17.447 1.00 19.24 C +ATOM 184 CG GLU A 24 37.128 20.293 17.872 1.00 27.76 C +ATOM 185 CD GLU A 24 37.561 18.851 18.082 1.00 32.92 C +ATOM 186 OE1 GLU A 24 37.758 18.024 17.195 1.00 34.80 O +ATOM 187 OE2 GLU A 24 37.628 18.599 19.313 1.00 36.51 O +ATOM 188 N ASN A 25 35.139 21.624 14.662 1.00 9.43 N +ATOM 189 CA ASN A 25 35.590 21.945 13.302 1.00 10.96 C +ATOM 190 C ASN A 25 35.238 23.382 12.920 1.00 9.68 C +ATOM 191 O ASN A 25 36.066 24.109 12.333 1.00 9.33 O +ATOM 192 CB ASN A 25 35.064 20.957 12.255 1.00 16.78 C +ATOM 193 CG ASN A 25 35.541 21.418 10.871 1.00 22.31 C +ATOM 194 OD1 ASN A 25 36.772 21.623 10.676 1.00 25.66 O +ATOM 195 ND2 ASN A 25 34.628 21.595 9.920 1.00 24.70 N +ATOM 196 N VAL A 26 34.007 23.745 13.250 1.00 6.52 N +ATOM 197 CA VAL A 26 33.533 25.097 12.978 1.00 5.53 C +ATOM 198 C VAL A 26 34.441 26.099 13.684 1.00 4.42 C +ATOM 199 O VAL A 26 34.883 27.090 13.093 1.00 3.40 O +ATOM 200 CB VAL A 26 32.060 25.257 13.364 1.00 3.86 C +ATOM 201 CG1 VAL A 26 31.684 26.749 13.342 1.00 7.25 C +ATOM 202 CG2 VAL A 26 31.152 24.421 12.477 1.00 8.12 C +ATOM 203 N LYS A 27 34.734 25.822 14.949 1.00 2.64 N +ATOM 204 CA LYS A 27 35.596 26.715 15.736 1.00 4.14 C +ATOM 205 C LYS A 27 36.975 26.826 15.107 1.00 5.58 C +ATOM 206 O LYS A 27 37.579 27.926 15.159 1.00 4.11 O +ATOM 207 CB LYS A 27 35.715 26.203 17.172 1.00 3.97 C +ATOM 208 CG LYS A 27 34.343 26.445 17.898 1.00 7.45 C +ATOM 209 CD LYS A 27 34.509 26.077 19.360 1.00 9.02 C +ATOM 210 CE LYS A 27 33.206 26.311 20.122 1.00 12.90 C +ATOM 211 NZ LYS A 27 33.455 25.910 21.546 1.00 15.47 N +ATOM 212 N ALA A 28 37.499 25.743 14.571 1.00 6.61 N +ATOM 213 CA ALA A 28 38.794 25.761 13.880 1.00 7.74 C +ATOM 214 C ALA A 28 38.728 26.591 12.611 1.00 9.17 C +ATOM 215 O ALA A 28 39.704 27.346 12.277 1.00 11.45 O +ATOM 216 CB ALA A 28 39.285 24.336 13.566 1.00 7.68 C +ATOM 217 N LYS A 29 37.633 26.543 11.867 1.00 8.96 N +ATOM 218 CA LYS A 29 37.471 27.391 10.668 1.00 7.90 C +ATOM 219 C LYS A 29 37.441 28.882 11.052 1.00 6.92 C +ATOM 220 O LYS A 29 38.020 29.772 10.382 1.00 6.87 O +ATOM 221 CB LYS A 29 36.193 27.058 9.911 1.00 10.28 C +ATOM 222 CG LYS A 29 36.153 25.620 9.409 1.00 14.94 C +ATOM 223 CD LYS A 29 34.758 25.280 8.900 1.00 19.69 C +ATOM 224 CE LYS A 29 34.793 24.264 7.767 1.00 22.63 C +ATOM 225 NZ LYS A 29 34.914 24.944 6.441 1.00 24.98 N +ATOM 226 N ILE A 30 36.811 29.170 12.192 1.00 4.57 N +ATOM 227 CA ILE A 30 36.731 30.570 12.645 1.00 5.58 C +ATOM 228 C ILE A 30 38.148 30.981 13.069 1.00 7.26 C +ATOM 229 O ILE A 30 38.544 32.150 12.856 1.00 9.46 O +ATOM 230 CB ILE A 30 35.708 30.776 13.806 1.00 5.36 C +ATOM 231 CG1 ILE A 30 34.228 30.630 13.319 1.00 2.94 C +ATOM 232 CG2 ILE A 30 35.874 32.138 14.512 1.00 2.78 C +ATOM 233 CD ILE A 30 33.284 30.504 14.552 1.00 2.00 C +ATOM 234 N GLN A 31 38.883 30.110 13.713 1.00 7.06 N +ATOM 235 CA GLN A 31 40.269 30.508 14.115 1.00 8.67 C +ATOM 236 C GLN A 31 41.092 30.808 12.851 1.00 10.90 C +ATOM 237 O GLN A 31 41.828 31.808 12.681 1.00 9.63 O +ATOM 238 CB GLN A 31 40.996 29.399 14.865 1.00 9.12 C +ATOM 239 CG GLN A 31 42.445 29.848 15.182 1.00 10.76 C +ATOM 240 CD GLN A 31 43.090 28.828 16.095 1.00 13.78 C +ATOM 241 OE1 GLN A 31 42.770 27.655 15.906 1.00 14.48 O +ATOM 242 NE2 GLN A 31 43.898 29.252 17.050 1.00 14.76 N +ATOM 243 N ASP A 32 41.001 29.878 11.931 1.00 10.93 N +ATOM 244 CA ASP A 32 41.718 30.022 10.643 1.00 14.01 C +ATOM 245 C ASP A 32 41.399 31.338 9.967 1.00 14.04 C +ATOM 246 O ASP A 32 42.260 32.036 9.381 1.00 13.39 O +ATOM 247 CB ASP A 32 41.398 28.780 9.810 1.00 18.01 C +ATOM 248 CG ASP A 32 42.626 28.557 8.928 1.00 24.33 C +ATOM 249 OD1 ASP A 32 43.666 28.262 9.539 1.00 26.29 O +ATOM 250 OD2 ASP A 32 42.430 28.812 7.728 1.00 25.17 O +ATOM 251 N LYS A 33 40.117 31.750 9.988 1.00 14.22 N +ATOM 252 CA LYS A 33 39.808 32.994 9.233 1.00 14.00 C +ATOM 253 C LYS A 33 39.837 34.271 9.995 1.00 12.37 C +ATOM 254 O LYS A 33 40.164 35.323 9.345 1.00 12.17 O +ATOM 255 CB LYS A 33 38.615 32.801 8.320 1.00 18.62 C +ATOM 256 CG LYS A 33 37.220 32.822 8.827 1.00 24.00 C +ATOM 257 CD LYS A 33 36.351 33.613 7.838 1.00 27.61 C +ATOM 258 CE LYS A 33 36.322 32.944 6.477 1.00 27.64 C +ATOM 259 NZ LYS A 33 35.768 33.945 5.489 1.00 30.06 N +ATOM 260 N GLU A 34 39.655 34.335 11.285 1.00 10.11 N +ATOM 261 CA GLU A 34 39.676 35.547 12.072 1.00 10.07 C +ATOM 262 C GLU A 34 40.675 35.527 13.200 1.00 9.32 C +ATOM 263 O GLU A 34 40.814 36.528 13.911 1.00 11.61 O +ATOM 264 CB GLU A 34 38.290 35.814 12.698 1.00 14.77 C +ATOM 265 CG GLU A 34 37.156 35.985 11.688 1.00 18.75 C +ATOM 266 CD GLU A 34 37.192 37.361 11.033 1.00 22.28 C +ATOM 267 OE1 GLU A 34 37.519 38.360 11.645 1.00 21.95 O +ATOM 268 OE2 GLU A 34 36.861 37.320 9.822 1.00 25.19 O +ATOM 269 N GLY A 35 41.317 34.393 13.432 1.00 7.22 N +ATOM 270 CA GLY A 35 42.345 34.269 14.431 1.00 6.29 C +ATOM 271 C GLY A 35 41.949 34.076 15.842 1.00 6.93 C +ATOM 272 O GLY A 35 42.829 34.000 16.739 1.00 7.41 O +ATOM 273 N ILE A 36 40.642 33.916 16.112 1.00 5.86 N +ATOM 274 CA ILE A 36 40.226 33.716 17.509 1.00 6.07 C +ATOM 275 C ILE A 36 40.449 32.278 17.945 1.00 6.36 C +ATOM 276 O ILE A 36 39.936 31.336 17.315 1.00 6.18 O +ATOM 277 CB ILE A 36 38.693 34.106 17.595 1.00 7.47 C +ATOM 278 CG1 ILE A 36 38.471 35.546 17.045 1.00 8.52 C +ATOM 279 CG2 ILE A 36 38.146 33.932 19.027 1.00 7.36 C +ATOM 280 CD ILE A 36 36.958 35.746 16.680 1.00 9.49 C +ATOM 281 N PRO A 37 41.189 32.085 19.031 1.00 8.65 N +ATOM 282 CA PRO A 37 41.461 30.751 19.594 1.00 9.18 C +ATOM 283 C PRO A 37 40.168 30.026 19.918 1.00 9.85 C +ATOM 284 O PRO A 37 39.264 30.662 20.521 1.00 8.51 O +ATOM 285 CB PRO A 37 42.195 31.142 20.913 1.00 11.42 C +ATOM 286 CG PRO A 37 42.904 32.414 20.553 1.00 9.27 C +ATOM 287 CD PRO A 37 41.822 33.188 19.813 1.00 8.33 C +ATOM 288 N PRO A 38 40.059 28.758 19.607 1.00 8.71 N +ATOM 289 CA PRO A 38 38.817 28.020 19.889 1.00 9.08 C +ATOM 290 C PRO A 38 38.421 28.048 21.341 1.00 9.28 C +ATOM 291 O PRO A 38 37.213 28.036 21.704 1.00 6.50 O +ATOM 292 CB PRO A 38 39.090 26.629 19.325 1.00 10.31 C +ATOM 293 CG PRO A 38 40.082 26.904 18.198 1.00 10.81 C +ATOM 294 CD PRO A 38 41.035 27.909 18.879 1.00 12.00 C +ATOM 295 N ASP A 39 39.374 28.090 22.240 1.00 11.20 N +ATOM 296 CA ASP A 39 39.063 28.063 23.695 1.00 14.96 C +ATOM 297 C ASP A 39 38.365 29.335 24.159 1.00 13.99 C +ATOM 298 O ASP A 39 37.684 29.390 25.221 1.00 13.75 O +ATOM 299 CB ASP A 39 40.340 27.692 24.468 1.00 24.16 C +ATOM 300 CG ASP A 39 40.559 28.585 25.675 1.00 31.06 C +ATOM 301 OD1 ASP A 39 40.716 29.809 25.456 1.00 35.55 O +ATOM 302 OD2 ASP A 39 40.549 28.090 26.840 1.00 34.22 O +ATOM 303 N GLN A 40 38.419 30.373 23.341 1.00 11.60 N +ATOM 304 CA GLN A 40 37.738 31.637 23.712 1.00 10.76 C +ATOM 305 C GLN A 40 36.334 31.742 23.087 1.00 8.01 C +ATOM 306 O GLN A 40 35.574 32.618 23.483 1.00 8.96 O +ATOM 307 CB GLN A 40 38.528 32.854 23.182 1.00 11.14 C +ATOM 308 CG GLN A 40 39.919 32.854 23.840 1.00 14.85 C +ATOM 309 CD GLN A 40 40.760 34.036 23.394 1.00 16.11 C +ATOM 310 OE1 GLN A 40 41.975 34.008 23.624 1.00 20.52 O +ATOM 311 NE2 GLN A 40 40.140 35.007 22.775 1.00 18.16 N +ATOM 312 N GLN A 41 36.000 30.860 22.172 1.00 6.52 N +ATOM 313 CA GLN A 41 34.738 30.875 21.473 1.00 3.87 C +ATOM 314 C GLN A 41 33.589 30.189 22.181 1.00 4.79 C +ATOM 315 O GLN A 41 33.580 29.009 22.499 1.00 6.34 O +ATOM 316 CB GLN A 41 34.876 30.237 20.066 1.00 4.20 C +ATOM 317 CG GLN A 41 36.012 30.860 19.221 1.00 3.20 C +ATOM 318 CD GLN A 41 36.083 30.194 17.875 1.00 4.89 C +ATOM 319 OE1 GLN A 41 35.048 29.702 17.393 1.00 5.21 O +ATOM 320 NE2 GLN A 41 37.228 30.126 17.233 1.00 7.13 N +ATOM 321 N ARG A 42 32.478 30.917 22.269 1.00 5.73 N +ATOM 322 CA ARG A 42 31.200 30.329 22.780 1.00 6.97 C +ATOM 323 C ARG A 42 30.210 30.509 21.650 1.00 7.15 C +ATOM 324 O ARG A 42 29.978 31.726 21.269 1.00 7.33 O +ATOM 325 CB ARG A 42 30.847 30.931 24.118 1.00 13.23 C +ATOM 326 CG ARG A 42 29.412 30.796 24.598 1.00 21.27 C +ATOM 327 CD ARG A 42 29.271 31.314 26.016 1.00 26.14 C +ATOM 328 NE ARG A 42 27.875 31.317 26.443 1.00 32.26 N +ATOM 329 CZ ARG A 42 27.132 32.423 26.574 1.00 34.32 C +ATOM 330 NH1 ARG A 42 27.630 33.656 26.461 1.00 35.30 N +ATOM 331 NH2 ARG A 42 25.810 32.299 26.732 1.00 36.39 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C PHE A 45 20.835 28.629 18.904 1.00 6.34 C +ATOM 351 O PHE A 45 20.821 27.734 19.749 1.00 5.45 O +ATOM 352 CB PHE A 45 22.494 28.057 17.109 1.00 5.51 C +ATOM 353 CG PHE A 45 21.447 27.869 16.026 1.00 5.98 C +ATOM 354 CD1 PHE A 45 21.325 28.813 15.005 1.00 6.86 C +ATOM 355 CD2 PHE A 45 20.638 26.735 16.053 1.00 5.87 C +ATOM 356 CE1 PHE A 45 20.369 28.648 14.001 1.00 6.68 C +ATOM 357 CE2 PHE A 45 19.677 26.539 15.051 1.00 6.64 C +ATOM 358 CZ PHE A 45 19.593 27.465 14.021 1.00 6.84 C +ATOM 359 N ALA A 46 19.810 29.378 18.578 1.00 6.53 N +ATOM 360 CA ALA A 46 18.443 29.143 19.083 1.00 7.15 C +ATOM 361 C ALA A 46 18.453 28.941 20.591 1.00 9.00 C +ATOM 362 O ALA A 46 17.860 27.994 21.128 1.00 11.15 O +ATOM 363 CB ALA A 46 17.864 27.977 18.346 1.00 8.99 C +ATOM 364 N GLY A 47 19.172 29.808 21.243 1.00 9.35 N +ATOM 365 CA GLY A 47 19.399 29.894 22.655 1.00 11.68 C +ATOM 366 C GLY A 47 20.083 28.729 23.321 1.00 11.14 C +ATOM 367 O GLY A 47 19.991 28.584 24.561 1.00 13.93 O +ATOM 368 N LYS A 48 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531 N HIS A 68 25.621 32.945 16.950 1.00 2.94 N +ATOM 532 CA HIS A 68 26.179 34.127 17.650 1.00 4.17 C +ATOM 533 C HIS A 68 27.475 33.651 18.304 1.00 5.32 C +ATOM 534 O HIS A 68 27.507 32.587 18.958 1.00 7.70 O +ATOM 535 CB HIS A 68 25.214 34.565 18.780 1.00 5.57 C +ATOM 536 CG HIS A 68 23.978 35.121 18.126 1.00 9.95 C +ATOM 537 ND1 HIS A 68 23.853 36.432 17.781 1.00 13.74 N +ATOM 538 CD2 HIS A 68 22.824 34.514 17.782 1.00 12.79 C +ATOM 539 CE1 HIS A 68 22.674 36.627 17.200 1.00 14.75 C +ATOM 540 NE2 HIS A 68 22.045 35.455 17.173 1.00 16.30 N +ATOM 541 N LEU A 69 28.525 34.447 18.189 1.00 5.29 N +ATOM 542 CA LEU A 69 29.801 34.145 18.829 1.00 3.97 C +ATOM 543 C LEU A 69 30.052 35.042 20.004 1.00 5.07 C +ATOM 544 O LEU A 69 30.105 36.305 19.788 1.00 4.34 O +ATOM 545 CB LEU A 69 30.925 34.304 17.753 1.00 6.08 C +ATOM 546 CG LEU A 69 32.345 34.183 18.358 1.00 7.37 C +ATOM 547 CD1 LEU A 69 32.555 32.783 18.870 1.00 6.87 C +ATOM 548 CD2 LEU A 69 33.361 34.491 17.245 1.00 9.96 C +ATOM 549 N 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A 72 37.305 33.233 26.795 1.00 30.65 O +ATOM 568 CB ARG A 72 34.717 32.760 27.286 1.00 28.49 C +ATOM 569 CG ARG A 72 35.752 32.054 28.160 1.00 31.79 C +ATOM 570 CD ARG A 72 35.612 30.577 28.044 1.00 34.05 C +ATOM 571 NE ARG A 72 35.040 30.252 26.730 1.00 35.08 N +ATOM 572 CZ ARG A 72 34.338 29.103 26.650 1.00 34.67 C +ATOM 573 NH1 ARG A 72 34.110 28.437 27.768 1.00 35.02 N +ATOM 