diff --git a/ChangeLog b/ChangeLog
index ebb2e82..3dc700b 100644
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -10,6 +10,15 @@
 # changes in development version since last release 
 ################################################################################
 
+
+################################################################################  
+################################################################################
+
+
+################################################################################
+### version 3.3.1
+################################################################################  
+
 # IntaRNA
 - BUGFIX: empty lines with white spaces within FASTA input were causing parsing
   errors
@@ -17,7 +26,6 @@
 ################################################################################  
 ################################################################################
 
-
 220328 Martin Raden
  * bin/CommandLineParsing :
    * parseSequencesFasta() :
@@ -36,7 +44,6 @@
 ################################################################################  
 ################################################################################
 
-
 220215 Martin Raden
  * bin/CommandLineParsing :
    + outPairwise : switch to trigger pairwise vs. all-vs-all sequence processing
diff --git a/configure.ac b/configure.ac
index 700ea32..82da2ff 100644
--- a/configure.ac
+++ b/configure.ac
@@ -1,7 +1,7 @@
 
 AC_PREREQ([2.65])
 # 5 argument version only available with aclocal >= 2.64
-AC_INIT([IntaRNA], [3.3.0], [], [intaRNA], [http://www.bioinf.uni-freiburg.de] )
+AC_INIT([IntaRNA], [3.3.1], [], [intaRNA], [http://www.bioinf.uni-freiburg.de] )
 
 # minimal required version of the boost library 
 BOOST_REQUIRED_VERSION=1.50.0