574 NH2 ARG A 72 34.014 28.657 25.457 1.00 34.97 N +ATOM 575 N LEU A 73 37.197 35.397 27.513 0.45 28.93 N +ATOM 576 CA LEU A 73 38.668 35.502 27.680 0.45 30.76 C +ATOM 577 C LEU A 73 39.076 34.931 29.031 0.45 32.18 C +ATOM 578 O LEU A 73 38.297 34.946 29.996 0.45 32.31 O +ATOM 579 CB LEU A 73 39.080 36.941 27.406 0.45 30.53 C +ATOM 580 CG LEU A 73 39.502 37.340 26.002 0.45 30.16 C +ATOM 581 CD1 LEU A 73 38.684 36.647 24.923 0.45 29.57 C +ATOM 582 CD2 LEU A 73 39.337 38.854 25.862 0.45 29.11 C +ATOM 583 N ARG A 74 40.294 34.412 29.045 0.45 33.82 N +ATOM 584 CA ARG A 74 40.873 33.802 30.253 0.45 35.33 C +ATOM 585 C ARG A 74 41.765 34.829 30.944 0.45 36.22 C +ATOM 586 O ARG A 74 42.945 34.994 30.583 0.45 36.70 O +ATOM 587 CB ARG A 74 41.651 32.529 29.923 0.45 36.91 C +ATOM 588 CG ARG A 74 41.608 31.444 30.989 0.45 38.62 C +ATOM 589 CD ARG A 74 41.896 30.080 30.456 0.45 39.75 C +ATOM 590 NE ARG A 74 43.311 29.735 30.563 0.45 41.13 N +ATOM 591 CZ ARG A 74 44.174 29.905 29.554 0.45 41.91 C +ATOM 592 NH1 ARG A 74 43.754 30.312 28.356 0.45 42.75 N +ATOM 593 NH2 ARG A 74 45.477 29.726 29.763 0.45 41.93 N +ATOM 594 N GLY A 75 41.165 35.531 31.898 0.25 36.31 N +ATOM 595 CA GLY A 75 41.845 36.550 32.686 0.25 36.07 C +ATOM 596 C GLY A 75 41.251 37.941 32.588 0.25 36.16 C +ATOM 597 O GLY A 75 41.102 38.523 31.500 0.25 36.26 O +ATOM 598 N GLY A 76 40.946 38.472 33.757 0.25 36.05 N +ATOM 599 CA GLY A 76 40.373 39.813 33.944 0.25 36.19 C +ATOM 600 C GLY A 76 40.031 39.992 35.432 0.25 36.20 C +ATOM 601 O GLY A 76 38.933 40.525 35.687 0.25 36.13 O +ATOM 602 OXT GLY A 76 40.862 39.575 36.251 0.25 36.27 O +HETATM 603 OW HOH A 77 45.747 30.081 19.708 1.00 12.43 O +HETATM 604 OW HOH A 78 19.168 31.868 17.050 1.00 12.65 O +HETATM 605 OW HOH A 79 32.010 38.387 19.636 1.00 12.83 O +HETATM 606 OW HOH A 80 42.084 27.361 21.953 1.00 22.27 O +HETATM 607 OW HOH A 81 21.314 20.644 8.719 1.00 18.33 O +HETATM 608 OW HOH A 82 31.965 38.637 3.699 1.00 31.69 O +HETATM 609 OW HOH A 83 27.707 15.908 4.653 1.00 20.30 O +HETATM 610 OW HOH A 84 19.969 32.720 14.769 1.00 10.14 O +HETATM 611 OW HOH A 85 29.847 13.577 10.864 1.00 29.65 O +HETATM 612 OW HOH A 86 23.893 27.864 1.501 1.00 23.48 O +HETATM 613 OW HOH A 87 19.638 23.312 4.775 1.00 18.40 O +HETATM 614 OW HOH A 88 34.628 29.369 4.779 1.00 26.17 O +HETATM 615 OW HOH A 89 42.240 24.744 25.707 1.00 31.34 O +HETATM 616 OW HOH A 90 30.290 42.500 8.820 1.00 16.49 O +HETATM 617 OW HOH A 91 24.512 39.162 10.841 1.00 13.14 O +HETATM 618 OW HOH A 92 26.557 43.450 19.940 1.00 19.38 O +HETATM 619 OW HOH A 93 42.535 22.385 13.872 1.00 29.35 O +HETATM 620 OW HOH A 94 42.440 26.381 12.686 1.00 29.46 O +HETATM 621 OW HOH A 95 22.651 14.457 13.085 1.00 22.07 O +HETATM 622 OW HOH A 96 35.325 26.551 23.202 1.00 15.20 O +HETATM 623 OW HOH A 97 23.629 20.940 3.146 1.00 15.45 O +HETATM 624 OW HOH A 98 25.928 21.774 2.325 1.00 13.70 O +HETATM 625 OW HOH A 99 33.388 21.973 5.659 1.00 24.89 O +HETATM 626 OW HOH A 100 18.326 23.911 17.697 1.00 24.10 O +HETATM 627 OW HOH A 101 18.160 27.072 10.662 1.00 20.76 O +HETATM 628 OW HOH A 102 34.746 17.167 18.219 1.00 32.86 O +HETATM 629 OW HOH A 103 19.801 32.364 20.210 1.00 21.09 O +HETATM 630 OW HOH A 104 30.285 26.829 22.191 1.00 8.56 O +HETATM 631 OW HOH A 105 44.612 32.306 16.961 1.00 7.69 O +HETATM 632 OW HOH A 106 16.287 25.999 13.142 0.78 28.90 O +HETATM 633 OW HOH A 107 27.101 42.135 15.494 0.51 23.36 O +HETATM 634 OW HOH A 108 37.209 23.795 21.367 0.74 27.88 O +HETATM 635 OW HOH A 109 19.582 32.034 -0.685 0.49 22.24 O +HETATM 636 OW HOH A 110 28.824 25.094 0.886 0.77 36.99 O +HETATM 637 OW HOH A 111 25.146 19.162 25.323 0.87 36.70 O +HETATM 638 OW HOH A 112 20.747 37.769 14.674 0.85 29.64 O +HETATM 639 OW HOH A 113 16.035 17.841 8.765 0.61 23.89 O +HETATM 640 OW HOH A 114 35.712 46.814 12.926 0.48 27.11 O +HETATM 641 OW HOH A 115 15.570 27.475 7.482 0.51 24.18 O +HETATM 642 OW HOH A 116 33.447 21.075 2.918 0.59 26.03 O +HETATM 643 OW HOH A 117 41.116 39.021 13.061 0.63 22.39 O +HETATM 644 OW HOH A 118 32.346 13.689 18.912 0.48 24.09 O +HETATM 645 OW HOH A 119 31.197 13.048 7.920 0.71 29.54 O +HETATM 646 OW HOH A 120 42.853 39.375 29.308 0.64 46.90 O +HETATM 647 OW HOH A 121 39.646 23.959 9.699 0.41 18.25 O +HETATM 648 OW HOH A 122 34.405 45.181 13.420 0.87 26.13 O +HETATM 649 OW HOH A 123 26.517 24.300 27.592 0.41 21.02 O +HETATM 650 OW HOH A 124 40.740 38.734 9.602 0.45 16.60 O +HETATM 651 OW HOH A 125 31.494 18.276 23.170 0.67 26.53 O +HETATM 652 OW HOH A 126 37.752 30.947 1.059 0.87 32.52 O +HETATM 653 OW HOH A 127 31.771 16.941 7.511 0.64 15.94 O +HETATM 654 OW HOH A 128 41.628 24.537 10.145 0.57 22.53 O +HETATM 655 OW HOH A 129 28.988 22.175 -1.744 0.56 29.32 O +HETATM 656 OW HOH A 130 14.882 16.539 10.692 0.53 24.82 O +HETATM 657 OW HOH A 131 32.589 40.385 7.523 0.36 26.01 O +HETATM 658 OW HOH A 132 38.363 30.369 5.579 0.49 35.45 O +HETATM 659 OW HOH A 133 27.841 46.062 17.589 0.81 32.15 O +HETATM 660 OW HOH A 134 37.667 43.421 17.000 0.50 33.32 O +TER +ENDMDL diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/1ubq.top b/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/1ubq.top new file mode 100644 index 000000000..2c088aef6 --- /dev/null +++ b/lib/tool/tools/mdprep/test/data/1ubq_out_pdb2gmx/1ubq.top @@ -0,0 +1,11639 @@ +; +; File 'C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\out\1ubq\1ubq.topol.top' was generated +; By user: Valen (-1) +; On host: VAL-PC +; At date: Mon Mar 11 17:36:10 2024 +; +; This is a standalone topology file +; +; Created by: +; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2024-dev (-: +; +; Executable: C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\external\tools\mdprep\gromacs\gmx.exe +; Data prefix: C:\Users\Valen\.conan2\p\b\groma28c53cd5bab9f\p +; Working dir: C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug +; Command line: +; gmx pdb2gmx -f C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\data\1ubq.pdb -o C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\out\1ubq\1ubq.conf.gro -p C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\out\1ubq\1ubq.topol.top -i C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\out\1ubq\1ubq.posre.itp -q C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\out\1ubq\1ubq.clean.pdb -n C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\out\1ubq\1ubq.index.ndx -ff amber03 -water tip3p -lys +; Force field data was read from: +; C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\data\tools\mdprep\gromacs\top +; +; Note: +; This might be a non-standard force field location. When you use this topology, the +; force field must either be present in the current directory, or the location +; specified in the GMXLIB path variable or with the 'include' mdp file option. +; + +; Include forcefield parameters +#include "C:\Users\Valen\dev\vtx\dev\build\Debug\data\tools\mdprep\gromacs\top\amber03.ff/forcefield.itp" + +[ moleculetype ] +; Name nrexcl +Protein_chain_A 3 + +[ atoms ] +; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB +; residue 1 MET rtp NMET q +1.0 + 1 N3 1 MET N 1 -0.597213 14.01 + 2 H 1 MET H1 2 0.449071 1.008 + 3 H 1 MET H2 3 0.449071 1.008 + 4 H 1 MET H3 4 0.449071 1.008 + 5 CT 1 MET CA 5 0.060906 12.01 + 6 HP 1 MET HA 6 0.075421 1.008 + 7 CT 1 MET CB 7 0.051523 12.01 + 8 HC 1 MET HB1 8 0.038926 1.008 + 9 HC 1 MET HB2 9 0.038926 1.008 + 10 CT 1 MET CG 10 -0.254386 12.01 + 11 H1 1 MET HG1 11 0.129517 1.008 + 12 H1 1 MET HG2 12 0.129517 1.008 + 13 S 1 MET SD 13 -0.206852 32.06 + 14 CT 1 MET CE 14 -0.284358 12.01 + 15 H1 1 MET HE1 15 0.128754 1.008 + 16 H1 1 MET HE2 16 0.128754 1.008 + 17 H1 1 MET HE3 17 0.128754 1.008 + 18 C 1 MET C 18 0.683639 12.01 + 19 O 1 MET O 19 -0.599042 16 ; qtot 1 +; residue 2 GLN rtp GLN q 0.0 + 20 N 2 GLN N 20 -0.387353 14.01 + 21 H 2 GLN H 21 0.300605 1.008 + 22 CT 2 GLN CA 22 0.03747 12.01 + 23 H1 2 GLN HA 23 0.152255 1.008 + 24 CT 2 GLN CB 24 -0.032112 12.01 + 25 HC 2 GLN HB1 25 0.030995 1.008 + 26 HC 2 GLN HB2 26 0.030995 1.008 + 27 CT 2 GLN CG 27 -0.020264 12.01 + 28 HC 2 GLN HG1 28 0.030791 1.008 + 29 HC 2 GLN HG2 29 0.030791 1.008 + 30 C 2 GLN CD 30 0.667812 12.01 + 31 O 2 GLN OE1 31 -0.628483 16 + 32 N 2 GLN NE2 32 -0.883393 14.01 + 33 H 2 GLN HE21 33 0.408312 1.008 + 34 H 2 GLN HE22 34 0.408312 1.008 + 35 C 2 GLN C 35 0.418577 12.01 + 36 O 2 GLN O 36 -0.56531 16 ; qtot 1 +; residue 3 ILE rtp ILE q 0.0 + 37 N 3 ILE N 37 -0.451047 14.01 + 38 H 3 ILE H 38 0.328831 1.008 + 39 CT 3 ILE CA 39 -0.101874 12.01 + 40 H1 3 ILE HA 40 0.174193 1.008 + 41 CT 3 ILE CB 41 0.062238 12.01 + 42 HC 3 ILE HB 42 0.061662 1.008 + 43 CT 3 ILE CG2 43 -0.129989 12.01 + 44 HC 3 ILE HG21 44 0.030227 1.008 + 45 HC 3 ILE HG22 45 0.030227 1.008 + 46 HC 3 ILE HG23 46 0.030227 1.008 + 47 CT 3 ILE CG1 47 0.02223 12.01 + 48 HC 3 ILE HG11 48 0.011551 1.008 + 49 HC 3 ILE HG12 49 0.011551 1.008 + 50 CT 3 ILE CD 50 -0.101251 12.01 + 51 HC 3 ILE HD1 51 0.023792 1.008 + 52 HC 3 ILE HD2 52 0.023792 1.008 + 53 HC 3 ILE HD3 53 0.023792 1.008 + 54 C 3 ILE C 54 0.569383 12.01 + 55 O 3 ILE O 55 -0.619535 16 ; qtot 1 +; residue 4 PHE rtp PHE q 0.0 + 56 N 4 PHE N 56 -0.37129 14.01 + 57 H 4 PHE H 57 0.234053 1.008 + 58 CT 4 PHE CA 58 -0.030057 12.01 + 59 H1 4 PHE HA 59 0.102448 1.008 + 60 CT 4 PHE CB 60 -0.09872 12.01 + 61 HC 4 PHE HB1 61 0.060989 1.008 + 62 HC 4 PHE HB2 62 0.060989 1.008 + 63 CA 4 PHE CG 63 0.021313 12.01 + 64 CA 4 PHE CD1 64 -0.083109 12.01 + 65 HA 4 PHE HD1 65 0.098466 1.008 + 66 CA 4 PHE CE1 66 -0.156974 12.01 + 67 HA 4 PHE HE1 67 0.123731 1.008 + 68 CA 4 PHE CZ 68 -0.099824 12.01 + 69 HA 4 PHE HZ 69 0.114679 1.008 + 70 CA 4 PHE CE2 70 -0.156974 12.01 + 71 HA 4 PHE HE2 71 0.123731 1.008 + 72 CA 4 PHE CD2 72 -0.083109 12.01 + 73 HA 4 PHE HD2 73 0.098466 1.008 + 74 C 4 PHE C 74 0.547987 12.01 + 75 O 4 PHE O 75 -0.506795 16 ; qtot 1 +; residue 5 VAL rtp VAL q 0.0 + 76 N 5 VAL N 76 -0.450087 14.01 + 77 H 5 VAL H 77 0.440048 1.008 + 78 CT 5 VAL CA 78 -0.051858 12.01 + 79 H1 5 VAL HA 79 -0.026204 1.008 + 80 CT 5 VAL CB 80 0.395217 12.01 + 81 HC 5 VAL HB 81 -0.115672 1.008 + 82 CT 5 VAL CG1 82 -0.090132 12.01 + 83 HC 5 VAL HG11 83 -0.008985 1.008 + 84 HC 5 VAL HG12 84 -0.008985 1.008 + 85 HC 5 VAL HG13 85 -0.008985 1.008 + 86 CT 5 VAL CG2 86 -0.090132 12.01 + 87 HC 5 VAL HG21 87 -0.008985 1.008 + 88 HC 5 VAL HG22 88 -0.008985 1.008 + 89 HC 5 VAL HG23 89 -0.008985 1.008 + 90 C 5 VAL C 90 0.447359 12.01 + 91 O 5 VAL O 91 -0.404629 16 ; qtot 1 +; residue 6 LYSN rtp LYN q 0.0 + 92 N 6 LYSN N 92 -0.453388 14.01 + 93 H 6 LYSN H 93 0.289695 1.008 + 94 CT 6 LYSN CA 94 -0.0245 12.01 + 95 H1 6 LYSN HA 95 0.099553 1.008 + 96 CT 6 LYSN CB 96 0.035478 12.01 + 97 HC 6 LYSN HB1 97 0.004797 1.008 + 98 HC 6 LYSN HB2 98 0.004797 1.008 + 99 CT 6 LYSN CG 99 -0.019962 12.01 + 100 HC 6 LYSN HG1 100 -0.01561 1.008 + 101 HC 6 LYSN HG2 101 -0.01561 1.008 + 102 CT 6 LYSN CD 102 0.041105 12.01 + 103 HC 6 LYSN HD1 103 0.008304 1.008 + 104 HC 6 LYSN HD2 104 0.008304 1.008 + 105 CT 6 LYSN CE 105 0.188382 12.01 + 106 HP 6 LYSN HE1 106 0.01681 1.008 + 107 HP 6 LYSN HE2 107 0.01681 1.008 + 108 N3 6 LYSN NZ 108 -0.894254 14.01 + 109 H 6 LYSN HZ1 109 0.332053 1.008 + 110 H 6 LYSN HZ2 110 0.332053 1.008 + 111 C 6 LYSN C 111 0.608464 12.01 + 112 O 6 LYSN O 112 -0.563281 16 ; qtot 1 +; residue 7 THR rtp THR q 0.0 + 113 N 7 THR N 113 -0.245382 14.01 + 114 H 7 THR H 114 0.255339 1.008 + 115 CT 7 THR CA 115 -0.271249 12.01 + 116 H1 7 THR HA 116 0.163757 1.008 + 117 CT 7 THR CB 117 0.237868 12.01 + 118 H1 7 THR HB 118 0.044688 1.008 + 119 CT 7 THR CG2 119 -0.176489 12.01 + 120 HC 7 THR HG21 120 0.060019 1.008 + 121 HC 7 THR HG22 121 0.060019 1.008 + 122 HC 7 THR HG23 122 0.060019 1.008 + 123 OH 7 THR OG1 123 -0.601931 16 + 124 HO 7 THR HG1 124 0.405484 1.008 + 125 C 7 THR C 125 0.559878 12.01 + 126 O 7 THR O 126 -0.55202 16 ; qtot 1 +; residue 8 LEU rtp LEU q 0.0 + 127 N 8 LEU N 127 -0.355153 14.01 + 128 H 8 LEU H 128 0.262417 1.008 + 129 CT 8 LEU CA 129 -0.101497 12.01 + 130 H1 8 LEU HA 130 0.136951 1.008 + 131 CT 8 LEU CB 131 -0.144399 12.01 + 132 HC 8 LEU HB1 132 0.052533 1.008 + 133 HC 8 LEU HB2 133 0.052533 1.008 + 134 CT 8 LEU CG 134 0.191982 12.01 + 135 HC 8 LEU HG 135 0.000825 1.008 + 136 CT 8 LEU CD1 136 -0.123036 12.01 + 137 HC 8 LEU HD11 137 0.022376 1.008 + 138 HC 8 LEU HD12 138 0.022376 1.008 + 139 HC 8 LEU HD13 139 0.022376 1.008 + 140 CT 8 LEU CD2 140 -0.123036 12.01 + 141 HC 8 LEU HD21 141 0.022376 1.008 + 142 HC 8 LEU HD22 142 0.022376 1.008 + 143 HC 8 LEU HD23 143 0.022376 1.008 + 144 C 8 LEU C 144 0.573471 12.01 + 145 O 8 LEU O 145 -0.557847 16 ; qtot 1 +; residue 9 THR rtp THR q 0.0 + 146 N 9 THR N 146 -0.245382 14.01 + 147 H 9 THR H 147 0.255339 1.008 + 148 CT 9 THR CA 148 -0.271249 12.01 + 149 H1 9 THR HA 149 0.163757 1.008 + 150 CT 9 THR CB 150 0.237868 12.01 + 151 H1 9 THR HB 151 0.044688 1.008 + 152 CT 9 THR CG2 152 -0.176489 12.01 + 153 HC 9 THR HG21 153 0.060019 1.008 + 154 HC 9 THR HG22 154 0.060019 1.008 + 155 HC 9 THR HG23 155 0.060019 1.008 + 156 OH 9 THR OG1 156 -0.601931 16 + 157 HO 9 THR HG1 157 0.405484 1.008 + 158 C 9 THR C 158 0.559878 12.01 + 159 O 9 THR O 159 -0.55202 16 ; qtot 1 +; residue 10 GLY rtp GLY q 0.0 + 160 N 10 GLY N 160 -0.374282 14.01 + 161 H 10 GLY H 161 0.253981 1.008 + 162 CT 10 GLY CA 162 -0.128844 12.01 + 163 H0 10 GLY HA1 163 0.088859 1.008 + 164 H0 10 GLY HA2 164 0.088859 1.008 + 165 C 10 GLY C 165 0.580584 12.01 + 166 O 10 GLY O 166 -0.509157 16 ; qtot 1 +; residue 11 LYS rtp LYS q +1.0 + 167 N 11 LYS N 167 -0.435875 14.01 + 168 H 11 LYS H 168 0.251302 1.008 + 169 CT 11 LYS CA 169 -0.038773 12.01 + 170 H1 11 LYS HA 170 0.129478 1.008 + 171 CT 11 LYS CB 171 -0.108273 12.01 + 172 HC 11 LYS HB1 172 0.045214 1.008 + 173 HC 11 LYS HB2 173 0.045214 1.008 + 174 CT 11 LYS CG 174 0.033341 12.01 + 175 HC 11 LYS HG1 175 0.010208 1.008 + 176 HC 11 LYS HG2 176 0.010208 1.008 + 177 CT 11 LYS CD 177 -0.047841 12.01 + 178 HC 11 LYS HD1 178 0.070715 1.008 + 179 HC 11 LYS HD2 179 0.070715 1.008 + 180 CT 11 LYS CE 180 -0.069974 12.01 + 181 HP 11 LYS HE1 181 0.119522 1.008 + 182 HP 11 LYS HE2 182 0.119522 1.008 + 183 N3 11 LYS NZ 183 -0.250358 14.01 + 184 H 11 LYS HZ1 184 0.294561 1.008 + 185 H 11 LYS HZ2 185 0.294561 1.008 + 186 H 11 LYS HZ3 186 0.294561 1.008 + 187 C 11 LYS C 187 0.725129 12.01 + 188 O 11 LYS O 188 -0.563157 16 ; qtot 2 +; residue 12 THR rtp THR q 0.0 + 189 N 12 THR N 189 -0.245382 14.01 + 190 H 12 THR H 190 0.255339 1.008 + 191 CT 12 THR CA 191 -0.271249 12.01 + 192 H1 12 THR HA 192 0.163757 1.008 + 193 CT 12 THR CB 193 0.237868 12.01 + 194 H1 12 THR HB 194 0.044688 1.008 + 195 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+ 220 C 13 ILE C 220 0.569383 12.01 + 221 O 13 ILE O 221 -0.619535 16 ; qtot 2 +; residue 14 THR rtp THR q 0.0 + 222 N 14 THR N 222 -0.245382 14.01 + 223 H 14 THR H 223 0.255339 1.008 + 224 CT 14 THR CA 224 -0.271249 12.01 + 225 H1 14 THR HA 225 0.163757 1.008 + 226 CT 14 THR CB 226 0.237868 12.01 + 227 H1 14 THR HB 227 0.044688 1.008 + 228 CT 14 THR CG2 228 -0.176489 12.01 + 229 HC 14 THR HG21 229 0.060019 1.008 + 230 HC 14 THR HG22 230 0.060019 1.008 + 231 HC 14 THR HG23 231 0.060019 1.008 + 232 OH 14 THR OG1 232 -0.601931 16 + 233 HO 14 THR HG1 233 0.405484 1.008 + 234 C 14 THR C 234 0.559878 12.01 + 235 O 14 THR O 235 -0.55202 16 ; qtot 2 +; residue 15 LEU rtp LEU q 0.0 + 236 N 15 LEU N 236 -0.355153 14.01 + 237 H 15 LEU H 237 0.262417 1.008 + 238 CT 15 LEU CA 238 -0.101497 12.01 + 239 H1 15 LEU HA 239 0.136951 1.008 + 240 CT 15 LEU CB 240 -0.144399 12.01 + 241 HC 15 LEU HB1 241 0.052533 1.008 + 242 HC 15 LEU HB2 242 0.052533 1.008 + 243 CT 15 LEU CG 243 0.191982 12.01 + 244 HC 15 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GLU O 269 -0.592528 16 ; qtot 1 +; residue 17 VAL rtp VAL q 0.0 + 270 N 17 VAL N 270 -0.450087 14.01 + 271 H 17 VAL H 271 0.440048 1.008 + 272 CT 17 VAL CA 272 -0.051858 12.01 + 273 H1 17 VAL HA 273 -0.026204 1.008 + 274 CT 17 VAL CB 274 0.395217 12.01 + 275 HC 17 VAL HB 275 -0.115672 1.008 + 276 CT 17 VAL CG1 276 -0.090132 12.01 + 277 HC 17 VAL HG11 277 -0.008985 1.008 + 278 HC 17 VAL HG12 278 -0.008985 1.008 + 279 HC 17 VAL HG13 279 -0.008985 1.008 + 280 CT 17 VAL CG2 280 -0.090132 12.01 + 281 HC 17 VAL HG21 281 -0.008985 1.008 + 282 HC 17 VAL HG22 282 -0.008985 1.008 + 283 HC 17 VAL HG23 283 -0.008985 1.008 + 284 C 17 VAL C 284 0.447359 12.01 + 285 O 17 VAL O 285 -0.404629 16 ; qtot 1 +; residue 18 GLU rtp GLU q -1.0 + 286 N 18 GLU N 286 -0.423392 14.01 + 287 H 18 GLU H 287 0.306811 1.008 + 288 CT 18 GLU CA 288 0.031633 12.01 + 289 H1 18 GLU HA 289 0.0651 1.008 + 290 CT 18 GLU CB 290 0.074772 12.01 + 291 HC 18 GLU HB1 291 -0.003535 1.008 + 292 HC 18 GLU HB2 292 -0.003535 1.008 + 293 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qtot -2 +; residue 27 LYS rtp LYS q +1.0 + 416 N 27 LYS N 416 -0.435875 14.01 + 417 H 27 LYS H 417 0.251302 1.008 + 418 CT 27 LYS CA 418 -0.038773 12.01 + 419 H1 27 LYS HA 419 0.129478 1.008 + 420 CT 27 LYS CB 420 -0.108273 12.01 + 421 HC 27 LYS HB1 421 0.045214 1.008 + 422 HC 27 LYS HB2 422 0.045214 1.008 + 423 CT 27 LYS CG 423 0.033341 12.01 + 424 HC 27 LYS HG1 424 0.010208 1.008 + 425 HC 27 LYS HG2 425 0.010208 1.008 + 426 CT 27 LYS CD 426 -0.047841 12.01 + 427 HC 27 LYS HD1 427 0.070715 1.008 + 428 HC 27 LYS HD2 428 0.070715 1.008 + 429 CT 27 LYS CE 429 -0.069974 12.01 + 430 HP 27 LYS HE1 430 0.119522 1.008 + 431 HP 27 LYS HE2 431 0.119522 1.008 + 432 N3 27 LYS NZ 432 -0.250358 14.01 + 433 H 27 LYS HZ1 433 0.294561 1.008 + 434 H 27 LYS HZ2 434 0.294561 1.008 + 435 H 27 LYS HZ3 435 0.294561 1.008 + 436 C 27 LYS C 436 0.725129 12.01 + 437 O 27 LYS O 437 -0.563157 16 ; qtot -1 +; residue 28 ALA rtp ALA q 0.0 + 438 N 28 ALA N 438 -0.404773 14.01 + 439 H 28 ALA H 439 0.294276 1.008 + 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539 -0.563157 16 ; qtot 0 +; residue 34 GLU rtp GLU q -1.0 + 540 N 34 GLU N 540 -0.423392 14.01 + 541 H 34 GLU H 541 0.306811 1.008 + 542 CT 34 GLU CA 542 0.031633 12.01 + 543 H1 34 GLU HA 543 0.0651 1.008 + 544 CT 34 GLU CB 544 0.074772 12.01 + 545 HC 34 GLU HB1 545 -0.003535 1.008 + 546 HC 34 GLU HB2 546 -0.003535 1.008 + 547 CT 34 GLU CG 547 -0.033909 12.01 + 548 HC 34 GLU HG1 548 -0.004135 1.008 + 549 HC 34 GLU HG2 549 -0.004135 1.008 + 550 C 34 GLU CD 550 0.765188 12.01 + 551 O2 34 GLU OE1 551 -0.824035 16 + 552 O2 34 GLU OE2 552 -0.824035 16 + 553 C 34 GLU C 553 0.469735 12.01 + 554 O 34 GLU O 554 -0.592528 16 ; qtot -1 +; residue 35 GLY rtp GLY q 0.0 + 555 N 35 GLY N 555 -0.374282 14.01 + 556 H 35 GLY H 556 0.253981 1.008 + 557 CT 35 GLY CA 557 -0.128844 12.01 + 558 H0 35 GLY HA1 558 0.088859 1.008 + 559 H0 35 GLY HA2 559 0.088859 1.008 + 560 C 35 GLY C 560 0.580584 12.01 + 561 O 35 GLY O 561 -0.509157 16 ; qtot -1 +; residue 36 ILE rtp ILE q 0.0 + 562 N 36 ILE N 562 -0.451047 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O 40 GLN O 637 -0.56531 16 ; qtot -2 +; residue 41 GLN rtp GLN q 0.0 + 638 N 41 GLN N 638 -0.387353 14.01 + 639 H 41 GLN H 639 0.300605 1.008 + 640 CT 41 GLN CA 640 0.03747 12.01 + 641 H1 41 GLN HA 641 0.152255 1.008 + 642 CT 41 GLN CB 642 -0.032112 12.01 + 643 HC 41 GLN HB1 643 0.030995 1.008 + 644 HC 41 GLN HB2 644 0.030995 1.008 + 645 CT 41 GLN CG 645 -0.020264 12.01 + 646 HC 41 GLN HG1 646 0.030791 1.008 + 647 HC 41 GLN HG2 647 0.030791 1.008 + 648 C 41 GLN CD 648 0.667812 12.01 + 649 O 41 GLN OE1 649 -0.628483 16 + 650 N 41 GLN NE2 650 -0.883393 14.01 + 651 H 41 GLN HE21 651 0.408312 1.008 + 652 H 41 GLN HE22 652 0.408312 1.008 + 653 C 41 GLN C 653 0.418577 12.01 + 654 O 41 GLN O 654 -0.56531 16 ; qtot -2 +; residue 42 ARG rtp ARG q +1.0 + 655 N 42 ARG N 655 -0.300879 14.01 + 656 H 42 ARG H 656 0.233693 1.008 + 657 CT 42 ARG CA 657 -0.131381 12.01 + 658 H1 42 ARG HA 658 0.053266 1.008 + 659 CT 42 ARG CB 659 0.036707 12.01 + 660 HC 42 ARG HB1 660 0.028012 1.008 + 661 HC 42 ARG HB2 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O 45 PHE O 736 -0.506795 16 ; qtot -1 +; residue 46 ALA rtp ALA q 0.0 + 737 N 46 ALA N 737 -0.404773 14.01 + 738 H 46 ALA H 738 0.294276 1.008 + 739 CT 46 ALA CA 739 -0.027733 12.01 + 740 H1 46 ALA HA 740 0.120802 1.008 + 741 CT 46 ALA CB 741 -0.229951 12.01 + 742 HC 46 ALA HB1 742 0.077428 1.008 + 743 HC 46 ALA HB2 743 0.077428 1.008 + 744 HC 46 ALA HB3 744 0.077428 1.008 + 745 C 46 ALA C 745 0.570224 12.01 + 746 O 46 ALA O 746 -0.555129 16 ; qtot -1 +; residue 47 GLY rtp GLY q 0.0 + 747 N 47 GLY N 747 -0.374282 14.01 + 748 H 47 GLY H 748 0.253981 1.008 + 749 CT 47 GLY CA 749 -0.128844 12.01 + 750 H0 47 GLY HA1 750 0.088859 1.008 + 751 H0 47 GLY HA2 751 0.088859 1.008 + 752 C 47 GLY C 752 0.580584 12.01 + 753 O 47 GLY O 753 -0.509157 16 ; qtot -1 +; residue 48 LYS rtp LYS q +1.0 + 754 N 48 LYS N 754 -0.435875 14.01 + 755 H 48 LYS H 755 0.251302 1.008 + 756 CT 48 LYS CA 756 -0.038773 12.01 + 757 H1 48 LYS HA 757 0.129478 1.008 + 758 CT 48 LYS CB 758 -0.108273 12.01 + 759 HC 48 LYS HB1 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THR O 883 -0.55202 16 ; qtot -1 +; residue 56 LEU rtp LEU q 0.0 + 884 N 56 LEU N 884 -0.355153 14.01 + 885 H 56 LEU H 885 0.262417 1.008 + 886 CT 56 LEU CA 886 -0.101497 12.01 + 887 H1 56 LEU HA 887 0.136951 1.008 + 888 CT 56 LEU CB 888 -0.144399 12.01 + 889 HC 56 LEU HB1 889 0.052533 1.008 + 890 HC 56 LEU HB2 890 0.052533 1.008 + 891 CT 56 LEU CG 891 0.191982 12.01 + 892 HC 56 LEU HG 892 0.000825 1.008 + 893 CT 56 LEU CD1 893 -0.123036 12.01 + 894 HC 56 LEU HD11 894 0.022376 1.008 + 895 HC 56 LEU HD12 895 0.022376 1.008 + 896 HC 56 LEU HD13 896 0.022376 1.008 + 897 CT 56 LEU CD2 897 -0.123036 12.01 + 898 HC 56 LEU HD21 898 0.022376 1.008 + 899 HC 56 LEU HD22 899 0.022376 1.008 + 900 HC 56 LEU HD23 900 0.022376 1.008 + 901 C 56 LEU C 901 0.573471 12.01 + 902 O 56 LEU O 902 -0.557847 16 ; qtot -1 +; residue 57 SER rtp SER q 0.0 + 903 N 57 SER N 903 -0.54143 14.01 + 904 H 57 SER H 904 0.345415 1.008 + 905 CT 57 SER CA 905 0.11814 12.01 + 906 H1 57 SER HA 906 0.142177 1.008 + 907 CT 57 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0.019145 1.008 + 932 HC 59 TYR HB2 932 0.019145 1.008 + 933 CA 59 TYR CG 933 0.112601 12.01 + 934 CA 59 TYR CD1 934 -0.183461 12.01 + 935 HA 59 TYR HD1 935 0.132715 1.008 + 936 CA 59 TYR CE1 936 -0.181823 12.01 + 937 HA 59 TYR HE1 937 0.137303 1.008 + 938 C 59 TYR CZ 938 0.206277 12.01 + 939 OH 59 TYR OH 939 -0.421233 16 + 940 HO 59 TYR HH 940 0.329691 1.008 + 941 CA 59 TYR CE2 941 -0.181823 12.01 + 942 HA 59 TYR HE2 942 0.137303 1.008 + 943 CA 59 TYR CD2 943 -0.183461 12.01 + 944 HA 59 TYR HD2 944 0.132715 1.008 + 945 C 59 TYR C 945 0.62229 12.01 + 946 O 59 TYR O 946 -0.526607 16 ; qtot -2 +; residue 60 ASN rtp ASN q 0.0 + 947 N 60 ASN N 947 -0.430106 14.01 + 948 H 60 ASN H 948 0.254543 1.008 + 949 CT 60 ASN CA 949 0.044609 12.01 + 950 H1 60 ASN HA 950 0.059601 1.008 + 951 CT 60 ASN CB 951 -0.09365 12.01 + 952 HC 60 ASN HB1 952 0.043321 1.008 + 953 HC 60 ASN HB2 953 0.043321 1.008 + 954 C 60 ASN CG 954 0.583519 12.01 + 955 O 60 ASN OD1 955 -0.526813 16 + 956 N 60 ASN ND2 956 -0.781735 14.01 + 957 H 60 ASN HD21 957 0.355079 1.008 + 958 H 60 ASN HD22 958 0.355079 1.008 + 959 C 60 ASN C 959 0.617141 12.01 + 960 O 60 ASN O 960 -0.523909 16 ; qtot -2 +; residue 61 ILE rtp ILE q 0.0 + 961 N 61 ILE N 961 -0.451047 14.01 + 962 H 61 ILE H 962 0.328831 1.008 + 963 CT 61 ILE CA 963 -0.101874 12.01 + 964 H1 61 ILE HA 964 0.174193 1.008 + 965 CT 61 ILE CB 965 0.062238 12.01 + 966 HC 61 ILE HB 966 0.061662 1.008 + 967 CT 61 ILE CG2 967 -0.129989 12.01 + 968 HC 61 ILE HG21 968 0.030227 1.008 + 969 HC 61 ILE HG22 969 0.030227 1.008 + 970 HC 61 ILE HG23 970 0.030227 1.008 + 971 CT 61 ILE CG1 971 0.02223 12.01 + 972 HC 61 ILE HG11 972 0.011551 1.008 + 973 HC 61 ILE HG12 973 0.011551 1.008 + 974 CT 61 ILE CD 974 -0.101251 12.01 + 975 HC 61 ILE HD1 975 0.023792 1.008 + 976 HC 61 ILE HD2 976 0.023792 1.008 + 977 HC 61 ILE HD3 977 0.023792 1.008 + 978 C 61 ILE C 978 0.569383 12.01 + 979 O 61 ILE O 979 -0.619535 16 ; qtot -2 +; residue 62 GLN rtp GLN q 0.0 + 980 N 62 GLN N 980 -0.387353 14.01 + 981 H 62 GLN H 981 0.300605 1.008 + 982 CT 62 GLN CA 982 0.03747 12.01 + 983 H1 62 GLN HA 983 0.152255 1.008 + 984 CT 62 GLN CB 984 -0.032112 12.01 + 985 HC 62 GLN HB1 985 0.030995 1.008 + 986 HC 62 GLN HB2 986 0.030995 1.008 + 987 CT 62 GLN CG 987 -0.020264 12.01 + 988 HC 62 GLN HG1 988 0.030791 1.008 + 989 HC 62 GLN HG2 989 0.030791 1.008 + 990 C 62 GLN CD 990 0.667812 12.01 + 991 O 62 GLN OE1 991 -0.628483 16 + 992 N 62 GLN NE2 992 -0.883393 14.01 + 993 H 62 GLN HE21 993 0.408312 1.008 + 994 H 62 GLN HE22 994 0.408312 1.008 + 995 C 62 GLN C 995 0.418577 12.01 + 996 O 62 GLN O 996 -0.56531 16 ; qtot -2 +; residue 63 LYS rtp LYS q +1.0 + 997 N 63 LYS N 997 -0.435875 14.01 + 998 H 63 LYS H 998 0.251302 1.008 + 999 CT 63 LYS CA 999 -0.038773 12.01 + 1000 H1 63 LYS HA 1000 0.129478 1.008 + 1001 CT 63 LYS CB 1001 -0.108273 12.01 + 1002 HC 63 LYS HB1 1002 0.045214 1.008 + 1003 HC 63 LYS HB2 1003 0.045214 1.008 + 1004 CT 63 LYS CG 1004 0.033341 12.01 + 1005 HC 63 LYS HG1 1005 0.010208 1.008 + 1006 HC 63 LYS HG2 1006 0.010208 1.008 + 1007 CT 63 LYS CD 1007 -0.047841 12.01 + 1008 HC 63 LYS HD1 1008 0.070715 1.008 + 1009 HC 63 LYS HD2 1009 0.070715 1.008 + 1010 CT 63 LYS CE 1010 -0.069974 12.01 + 1011 HP 63 LYS HE1 1011 0.119522 1.008 + 1012 HP 63 LYS HE2 1012 0.119522 1.008 + 1013 N3 63 LYS NZ 1013 -0.250358 14.01 + 1014 H 63 LYS HZ1 1014 0.294561 1.008 + 1015 H 63 LYS HZ2 1015 0.294561 1.008 + 1016 H 63 LYS HZ3 1016 0.294561 1.008 + 1017 C 63 LYS C 1017 0.725129 12.01 + 1018 O 63 LYS O 1018 -0.563157 16 ; qtot -1 +; residue 64 GLU rtp GLU q -1.0 + 1019 N 64 GLU N 1019 -0.423392 14.01 + 1020 H 64 GLU H 1020 0.306811 1.008 + 1021 CT 64 GLU CA 1021 0.031633 12.01 + 1022 H1 64 GLU HA 1022 0.0651 1.008 + 1023 CT 64 GLU CB 1023 0.074772 12.01 + 1024 HC 64 GLU HB1 1024 -0.003535 1.008 + 1025 HC 64 GLU HB2 1025 -0.003535 1.008 + 1026 CT 64 GLU CG 1026 -0.033909 12.01 + 1027 HC 64 GLU HG1 1027 -0.004135 1.008 + 1028 HC 64 GLU HG2 1028 -0.004135 1.008 + 1029 C 64 GLU CD 1029 0.765188 12.01 + 1030 O2 64 GLU OE1 1030 -0.824035 16 + 1031 O2 64 GLU OE2 1031 -0.824035 16 + 1032 C 64 GLU C 1032 0.469735 12.01 + 1033 O 64 GLU O 1033 -0.592528 16 ; qtot -2 +; residue 65 SER rtp SER q 0.0 + 1034 N 65 SER N 1034 -0.54143 14.01 + 1035 H 65 SER H 1035 0.345415 1.008 + 1036 CT 65 SER CA 1036 0.11814 12.01 + 1037 H1 65 SER HA 1037 0.142177 1.008 + 1038 CT 65 SER CB 1038 0.146998 12.01 + 1039 H1 65 SER HB1 1039 0.040081 1.008 + 1040 H1 65 SER HB2 1040 0.040081 1.008 + 1041 OH 65 SER OG 1041 -0.640312 16 + 1042 HO 65 SER HG 1042 0.446255 1.008 + 1043 C 65 SER C 1043 0.483424 12.01 + 1044 O 65 SER O 1044 -0.580829 16 ; qtot -2 +; residue 66 THR rtp THR q 0.0 + 1045 N 66 THR N 1045 -0.245382 14.01 + 1046 H 66 THR H 1046 0.255339 1.008 + 1047 CT 66 THR CA 1047 -0.271249 12.01 + 1048 H1 66 THR HA 1048 0.163757 1.008 + 1049 CT 66 THR CB 1049 0.237868 12.01 + 1050 H1 66 THR HB 1050 0.044688 1.008 + 1051 CT 66 THR CG2 1051 -0.176489 12.01 + 1052 HC 66 THR HG21 1052 0.060019 1.008 + 1053 HC 66 THR HG22 1053 0.060019 1.008 + 1054 HC 66 THR HG23 1054 0.060019 1.008 + 1055 OH 66 THR OG1 1055 -0.601931 16 + 1056 HO 66 THR HG1 1056 0.405484 1.008 + 1057 C 66 THR C 1057 0.559878 12.01 + 1058 O 66 THR O 1058 -0.55202 16 ; qtot -2 +; residue 67 LEU rtp LEU q 0.0 + 1059 N 67 LEU N 1059 -0.355153 14.01 + 1060 H 67 LEU H 1060 0.262417 1.008 + 1061 CT 67 LEU CA 1061 -0.101497 12.01 + 1062 H1 67 LEU HA 1062 0.136951 1.008 + 1063 CT 67 LEU CB 1063 -0.144399 12.01 + 1064 HC 67 LEU HB1 1064 0.052533 1.008 + 1065 HC 67 LEU HB2 1065 0.052533 1.008 + 1066 CT 67 LEU CG 1066 0.191982 12.01 + 1067 HC 67 LEU HG 1067 0.000825 1.008 + 1068 CT 67 LEU CD1 1068 -0.123036 12.01 + 1069 HC 67 LEU HD11 1069 0.022376 1.008 + 1070 HC 67 LEU HD12 1070 0.022376 1.008 + 1071 HC 67 LEU HD13 1071 0.022376 1.008 + 1072 CT 67 LEU CD2 1072 -0.123036 12.01 + 1073 HC 67 LEU HD21 1073 0.022376 1.008 + 1074 HC 67 LEU HD22 1074 0.022376 1.008 + 1075 HC 67 LEU HD23 1075 0.022376 1.008 + 1076 C 67 LEU C 1076 0.573471 12.01 + 1077 O 67 LEU O 1077 -0.557847 16 ; qtot -2 +; residue 68 HIS rtp HIE q 0.0 + 1078 N 68 HIS N 1078 -0.52812 14.01 + 1079 H 68 HIS H 1079 0.281695 1.008 + 1080 CT 68 HIS CA 1080 0.031249 12.01 + 1081 H1 68 HIS HA 1081 0.085175 1.008 + 1082 CT 68 HIS CB 1082 -0.152267 12.01 + 1083 HC 68 HIS HB1 1083 0.054608 1.008 + 1084 HC 68 HIS HB2 1084 0.054608 1.008 + 1085 CC 68 HIS CG 1085 0.278406 12.01 + 1086 NB 68 HIS ND1 1086 -0.423316 14.01 + 1087 CR 68 HIS CE1 1087 0.02596 12.01 + 1088 H5 68 HIS HE1 1088 0.126832 1.008 + 1089 NA 68 HIS NE2 1089 -0.097984 14.01 + 1090 H 68 HIS HE2 1090 0.266865 1.008 + 1091 CW 68 HIS CD2 1091 -0.297563 12.01 + 1092 H4 68 HIS HD2 1092 0.160413 1.008 + 1093 C 68 HIS C 1093 0.662405 12.01 + 1094 O 68 HIS O 1094 -0.528966 16 ; qtot -2 +; residue 69 LEU rtp LEU q 0.0 + 1095 N 69 LEU N 1095 -0.355153 14.01 + 1096 H 69 LEU H 1096 0.262417 1.008 + 1097 CT 69 LEU CA 1097 -0.101497 12.01 + 1098 H1 69 LEU HA 1098 0.136951 1.008 + 1099 CT 69 LEU CB 1099 -0.144399 12.01 + 1100 HC 69 LEU HB1 1100 0.052533 1.008 + 1101 HC 69 LEU HB2 1101 0.052533 1.008 + 1102 CT 69 LEU CG 1102 0.191982 12.01 + 1103 HC 69 LEU HG 1103 0.000825 1.008 + 1104 CT 69 LEU CD1 1104 -0.123036 12.01 + 1105 HC 69 LEU HD11 1105 0.022376 1.008 + 1106 HC 69 LEU HD12 1106 0.022376 1.008 + 1107 HC 69 LEU HD13 1107 0.022376 1.008 + 1108 CT 69 LEU CD2 1108 -0.123036 12.01 + 1109 HC 69 LEU HD21 1109 0.022376 1.008 + 1110 HC 69 LEU HD22 1110 0.022376 1.008 + 1111 HC 69 LEU HD23 1111 0.022376 1.008 + 1112 C 69 LEU C 1112 0.573471 12.01 + 1113 O 69 LEU O 1113 -0.557847 16 ; qtot -2 +; residue 70 VAL rtp VAL q 0.0 + 1114 N 70 VAL N 1114 -0.450087 14.01 + 1115 H 70 VAL H 1115 0.440048 1.008 + 1116 CT 70 VAL CA 1116 -0.051858 12.01 + 1117 H1 70 VAL HA 1117 -0.026204 1.008 + 1118 CT 70 VAL CB 1118 0.395217 12.01 + 1119 HC 70 VAL HB 1119 -0.115672 1.008 + 1120 CT 70 VAL CG1 1120 -0.090132 12.01 + 1121 HC 70 VAL HG11 1121 -0.008985 1.008 + 1122 HC 70 VAL HG12 1122 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N 75 GLY N 1216 -0.374282 14.01 + 1217 H 75 GLY H 1217 0.253981 1.008 + 1218 CT 75 GLY CA 1218 -0.128844 12.01 + 1219 H0 75 GLY HA1 1219 0.088859 1.008 + 1220 H0 75 GLY HA2 1220 0.088859 1.008 + 1221 C 75 GLY C 1221 0.580584 12.01 + 1222 O 75 GLY O 1222 -0.509157 16 ; qtot 0 +; residue 76 GLY rtp CGLY q -1.0 + 1223 N 76 GLY N 1223 -0.523362 14.01 + 1224 H 76 GLY H 1224 0.349622 1.008 + 1225 CT 76 GLY CA 1225 -0.316659 12.01 + 1226 H1 76 GLY HA1 1226 0.1602 1.008 + 1227 H1 76 GLY HA2 1227 0.1602 1.008 + 1228 C 76 GLY C 1228 0.661797 12.01 + 1229 O2 76 GLY OC1 1229 -0.745899 16 + 1230 O2 76 GLY OC2 1230 -0.745899 16 ; qtot -1 + +[ bonds ] +; ai aj funct c0 c1 c2 c3 + 1 2 1 + 1 3 1 + 1 4 1 + 1 5 1 + 5 6 1 + 5 7 1 + 5 18 1 + 7 8 1 + 7 9 1 + 7 10 1 + 10 11 1 + 10 12 1 + 10 13 1 + 13 14 1 + 14 15 1 + 14 16 1 + 14 17 1 + 18 19 1 + 18 20 1 + 20 21 1 + 20 22 1 + 22 23 1 + 22 24 1 + 22 35 1 + 24 25 1 + 24 26 1 + 24 27 1 + 27 28 1 + 27 29 1 + 27 30 1 + 30 31 1 + 30 32 1 + 32 33 1 + 32 34 1 + 35 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"C:/Users/Valen/dev/vtx/dev/build/Debug/out/1ubq/1ubq.posre.itp" +#endif + +; Include water topology +#include "C:/Users/Valen/dev/vtx/dev/build/Debug/data/tools/mdprep/gromacs/top/amber03.ff/tip3p.itp" + +#ifdef POSRES_WATER +; Position restraint for each water oxygen +[ position_restraints ] +; i funct fcx fcy fcz + 1 1 1000 1000 1000 +#endif + +; Include topology for ions +#include "C:/Users/Valen/dev/vtx/dev/build/Debug/data/tools/mdprep/gromacs/top/amber03.ff/ions.itp" + +[ system ] +; Name +UBIQUITIN + +[ molecules ] +; Compound #mols +Protein_chain_A 1 +SOL 58 diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/test/src/editconf.cpp b/lib/tool/tools/mdprep/test/src/editconf.cpp index 96819cf83..1fccbd636 100644 Binary files a/lib/tool/tools/mdprep/test/src/editconf.cpp and b/lib/tool/tools/mdprep/test/src/editconf.cpp differ diff --git a/lib/tool/tools/mdprep/test/src/pdb2gmx.cpp b/lib/tool/tools/mdprep/test/src/pdb2gmx.cpp index 58ade236c..5a2f072f9 100644 Binary files a/lib/tool/tools/mdprep/test/src/pdb2gmx.cpp and b/lib/tool/tools/mdprep/test/src/pdb2gmx.cpp differ